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1例生长发育迟缓患儿及其父母的染色体全基因组检测分析
目的 观察生长发育迟缓患儿的染色体变异/缺失情况及其遗传学特征.方法 采用单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)技术对1例生长发育迟缓患儿及其父母的染色体全基因组单核苷酸多态性进行检测分析.结果 患儿2号染色体2p14p13.3(64,567,549-68,721,484)区段有约4.15 Mb的新发缺失,涉及29个基因的全部或部分缺失;患儿父母染色体未见异常.结论 有的生长发育迟缓患儿的2号染色体2p14p13.3(64,567,549-68,721,484)区段可能有缺失,且可能为新发缺失而非遗传自父母.采用SNP-ar-ray技术对生长发育迟缓患儿及其父母的染色体全基因组单核苷酸多态性进行检测分析,有助于生长发育迟缓的病因诊断.
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单核苷酸多态性微阵列芯片技术在生长迟缓患儿遗传学检查中的应用
目的 探讨单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)在生长迟缓患儿遗传学检查中的应用价值.方法 对181例生长迟缓的患儿,采用Illumina Human Cyto SNP 12微阵列芯片进行全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)检测,结合查询国际病理性CNVs数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM)、正常人基因组变异数据库(Database of Genomic Variants,DGV)以及PubMed文献数据库等对检出的CNVs的致病性进行分析.结果 共检出47例变异阳性患儿,检出率约26％,其中包括已知的微缺失/重复综合征12例(占26％)、明确致病的CNVs(非综合征)10例(21％)、染色体数目异常3例(6％)、染色体非平衡易位3例(6％)、致病性嵌合4例(9％)、临床意义不明的CNVs 15例(32％).剔除染色体水平明显可见的数目与结构异常后,共检出15例小于5 Mb的明确致病性CNVs,这是常规染色体核型分析所无法检出的.此外,还检出3例包含已知或预测为印迹基因的杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)患儿以及2例亲本可能存在血缘关系的患儿.结论 SNP-array技术具有分辨率高、准确性好等优点,是生长迟缓患儿遗传学诊断的有力工具.
关键词： 生长迟缓 拷贝数变异 微缺失/重复 单核苷酸多态性微阵列芯片 -
一例新发的46,X,der(X)t(X;Y)(p22.3;p11.2)胎儿的遗传学分析
目的 对1例新发的46,X,der(X)t(X;Y)(p22.3;p11.2)胎儿进行遗传学分析.方法 应用G显带染色体核型分析和二代测序技术对胎儿及其父亲和姐姐进行分析,同时用PCR产物电泳、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism-based arrays,SNP-Array)、荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)对结果进行验证.结果 胎儿G显带核型为46,XX,二代测序提示其Xp22.33区存在约3.58 Mb的杂合性缺失,同时检到Yp11.32p11.2区一段长约10 Mb的拷贝.结合二代测序以及高分辨显带分析的结果,胎儿的核型被判断为46,X,der(X)t(X;Y)(p22.3;p11.2).胎儿SRY基因的PCR扩增结果为阳性,SNP芯片检测示胎儿为arr(X)×2,Yp11.31p11.2×1,7.02 Mb,FISH检测CSPY探针信号为阴性,即未检测到Y染色体着丝粒.上述结果验证了胎儿核型分析的结果.胎儿的父亲及姐姐核型未见异常;胎儿姐姐的SRY基因扩增及二代测序结果均未见异常.结论 胎儿的Xp-Yp相互易位为新发突变.综合应用染色体核型分析、二代测序技术、SNP芯片、聚合酶链反应和荧光原位杂交等方法对于诊断46,XX性发育障碍具有重要的意义.
关键词： 产前诊断 XX性发育障碍 二代测序 单核苷酸多态性微阵列芯片 SRY基因 -
两例染色体1p36缺失综合征胎儿的产前诊断
目的 应用单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)对两例超声提示多发畸形的胎儿进行检测,并结合文献探讨染色体1p36缺失综合征的产前诊断.方法 对两名孕妇进行羊膜腔穿刺.通过培养的羊水细胞对其胎儿进行G显带染色体核型分析,并采用SNP array对胎儿进行全基因组分析,对胎儿的双亲进行外周血染色体G显带分析.结果 胎儿1的G显带核型为46,XY,add(1p36)?,胎儿2的核型为46,XX,add(1p36)?.胎儿1 SNP array检测结果为arr[19]1p36.33p36.32(752566-3393462)×1,7q35q36.3(144480549-159119486)×3;胎儿2的检测结果为arr[19]1p36.33p36.23(752566-8362754)×1,6p25.3p22.3(204909-20182185)×3.胎儿1母亲的G显带核型为46,XX,t(1;7)(p36;q35),胎儿2母亲的核型为46,XX,t(1;6)(p36;p22),两名父亲的染色体核型均未见异常.结论 SNP array具有高分辨和高准确性等优点,适用于1p36缺失综合征的产前诊断,并可为遗传咨询提供更为详细的信息.
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应用单核苷酸多态性微阵列芯片检测三例21部分三体
目的 对3例21部分三体病例进行检测和分析,明确其重复片段的大小,探讨其基因型与表型的对应关系.方法 应用G显带染色体核型分析以及单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)对病例进行检测.结果 SNP array检测提示3例患者以及其中1例患者的母亲存在21号染色体部分重复,重复的位置和大小不一.例1的21q22.11q22.3区存在12.35 M b的重复,涉及唐氏综合征关键区,为新发突变;例2的9p24.3p13.3区存在35.32 M b的重复合并21q11.2q21.3区14.42 M b的重复.其中9号染色体的重复包含9 p部分三体综合征的关键区,但21号染色体的重复未包含唐氏综合征关键区,且继承自其母亲;例3的21q11.2q21.1区存在4.17 M b的4倍重复,未包含唐氏综合征关键区,且为嵌合体,其母亲的21q11.2q21.1区存在4.17 M b的3倍重复,亦为嵌合体.结论 21部分三体有多种形式,临床表型异质性较大.联合应用多种检测技术尤其是SNP array对于诊断21部分三体、明确基因型和表型的对应关系至关重要.
关键词： 21部分三体 单核苷酸多态性微阵列芯片 唐氏综合征关键区域 -
一例罕见7q11.23重复综合征的产前诊断
目的 联合应用多种技术产前检测7q11.23重复综合征1例.方法 采集1例孕中期胎儿的羊水及其父母的外周血样本,行染色体G显带分析,提取羊水DNA进行BoBs分析,同时用单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)进行全基因组拷贝数变异分析,后用荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)进行确诊.结果 胎儿羊水细胞染色体G显带核型及父母染色体核型未见异常;BoBs分析检出胎儿7q11.23区存在重复;SNP-array Affymetrix CytoScan 750K Array基因芯片分析结果显示胎儿染色体7q11.23区存在1.5 Mb片段的重复;FISH检测确认胎儿为nuc ish 7q11.23(ELNX 3).结论 通过结合BoBs分析、SNP array以及FISH,产前诊断1例7q11.23重复综合征胎儿.
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用单核苷酸多态性微阵列芯片分析一例新发的胎儿衍生染色体异常
目的：对一例颈部透明层(nuchal translucency,NT)和颈部皮肤皱褶(nuchal fold,NF)增厚的胎儿进行细胞遗传学分析,为评估再发风险及产前诊断提供依据。方法应用 G 显带核型分析和单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism-based arrays,SNP-Array)对胎儿及其父母进行分析。结果高密度 SNP-Array 芯片检测显示胎儿存在 Xp22.33p11.4区41.04 Mb 的重复以及13q31.3q34区30.51 Mb 的重复。G 显带分析显示胎儿核型为46,X,der(X)(13qter→13q31∷ Xp11.4→ Xp22.3∷Xp22.3→Xqter)。胎儿父母的芯片及 G 显带核型分析结果均正常。结论SNP-Array 结合 G 显带有助于确定新发的衍生染色体的成分和连接方式,提高诊断的准确率,对复发风险的评估具有重要的价值。
关键词： 新发突变 衍生染色体 核型分析 单核苷酸多态性微阵列芯片 -
一例Pallister-Killian综合征的产前诊断
目的 探讨Pallister-Killian综合征(Pallister-Killian syndrome,PKS)的临床特征及遗传学特点,提高对此类罕见染色体疾病的认识,并探讨联合多种分析手段检出PKS在产前诊断中的应用.方法 采集1例患儿及其父母外周血行淋巴细胞染色体G显带并提取外周血gDNA,通过单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)全基因组拷贝数变异分析、皮肤成纤维细胞染色体核型分析和外周血间期FISH来确诊PKS综合征.结果 患儿外周血淋巴细胞染色体G显带核型为46,XY,父母染色体核型未见异常;SNP-array全基因组拷贝数变异发现患儿12号染色体短臂重复,外周血间期核FISH结果为nuc ish(RP11-104B5,RP11-956A19)×4[19/100];皮肤组织成纤维细胞染色体G显带,确定核型为47,XY,+i(12)(p10)[44]/46,XY[56],综合上述结果考虑为PKS.结论 通过结合临床特征、SNP array、皮肤成纤维细胞核型分析和FISH可有效进行PKS诊断.
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在产前诊断中判读真假嵌合体的方法分析
目的 探讨在产前诊断中采用多种方法,有效判断羊水细胞培养中嵌合体核型的性质,为临床提供可靠的诊断依据.方法 取孕18～24周孕妇羊水20 mL,在接种、培养、观察、收获、制片、阅片过程中均分两线单独操作,分别记录每一线的培养和分析结果,发现嵌合核型时,按照卫生部2010年颁发的胎儿染色体异常的细胞遗传学产前诊断技术标准执行.结合脐血检查、荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)和流式细胞仪等技术进行检测.结果 在3910例羊水细胞培养中,128例出现嵌合核型,经进一步分析6例确诊为真性嵌合体.1例47,XXY/46,XY的嵌合体病例经FISH检测出嵌合比例为1∶2;1例47,XX,+ mar/46,XX的嵌合体病例经SNP-array检测,证实mar为18号染色体的短臂重复;对1例多倍体嵌合病例应用流式细胞仪和脐带血检测,判定为假性嵌合.结论 产前诊断中羊水细胞采取双线法培养分析,是真假嵌合体鉴别的重要依据,联合应用FISH、流式细胞仪行DNA倍体检测、SNP-array等多种技术,可增加产前诊断嵌合体的可靠性和准确性,避免嵌合体的漏诊和误判.
关键词： 产前诊断 细胞培养 嵌合体 荧光原位杂交 单核苷酸多态性微阵列芯片 -
一例发育落后合并多发畸形的16p13.11微缺失综合征患儿的临床及遗传学分析
目的：明确1例发育落后合并多发畸形的患儿的遗传学病因。方法应用常规 G 显带技术分析患儿及其父母的外周血染色体,之后应用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)微阵列芯片检测患儿的微小染色体改变,并用荧光定量 PCR 验证芯片的检测结果。结果患儿的临床表现包括发育落后、特殊面容以及多发畸形。常规染色体核型分析显示患儿及其父母的核型均正常,其中患儿核型为46,XY。SNP 芯片检测发现患儿染色体16p13.11区存在846 kb 的微缺失。荧光定量 PCR 检测结果与芯片一致。结论确诊了1例16p13.11微缺失综合征,后者缘于16p13.11区的重复序列发生的非等位同源重组。SNP 微阵列芯片结合荧光定量 PCR 技术有助于发现染色体微缺失,为明确发育落后患儿的诊断和遗传咨询提供重要的线索。
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单核苷酸多态微阵列技术确诊Wolf-Hirschhorn 综合征一例
目的：探讨1例多发畸形伴癫痫患儿的遗传学病因,分析该患儿基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)与临床表型的关系。方法对患儿及其父母行外周血淋巴细胞 G 显带染色体核型分析,对患儿应用单核苷酸多态性微阵列芯片技术(single nucleotide polymorphisms array,SNP-array)检测其染色体结构改变,之后用荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)进行验证。结果患儿染色体核型为46,XX,del(4)(p15),其父母外周血核型分析未见异常。SNP-array 分析结果显示患儿4p16.3p15.33区域存在13.3 Mb 的杂合性缺失,该缺失与 Wolf-Hirschhorn 综合征相关。FISH 结果证实了此缺失的存在,结合父母的核型与临床表型确认为新发缺失。结论根据患儿的临床表型及染色体缺失的片段明确诊断 Wolf-Hirschhorn 综合征一例。SNP-array 技术可以进一步明确缺失的具体区域及所包含的基因,与传统的细胞遗传学分析方法相比,具有高分辨、高准确度的优点,可为遗传学检测提供更为详细的信息。
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两例22号环状染色体的遗传学诊断及分析
目的：明确两例22号环状染色体的遗传学诊断,探讨其形成机制及其与临床表型的关系。方法应用外周血染色体 G 显带、荧光原位杂交及单核苷酸多态性微阵列芯片分析对两例疑似患者进行检测。结果病例1染色体核型为46,XY,r(22)(p11q13),微阵列检测结果示 arr[Hg19]22q13.2-q13.33(44183172-51211392)×1 dn,杂合缺失约7.0 Mb；病例2染色体核型为46,XY,r(22)(p11q13)[84]/45, XY,-22[6],微阵列检测结果为 arr[Hg19]22q13.33(49612799-51211392)×1 dn,杂合缺失约1.6 Mb。结论联合应用多种遗传学检测技术对两例 r(22)综合征患者明确了诊断,为分析22号环状染色体末端微缺失与临床表型之间的关系提供了新的材料及依据。
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应用单核苷酸多态性芯片技术诊断 Williams-Beuren 综合征一例
目的：应用全基因组单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)诊断1例 Williams-Beuren 综合征(Williams-Beuren syndrome,WBS)。方法应用染色体 G 显带和 SNP-array 技术对1例以智力低下为主要表现的患儿进行遗传学诊断。结果患儿及父母染色体常规 G 显带核型未见异常,SNP-array 分析显示患儿染色体7 q11.23约1.9 Mb 的缺失,父母双方均未见该缺失。结论患儿智力低下、发育迟缓及特殊面容为7号染色体长臂微缺失所致的 Williams-Beuren 综合征,应用 SNP-array 技术可弥补 G 显带核型分析的不足,是临床遗传学诊断智力低下患者的重要技术手段。
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两例微小额外标记染色体的产前诊断
目的：探讨两例产前发现的胎儿微小额外标记染色体(small supernumerary marker chromosomes,sSMCs)的起源。方法综合应用外周血染色体 G 显带、C 显带、荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphisms array,SNP-array)等技术对2例胎儿微小额外标记染色体进行鉴定。结果病例1羊水核型为47,XY,+mar,Affymetrix CytoScan 750K Array 微阵列芯片扫描结果为 arr 15q11.2q12(22770421-26604587)×4, FISH 验证结果为47,XN,+mar.ish i(15)(q12)(D15Z1+,SNRP N ++,PML -)。病例2羊水核型为46,X,+mar/46,XY,FISH 结果显示该标记染色体为变异的 Y 染色体,两端均有 SRY 信号,FISH 技术验证其核型为46,X,i(Y)(p10)/46,XY。结论在产前诊断中可联合应用多种技术来鉴定胎儿微小额外标记染色体的来源。
关键词： 标记染色体 单核苷酸多态性微阵列芯片 产前诊断 荧光原位杂交
