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丙型肝炎病毒西安株2a型包膜蛋白E区部分cDNA的分析
丙型肝炎病毒（HCV）包膜蛋白区（E区）基因是HCV基因组中变异大的部位，不同分离株的核苷酸差异可达40%左右［1］。作者对陕西省HCV地方株的全部E1，部分E2/ NSI区进行了序列测定，并与已发表的多个株做同源性比较。 1.材料和方法：HCV血清取自西京医院丙型肝炎患者，血清经5′非编码区通用引物RT-PCR确认HCV RNA阳性，引物参照HC-J6设计［2］。序列分别为：R1（+）GTGGGTAA-GGTCATCGAT(695～712)，R2（+）GCCGACCTCATGGGGTAC-(731～748)，R3（-）ACCTAGTGCCAACTGCCATTGGT(1 586～1 603)，R4（-）GTTGATGTGCCAACTGCC(1 592～1 609)。 用异硫氢酸胍-冷酚法一步提取HCV RNA，反转录成cDNA，用R1/R4，R2/R3进行套式PCR扩增，琼脂糖凝胶电泳鉴定，产物纯化、回收，与PGEM-T载体连接，克隆并测序。 2．结果：将所分离毒株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列分别与已报道的HC-J6，HC-J1，BEBE1，HC-J8，HCV-H，HCV-HB，HCV-T的相应序列进行比较。从表1可见，在核苷酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为78.2%，与其他几株的同源性相对要低一些，与中国河北株HCV-HB的同源性低；在氨基酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为75.7%，与其他株的同源性低，与中国河北株HCV-HB的同源性低。 3.讨论：HCV 核酸存在广泛的异质性，其中E区不断发生变异，可能是使病毒在体内持续存在的原因，其变异亦可能与疾病程度、对干扰与治疗的抵抗、引起慢性化及肝细胞癌等有一定相关，赵小宁等［3］已经用RT-PCR法从1例陕西地区丙型肝炎患者血清中扩增并克隆和测定了5′NCR，C区的基因序列，分析同源性为2a型，本次研究用同一份血清，测定了全部E1区，部分E2/NSI区共878 bp的核苷酸序列，将所得序列与已报道的几株HCV序列比较后发现，我们的分离株同HC-J6的同源性大，同属于2a亚型。我国已有完整克隆的河北株、北京株和台湾株，但都属于HCV-1b型，本次对2a型的实验克隆对全面了解HCV基因组的结构及其变异，对HCV的基础及临床研究都具有重要意义。
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4株鸡马立克氏病病毒国内分离株Meq基因的克隆与序列分析
根据鸡马立克氏病病毒(MDV)GA株Meq基因序列,设计并合成一对用于扩增Meq基因的引物,利用这对引物通过PCR方法分别扩增4株东北地区分离的强毒株、国内标准强毒株J-1株、国内疫苗株814株的Meq基因片段,进行克隆测序,对4株MDV分离毒株Meq基因与国内传统毒株Meq基因及GenBank上收录的国内外9株毒株Meq基因序列进行比较分析.序列比较显示,不同的MDV株的Meq基因序列相对比较保守,它们相互间氨基酸序列的同源性在96.5%～99.7%之间.4株MDV分离毒株Meq基因在相关报道中提到的与毒力相关的脯氨酸重复区存在点突变;3株分离毒株Meq基因上相同位置均存在两个定点突变,这两处点突变是国内近几年分离株所特有的,国外已发表的MDV毒株Meq序列中不存在这种变化.分离株Meq基因的这些突变和毒株毒力的关系具有一定的规律性,但是这些规律性还有待进一步研究.
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鸡的J亚群白血病病毒的分离及部分序列比较
通过接种鸡胚成纤维细胞、聚合酶链式反应(PCR)技术及特异性单抗的间接荧光抗体反应(IFA),从某大型肉用型种鸡场的疑似J亚群白血病的病鸡中,以及25个临床健康的商品代肉鸡群的2群中,分离鉴定出J亚群禽白血病病毒(ALV-J).在用抗ALV-J gp85单克隆抗体JE9的IFA中,来自病鸡群的两株病毒SD9901和SD9902呈强阳性反应,来自临床健康肉鸡群的YZ9901和YZ9902株呈弱阳性反应.对YZ9901株和SD9902株的PCR产物直接测序结果表明,这二个中国株的囊膜蛋白gp85的氨基酸组成与原型株HPRS-103及美国分离株ADOL-Hcl有89%～93%的同源性,它们相互间的同源性是92%.其3′端LTR区与原型株HPRS-103则有95%～97%的同源性,但中国的两株病毒在紧靠3′端LTR的"E"成分中,出现了一个139个碱基的缺失性突变,而代之以一个11个碱基的插入序列.
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利用转录因子结合位点的基因调控区序列比较
利用DNA中转录因子结合位点分布的序列比较方法对DNA序列进行聚类,并分析基因之间的联系.运用Matlab工具结合TRANSFAC数据库中的数据,对一组基因芯片共调控基因的上游序列进行比较和聚类,获得能够反映基因关系的树状聚类结果,从中确定出具有共同功能特征的基因,揭示了在大骨节病相关的诸多基因中,基因CIDEA、CYP4V2、RHBDD3、ENC1的调控区域有共同序列特征,表达模式和调控机理为相似.这为更深层次的基因功能分析提供了依据.
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SARS病毒的基因特性分析
严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新的冠状病毒感染所致的传染性疾病,现已分离出多株地方株,其中29株完成序列的测定,我们从美国国家生物中心(NCBI)的人类、小鼠和病毒数据库中获取用于比较的序列,SARS病毒:中国大陆分离株AY351680、AY278487-27490、AY279354、AY297028;中国香港株AY278491、AY278554、AY282752;中国台湾株AY291451、AP006557-561、AY348314、AY338174-175、AY321118;新加坡分离株AY283794-798;其他AY291315、AY274119、AY278441、AY323977.动物冠状病毒:AF201929.1、NC-001846、AF208066-208067、NC-003045.1、AF220295.1、NC-001451.1、NC-002306.2、NC-002645.1、AF353511.1、NC-003436.1、AF207551.1、AY078417.1.应用系统进化PHYLIP(Phylogeny Inference Package,version 3.0)及序列比较软件(Bioedit)对各地方株进行系统进化及基因特点分析.
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SARS冠状病毒S1基因片段真核表达载体的构建及其活性测定
严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)病原体是SARS冠状病毒(SARSCoV),研究开发安全有效的SARS-CoV疫苗以控制SARS成为热点.经过对12株SARS冠状病毒基因序列比较,发现S蛋白的氨基酸突变率仅为0.23%,其较高的保守性为疫苗研究奠定了良好的基础,由此,S蛋白成为候选疫苗的重要靶位[1].pcDNA3.1(+)是一种高效率的质粒型真核表达载体.本研究将SARS-CoV的S1基因片段连至真核表达载体pcDNA3.1(+),构建重组pcDNA3.1(+)/S1并初步研究其免疫效果.
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大肠杆菌O157∶H7基因组分析的启示
大肠杆菌O157∶H7是1982年新发现的一种病原菌,近年来在美国、日本、欧洲等地已经成为重大的公共卫生问题.2001年美国和日本先后发表了大肠杆菌O157∶H7 EDL933和SAKAI菌株的基因组序列[1,2].Perna等报道[2],与大肠杆菌K12 MG1655菌株的序列比较,EDL933菌株有很多外源性基因的插入.因此,将大肠杆菌K12 MG1655菌株特异性的序列命名为"K"岛,将大肠杆菌O157∶H7 EDL933菌株特异性的序列命名为"O"岛, 发现ELD933菌株有分子量大于50bp的177个"O"岛和234个"K"岛.
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乙型肝炎病毒蛋白表型定义初探
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分型方式,并根据病毒蛋白结构提出新的病毒蛋白分型方式.方法:自GenBank中按基因型搜索符合要求的HBV基因组序列,并应用Vector NTI suite 8.0版软件进行基因组核苷酸及各基因编码蛋白质序列比较,并利用软件分析前前-S基因、前-X基因和前-C基因的存在状态.结果:在GenBank中根据HBV基因型分型搜索出119个病毒株全基因组,比较后发现选择病毒株基因组核苷酸序列总阳性率和总一致率分别为95.7%和147.7%;选择病毒株编码的全C蛋白、全S蛋白、全X蛋白和多聚酶的总阳性率分别为98.6%、87.3%、57.2%和95.2%,总一致率分别为37.4%、24.1%、27.7%和43.5%.在病毒群中,33.61%的病毒株编码前前-S多肽,14.3%的病毒株编码前-X多肽,26.1%的病毒株不编码前-C多肽,94.1%编码前-X多肽的病毒株同时编码前前-S多肽.基因组1-700 nt一致率30.6%,1 103-1 653 nt一致率20.8%,为高变区;基因组1 654-1 950 nt的一致率为74.2%,为高保守区.4种病毒蛋白各有其相应的高变区和高保守区根据病毒蛋白前导性序列的变异情况提出新的分型方法,命名为蛋白表型.蛋白表型分7型,Ⅳ型为主要流行表型,占39.5%,V型和VⅦ型各占19.3%.亚洲HBV蛋白分型分布分散,Ⅰ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅶ型所占比例均大于20%;欧洲Ⅳ型占58.3%,Ⅶ型占25.0%,Ⅴ型占13.9%.结论:在综合分析HBV基因组的基础上,初步划分出HBV基因组和病毒蛋白内部存在的高变区和高保守区提出蛋白表型的新概念,并综合展示基因核苷酸突变所导致的病毒蛋白的结构差异.
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幽门螺杆菌对克拉霉素耐药的分子基础
目的:探讨幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,Hp)对克拉霉素耐药的分子基础.方法:采用E-test方法对35例Hp的临床分离株进行克拉霉素的MIC(minimal inhibitory concentration)检测,大于或等于8 mg/L为耐药株.按酚-氯仿方法提取Hp的DNA,PCR方法扩增23S rRNA基因中2 047-2 347之间的片段,对PCR产物进行序列分析,观察耐药株的基因突变情况.结果:与敏感菌(No33)序列比较,No13存在1个突变位点,即2 289位点T变成了C(T2289C),No17存在2个突变位点,即G2224A、T2289C,No22存在3个突变位点,即G2224A、C2245T及T2289C.三株耐药Hp菌株的MIC值分别是:No13为8.0 mg/L,No17为64 mg/L,No22为大于256mg/L.随着耐药性的提高(表现在MIC值的升高),高耐药性菌株的突变位点多于低耐药性菌株的突变位点.结论:与耐药有关的3个突变位点,G2224A、C2245T及T2289C,国内外未见报道,反映了Hp耐药的地区差异.
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黑线仓鼠及其白化突变系肌张力异常蛋白变体 X1基因的克隆与序列分析研究
目的：将黑线仓鼠及其白化突变系肌张力异常蛋白变体X1基因编码区进行序列比对分析，试揭示黑线仓鼠及其白化突变系肌张力异常蛋白变体X1基因编码区之间是否存在变异。方法根据小鼠与大鼠的同种型肌张力异常蛋白变体X1段基因设计6对引物，采用RT-PCR的方法，从黑线仓鼠及其白化系皮肤中扩增得到cDNA基因，并对其二者进行克隆测序。结果将由RT-PCR方法获得的基因序列进行比对后可知，二者编码区共有17处差异，氨基酸差异共24处，但无关键核酸蛋白出现变异现象。结论黑线仓鼠白化突变系白化性状产生，并不是由肌张力异常蛋白变体X1的这段基因编码区突变造成的，其白化性状产生的机制尚需要进一步的研究。
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肿瘤抗原MAGE-A家族成员进化关系的初步研究
目的:探讨肿瘤抗原MAGE-A家族成员间的同源性,发现公共CTL表位对抗肿瘤逃逸.方法:采用1999DNAstar软件Window95/98平台支持下的蛋白质核酸序列编辑、分析工具对MAGE-A家族成员进行开放阅读框、蛋白及其CTL序列同源性分析并构建种系发生树.结果:表明MAGE-A家族核苷酸同源性高达57.6%～98.0%,种系发生树显示各成员来源于同一祖先并在不同时间分野,且部分CTL表位高度相似.结论:MAGE-A家族成员来自于同一祖先的同一家族,在肿瘤细胞中表达存在异质性,故此研究结果将有利于在发展肿瘤治疗性细胞免疫疫苗中选择合适的CTL表位.
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SPACE 序列对臂丛神经成像在3．0MR 核磁的应用
臂丛神经损伤是临床常见并多发的疾病，多数由于车祸、工程建设及机械等意外事故伤害所致。因臂丛神经分为根、干、股、束、支，解剖结构较为复杂，走行曲折、覆盖广泛、周围结构多样化，容易给临床诊断带来干扰，是周围神经损伤中较为复杂的一种。因此术前能否准确判断臂丛神经损伤的部位及程度对于临床有较高的价值［1，2］。既往对于臂丛神经的诊断包括电生理测定、CT 脊髓成像（CTM）等，但这些检查都不能完全明确病变的部分、范围及损伤程度，对于临床诊断不能提供完全的影像价值，伴随着核磁技术的不断发展及临床应用，因核磁具有多方位成像和很高的软组织分辨率等特点，现已成为影像检查中臂丛神经损伤的佳检查方法［3］。MRI 常规序列只能大致显示臂丛神经的形态，但细微结构难以显示，我们利用 SPACE 序列技术重建臂丛神经，与传统序列比较，能清晰显示臂丛神经的细微结构改变。
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甲型肝炎病毒(L-A-1株)疫苗株与早代毒株核苷酸序列比较
为分析甲肝病毒疫苗株(L-A-1株)在连续传代过程中的稳定性,选择了第11代(P11)和23代疫苗病毒进行部分核苷酸测序,通过对核苷酸序列和其氨基酸序列比较,来考察病毒的变异性.
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人类多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶家族分子进化的初步研究
目的:探讨人类多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶家族成员间的同源性,揭示其进化规律.方法:采用生物信息学软件和网上数据库对核酸蛋白质序列进行同源比较,结构域分析和进化树绘制.结果:人类多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶家族一级结构、二级结构均有较高的同源性,系统进化树显示各成员来源于同一祖先并在不同时期分野.结论:各成员来自于同一祖先的同一家族,其进化方式属于趋异性进化.
关键词： 多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶 序列比较 结构域 系统进化树 -
陕西地区输血传播病毒的感染状况及部分基因序列分析
目的分析陕西地区不同人群中TTV(Transfusion transmitted virus,TTV)的感染情况及基因型.方法根据TTV 0RF1区设计引物,建立巢式聚合酶链反应,检测不同人群中TⅣ-DNA.并对PCR阳性产物进行克隆、测序分析和同源性比较.结果 30例健康人群中,50例肝炎病人,40例非甲～非庚肝炎TⅣ-DNA阳性率分别为6.0%,22.5%,52.5%.对其中三组人群各任取1例(TTVSJ1、TTVSG2、TWSF3进行PCR产物直接测序,其序列与日本株N22同源性分别为97.5%、97.8%和97.8%.结论陕西地区不同人群中均可有TTV感染存在;非甲～非庚型肝炎TⅣ-DNA阳性率占有较大比例;陕西地区TTV与日本株N22属同一亚型.
关键词： 输血传播病毒(TTV) 聚合酶链反应 序列比较 -
三叉神经痛伽玛刀治疗前MRI定位扫描序列研究
伽玛刀是治疗三叉神经痛的方法之一.MRI是其定位的主要工具,常规采用SE序列[1].但是在工作中,我们发现部分人群中三叉神经根显示欠佳.为此我们设计了一种新的扫描序列,并与常规SE序列比较,现报道如下:
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TTV研究的新进展
1 引言 1997年12月日本学者Nishizawa等采用代表性差异分析法(representational diffcrence analysis,RDA)从1例输血后非甲-庚型肝炎病人血清中获得一种新的DNA病毒克隆(N22)。他们将该病毒克隆DNA序列与基因库中已登汜的序列比较，未发现相同或相似的基因序列，证明是一种新的病毒。……
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何首乌苯甲酮合成酶基因的克隆及序列分析
目的 克隆何首乌苯甲酮合成酶基因并作序列分析.方法 以何首乌Polygonum multiflorum Thunb.为材料,根据其它植物苯甲酮合成酶(Benzalacetone synthase,BAS)基因cDNA序列的保守区域设计引物,利用RT-PCR和3`-RACE,克隆其基因.结果 从何首乌叶cDNA中克隆出了长度为1 049 bp的基因片段.序列分析表明该片段具有典型的CHS基因家族的结构域,为何首乌的BAS基因片段,命名为PmBAS.将得到的序列提交GenBank,序列号为FJ601686.对获得的PmBAS的氨基酸序列进行比较分析,发现PmBAS不含有Phe215,这种差异可能是CHS与BAS催化不同反应的重要原因之一.何首乌BAS与其它植物CHS的氨基酸序列的进化分析表明,其与同为蓼科的虎杖和掌叶大黄的同源性较近.结论 对利用基因工程技术促进何首乌蒽醌合成具有重要意义.
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不同致病型马立克氏病病毒1.8kb基因家族序列比较
为了分析鸡马立克氏病病毒(Marek's disease virus, MDV)的致病性与其1.8kb基因家族的关系,本研究比较了四个不同致病型12个毒株的该基因家族的同源性关系,即弱毒疫苗株、强毒株、超强毒株、特超强毒株和中国野毒株.结果表明:不同毒株间1.8kb基因家族的上游调控序列的同源性在1.8kb基因家族转录方向上大于92.5%,序列间有缺失突变,其中大多数突变发生在弱毒株上.CVI988在TATA box 和上游SP1位点间丢失小片段"5′CTCGG 3′".1.8kb基因家族中存在132bp串连重复序列,CVI988包含3-7个132bp串连重复序列拷贝,强毒株、超强毒株、特超强毒株通常只包含2个串连重复序列.但是已知的中国疫苗毒株814株也只有2个重复序列,表明重复序列的拷贝数不是引起病毒毒力变化的主要原因.各毒株的1.8kb基因家族同源性在97%以上.其中未剪切的1.69kb cDNA中有两个阅读框,分别编码63和64个氨基酸组成的多肽.不同毒株的这二个多肽都很保守,虽然也有一些氨基酸变异,但这些变异与病毒的致病型或地域分布没有明显的关系.
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不同致病型马立克氏病病毒DNA聚合酶基因序列比较
为了分析马立克氏病病毒(MDV)致病型与其DNA聚合酶基因的关系,本研究比较了9个不同致病型的该基因的同源性关系,这包括四种不同致病型的国际参考株即弱毒疫苗株CVI988/Ripens株、强毒株GA、超强毒株Md5和特超强毒株648A;中国疫苗株814、中国强毒参考株.Jing-1及3个中国野毒株.结果表明:MDV的DNA聚合酶基因非常保守,在比较的9个毒株间,该基因上游约369个碱基的调控序列的同源性在96.7%～100%之间,该基因编码的1220个氨基酸序列的同源性在99.2%～100%之间.尽管不同毒株在一些位点上出现了氨基酸的变异,但这些变异与病毒的致病型或地域分布没有明显的关系.
