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  • 60Coγ亚致死量辐射致小鼠外周血中MicroRNA表达改变

    作者:李刚强;焦成文;周玉坤

    目的 探讨60Coy射线亚致死量辐射损伤对小鼠外周血中MicroRNA的影响及意义.方法 SPF级C57BL/6J小鼠接受2Gy全身照射后,分别于照射后6、24和72 h进行外周血白细胞计数.同时应用Agilent MicroRNA生物芯片筛选小鼠血中差异表达MicroRNA.结果 MicroRNA芯片筛选出照射后6h差异表达MicroRNA共16个,其中13个上调,3个下调;24h后差异表达MicroRNA共36个,其中13个上调,23个下调;72h后差异表达MicroRNA共30个,其中13个上调,17个下调.与未照射组比较,表达差异有统计学意义(P<0.05).筛选15个MicroRNA组成的表达谱,对辐射损伤时间的判断有很好的效果,准确率90%以上.结论 MicroRNA在血中差异表达与辐射损伤有关,其有望成为由外周血检测辐射损伤的新标志物.

  • 三唑磷慢性暴露对大鼠肝脏基因表达的作用

    作者:应贤平;仲伟鉴;马国云;董竞武;姚小妹

    目的探索有机磷农药三唑磷低剂量慢性毒性作用相关大鼠肝脏基因表达谱变化及作用途径.

  • 中药复方牛贝消核提取物治疗结核病相关靶标的研究

    作者:凌彦博;梁艳;王小美;王兰;张俊仙;阳幼荣;白雪娟;陈实兵;刘军

    目的 研究中药复方牛贝消核提取物治疗结核病的相关靶标,阐明其作用机制.方法 9只小鼠分为正常组、结核模型组和牛贝消核治疗组,每组3只.结核模型组和牛贝消核治疗组经尾静脉注射5×105 CFU(菌落形成单位)的结核分枝杆菌H37Rv标准株的悬液感染7d后,牛贝消核治疗组用牛贝消核水提取物进行灌胃.治疗12周后,杀鼠采血至抗凝管,提取小鼠全血总RNA,反转录后与小鼠基因表达谱芯片杂交,应用IPA(Ingenuity Pathway Analysis)数据库分析、比较各组间的基因表达结果,以差异变化倍数≥2.0作为基因表达明显上调或下调的判断标准.结果 结核模型组和正常组基因表达谱比较共有差异表达基因5647条,其中2898条上调,2749条下调.结核模型组和牛贝消核治疗组比较共有差异表达基因7051条,3454条基因上调,其中涉及多个免疫相关因子;3597条基因下调,c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)信号通路明显抑制下调.结论 牛贝消核提取物具有明显的免疫调节作用,具有下调JNK信号通路、抑制炎症的作用.

  • 牛分枝杆菌感染巨噬细胞(THP-1)全基因表达谱变化的研究

    作者:高峰;李卫民;李传友;刘毅;孙照刚;张健源;姜平;范伟兴

    目的 分析可用于牛结核病免疫学诊断的候选靶标,同时初步探讨由牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)引起人结核病的免疫学发病机制.方法 牛分枝杆菌(AF 2212/97)和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis(H37 Rv))感染人的模式巨噬细胞(THP-1),采用含有22 000个基因全长的基因芯片分析感染72 h后的THP-1细胞全基因组的在转录水平的表达谱变化.在确定所分析的芯片的特异性和稳定性均达到要求的基础上,通过GO显著性统计分析,研究表达变化的基因所对应蛋白的分子功能,生物过程以及细胞组分;进一步采用Pathway显著性统计分析,研究表达差异蛋白之间的相互作用.结果 感染H37Rv后的THP-1细胞,存在290个差异基因表达,其中170个上调表达,120个下调表达,与以往的结果类似.牛分枝杆菌感染的THP-1细胞中有1 899(8.6%)个基因差异表达,其中1 075个基因被上调表达(56.6%),其他43.4%被下调.1 899个基因中1 674个在GenBank有记录,263个是新基因,,基质金属蛋白酶12(H200000442)被上调达60.4921倍;下调幅度大的蛋白丝氨酸/半胱氨酸抑制酶(H200006177)被下调6.29倍.采用GO分析发现,这些基因对应的多为炎症因子蛋白、凋亡蛋白、细胞外基质蛋白、T细胞受体信号通路相关蛋白等.其中与炎症相关的的蛋白有47个,如TNF、IL8、CXCL3、CCL8、CCL7、IFNK、IL-26、CCL28等.随后的Pathway分析差异表达基因对应的2 014个蛋白,展示了一系列的引起结核病发病的重要信号传导通路.结论 基因表达谱研究可为牛结核病发病机制及其诊断研究提供大量有益的生物学信息.

  • 分离鉴定结核分支杆菌索状结构基因

    作者:高谦

    目的:通过比较具有不同索状结构表型菌株的基因表达谱,分离鉴定可能的索状结构基因.

  • 五子衍宗丸和金匮肾气丸促进小鼠生精能力恢复基因表达谱的研究

    作者:王宁;魏刚;陈西华;贺斌;王尚明;张斌;张树成;王介东

    目的:对五子衍宗丸和金匮肾气丸促进无精子症模型小鼠生精能力恢复的睾丸全基因表达谱进行比较分析,获得2中药改善生精能力的差异表达基因.方法:白消安致小鼠无精子症模型灌胃给予五子衍宗丸(生药0.048g/日/只)和金匮肾气丸(生药0.04g/日/只)78天(2个生精周期),以正常动物为对照,通过基因芯片技术进行数据分析.结果:在检测的31 722个基因中,给药小鼠与正常对照组比较,有32个共同上调的基因,12个共同下调的基因;五子衍宗丸组均表现为以基因下调为主,金匮肾气丸组均表现为以基因上调为主.利用KEGG进行Pathway分析五子衍宗丸和金匮肾气丸基因表达谱的数据,差异表达基因主要分布于脂肪细胞因子信号通路、细胞周期、MAPK信号通路、Wnt信号通路、Notch信号通路、Ecm受体作用、Jak - Stat信号通路、细胞因子-细胞因子受体作用等8个信号通路.结论:两种经典补肾中药均具有较强的、明确的促进生精功能恢复的作用,但对睾丸生精能力的恢复作用明显不同.五子衍宗丸可能通过刺激小鼠的免疫功能,促进生精能力的恢复,而金匮肾气丸通过影响细胞增殖相关的多个信号通路刺激生精细胞的再生.

  • 类风湿关节炎关节滑膜细胞基因表达谱与发病机制分析

    作者:李勋嘉;李龙

    类风湿关节炎(RA)属于常见疾病,多有关节滑膜病变,尤其是反复发作的滑膜炎会导致关节软骨与骨破坏,需加强本病关节滑膜细胞基因表达谱及其发病机制研究,才能为临床诊治提供更好的依据.但目前国内有关于类风湿性关节炎关节滑膜组织细胞基因的研究甚少,本文进行了浅要分析,希望对相关工作有所帮助.

  • 天花粉蛋白诱导人宫颈癌HeLa细胞调亡的分子机制研究

    作者:黄益玲;胡火军;黄利鸣

    目的:利用基因芯片技术研究天花粉蛋白对人宫颈癌Hela细胞基因表达谱的影响,以深入探讨其作用的分子机制.方法:提取药物处理前后HeLa细胞RNA并逆转录成cDNA,在获得的cDNA上分别标记CY3和CY5两种荧光物质,然后与BiostarH-I 表达谱芯片杂交,扫描后对获得的数据用GenePix Pro 3.0软件分析.结果:两组间存在差异性表达基因78条,其中与细胞黏附及细胞间相互作用相关的MGST3、LGALS3BP等16条基因表达下降,与细胞凋亡密切相关的NOP56、TNFSF10、CASP9、DFFB等62条基因表达上调.结论:基因芯片技术能高通量分析天花粉蛋白作用于HeLa细胞的相关靶基因,为进一步揭示天花粉蛋白的抗癌机制提供了新的思路.

  • 中国食管癌分子流行病学研究

    作者:林东昕;谭文;陆士新;邢德印

    食管癌是我国常见的癌症之一,目前其临床治疗效果还相当有限,5年生存率不到15%.我国研究者对食管癌进行了长期的研究并取得显著成绩,提出环境因素是食管癌病因的假说.然而,同样暴露于相似环境因素的人群,却只有少数人发生食管癌,提示个人的遗传因素对食管癌发生可能有重要作用.目前普遍认为食管癌是多因素作用,多基因参与,多阶段发展的疾病,然而其发生和发展的确切机制仍未阐明.已有许多研究探讨了食管癌中癌基因和抑癌基因的改变[1],有人用cDNA芯片分析食管癌变不同阶段的基因表达谱[2],这些研究有助于认识食管癌的生物学性质以及发生和发展过程中的分子生物学的改变.近有人对我国北方食管癌家族聚集性进行研究,认为存在高度外显的易感基因[3],另一研究也提示林县食管癌符合孟德尔常染色体隐性遗传[4].然而,至今尚无直接证据证明确实存在高度外显的食管癌易感基因.我们设想,即使存在这种高度特异的易感基因,也可能只局限于一些家族性食管癌,正如BRCA1/2与乳腺癌一样;而大多数散发性食管癌更可能是一系列多态性相关基因之间以及这些基因与环境之间相互作用引起的.

  • 基因表达谱标签

    作者:方福德

    关键词: 基因表达谱
  • 功能基因组学(functional genomics)

    作者:方福德

    研究基因组功能表达的一门分支学科。研究的主要内容有:基因(包括疾病基因)的识别、鉴定和克隆(包括新策略、新技术、新方法的创立和各种基因组数据的建立);基因结构与功能及其相互关系的研究(包括基因变异体的系统鉴定和目录的绘制、基因表达谱的编制、基因结构-功能关系的鉴定、基因相互作用网络图的编制及与防病治病相关的基因研究等);基因表达调控的研究。

  • 囊型包虫病患者包囊钙化相关基因研究

    作者:尹媛婕;张强;杨银学;杨书鲲;王海丰;施锦绣;王志敏;杨延辉;林源

    目的 探寻与囊型包虫病患者包囊钙化相关的基因,从分子生物学水平提供判断患者预后情况的依据.方法 于2013年6月至2014年12月,收集前往宁夏3家医院就诊的32例囊型包虫病患者(10例进行mRNA基因芯片分析,22例进行Real-time PCR分析)和11例肝囊腺瘤患者的肝组织.采用基因表达差异显著性分析方法对10例囊型包虫病患者(钙化组与非钙化组各5例)的基因表达差异进行分析和筛选,用倍数变化衡量同一基因在两组之间表达量的变化情况.采用Real-timePCR在22例囊型包虫病患者(钙化组与非钙化组各11例)之间进行验证,以GAPDH作为内参基因,并用11例肝囊腺瘤患者进行标化,计算钙化组和非钙化组之间半乳糖凝集素4(LGALS4)和酸性神经酰胺酶(ASAH1)的相对表达量,并采用t'检验比较两组的差异.结果 经基因表达谱芯片筛选出5个表达有显著性差异的基因,且都在钙化组中表达下调,其中LGALS4和ASAH1下调程度较明显,倍数变化分别为0.008 8和0.020 3.Real-time PCR验证结果显示,LGALS4在钙化组的相对表达量为0.49±0.27,非钙化组为2.70±2.61,差异有统计学意义(t=-2.59,P=0.026);ASAH1在钙化组的相对表达量为1.36±0.33,非钙化组为1.68±0.67,差异无统计学意义(t=-1.44,P=0.167).在非钙化组中,LGALS4和ASAH1的表达量波动范围较大,且两者表达量变化的趋势呈正相关(r=0.91,P=O.001),即LGALS4表达量较低的患者其ASAH1表达量也相对较低.结论 LGALS4和ASAH1在发生钙化的囊型包虫病患者中低表达,可能成为判断囊型包虫病自愈倾向的标志基因.

  • 从全基因表达谱角度探讨理冲汤抑制人子宫肌瘤细胞的作用机制

    作者:韩虹娟;李冬华;钱睿亚;许昕;黄玉华;倪婧;张武芳;耿建国;赵文景

    目的:从全基因表达谱角度探讨理冲汤抑制人子宫肌瘤细胞的作用机制。方法采用胶原酶消化法培养子宫肌瘤细胞,并给予理冲汤大鼠含药血清进行干预,提取肌瘤细胞总RNA,运用Affymetrix GeneChip PrimeViewTM全基因芯片检测基因表达谱的变化,并进行差异表达基因、基因本体(gene ontology,GO)、信号通路等方面的分析,后采用实时定量PCR(Realtime PCR, RT-PCR)对差异基因的表达进行验证。结果结果显示,理冲汤组与空白对照组比较后差异表达基因数量为1154个(P<0.05,上调基因Fold change>1.5,下调基因Fold change<0.5),其中上调基因630个,下调基因524个;富集的GO功能共有119条,主要涉及到细胞外基质的改变、细胞凋亡的诱导、细胞黏附等多方面的功能;差异基因富集的信号通路有73条,同时,RT-PCR验证结果也与基因芯片结果趋势一致。结论理冲汤对人子宫肌瘤的治疗作用机制是通过对多基因、多功能、多信号通路的调控而实现的。

  • 糖心康对糖尿病大鼠心肌基因Alox 12mRNA表达的影响

    作者:姜德友;白玉宾;柳成刚;王兵;刘春红;刘征;姚丽;王俊霞;周雪明;fetherston R.;江正龙;张海丽;王书慧;解颖

    观察中药复方糖心康对糖尿病心肌损伤大鼠的作用机理.方法:采用链脲佐菌素(STZ)加高热量饮食建立糖尿病大鼠心肌损伤模型.采用美国Affymetrix Rat2302.0基因表达谱芯片及聚类分析,筛选差异表达基因,采用荧光定量RT-PCR法验证.结果:花生四烯酸12-脂加氧酶mRNA(Alox12mRNA)是筛选出的差异表达基因.在糖尿病状态下,Alox12 mRNA基因表达上调,经糖心康治疗后表达下调.结论:Alox12 mRNA和糖尿病心肌损伤有重要相关性,糖心康对其有良性调节作用.

  • 淫羊藿总黄酮延缓衰老的研究

    作者:沈自尹

    目的:淫羊藿总黄酮(EF)延缓人胚肺二倍体成纤维细胞衰老及神经内分泌、免疫衰老的机制.方法:采用含EF的血清对人二倍体成纤维细胞2BS细胞株进行处理,观察2BS细胞寿命;采用荧光实时定量PCR法检测p16基因mRNA的表达;ELISA法检测细胞总视网膜母细胞瘤蛋白(Rb)和磷酸化Rb蛋白的含量;TRAP-Hyb单管一步法检测细胞端粒酶活性;端粒限制性片段(TRF)Southern blot法检测2BS细胞端粒长度变化.采用基因芯片技术,检测下丘脑、垂体、肾上腺、脾脏淋巴细胞的基因表达谱.结果:EF能够延长2BS细胞的传代寿命;下调2BS细胞p16基因mRNA的表达;增加磷酸化Rb蛋白的含量;延缓衰老细胞端粒长度的缩短,并未激活细胞端粒酶活性;EF上调HPAT轴多种神经递质、激素、细胞因子或其受体表达.结论:淫羊藿总黄酮通过抑制p16基因表达,促进磷酸化Rb蛋白的产生,从而延缓衰老细胞端粒长度的缩短,发挥延缓细胞衰老的作用.EF能上调神经递质受体的表达并通过NEI网络的下行通路激活神经内分泌和免疫系统;通过下调促凋亡、抗增殖基因,上调抗凋亡、促增殖基因的表达,重塑淋巴细胞基因表达的平衡,延缓免疫衰老.

  • 慢性乙型肝炎中医"证"分型的方法学探讨

    作者:陈勇;韩凤梅;李瀚旻

    本文介绍了中医证研究的进展,探讨了中医证研究的方法学问题,针对慢性乙型肝炎中医"证"分型的分子基础研究问题,提出了用现代生物芯片技术开展此项研究的基本思路,即采用基因表达谱芯片技术对比研究慢性乙型肝炎病程进展中不同"证"的基因表达谱差异,探讨慢性乙型肝炎中医"证"分型的基因调控网络.

  • 逆灸“天枢”穴干预大鼠结肠组织基因表达谱的实验研究

    作者:黄艳;顾沐恩;翁志军;张建斌;施茵;马喆;窦传字;刘慧荣;吴焕淦;王晓梅;李璟

    目的:探讨逆灸“天枢”穴干预对健康大鼠结肠组织基因表达谱的影响,本文首次从转录组学的角度探讨逆灸的作用机制。方法:16只成年的雄性 SD 大鼠随机分成2组,正常组(NC)、正常+隔药灸组(NM),采用隔药灸天枢穴(双侧)7 d,在2%戊巴比妥钠麻醉下获取结肠组织。从大鼠的一般状况、体重、结肠组织病理学,观察隔药灸天枢穴对健康的正常大鼠的效应。每组各取3只提取总 RNA,采用 RNA-seq 的高通量测序的方法检测结合生物信息学,分析结肠组织的mRNA 表达谱。结果:与 NC 组比较,隔药灸不导致的健康大鼠体重降低,不影响结肠组织病理学形态观察。与 NC 组比较,NM组的结肠组织差异表达基因有866个,其中上调604个,下调262个。差异表达基因涉及的基因本体(GO)主要与细胞周期、免疫分子和蛋白质生物过程相关,基因通路(Pathway)主要与机体免疫和蛋白质代谢相关。结论:艾灸“天枢”穴不损伤健康成年大鼠的结肠组织的形态,或能通过影响结肠组织的差异表达基因的生物学过程及通路,调节机体免疫功能而发挥艾灸保健与养生的作用。

  • 逍遥散对肝郁脾虚证大鼠下丘脑基因表达谱的影响

    作者:李晓红;陈家旭;孔鹏云;肖艳芬;杨力强

    目的:在全基因组水平上系统探讨逍遥散对慢性束缚应激肝郁脾虚证大鼠下丘脑基因表达谱的影响及其抗应激调节机制.方法:采用Agilent大鼠全基因组表达谱芯片检测慢性束缚应激肝郁脾虚证大鼠模型(每天束缚3 h,连续21 d)正常组、模型组、逍遥散组(大、中、小剂量)下丘脑基因表达的差异,筛选出组间两两比较的差异基因表达谱,并利用生物信息学技术对差异基因表达谱进行GO功能分析、信号通路分析.结果:模型组、逍遥散大、中、小剂量组具有不同的差异基因表达谱,多条生物过程和信号通路的功能被显著上调或下调,其中模型组、逍遥散大、中、小剂量组差异基因参与的显著生物过程分别有909、712、516、1322个功能基因群,参与的显著信号通路分别有60、57、41、90条.结论:肝郁脾虚证具有下丘脑差异表达基因组学背景,逍遥散大、中、小剂量对肝郁脾虚证大鼠下丘脑众多差异表达基因及功能改变的信号通路、生物过程均有一定的干预作用,大剂量和中剂量结果显示优于小剂量.

  • 逍遥散对肝郁脾虚证大鼠胃组织基因表达谱的影响

    作者:李晓红;陈家旭;张煜;臧知明;杨力强

    目的:在全基因组水平上系统探讨逍遥散大、中、小剂量对慢性束缚应激肝郁脾虚证大鼠胃组织基因表达谱的影响及其抗应激调节机制.方法:采用Agilent大鼠全基因组表达谱芯片检测慢性束缚应激肝郁脾虚证大鼠模型(每天束缚3 h,连续21 d)正常组、模型组、逍遥散组(大、中、小剂量)胃组织基因表达的差异,筛选出组间两两比较的差异基因表达谱,并利用生物信息学技术对差异基因表达谱进行GO功能分析、信号通路分析.结果:模型组、逍遥散大、中、小剂量组具有不同的差异基因表达谱,多条生物过程和信号通路的功能被显著上调或下调,其中模型组、逍遥散大、中、小剂量组差异基因参与的显著生物过程分别有597、1216、817、924个功能基因群,参与的显著信号通路分别有27、60、41、59条.结论:肝郁脾虚证具有胃组织差异表达基因组学背景,逍遥散大、中、小剂量对肝郁脾虚证大鼠胃组织众多差异表达基因及功能改变的信号通路、生物过程均有一定的干预作用,中剂量结果显示优于大剂量和小剂量.

  • 加味四物汤对自发性高血压大鼠心肌基因表达谱的影响

    作者:毛秉豫;谢东霞

    目的:观察加味四物汤对自发性高血压大鼠(SHR)的心肌组织基因表达谱的影响.方法:提取实验组和对照组SHR心肌组织RNA,用Cy-5,Cy-3逆转录荧光标记制作cDNA探针与表达谱基因芯片杂交,Scan Array4000扫描仪扫描杂交信号荧光强度,Ima GENE3.0软件分析扫描结果,筛选比率在0.5至2.0范围之外差异表达的基因.结果:在阳性基因重叠的18条基因中,高表达的有4条,低表达的有14条.结论:该方作用靶点较多,可上调或下调SHR的某些与生物酶、心肌纤维化、脂肪酸代谢有关基因的表达,这可能是该方产生药理作用的重要因素.

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