广东地区散发克罗恩病患者β防御素2启动子区基因突变检测

目的:对广东地区散发克罗恩病患者β防御素2启动子区基因突变进行筛查,探讨该基因在克罗恩病发病中的作用.方法:克罗恩病组为2002-01/2006-10于南方医院消化科确诊的克罗恩病患者45例,对照组为门诊健康志愿者50例.签定知情同意书后分别取静脉血5 mL,提取基因组DNA,并根据设计好的引物序列及PCR反应条件进行目的片段的扩增,阴性对照使用蒸馏水代替DNA.扩增成功的目的基因片段用DNA纯化试剂盒进行纯化,并由上海英俊公司完成测序工作.利用DNAMAN软件将患者测序结果与正常对照结果进行比对,并与基因库数据对照(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/),SPSS13.0进行统计学分析.并根据结果分析其与克罗恩病患者病变特点的相关性.结果:①纳入的45例克罗恩病患者与50例健康志愿者在性别和年龄上无统计学意义,并全部进入实验分析.②45例克罗恩病患者中有4例在β防御素2启动子区第-233(G→C)位发现基因突变,密码子由AGG变成AGC,编码氨基酸由精氨酸变成丝氨酸,而50例对照组束发现此改变,二者比较具有统计学意义(x2=4.34,P＜0.05).③4例突变的患者病变均位于小肠(x210.81,P＜0.01)且病情较重.结论:在克罗恩患者中存在着β防御素2启动子区基因突变携带者,与患者发病年龄、病变部位、病变程度明显相关,有必要对其功能进行进一步探讨.

核因子-κB异常激活与肝炎病毒感染关系的研究进展

核因子-κB(NF-κB)是与免疫球蛋白κ轻链增强子B区结合,具有和某些基因上启动子区固定核苷酸序列结合而启动该基因转录的蛋白质.NF-κB是具有多向性调节作用的核转录因子,可调控多种基因(免疫、炎症反应、病毒和原癌基因)的转录表达[1].激活的NF-κB参与癌症的启动、发生及发展过程,在炎症性相关的肝癌(HCC)发生发展中呈高表达,在肝细胞炎症与癌变间起桥梁作用,其中包括肝脏免疫炎症反应相关基因、肝炎病毒相关基因和原癌基因的转录表达.在肝癌组织中异常激活,可抑制细胞凋亡,促进肝细胞存活,与肝癌的发生发展密切相关[2].

决定干扰素疗效的宿主因子

一、易理解的举例之一:MxA小鼠Mx基因的人型基因为MxA(也有MxB,但MxA的功能近似于Mx),它普遍存在于广大的动物界(不仅是哺乳类,禽类鱼类亦均有之),系IFN诱导基因之一.当Ⅰ型IFN(α、β、ω)与细胞表面IFN受体结合时,便立即激活细胞内信号传导途径,其终信号干扰素刺激基因因子(ISGF)3于核内同Mx基因启动子区内的干扰素刺激效应元件(ISRE)结合,引起存在于其下游的Mx基因表达亢进.

TNF-α基因启动子区多态性与SARS发生关系的连锁不平衡研究

目的:研究TNF-α启动子区基因多态性连锁不平衡与严重急性呼吸道综合征(Sever acute respiratory syndrome,SARS)发生关系.方法:采用病例对照研究设计,检测75例SARS康复人员和95例健康人员的TNF-α基因启动子区多态性,分析TNF-α基因启动子区多态性位点的连锁作用与SARS-Cov易感性关系;在SARS康复病人中采用病例-病例对照研究设计,研究TNF-α基因多态性位点的连锁作用与SARS临床症状的关系.采用PCR-SBT (PCR Sequencing Based Typing)方法进行TNF-α启动子区基因多态性检测,运用LDA分析软件完成(Linkage Disequilibrium Analyzer Ver1.0,Chinese national human genome center,Beijing,China)进行多态性位点的连锁作用分析,采用Phase软件(http://www.stat.washington.Edu/stephens,v2.1.1)进行单倍体型分析.结果:PCR-SBT方法可以成功获得TNF-α启动子区基因多态性,检测出的多态性位点有-1 031、-863、-857、-572、-308、-238、-204和-163,其中-572(A＞C)和-204(T＞C)为新发现多态性位点.单倍体型分析结果显示,SARS组和对照组主要以Hap(T;C;C;A;G;G;T;G)、Hap(C;A;C;A;G;G;T;G)、Hap(T;C;T;A;G;G;T;G)和Hap(C;C;C;A;G;A;T;G)为主,但两组人群的单倍体型分布频率无显著差别(P=0.30).对照人群的连锁模式可能不同于SARS人群,对照组-857(C＞T)和-572(A＞C)分别与-308(G＞A)存在连锁关系,而SARS组不存在该位点的连锁,但存在-238(G＞A)与-163(G＞A)连锁关系.轻症组和重症组主要以Hap(T;A;C;A;G;G;T;G)、Hap(T;A;T;A;G;G;T;G)、Hap(C;C;C;A;G;G;T;G)和Hap(C;A;C;A;G;A;T;G)为主,两组人群的单倍体型分布频率无显著差别(P=0.39).重症SARS的-857(C＞T)与-308(G＞A)也存在连锁关系,而轻症SARS不存在该连锁关系.结论:TNF-α基因启动子区的连锁不平衡可能与SARS的发生及进展相关联.

11β-类固醇脱氢酶-2启动子区甲基化与原发性高血压关系初探

目的：通过11β-类固醇脱氢酶-2（11β-hydroxysteroid dehydrogenase-2，11β-HSD-2）基因启动子区甲基化发生率的测定，探讨原发性高血压可能的发病机制。方法选取未经治疗的原发性高血压患者64例以及正常对照组30例，Sequenom MassArray 质谱法检测11β-HSD-2基因启动子区“-101到461”的563个碱基序列的甲基化发生率。结果原发性高血压组甲基化发生率高且差异有统计学意义，CpG 位点如下：CpG＿7、8、CpG＿9、CpG＿62、63、64、CpG＿65、CpG＿72。t 值分别为－5．42，－3．17，－2．84，－2．32和－2．32，P ＜0．05。CpG＿7、8、CpG＿9位于核心启动子区。结论原发性高血压患者11β-HSD-2基因启动子区存在高甲基化发生率位点。

小儿肺炎与纤维蛋白原β-455G/A基因多态性的相关性研究

纤维蛋白原(Fibeinogen, FG)是一种由肝脏合成的具有凝血功能的糖蛋白,分子量340 KD,在体内经凝血酶的作用 转变为纤维蛋白发挥凝血和止血功能,并参与体内一系列病理生理过程,如炎症、组织损伤、修复等.肺炎是由多种病源引起的肺充血,水肿,炎性细胞浸润和渗出性病变.有调查显示,肺炎患者血浆纤维蛋白原水平及血粘度均增高,提示纤维蛋白原可能参与了肺炎的形成.纤维蛋白原基因位于常染色体4q23-4q32,核苷酸长度不到50 KB.其多态形式是导致个体间血浆纤维蛋白原水平差异的调控因素之一.本文目的即探讨小儿肺炎与β纤维蛋白原基因启动子区-455G/A多态之间的关系,寻找监测易感人群、提高早期防治效果的有效途径.

T淋巴细胞毒相关抗原-4启动子区基因多态性与系统性红斑狼疮易感性的meta分析

T淋巴细胞毒相关抗原-4(CTLA-4)主要表达在T细胞上,与同表达于T细胞的CD28分子具有较高的同源性,在发挥抑制T细胞活化和外周耐受中起着关键作用.CTAL-4的这种负性调节作用在自身免疫性疾病的发生发展中同样发挥着重要作用[1].系统性红斑狼疮(SLE)是一种典型的因产生自身抗体而累及多个器官的自身免疫性疾病.遗传因素被认为在SLE的发生中起着重要作用.连锁分析发现自身免疫性疾病的一个相关染色体区间是2q33-35,而CTLA-4基因正位于此区间[2].CTLA-4基因多态性在多种自身免疫性疾病的中发挥作用.

人类胆囊收缩素基因的新遗传多态性及其与酒精依赖的关系

目的 分析人胆囊收缩素基因遗传多态性及其与酒精依赖的关系.方法 基于荧光的单构象变化分析及PCR直接测序的方法分析了66名日本人、66名美国白人、52名中国人和41名哥伦比亚原住民前胆囊收缩素原基因启动子和编码区的新遗传变异,并通过对10对孪生子家庭的分离,分析确定了两等位基因的遗传方式.还对66名健康对照日本人和108名酗酒者的基因型分布及等位基因频率进行了分析.结果 发现了两个核苷酸变异体:其中一个频繁突变处于启动子Sp1结合顺式结构的核心区-45位置,是一个C和T的置换；另一个位于内含子2的1662处,也是一个C和T的置换.结论 这两个遗传变异属于新基因多态性,呈共显性遗传.酗酒者中等位基因的T变异体的频率明显的高于对照组,而且两组中这些基因型的分布亦存在明显的差异.

PAI-1及其基因启动子区4G/5G基因多态与多囊卵巢综合征的研究进展

多囊卵巢综合征(PCOS)是育龄妇女常见的生殖内分泌紊乱性疾病,具有高度遗传异质性,其致病原因迄今不明.PCOS有高度的家族聚集性,提示遗传因素在发病中起重要作用,遗传学研究表明影响这些激素代谢和调节的多种基因参与了PCOS的发生,其中PAI-1基因启动子区4G/5G基因多态性与PCOS的发生可能有着密切的关系.

025原发性胆汁性肝硬化中人类NRAMP1基因启动子区多态性微卫星重复区新等位基因的鉴定

生长因子颗粒蛋白前体和肿瘤坏死因子受体基因启动子区改变与阿尔茨海默病的相关性研究

目的:探讨生长因子颗粒蛋白前体(PGRN)、肿瘤坏死因子受体(TNFR)基因启动子区改变以及全基因组DNA甲基化与阿尔茨海默病的相关性.方法:收集阿尔茨海默病患者血液样本80例以及健康对照血液样本80例,PCR扩增PGRN和TNFR基因启动子区并进行测序,观察两组间的单核苷酸多态性位点是否有差异.同时,用甲基化特异性PCR法检测启动子区DNA甲基化情况以及用ELISA法检测全基因组DNA甲基化水平.结果:在TNFR基因启动子区域发现阿尔茨海默病和对照组之间在多态性位点rs4149570和rs4149569有显著性差异(P＜0.001和P=0.033).阿尔茨海默病患者全基因组甲基化水平为(0.79±0.29)％,显著低于对照组的(1.00±0.36)％(P＜0.001).结论:TNFR基因多态性位点rs4149570和rs4149569的变异可能与阿尔茨海默病相关,全基因组甲基化水平降低可能与阿尔茨海默病相关.

GSK3B基因启动子区多态性与中国北方汉族人群阿尔茨海默病的相关分析

目的 研究中国北方汉族人群中糖原合成酶激酶3β基因(GSK3B)启动子区rs334558位点基因多态性与阿尔茨海默病(AD)易感性的相关性.方法 采用直接测序的方法,对403例AD病例及369名对照外周血DNA的GSK3B基因多态位点rs334558进行基因分型.结果 AD组与对照组rs334558位点等位基因和基因型分布相似,等位基因T的频率在AD组和对照组分别为38.8％和37.9％,差异无统计学意义(x2=0.130,P＞0.05).按照性别或者是否携带AopE￡4等位基因分别进行分层分析,发现AD组和对照组之间等位基因频率和基因型分布的差异无统计学意义(x2分别为0.331,0.565;P＞0.05).结论 GSK3B基因启动子区多态性位点rs334558可能与中国汉族人群AD发病无关.

[3]β-纤维蛋白原基因启动子区HaeⅢ多态性与缺血性脑血管病患者血浆纤维蛋白原浓度关系的研究

结肠癌分子治疗的靶:DNA甲基化和组蛋白乙酰化

DNA甲基化和组蛋白乙酰化是哺乳类动物重要的两种基因表达的后生调节方式.甲基化主要是指位于胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷(CpG)中的胞嘧啶为甲基基团所修饰.基因组中CpG积聚的区域谓之"CpG岛".生理情况下,多数基因的CpG岛是非甲基化的,而孤立的CpG则多半处于甲基化状态.基因的5′端(启动子区等)含有丰富的CpG岛,其甲基化则基因表达受抑制.甲基化是由甲基化酶(DNA methyltransferase,DNMT)1、3a和3b催化形成的.DNA和组蛋白共同构成染色质.组蛋白主要有H3、H4、H2A和H2B等.其乙酰化状态由组蛋白乙酰化酶(histone acetvlases,HATs)和去乙酰化酶(histone deacetylases,HDACs)调控.一些转录因子如p300等具有HAT活性;同时丁酸盐和Trichostatin(TSA)等具HDAC的拮抗作用.两类物质都可使乙酰化水平上调,使染色质处于开放状态,便于DNA中的基因转录与表达.通常,甲基化的基因伴同相应的组蛋白去乙酰化;反之亦然.

乙型肝炎病毒前C区、C启动子区、前S2区基因突变与慢性肝病的相关性

近年研究发现,乙型肝炎病毒(HBV)前C区nt1896位G→A、C启动子区(CP)nt1762、nt1764双突变、以及前S区基因突变与慢性肝炎患者病情活动和慢性化、疾病严重程度有一定关系[1-3].为此,我们分别检测无症状HBV携带者、慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者血清HBV DNA基因序列,对前C、CP、前S2区域的突变情况与HBV不同感染状态的关系作一探讨.

霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体nct-CTXO139φ基因组RS区及rstR-ig2基因的功能研究

霍乱弧菌CTXφ基因组RS区的间隔区ig2包括rstR启动子区和rstA操纵区,rstR基因编码产物RstR可以和rstA操纵区结合,抑制rstA基因表达,RS区负责噬菌体的复制、整合和解离等功能[1].我们克隆并测序了nct-CTXO139φ基因组,RS区的rstR和ig2为首次发现的新类型,故进行上述功能研究.

胰腺癌组织中p16基因启动子区5'CpG岛甲基化及其表达研究

在胰腺癌多步骤、多阶段发生过程中有多种肿瘤相关基因参与.p16基因是其中一个重要的抑癌基因,参与细胞周期的调控,控制细胞的生长和分化.大量研究表明,多种肿瘤细胞中p16基因通过突变、缺失、高甲基化等方式失活,造成p16蛋白功能丧失,从而导致肿瘤细胞恶性生长.

p16基因甲基化与反流性食管炎和食管鳞癌相关性研究

目前反流性食管炎(RE)发生率逐年增高,已成为我国临床上的多发病和常见病.本文对10例正常食管组织,50例RE组织和9例食管鳞癌组织中p16基因启动子区甲基化状态进行对照检测,以探讨反流性食管炎和食管鳞癌间的可能相关性.

上消化道癌肿中runx3基因甲基化研究

runx3是胃癌中新发现的抑癌基因.国外至少40%的胃癌组织中检测到runx3基因启动子区高甲基化,此种高甲基化状态直接导致基因静默,表达缺失.runx3启动子甲基化具有很高的肿瘤特异性,有望成为胃癌诊断的早期标记.鉴于runx3启动子甲基化与前肠来源组织肿瘤密切相关,我们研究runx3在我国食管鳞癌、贲门癌和胃癌中的甲基化状态及相应mRNA表达水平,探索其在这些肿瘤发生中的作用.

TBX1启动子区核苷酸变异与心脏圆锥动脉干畸形相关性研究

目的：验证TBX 1启动子区核苷酸变异与心脏圆锥动脉干畸形的相关性。方法招募621例心脏圆锥动脉干畸形患儿，采用MLPA方法检测患儿22 q 11.2区基因组DNA的拷贝数，排除22 q 11.2微缺失患儿。对605例无22 q 11.2微缺失的心脏圆锥动脉干畸形患儿和588例正常对照儿童，采用PCR扩增和基因测序方法，进行TBX 1启动子区序列分析（-2000..+1），并应用生物信息学软件对变异位点进行功能预测分析。结果心脏圆锥动脉干畸形患儿中发现存在TBX 1基因启动子区位点变异，其中包括3个已报道的单核苷酸多态性（SNP）和7个罕见变异位点，突变的发生率约为1.7%。应用AliBaba 2.1对7个罕见变异位点进行分析，显示其中3个位点可能影响相关反式作用因子与TBX 1启动子区顺式作用元件的结合。结论 TBX 1启动子区核苷酸变异可能与心脏圆锥动脉干畸形发生相关。