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尼帕病毒基因结构及其产物
尼帕病毒(nipah virus,NV)是新近发现的一种新的副粘病毒,因导致1998～1999年马来西亚、新加坡等东南亚国家流行性脑炎而倍受关注.本文就尼帕病毒的基因组结构、编码蛋白的特征、分子诊断技术及与其它负链RNA病毒的关系等方面综述了其研究进展.
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全血γ-干扰素释放试验在结核病辅助诊断中的价值
目的 评价全血γ-干扰素释放试验(interferon gamma release assay,IGRA)-QuantiFERON@-TBGold IT试验试剂盒在结核病辅助诊断中的价值.方法 搜集重庆市公共卫生医疗救治中心结核科和感染科2014年7月1日至2015年12月31日期间同步进行痰液抗酸杆菌涂片、快速培养(BACTECTM MGITTM 960)及采用IGRA测定外周血结核分枝杆菌抗原特异性γ-干扰素(IFN-γ)应答水平的1440例患者临床资料,采用卡方检验分析不同类别患者间不同检测技术阳性率的差异,以P＜0.05为差异具有统计学意义.结果 与临床诊断结果相比,IGRA检测全血诊断结核病的敏感度为77.6％(716/923),特异度为69.9％(158/226).与痰涂片[肺结核、肺外结核、HIV感染或AIDS患者并发肺结核的阳性率分别为28.5％(226/792)、5.3％(7/131)、6.1％ (6/98)]、液体培养[肺结核、肺外结核、HIV感染或AIDS患者并发肺结核的阳性率分别为40.9％ (324/792)、13.0％(17/131)、11.2％(11/98)]检测结果相比,IGRA诊断肺结核[77.0％(610/792)]、肺外结核[80.9％(106/131)]和HIV感染或AIDS患者并发肺结核[50.0％(49/98)]的阳性率更高,差异有统计学意义(与痰涂片比较,x2值分别为373.52、152.51、46.73,P值均＜0.01;与液体培养比较,x2值分别为212.03、121.38、34.68,P值均＜0.01).结论 IGRA检测快速便捷,有着较高的敏感度.IGRA对结核病辅助诊断有一定的价值,尤其对肺结核、肺外结核,以及HIV感染或AIDS并发肺结核患者的诊断有一定意义.
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实时荧光核酸恒温放大检测(SAT)法对肺结核诊断价值的研究
目的 检测实时荧光核酸恒温放大检测(SAT)法对结核病诊断的作用.方法 收集172例疑似肺结核患者的痰液标本2份/例,1份进行涂涂片金-胺染色,另一份进行罗氏培养基培养与菌种鉴定及SAT法检测结核分枝杆菌,如SAT法和培养结果不符合则使用痰荧光定量PCR法(FQ-PCR)进行复核.结果 172例人组患者中有156例根据临床及实验室结果确诊为肺结核病.如果以Mtb培养鉴定结果和荧光PCR结果作为判定金标准,SAT检测的敏感度和特异度分别为97.8％(89/91)和97.5％(79/81).如以临床诊断为标准.SAT诊断结核的敏感度为58.3％ (91/156),特异度为100.0％ (16/16).对于痰菌阳性肺结核患者,SAT阳性率为84.9％(79/93)；对于痰菌阴性患者,SAT 的阳性率为19.0％ (12/63).结论 SAT法可以作为临床对结核病的辅助诊断方法.
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术后标本行分子生物学检测对结核病患者诊疗的价值
目的 初步探讨分子生物学检测技术在结核病患者术后快速诊断中的价值.方法 回顾性分析2015年1月至2018年2月期间在上海市公共卫生临床中心胸外科接受手术治疗、临床资料齐全的170例结核病患者.170例患者中,男100例(58.82％)、女70例(41.18％);1～18岁年龄组18例(10.59％)、19～65岁年龄组142例(83.53％)、66～82岁年龄组10例(5.88％);肺结核39例(22.94％)、肺外结核131例(77.06％).取术后标本采用PCR膜条杂交及二代测序技术的分子生物学方法进行菌种鉴定和耐药相关基因检测.所有患者术前进行晨痰及穿刺活检,或者术中取样进行抗酸染色涂片检测.在进行痰涂片的同时,进行分枝杆菌改良罗氏固体培养、BACTEC MGIT 960快速培养及药物敏感性试验(简称“药敏试验”).结果 (1)痰液抗酸染色阳性率为9.41％(16/170),其中肺结核患者的阳性率为23.08％(9/39),而穿刺活检或者术中取样(脓液或分泌物等)的抗酸染色阳性率为51.76％(88/170).(2)分枝杆菌培养阳性率为27.65％(47/170),其中耐药结核病检出率为14.12％(24/170).(3)术后标本分子生物学菌种鉴定阳性率为51.76％(88/170);PCR膜条杂交显示,7例为NTM,4例培养联合MPB64抗原检测结果显示为NTM,但未鉴定到菌种;3例培养结果为阴性,无法进行MPB64抗原检测.7例标本进行了分子生物学菌种鉴定,1例为瘰疬分枝杆菌、戈登分枝杆菌复合感染,3例为胞内分枝杆菌,1例为海分枝杆菌,1例为鸟分枝杆菌,1例为脓肿分枝杆菌.(4)除去7例NTM感染患者,剩余的163例进行了分子生物学耐药基因检测,对一线抗结核药物耐药基因的检出率为54.60％(89/163),对二线抗结核药物耐药基因的检出率为49.69％(81/163);与培养后药敏试验结果相比,药敏试验阳性的标本中有29.79％(14/47)在分子生物学耐药基因检测时的结果为阴性,而分子生物学耐药基因检测与药敏试验检测结果阳性的一致性为90.00％(27/30);分子生物学耐药基因检测与BACTEC MGIT 960快速培养药敏试验联合判断对耐药结核病的检出率为63.19％(103/163).结论 分子生物学检测技术在术后标本的快速诊断中具有重要的价值,可区分结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌及是否耐药,为结核病患者术后进一步诊治提供重要参考.
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应用线性探针技术与传统药敏试验检测耐药结核病的成本比较
目的 对比分析线性探针技术(line probe assay,LPA)和传统药敏试验(drug susceptibility testing,DST)在地市级医院实验室检测耐药结核病的成本.方法 收集3次LPA和DST在内蒙古第四人民医院、连云港市第四人民医院、开封市肺科医院和永川第二人民医院结核病实验室检测不同样本量时使用的所有成本,包括管理费、建筑设备费、试剂耗材和人工等费用,计算2种方法平均检测1例患者的总成本,比较分析4个实验室分别使用两种方法进行耐药检测的平均成本.两样本间均数差异显著性检验采用t检验,P＜0.05为差异有统计学意义.结果 LPA和DST检测每例患者的平均成本分别为201.0元和365.8元,差异有统计学意义(t=32.28,P＜0.01).LPA和DST检出每例耐多药结核病的单位成本分别为2794.4元和4689.7元,检出1例耐多药结核病,LPA较DST能够节省1895.3元,检测成本明显降低.结论 LPA检测结核病患者耐药性的单位平均成本明显低于DST,可以考虑在地市级结核病医院实验室应用.
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耐药结核病分子诊断技术研究进展
结核病(tuberculosis,TB)是严重危害人类健康的慢性传染病,是目前传染病中威胁人类健康的头号杀手.耐药结核菌株的产生和播散,尤其是耐多药菌株的出现,已成为新世纪结核病控制的三大难题之一.耐药结核病尤其是耐多药结核病(multidrug resistant tuberculosis,MDR-TB)和广泛耐药结核病(extensively drug-resistant tuberculosis,XDR-TB),是21世纪全球所面临的为严重的公共卫生问题之一,MDR-TB则有可能使结核病再度成为“不治之症”,遏制耐药结核病已经成为非常迫切的研究课题.
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分子检测技术诊断骨关节结核及其耐药性的研究进展
骨关节结核约占肺外结核的15％,由于症状不典型,易导致漏诊、误诊.细菌学检查是结核病诊断的金标准,但传统实验室方法诊断骨关节结核的敏感度低、耗时长,不能满足骨关节结核快速诊断的需要.近年来分子诊断技术在结核病诊断中发挥越来越重要的作用,作者综述了基因芯片技术、线性探针技术和Xpert MTB/RIF技术诊断骨关节结核及其耐药性的研究进展,以便为选择骨关节结核实验室诊断方法提供依据.
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结核病病原学诊断评价方法探讨——与《结核病病原学分子诊断专家共识》作者商榷
新发布的《结核病病原学分子诊断专家共识》有助于提高我国结核病临床诊断水平,但笔者对共识中“结核分枝杆菌复合群核酸检测与传统细菌学检测方法的比较”存在不同看法.目前,分子诊断试剂发展迅速,但不同检测试剂的敏感度和特异度有较大差异,应慎重评价分子诊断和细菌学诊断结果,共识中“任何一种分子生物学检测方法结果阳性、细菌学检测方法阴性时,应以分子生物学检测结果为准,视为结核分枝杆菌阳性”的结论难以成立.
关键词： 结核 分子诊断技术 细菌学技术 结果评价(卫生保健) 异议和争论 -
染色体畸变的现代诊断技术研究进展
染色体畸变是人类常见的遗传病,患者大多有严重的智力障碍和某些组织器官畸形等,同时也是导致妊娠早期自然流产和不孕不育的重要原因.传统的染色体畸变诊断方法为G显带染色体核型分析,这是20世纪70年代建立起来的经典诊断方法,可以观察染色体的数目和整套染色体的主要带形,其分辨率约为350～450个染色体条带.但对于标记染色体(来源不明的染色体)、复杂的染色体易位或重排,以及微小的染色体结构畸变则难以进行准确的分析[1].随后发展起来的高分辨显带核型技术和一系列与分子诊断技术相结合的诊断技术,极大地丰富了染色体病的诊断方法.本文对这方面的进展进行综述.
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分子诊断技术在传染病病原体检测中的具体应用分析
传染病能够得到有效防控的条件和前提就是传染病病原体的准确检测,同时传染病病原体的准确检测也是科学给药的基础.但是,原有的病原体分离和培养等方法 无法满足防控疾病和临床诊疗的需求.分析诊断技术在传染病病原体检测中的应用弥补了这方面的空白.该文对新一代的分子诊断技术在传染病病原体检测中的具体应用进行探讨和分析,以期为此领域的广大医疗工作者提供一些有价值的参考和依据.
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一种基于链霉素沉淀的PrPSc检测方法的建立
建立一种新的基于链霉素沉淀的PrPSc的Western blot检测方法,用终浓度为60 mmol/L的链霉素处理蛋白酶K消化的PrPSc贮存液,通过离心沉淀PrPSc,用Western blot对PrPSc的链霉素富集效果进行检测.结果显示,链霉索能够与PrPSc结合形成高分子量复合物,但不影响糖基化形式.此外,基于链霉素沉淀的Western blot,无论是在低浓度或是大容积的条件下,均可显著地提高对PrPSc检测的敏感性.基于链霉素沉淀的Western blot试验是一种敏感、特异、快速及灵活的检测方法,有潜力用于脑组织、外周组织及体液中低水平的PrPSc的检测.
关键词： 朊病毒 链霉素沉淀 Western blot 分子诊断技术 -
淋巴瘤分子诊断研究进展
正确识别淋巴瘤的组织学类型是临床选择正确治疗方案和判断预后的重要依据,但淋巴瘤组织学类型的鉴定一直是临床病理诊断的难题.随着分子诊断研究的逐步深入和新技术的不断发展,造血与淋巴组织肿瘤的遗传学基础被揭示,人们对淋巴瘤组织形态学亚型的认知也不断深入.2001年WHO 发表的造血与淋巴组织肿瘤新分类标准中,将肿瘤的形态学表征、免疫表型、遗传学改变构架为淋巴瘤诊断标准的完整体系,与此同时,国外血液病学实验室也逐步建立起了新的诊断程序[1],将遗传学分析确立为平行于组织病理形态改变和免疫表型特征的鉴别诊断依据,其中通过分子诊断技术研究肿瘤的遗传学改变是重要的更新内容.
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子宫内膜间质肉瘤的病理形态学观察及JAZF1-SUZ12和YWHAE-FAM22融合基因检测
目的 总结子宫内膜间质肉瘤(ESS)的病理学特点及免疫表型,并探讨JAZF1-SUZ12和YWHAE-FAM22融合基因的表达对ESS病理诊断的意义.方法 收集病理确诊的53例ESS进行组织形态学观察.制备组织芯片,采用免疫组织化学染色EnVision法检测雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、CD1O、cyclin D1、平滑肌肌动蛋白(SMA)、结蛋白和H-caldesmon蛋白在53例ESS中的表达情况.用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)的方法分别检测47例ESS和14例其他子宫梭形细胞肿瘤(未分化子宫肉瘤2例、平滑肌肉瘤3例、平滑肌瘤3例、腺肉瘤4例和类似于卵巢性索肿瘤的子宫肿瘤2例)中JAZF1-SUZ12和YWHAE-FAM22融合基因的表达.结果 53例ESS中,低级别43例,高级别10例.除了经典的病理形态外,在低级别ESS中观察到平滑肌分化7例(16.3％)、性索样分化2例(4.7％)、横纹肌分化1例(2.3％)、透明细胞变1例(2.3％)和神经鞘瘤样栅栏状排列1例(2.3％).10例高级别ESS中,伴有性索样分化1例、黏液微囊性改变1例、部分区域出现透明细胞改变1例.43例低级别ESS的ER、PR、CD10、cyclin D1、SMA、结蛋白和H-caldesmon阳性表达率分别为86.0％、81.4％、74.4％、2.3％、23.3％、23.3％和4.7％.10例高级别ESS的ER、PR、CD10、cyclin D1、SMA、结蛋白阳性表达比例分别为1/10、6/10、6/10、7/10、1/10和1/10,H-caldesmon未表达.47例样本成功提取总RNA,其中低级别ESS 39例,高级别ESS 8例.低级别ESS中JAZF1-SUZ12融合基因mRNA表达率为30.8％ (12/39).高级别ESS中YWHAE-FAM22融合基因阳性比例为1/8.14例对照组病例均未检测到JAZF1-SUZ12和YWHAE-FAM22融合基因.结论 低级别和高级别ESS均可出现一些特殊的形态特点.用RT-PCR方法检测JAZF1-SUZ12和YWHAE-FAM22融合基因有助于病理特征不典型的ESS的诊断和鉴别诊断.
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横纹肌样胶质母细胞瘤的临床病理学特征
目的 通过分析横纹肌样胶质母细胞瘤的临床病理学特征,探讨其诊断要点,以期提高对该肿瘤的鉴别诊断能力.方法 10岁和45岁女性患者,分别因头痛伴肢体抽搐和视力模糊入院,MRI检查分别显示右侧颞枕叶和左小脑占位性病变.2例患者均行手术完整切除肿瘤,常规HE染色和免疫组织化学染色,并行荧光原位杂交法检测1p/19q缺失状况.结果 2例肿瘤组织学构象相似,均可见经典胶质母细胞瘤背景中出现体积大、胞质丰富嗜酸性、核大偏位、核仁明显的横纹肌样细胞.免疫组织化学染色显示横纹肌样细胞波形蛋白弥漫强阳性,并灶性表达胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、上皮细胞膜抗原(EMA)和细胞角蛋白(CK).2例均显示INI-1小灶表达缺失,其中1例可检测到1p/19q共同缺失,2例IDH1 R132H均阴性.2例患者术后均给予同步放化疗,1例随访16个月无复发,另1例术后9个月脊髓播散死亡.结论 横纹肌样胶质母细胞瘤是少见的高侵袭性胶质肿瘤,组织学形态与其他具有"横纹肌样"特征的肿瘤相似,除细致的组织学观察外,联合使用免疫组织化学套餐波形蛋白、GFAP、CK、EMA、平滑肌肌动蛋白和INI-1有助于相似病变的鉴别.
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分子诊断技术的规范化是结果准确的保证
21世纪医学发展进入了个性化时代,确切地说是进入了个性化癌医学(personalized cancer medicine)时代,因为目前从分子诊断到靶向治疗已取得了巨大成功,虽然还只是主要用于一些常见癌的分子诊断和治疗,但仅仅是这一方面的成就就已在医学界产生了不可估量的影响.因为目前全世界癌症病死率虽然仅次于心脑血管病,但癌的发病率日益增高.
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PrP及其缺失突变体与GFAP体外相互作用的初步研究
目的 研究PrP蛋白与GFAP蛋白是否发生分子间相互作用以及PrP蛋白多肽链中与GFAP蛋白相互作用的区域.方法 制备仓鼠脑组织匀浆上清,通过原核表达系统以及体外翻译系统表达了全长的小鼠GFAP蛋白、人PrP蛋白以及各种缺失突变体,利用Pull-down及免疫共沉淀实验检测PrP与GFAP的分子间相互作用.结果 不仅重组的GFAP与PrP发生分子间的相互作用,而且脑组织中的GFAP与PrPC及PrPSc也发生相互作用.PrP与GFAP蛋白相互作用的区域位于PrP的C端第91至231位氨基酸.结论 PrP及其缺失突变体与GFAP在体外能够发生分子间的相互作用,提示GFAP可能参与朊蛋白的正常生理功能或者朊病毒病的病理过程.
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母亲不同HBV感染状态所生新生儿树突状细胞亚群及功能研究
目的 探讨新生儿mDC、pDC频数及表面分子表达,以及母亲不同HBV感染状态对新生儿树突状细胞生物学特性的影响.方法 采集HBsAg阳性/HBeAg阳性HBV感染母亲、HBsAg阳性/HBeAg阴性HBV感染母亲以及HBV感染标志物阴性母亲所生新生儿脐带血、健康成人外周血,采用流式细胞仪检测mDC的频数及其CD86的表达、pDC的频数及其CD80、CD83、CD86表达、并采用FlowJo软件进行分析,比较各组间上述指标的差异.结果 分别采集HBsAg阳性/HBeAg阳性、HBsAg阳性/HBeAg阴性和HBV感染标志物阴性母亲所生新生儿脐带血14、12和13例,健康成人外周血7例.新生儿mDC频数(0.29±0.16)及其CD86阳性率(10.72±10.01)显著低于成年人(分别是0.81±0.17和32.13±7.46),(t=-7.86,P=0.00和t=-5.36,P=0.00)；新生儿pDC频数(0.15±0.07)以及pDC表面CD86/CD83阳性率(31.61±12.81,42.66±20.83)显著低于成年人(0.30±0.07;74.96±9.78;82.00±6.94),(t=-5.43,P =0.00;t=-8.49,P=0.00;t=-4.90,P=0.00).结论 新生儿脐带血mDC、pDC频数以及表面功能分子表达低于成人外周血,HBeAg可能降低生新生儿mDC表面CD86的表达.
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人类肠道病毒分子生物学分型鉴定方法的建立及应用
目的建立人类肠道病毒(HEV)分子生物学分型鉴定方法,用于临床分离肠道病毒的分型鉴定.方法根据已知各型别人类肠道病毒基因的核苷酸序列和文献资料,分别合成HEV种属特异性和分型鉴定引物;提取病毒RNA,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒cDNA,通过琼脂糖凝胶电泳和核苷酸序列分析,鉴定病毒并分型,并与血清中和试验相互验证.结果采用种属特异性引物鉴定18株疑似HEV毒株,其中17株阳性;型特异性引物鉴定结果:18株病毒中4株为科萨奇病毒A24型,3株为科萨奇病毒B3型;科萨奇病毒B2、A9、A15型、埃可病毒3、6、7、9、11、14、33型和鼻病毒9型各1株,分型结果与中和试验相符.结论建立的人类肠道病毒分子生物学分型鉴定方法,具有特异性强、敏感性高、快速简便等优点,可以直接鉴定并分型诊断人类肠道病毒感染,适用于人类肠道病毒感染的实验室诊断和流行病学研究.
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2012年发现的新冠状病毒分子检测方法的建立与探针优化
目的 建立2012年确定的新冠状病毒的分子检测方法,并筛选优化引物与探针.方法 依据先发表的208 bp长的新冠状病毒1b片段核酸序列,比对分析后设计合成常规RT-PCR引物1对及荧光定量RT-PCR引物1对与TaqMan探针2条(TZ1,TZ2),同时合成锁核酸修饰的TaqMan探针2条(LNA-TZ1,LNA-TZ2).建立检测新冠状病毒感染的常规RT-PCR方法与4种荧光定量RT-PCR,分析比较其灵敏度与特异性,同时参照欧洲发表的2种荧光定量RT-PCR引物与探针对(upE,ORF1b)建立相应方法,以合成的阳性模板比较6对荧光定量RT-PCR引物与探针的检出灵敏度.结果 所合成的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR引物与探针皆有较好特异性,不能扩增其他人冠状病毒模板及常见呼吸道病毒模板,检出下限达50 ～ 500拷贝/反应.锁核酸修饰TaqMan探针可改善荧光定量PCR检测方法的反应性能,经锁核酸修饰的TaqMan探针与常规TaqMan探针相比,检出率提高10倍左右,其中LNA-TZ1与upE探针对具佳反应性能.结论 本研究所建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR可用于新冠状病毒的分子检测,并推荐使用LNA-TZ1与upE探针对.本研究为新冠状病毒分子检测方法应用与改进奠定了基础.
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病原微生物的检测新技术——PCR 质谱仪
近年来,随着耐药微生物的不断增加、新发和再发的传染病疫情的频发,以及政府部门的高度重视,使得微生物的分子诊断技术得到迅猛发展,特别是自动化技术的发展,明显提高了检测速度和诊断能力,在微生物的快速检测中发挥越来越重要的作用.
