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The effect of calcium binding on the unfolding force of mutated and healthy titin I10 domain: A steered molecular dynamics simulation study.

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Abstract:

:Titin plays an important role in eccentric contraction by creating elastic property in the sarcomere. It can restore muscle to its rest length by stretching and increasing its length. Titin's structure is made of 244 domains. Due to its position, the I10 domain can be subjected to a mutation which leads to Arrhythmogenic cardiomyopathy. Furthermore, the calcium ion has an important role in muscle contractions by binding to some domains like I10 in titin and accordingly creating changes in the unfolding force of these domains. The purpose of this study was to investigate the effect of calcium binding on the unfolding force of the I10 domain for the normal and mutated states. For this reason, the steered molecular dynamics simulation was performed in different states with various pulling rates. According to the results, calcium binding leads to a rising in the unfolding force of the I10 domain. In addition, mutation decreases the unfolding force of the domain, but the presence of calcium compensates for this effect by raising the unfolding force. Results also indicate that by increasing the pulling rates, the unfolding force would increase considerably.

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JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING

J MOL GRAPH MODEL
最新影响因子:2.942 期刊ISSN:1093-3263 CiteScore:N/A
出版周期:Bimonthly 是否OA:YES 出版年份:1997

期刊官方网址:http://www.journals.elsevier.com/journal-of-molecular-graphics-and-modelling/

期刊投稿地址:http://ees.elsevier.com/jmgm/default.asp?acw=c5

自引率:11.70% 研究方向:生物-计算机:跨学科应用
出版地区:UNITED STATES

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JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING 期刊简介

英文简介:

The Journal of Molecular Graphics and Modelling is devoted to the publication of papers on the uses of computers in theoretical investigations of molecular structure, function, interaction, and design. The scope of the journal includes all aspects of molecular modeling and computational chemistry, including, for instance, the study of molecular shape and properties, molecular simulations, protein and polymer engineering, drug design, materials design, structure-activity and structure-property relationships, database mining, and compound library design. As a primary research journal, JMGM seeks to bring new knowledge to the attention of our readers. As such, submissions to the journal need to not only report results, but must draw conclusions and explore implications of the work presented. Authors are strongly encouraged to bear this in mind when preparing manuscripts. Routine applications of standard modelling approaches, providing only very limited new scientific insight, will not meet our criteria for publication. Reproducibility of reported calculations is an important issue. Wherever possible, we urge authors to enhance their papers with Supplementary Data, for example, in QSAR studies machine-readable versions of molecular datasets or in the development of new force-field parameters versions of the topology and force field parameter files. Routine applications of existing methods that do not lead to genuinely new insight will not be considered.

中文简介:(来自Google、百度翻译)

分子图形和模型杂志致力于发表关于计算机在分子结构、功能、相互作用和设计的理论研究中的应用的论文。该杂志的范围包括分子建模和计算化学的所有方面,包括,例如,分子形状和性质的研究,分子模拟,蛋白质和聚合物工程,药物设计,材料设计,结构-活性和结构-性能关系,数据库挖掘,化合物库设计。 作为一份主要的研究期刊,JMGM致力于为我们的读者带来新的知识。因此,提交给该杂志的文件不仅需要报告结果,而且必须得出结论,并探讨提出的工作的含义。我们强烈鼓励作者在编写手稿时牢记这一点。标准模型方法的常规应用,只提供非常有限的新科学见解,将不符合我们的出版标准。报告计算结果的重现性是一个重要问题。在可能的情况下,我们敦促作者使用补充数据来增强他们的论文,例如,在QSAR研究中,机器可读的分子数据集版本,或者在拓扑结构和力场参数文件的新力场参数版本的开发中。现有方法的常规应用不能带来真正的新见解,将不予考虑。

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ACS Chemical Neuroscience 3.89 第82百分位
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Journal of Biological Inorganic Chemistry 2.85 第64百分位
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Alcohol 2.73 第61百分位
#157
Journal of Luminescence 2.72 第61百分位
#158
Bioscience Reports 2.69 第60百分位
#159
Comparative Biochemistry and Physiology Part - C: Toxicology and Pharmacology 2.69 第60百分位
#160
Interface Focus 2.68 第60百分位
#161
Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics 2.67 第60百分位
#162
ChemBioChem 2.64 第59百分位
#163
European Journal of Clinical Investigation 2.63 第59百分位
#164
Protein Science 2.63 第59百分位
#165
Biochemical and Biophysical Research Communications 2.62 第58百分位
#166
Phytochemical Analysis 2.62 第58百分位
#167
Cell Stress and Chaperones 2.61 第58百分位
#168
Food Bioscience 2.60 第58百分位
#169
Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences 2.57 第57百分位
#170
Journal of Magnetic Resonance 2.57 第57百分位
#171
Neuroepigenetics 2.57 第57百分位
#172
Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters 2.53 第57百分位
#173
Steroids 2.53 第57百分位
#174
International Journal of Genomics 2.52 第56百分位
#175
Microvascular Research 2.52 第56百分位
#176
Alkaloids: Chemistry and Biology 2.50 第56百分位
#177
Journal of Comparative Physiology B: Biochemical, Systemic, and Environmental Physiology 2.50 第56百分位
#178
Journal of RNAi and Gene Silencing 2.50 第56百分位
#179
BMC Bioinformatics 2.49 第55百分位
#180
Journal of Dermatological Science 2.49 第55百分位
#181
Current Protein and Peptide Science 2.48 第55百分位
#182
Journal of Biomolecular NMR 2.45 第54百分位
#183
Metabolic Brain Disease 2.45 第54百分位
#184
Bioinformatics and Biology Insights 2.42 第54百分位
#185
Acta Naturae 2.40 第53百分位
#186
Electrophoresis 2.40 第53百分位
#187
Advances in Carbohydrate Chemistry and Biochemistry 2.39 第53百分位
#188
Journal of Physiology and Biochemistry 2.36 第53百分位
#189
MedChemComm 2.36 第53百分位
#190
Yeast 2.36 第53百分位
#191
Biological Trace Element Research 2.34 第52百分位
#192
Experimental Dermatology 2.34 第52百分位
#193
Cancer Genomics and Proteomics 2.33 第51百分位
#194
Tetrahedron 2.33 第51百分位
#195
Water (Switzerland) 2.32 第51百分位
#196
Journal of Biochemistry 2.31 第51百分位
#197
Journal of Chemical Ecology 2.31 第51百分位
#198
Chemical Biology and Drug Design 2.29 第50百分位
#199
OMICS A Journal of Integrative Biology 2.29 第50百分位
#200
Proteins: Structure, Function and Genetics 2.29 第50百分位
#201
Journal of Thermal Biology 2.27 第50百分位
#202
Journal of Biomolecular Screening 2.26 第49百分位
#203
Physiological and Biochemical Zoology 2.25 第49百分位
#204
Comparative biochemistry and physiology. Part A, Molecular 2.23 第49百分位
#205
Hormone and Metabolic Research 2.23 第49百分位
#206
Mobile Genetic Elements 2.22 第48百分位
#207
Journal of Amino Acids 2.20 第48百分位
#208
Transcription 2.18 第48百分位
#209
Analytical Biochemistry 2.16 第48百分位
#210
Current Molecular Medicine 2.15 第47百分位
#211
Glycoconjugate Journal 2.14 第47百分位
#212
Science Signaling 2.14 第47百分位
#213
Current Plant Biology 2.13 第47百分位
#214
Plasmonics 2.13 第47百分位
#215
Acta Biochimica et Biophysica Sinica 2.12 第46百分位
#216
Prion 2.11 第46百分位
#217
Journal of Peptide Science 2.10 第46百分位
#218
Protein Engineering, Design and Selection 2.10 第46百分位
#219
Sub-Cellular Biochemistry 2.09 第45百分位
#220
Biophysical Chemistry 2.08 第45百分位
#221
Dairy Science and Technology 2.08 第45百分位
#222
Connective Tissue Research 2.06 第44百分位
#223
Cell Biochemistry and Function 2.05 第44百分位
#224
Journal of Berry Research 2.04 第44百分位
#225
Tetrahedron Letters 2.04 第44百分位
#226
Applied Biochemistry and Biotechnology 2.02 第43百分位
#227
Carbohydrate Research 2.02 第43百分位
#228
Journal of Muscle Research and Cell Motility 2.01 第43百分位
#229
Proteome Science 2.01 第43百分位
#230
Advances in Protein Chemistry and Structural Biology 2.00 第42百分位
#231
Biochemistry and Cell Biology 2.00 第42百分位
#232
Current Chemical Genomics and Translational Medicine 2.00 第42百分位
#233
Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic 1.99 第41百分位
#234
Lipids 1.99 第41百分位
#235
Molecular Medicine Reports 1.99 第41百分位
#236
Photochemistry and Photobiology 1.99 第41百分位
#237
Redox Report 1.99 第41百分位
#238
Journal of Chemical Biology 1.98 第40百分位
#239
Chemical and Biological Technologies in Agriculture 1.97 第40百分位
#240
Methods in Enzymology 1.96 第40百分位
#241
Comparative Biochemistry and Physiology - B Biochemistry and Molecular Biology 1.93 第39百分位
#242
Enzymes 1.93 第39百分位
#243
Journal of Fluorine Chemistry 1.93 第39百分位
#244
Journal of Biochemical and Molecular Toxicology 1.92 第39百分位
#245
Journal of Organometallic Chemistry 1.92 第39百分位
#246
Biopolymers 1.91 第38百分位
#247
Fish Physiology and Biochemistry 1.91 第38百分位
#248
European Food Research and Technology 1.90 第38百分位
#249
Chemoecology 1.89 第38百分位
#250
Journal of Cell Communication and Signaling 1.88 第37百分位
#251
Plant Gene 1.86 第37百分位
#252
BioData Mining 1.81 第37百分位
#253
Biomarkers 1.81 第37百分位
#254
Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology 1.81 第37百分位
#255
EuPA Open Proteomics 1.80 第36百分位
#256
Natural Product Research 1.80 第36百分位
#257
Biochemistry (Moscow) 1.76 第36百分位
#258
International Journal of Proteomics 1.75 第35百分位
#259
Molecular Biotechnology 1.75 第35百分位
#260
Archives of Microbiology 1.74 第35百分位
#261
Iranian Journal of Basic Medical Sciences 1.73 第35百分位
#262
Chinese Journal of Chemical Engineering 1.72 第34百分位
#263
Advances in neurobiology 1.70 第34百分位
#264
Bioinorganic Chemistry and Applications 1.69 第34百分位
#265
Brazilian Journal of Medical and Biological Research 1.69 第34百分位
#266
Biochemistry Research International 1.67 第33百分位
#267
Chemistry and Biodiversity 1.66 第33百分位
#268
Biomedical Chromatography 1.65 第33百分位
#269
Journal of Molecular Signaling 1.65 第33百分位
#270
Biochemical Genetics 1.63 第32百分位
#271
Phytochemistry Letters 1.63 第32百分位
#272
Current Organic Synthesis 1.62 第32百分位
#273
Journal of Fluorescence 1.62 第32百分位
#274
Cell Biochemistry and Biophysics 1.55 第31百分位
#275
Computational Biology and Chemistry 1.55 第31百分位
#276
Xenobiotica 1.55 第31百分位
#277
BMC Biochemistry 1.53 第30百分位
#278
Crystallography Reviews 1.53 第30百分位
#279
Journal of Receptor and Signal Transduction Research 1.53 第30百分位
#280
Cellular and Molecular Biology Letters 1.52 第30百分位
#281
Analytical Chemistry Research 1.51 第30百分位
#282
Channels 1.51 第30百分位
#283
Computational and Theoretical Chemistry 1.48 第29百分位
#284
Journal of Nucleic Acids 1.46 第29百分位
#285
International Journal of Chemical Kinetics 1.43 第29百分位
#286
Cellular and Molecular Biology 1.40 第28百分位
#287
Journal of Cluster Science 1.40 第28百分位
#288
Archives of Insect Biochemistry and Physiology 1.38 第28百分位
#289
Chromatographia 1.38 第28百分位
#290
International Journal of Peptides 1.36 第27百分位
#291
Journal of Labelled Compounds and Radiopharmaceuticals 1.35 第27百分位
#292
Chemical and Biochemical Engineering Quarterly 1.34 第27百分位
#293
Journal of Integrative Agriculture 1.30 第27百分位
#294
Magnesium Research 1.30 第27百分位
#295
Journal of Solution Chemistry 1.29 第26百分位
#296
Journal of Stem Cells and Regenerative Medicine 1.29 第26百分位
#297
Preparative Biochemistry and Biotechnology 1.28 第26百分位
#298
Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 1.26 第25百分位
#299
Fluoride - Quarterly Reports 1.26 第25百分位
#300
Journal of International Medical Research 1.26 第25百分位
#301
Current Protocols in Protein Science 1.25 第25百分位
#302
Folia Biologica 1.23 第24百分位
#303
Molecular Cytogenetics 1.23 第24百分位
#304
Analytical Letters 1.21 第24百分位
#305
Protein Journal 1.19 第24百分位
#306
Chemical Papers 1.14 第24百分位
#307
Helvetica Chimica Acta 1.12 第23百分位
#308
Cell Health and Cytoskeleton 1.10 第23百分位
#309
Genomics Data 1.09 第23百分位
#310
New Negatives in Plant Science 1.09 第23百分位
#311
International Journal of Peptide Research and Therapeutics 1.08 第22百分位
#312
Journal of Huazhong University of Science and Technology - Medical Science 1.08 第22百分位
#313
AIMS Biophysics 1.07 第22百分位
#314
Protein and Peptide Letters 1.07 第22百分位
#315
Journal of Structural and Functional Genomics 1.04 第21百分位
#316
Biochemical Systematics and Ecology 1.01 第21百分位
#317
International Journal of Medicinal Chemistry 1.00 第21百分位
#318
Virology Reports 1.00 第21百分位
#319
Acta Histochemica et Cytochemica 0.99 第20百分位
#320
Biochimie Open 0.96 第20百分位
#321
Current Protocols in Cytometry 0.96 第20百分位
#322
Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids 0.94 第20百分位
#323
Acta Crystallographica Section F:Structural Biology Communications 0.93 第19百分位
#324
Analytical Chemistry Insights 0.93 第19百分位
#325
Biochemistry and Biophysics Reports 0.93 第19百分位
#326
Biochemistry and Molecular Biology Education 0.92 第19百分位
#327
OCL - Oilseeds and fats, Crops and Lipids 0.90 第18百分位
#328
Journal of Bioinformatics and Computational Biology 0.89 第18百分位
#329
Carbohydrate Chemistry 0.87 第18百分位
#330
Indian Journal of Biochemistry and Biophysics 0.87 第18百分位
#331
Biocatalysis and Biotransformation 0.86 第17百分位
#332
Biologia (Poland) 0.86 第17百分位
#333
Journal of Carbohydrate Chemistry 0.86 第17百分位
#334
Advances in Biomembranes and Lipid Self-Assembly 0.85 第17百分位
#335
Annual Reports in Medicinal Chemistry 0.82 第16百分位
#336
Journal of Liquid Chromatography and Related Technologies 0.81 第16百分位
#337
International Journal of Molecular and Cellular Medicine 0.80 第16百分位
#338
Phosphorus, Sulfur and Silicon and the Related Elements 0.74 第15百分位
#339
Russian Journal of Bioorganic Chemistry 0.74 第15百分位
#340
Amino Acids, Peptides and Proteins 0.71 第15百分位
#341
Current Pharmaceutical Analysis 0.70 第15百分位
#342
Journal of Essential Oil-Bearing Plants 0.70 第15百分位
#343
Planta Daninha 0.70 第15百分位
#344
Applied Biochemistry and Microbiology 0.69 第14百分位
#345
Rasayan Journal of Chemistry 0.65 第14百分位
#346
Genes and Genomics 0.64 第14百分位
#347
Journal of Hard Tissue Biology 0.62 第13百分位
#348
Journal of Receptor, Ligand and Channel Research 0.62 第13百分位
#349
Oriental Journal of Chemistry 0.61 第13百分位
#350
Current Chemical Biology 0.60 第12百分位
#351
Doklady Biochemistry and Biophysics 0.60 第12百分位
#352
Current Enzyme Inhibition 0.59 第12百分位
#353
Artificial DNA: PNA and XNA 0.58 第12百分位
#354
Progress on Chemistry and Application of Chitin and its Derivatives 0.58 第12百分位
#355
International Journal Bioautomation 0.56 第11百分位
#356
Journal of Planar Chromatography - Modern TLC 0.56 第11百分位
#357
Current Bioinformatics 0.55 第11百分位
#358
Analytical and Bioanalytical Chemistry Research 0.54 第10百分位
#359
Chinese Journal of Chromatography (Se Pu) 0.54 第10百分位
#360
Current Proteomics 0.54 第10百分位
#361
Pteridines 0.53 第10百分位
#362
Letters in Organic Chemistry 0.52 第10百分位
#363
Genomics Insights 0.50 第9百分位
#364
Journal of Lipids 0.50 第9百分位
#365
Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry 0.49 第9百分位
#366
Iranian Journal of Biotechnology 0.49 第9百分位
#367
Fisheries and Aquatic Sciences 0.48 第8百分位
#368
Comparative Exercise Physiology 0.45 第8百分位
#369
Ukrainian biochemical journal 0.44 第8百分位
#370
Biochemistry (Moscow) Supplement Series A: Membrane and Cell Biology 0.43 第7百分位
#371
Biomolecular NMR Assignments 0.43 第7百分位
#372
American Journal of Biochemistry and Biotechnology 0.42 第7百分位
#373
eMagRes 0.42 第7百分位
#374
Organophosphorus Chemistry 0.40 第6百分位
#375
RSC Green Chemistry 0.40 第6百分位
#376
Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry 0.39 第6百分位
#377
Chem-Bio Informatics Journal 0.38 第6百分位
#378
Current Bladder Dysfunction Reports 0.36 第5百分位
#379
Open Biotechnology Journal 0.36 第5百分位
#380
Phyton 0.36 第5百分位
#381
Journal of Integrated OMICS 0.33 第5百分位
#382
Progress in Biochemistry and Biophysics 0.30 第5百分位
#383
Nuclear Magnetic Resonance 0.27 第4百分位
#384
Current Topics in Peptide and Protein Research 0.25 第4百分位
#385
MolBank 0.25 第4百分位
#386
Turkish Journal of Biochemistry 0.25 第4百分位
#387
Current Issues in Pharmacy and Medical Sciences 0.22 第3百分位
#388
Trends in Glycoscience and Glycotechnology 0.21 第3百分位
#389
Research Journal of Chemistry and Environment 0.20 第3百分位
#390
Synthesis Lectures on Biomedical Engineering 0.20 第3百分位
#391
RSC Soft Matter 0.19 第2百分位
#392
Forum on Immunopathological Diseases and Therapeutics 0.18 第2百分位
#393
Botulinum Journal 0.17 第2百分位
#394
European Pharmaceutical Review 0.12 第2百分位
#395
Malaysian Journal of Biochemistry and Molecular Biology 0.10 第1百分位
#396
Chinese Journal of Biologicals 0.09 第1百分位
#397
Indian Journal of Agricultural Biochemistry 0.09 第1百分位
#398
Journal of Health Research 0.04 第1百分位
#399
Seikagaku. The Journal of Japanese Biochemical Society 0.04 第1百分位
#400
Biochemical and Cellular Archives 0.03 第0百分位
#401
Journal of Cellular Neuroscience and Oxidative Stress 0.00 第0百分位
#402
Proteomics - Practical Proteomics 0.00 第0百分位

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