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  • 基于三维脑基因表达图谱的基因挖掘方法研究

    作者:刘蔷;李海云

    目的为了研究帕金森氏病发病机理,探索从多元三维脑基因表达图谱的基因芯片数据中提取帕金森氏病的基因的方法.方法用一种统计学方法对小鼠基因芯片数据进行初步筛选及标准化,将实验数据分成两个集合,计算基因表达数据的标准差并按升序排列,选出排名靠前的数个基因(本实验选取基因总数的10%),并对其进行评估.结果选出的这18个基因为更好的研究帕金森氏病发病机理提供了一个思路,且该基因挖掘方法也适合其他疾病机理的研究.

  • 基于二代测序技术的黄芪萜类合成酶基因挖掘与生物信息学分析

    作者:孙欢欢;高红;孙海峰;高建平;白云娥

    目的:对黄芪萜类合成酶(TPS)基因进行挖掘与生物信息学分析,为黄芪萜类化合物特别是三萜皂苷的合成、积累作用及其分子机制研究奠定基础.方法:通过二代测序技术构建黄芪转录组文库,根据基因注释信息进行TPS序列初步筛选,BLAST同源比对确认.运用MEGA 4.0构建邻接(NJ)系统进化树,采用在线工具开放阅读框(ORF) Finder,Compute pI/Mw,ProtComp 9.0进行生物信息学分析.结果:共获得76条TPS序列,其中13条拥有完整的ORF.获得的TPS序列中注释为TPS10序列多,其次为大根香叶烯D合成酶和单萜合成酶;选取17条代表性TPS序列进行同源性分析,发现黄芪TPS序列分为3个类群,每一类群均包括Ⅰ型和Ⅱ型萜类合成酶序列.此外,挖掘得3条环阿屯醇合酶(GAS)序列,其中原始编号为CL6827.Contig1和Unigene19112的CAS序列具有完整的ORF,所编码蛋白质序列长度分别为795,757个氨基酸,亚细胞定位于内质网,与已报道黄芪CAS序列同源性高.结论:利用黄芪转录组文库成功挖掘得黄芪单萜、倍半萜及三萜合成环化酶基因,定位于内质网的CAS序列与三萜皂苷主要由细胞质中的甲羟戊酸途径合成特征吻合.

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