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间隔区寡核苷酸分型法用于99株结核分枝杆菌杭州临床分离株的基因分型研究
目的 用间隔区寡核苷酸分(Spoligotyping)鉴定杭州结核分枝杆菌临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据.方法 收集结核分枝杆菌杭州临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型检测.基因聚类分析采用BioNumerics(Version 5.0)软件.结果 共在杭州市收集到99株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(Non-Beijing family),分别占64.65%(64/99)和35.35%(35/99),20种基因型,其中9株为独特类型,剩余90株分为11簇.北京家族菌株中,89.06%(57/64)为典型北京家族(Typical Beijing family),35株非北京家族菌株可分为16个基因型,10株为独特的基因型.结论 杭州结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,北京家族菌株占优势,但非北京家族菌株基因多态性更显著.
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耐多药结核分枝杆菌二线药物耐药相关基因的分析
目的 分析临床分离的耐多药结核分枝杆菌的3种二线抗结核药物[卷曲霉素(CAP)、卡那霉素(KAN)和氧氟沙星(OFX)]耐药相关基因的分子特征,及其与不同Spoligotyping基因型的相关性.方法 对临床分离的128株耐多药结核分枝杆菌进行Spoligotyping分型,并对其5个基因区域(tlyA、eis、rrs、gyrA和gryB)进行聚合酶链反应测序和分析.结果 在60.0％(6/10株)的CAP耐药和0.8％(1/118株)的CAP敏感菌株中存在rrs-A1401G突变;在84.6％(11/13株)KAN耐药菌株在rrs基因或eis启动区存在突变,其中有53.8％(7/13株)存在rrs-A1401G突变,23.1％(3/13株)存在eis-C(-10)A突变,7.7％(1/13株)存在eis-G(-14)T突变,3.5％(4/115株)的KAN敏感菌株存在eis-C(-12)T突变.在83.3％(53/60株)的OFX耐药菌株中存在gryA基因突变,常见的突变发生在第94位密码子(37/60株,61.7％),其次为第90位密码子(12/60株,20.0％).还有5.0％(3/60株)的菌株存在gryB基因突变.共有84.4％(108/128株)的菌株被鉴定为北京基因型,没有发现菌株的基因型与耐药相关突变位点间存在关联性.使用核酸测序检测CAP、KAN和OFX耐药的敏感度和特异度分别是60.0％和99.4％、84.6％和99.4％、90.0％和100.0％.结论 耐多药菌株中常见的基因突变位点是:rrs-1401、eis-10,以及gvA-94、-90和-91.这些结果为结核分枝杆菌相关药物耐药性的快速检测提供了良好的基础.
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新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征比较研究
目的 比较研究新疆维吾尔自治区与甘肃省部分地区结核分枝杆菌分子流行病学特征.方法 2008年3-12月从新疆维吾尔自治区与甘肃省的3个县(区)收集痰涂片阳性的结核病患者的临床分离株.收集患者的性别、民族、病史、菌株耐药谱和菌株来源资料.药物敏感性实验采用比例法.运用实时荧光定量PCR (Realtime PCR)和结核分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU-VNTR)基因分型方法鉴定北京基因型及亚型菌株并绘制系统发育树.结果 在146份结核分枝杆菌分离株中,北京/W系结核分枝杆菌84株,占57.5%.其中较现代的W菌/典型北京家族菌株66株,占78.6%.MIRU-VNTR基因分型方法将146株菌株分成140个基因型,其中包括134个独特型,6个成簇的基因型.结论 在甘肃采样地区,北京/W系的流行呈现明显优势,其中较为现代的W菌/典型北京家族菌株的流行又呈较为明显的优势;而在新疆采样地区,以非北京/W系菌株流行为主,两地结核分枝杆菌分子流行病学特征有明显区别.
关键词： 结核分枝杆菌 北京基因型 MIRU-VNTR基因分型 -
利用多重PCR方法快速鉴定结核分枝杆菌北京基因型菌株
目的 建立结核分枝杆菌北京基因型菌株快速鉴定方法,研究该家族在人群中的流行传播的规律和特点.方法 采用间隔区寡核苷酸(spoligotyping)分型与多重PCR方法分别对临床分离的112株结核分枝杆菌进行北京基因型菌株鉴定.结果 在分析的112株结核分枝杆菌中,107株为北京基因型,多重PCR鉴定结果与Spoligotyping分型符合率为100%.结论 与spoligotyping分型相比,多重PCR技术可以快速地区分北京基因型与非北京基因型株,且方法简单,更适于基层试验室中对北京基因型结核分枝杆菌在人群中的流行进行大规模监测.
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湘南地区煤矿从业人员结核病流行菌株及耐药情况分析
目的:调查湘南地区煤矿从业人员结核病患病及结核分枝杆菌流行和耐药情况,为煤矿从业人员结核病的防治提供依据.方法:收集本地区确诊的有煤矿从业史(≥1年)的结核病患者痰液标本,分离培养和抗结核药物耐药性检测.结果:共收集痰标本436份,镜检阳性率为39.91%,培养阳性率25.92%,耐药率25.66%.初治病例组镜检和培养阳性率均高于复治病例组,单耐药及多耐药率均低于复治病例组.结论:本地区煤矿从业人员结核病以北京基因型结核分枝杆菌感染为主,且复治病例耐药率明显高于初治病例,应加强对煤矿从业人群的结核病防控.
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70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究
目的 了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况,并分析北京家族菌株与耐药的相关性.方法 收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株,常规罗氏培养基培养,应用Spoligotyping进行基因分型研究,聚类分析采用BioNumerics软件,统计学分析采用卡方检验.结果 70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(Non-Beijing family),分别占70%(49/70)和30%(21/70),18种基因型,其中12株为独特类型,剩余58株分为6簇.北京家族菌株中,89.8%(44/49)为典型北京家族(typicalBeijing family),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为13个基因型,9株为独特的基因型.北京家族菌株中表现为全敏感者71.4%(35/49),表现为耐药者为28.6%(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7%,表现为耐药者为33.3%,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(x2=0.158,P>0.05).结论 北京家族菌株为浙江的流行优势菌株.北京基因型与耐药无明显相关性.
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158株结核分枝杆菌北京基因型的耐药特征研究
我国是结核病高耐药国家,而高耐药率给结核病患者的治疗带来很大困难,并对其流行产生严重影响.本研究同时采用IS6110-RFLP、spoligotyping对结核分枝杆菌进行基因分型,探讨不同地区不同基因型的耐药特点及北京基因型与4种药物[利福平(RFP)、异烟肼(INH)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EM8)]耐药的关系.
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MIRU-VNTR和Spoligotyping用于重庆地区210株儿童结核分枝杆菌临床分离株的基因分型
目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和基于结核分枝杆菌散在分布数目可变串联重复序列分析(MIRU-VNTR)方法在重庆地区儿童结核病分子流行病学中的应用.方法 收集重庆地区210株儿童结核分枝杆菌(MTB)临床分离株,应用上述两种分型方法进行比较分析.结果 采用Spoligotyping分型方法,210株菌可分为2个基因群44种基因型,其中大的1个基因群即北京家族(北京基因型)含有130株菌(61.90%).采用MIRU-VNTR分析发现24个位点的多态性差异较大,不同MIRU位点组合(12、15和24位点)的分辨率指数依次升高,后两个组合的差异是由位点ETR-B引起.各位点和各位点组合在北京家族菌株中的分辨率指数均高于非北京家族菌株.结论 重庆地区儿童MTB具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族.在结核病原学监测中,可先采用Spoligotyping,再对成簇菌株进行15位点与ETR-B组合二次分型的联合分型策略,可提高分子流行病学调查效果.
关键词： 结核分枝杆菌 北京基因型 数目可变串联重复序列 间隔区寡核苷酸分型 儿童 -
天津地区临床分离结核分枝杆菌分型的初步研究
目的 探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征.方法 连续收集天津市海河医院2005年8月16日-11月25日就诊患者痰培养阳性的结核分枝杆菌100株,采用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)和多位点可变串联重复序列(VNTR)两种方法进行基因分型,并运用软件对二者的结果进行分析.依据北京分化支的定义,运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌/典型北京家族菌株和非典型北京菌株,χ2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系.结果排除污染菌株,共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型,spoligotyping结果 91.7%为北京基因型(含3株类北京基因型)结核分枝杆菌(88/96).VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型.在北京分化支结核分枝杆菌中,W菌/典型北京家族菌株占93.2%(82/88).两种北京分化支亚群与患者年龄及耐药性之间差异无统计学意义(P＞0.05).结论 天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中,北京基因型呈现较为明显的优势.VNTR的分辨率明显高于spoligotyping.北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均有流行,但以W菌/典型北京家族菌株为主.
关键词： 结核分枝杆菌 北京基因型 北京分化支 W菌/典型北京家族菌株 非典型北京菌株 -
云南省部分地区结核分枝杆菌北京基因型流行情况分析
目的 了解结核分枝杆菌(MTB)北京基因型在云南省不同地区及民族间的分布特征. 方法 利用RD105基因缺失法对分离自云南省曲靖、普洱、西双版纳等6个州(市)结核病患者的245株MTB进行北京基因型鉴定,确定北京基因型菌株在不同州(市)及民族间所占比例. 结果 培养分离的245株MTB经PCR扩增鉴定,其中146株为北京基因型(占59.59％).其中以曲靖市北京基因型菌株所占比例高,为82.61％,德宏州占81.82％,丽江市占77.78％,普洱市占51.16％,西双版纳州占37.14％,临沧市占37.04％.不同民族来源的MTB北京基因型分布不同,景颇族和傈僳族来源菌株北京基因型占比高,分别为90.00％ (9/10)和100％(9/9);哈尼族、彝族和傣族来源菌株占比低,分别为34.78％(8/23)、47.62％(10/21)和48.00％(12/25). 结论 云南省MTB北京基因型在呈多态性分布,不同地区及民族来源的MTB北京基因型分布不同.
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德国分离出北京基因型耐多药结核分枝杆菌株
背景:德国1 995年至2001年.目的:确定在德国分离出的451株耐多药结核分枝杆菌株间的基因相关性,以及鉴定北京基因型菌株.设计:所有菌株均行IS6110指纹及簇型分析.成簇的分离菌株作为近期传播的尺度.结果:433株中有214株(49.4%)具有4个以上IS6110拷贝,构成了46个指纹簇型,包含2-32例病人.以经典的流行病学资料为基础,39例病人(18.2%)、在14个簇型(30.4%)间建立了传播联系,还包括3例MDR-TB(耐多药结核杆菌)的外源性再感染.有175株(38.8%)为北京基因型菌株,并呈逐年增长趋势,从1995年的19.2%增至2001年的58.3%.这些病例约70%在国外主要是前苏联出生. 结论:MDR-TB菌株的传播看来是导致德国MDR-TB播散的原因.MDR-TB菌株的外源性再感染应考虑为治疗失败的可能原因.高比例的MDR-TB菌株很可能是由前苏联传入,北京基因型菌株说明了MDR-TB在德国增长的原因之一.
关键词： 结核分枝杆菌 北京基因型 IS6110限制性片段多态性 耐多药 流行病学 -
北京基因型是哈萨克斯坦耐药结核病的主要原因
地点:哈萨克斯坦的9个州,2001年.目的:分析哈萨克斯坦的耐药结核杆菌分离株的遗传学联系,确定北京基因型的频率.设计:对2001年全国耐药监测中9个州的所有耐药涂阳病例进行IS6110指纹和间隔区寡核苷酸分型法(spoligotyping)分析.分离株来自150名病人(64名初治,86名复治病人).结果:8例(5.3%)为重复感染.其余142株,91株(64.1%)分布在18个簇,提示耐药结核病的近期传播率很高.这一结果通过分析成簇菌株相似的耐药谱及病人的来源得到更进一步的证实.而且,成簇菌株中1/3以上为新病例.其中,70%为北京基因型,而对照组40例敏感株中只有37.5%为北京基因型.结论:耐药结核病的传播是此结核病高发区耐药菌株传播所致.可以看出,北京基因型是引起哈萨克斯坦耐药结核病的主要原因,北京基因型和耐药相关.
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2000年中国结核病流行病学抽样调查菌株分子流行病学特征
目的:判定北京基因型结核分枝杆菌在中国结核分枝杆菌复合群中的群结构特征.设计:采用spo1igotyping和IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)方法对441株分枝杆菌分离株行基因分型鉴定.分离株取自2000年中国结核病流行病学抽样调查,耐药性和流行病学资料已知.结果:spoligotyping法共鉴定408株结核分枝杆菌,其中北京基因型结核分枝杆菌占64.9%(265/408).卡方检验北京基因型结核分枝杆菌在性别、年龄、地区所占的比例没有统计学显著性差异,但是耐多药(MDR)有统计学显著性差异.北京基因型在耐多药和药物敏感性分离株中所占的比例分别为77.8%(42/54)和60.2%(213/354).多元回归分析提示北京基因型与不同地区存在联系,但与耐多药无关.结论:北京基因型结核分枝杆菌在中国流行至少50年,并且与地区有关.
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北京基因型结核分枝杆菌感染THP-1细胞系表达谱的研究
目的 通过分析不同结核分枝杆菌感染巨噬细胞后表达谱的改变,探讨结核病(tuberculosis,TB),尤其是北京基因型结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis M.tb)感染的结核病免疫发病机制.方法 具有IS6110 DNA RFLP和Spoligotyping基因分型结果的265株北京基因型结核分枝杆菌(简称M.tb Beijing genotype)鉴定自2000年中国结核病流行病学抽样调查(简称2000年流调),采用平均连锁方法计算北京基因型结核分枝杆菌中心菌.结核分枝杆菌(M.tb H37Rv)、牛分枝杆菌(M.bovis)标准菌株和M.tb Beijing genotype感染THP-1细胞,采用基因芯片分析其表达谱的改变.结果 输入MAS系统,行进一步的分析.结果 依据计算原则,相似系数大为0.514,其对应菌株为结核分枝杆菌北京基因型中心菌株.分枝杆菌感染THP-1细胞后相应的芯片结果具有可靠性和可分析性.M.tb H37Rv、M.bovis、M.tb Beijing genotype感染THP-1细胞的共同表达293个基因.共同表达基因的GO和pathway分析,发现一些不为人特别关注,但对结核免疫有一定作用的信号通路,例如B细胞受体信号通路.M.tb H37Rv、M.tb Beijing genotype感染THP-1细胞差异表达基因包括:tnf,tnfrsf 9,pim-1,icam-1和cd48.结论 2000年结核病流调以中国人口为整体,采用分层整群随机抽样.因此获得的M.tb Beijing genotype中心菌株具有中国代表性.293个基因可作为筛选用于菌阴结核病诊断的候选靶标.对这些差异表达基因涉及的信号通路,例如:JAK-STAT信号通路和自然杀伤细胞介导的细胞毒性以及TNF的深入分析,将对理解M.tb Beijing genotype免疫毒性特征有益.
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结核分枝杆菌对人急性白血病单核细胞株THP-1凋亡和死亡水平的影响
目的 通过对不同毒力的结核分枝杆菌感染细胞后的细胞凋亡和死亡程度的检测,以期发现结核分枝杆菌和细胞相互作用的新的方向和观点,以及对结核病免疫学发病机制的新认识.方法 选用不同毒力的结核分枝杆菌H37Ra、H37Rv及北京基因型敏感菌株(BJTB)分别感染人的巨噬细胞THP-1细胞株,模拟细胞体外感染的过程.以流式细胞仪检测细胞凋亡水平,免疫荧光检测细胞的凋亡蛋白的分布,末端脱氧核糖核酸转移酶介导的dUTP缺口末端标记染色检测细胞晚期凋亡的变化,台盼兰染色检测细胞死亡水平的变化.结果 H37Ra引起THP-1细胞的凋亡水平高,H37Rv次之,BJTB引起的凋亡水平低.BJTB引起的死亡水平高,H37Rv次之,H37Ra低.结论 毒力不同的结核分枝杆菌刺激细胞后和细胞的相互作用不同,毒力越高引起的凋亡水平越低,毒力越低引起的凋亡水平越高;对死亡水平的影响是毒力越高的结核分枝杆菌引起的死亡水平越高,毒力越低引起的死亡水平越低.
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结核分枝杆菌北京基因型菌株与耐药表型的关系
目的 研究我国结核分枝杆菌北京基因型菌株的分布以及与耐药表型的关系.方法 2008年4～12月从我国6个区域收集痰涂片阳性的结核病患者的临床分离株,每一患者的一份分离株经生化方法鉴定为结核分枝杆菌复合群.收集患者的性别、年龄、病史、菌株耐药谱和菌株来源资料.药物敏感性实验采用比例法.运用间隔区寡核苷酸分型方法或基因dnaA-dnaN之间插入序列136110鉴定北京基因型菌株.结果 在410份结核分枝杆菌分离株中,67.1%(275/410)的分离株属于北京基因型菌株,东北部区域感染北京基因型菌株患者的比例高于中西部区域(χ2=20.50,P=0.000).患者的年龄、性别和治疗史与感染北京基因型菌株无关.在耐多药菌株和耐利福平菌株中,北京基因型菌株的比例显著高于非北京基因型(P=0.002,P=0.005).结论 患者的年龄、性别和治疗史与感染北京基因型菌株无关,东北部区域北京基因型菌株分布比例显著高于中西部区域.北京基因型菌株与利福平耐药和耐多药有关.
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应用Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究
目的 使用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型.方法 收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究.基因聚类分析采用BioNumerics软件.结果 共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌f临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)或称北京基因型(Beijing genotype),非北京家族(non-Beijing family),分别占89.5%(298/333)和10.5%(35/333),29种基因型.其中22株为独特类型,余311株分为7簇.北京家族菌株中,95.0%(283/298)为典型北京家族,非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为19个基因型,16株为独特的基因型.结论 吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性.
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辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同
目的 探讨辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同.方法 选取辽宁省各市结核病防治所经菌种鉴定得到的144株结核分枝杆菌菌株,以及84株来自日本神奈川县卫生研究所的结核分枝杆菌菌株,采用以聚合酶链式反应(PCR)为基础的分型方法鉴定是否为北京基因型结核分枝杆菌.对引物4扩增辽宁省北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌的条带进行双向测序并比较.结果 144株辽宁省结核分枝杆菌中,北京基因型结核分枝杆菌129株(89.58％),非北京基因型结核分枝杆菌7株(4.86％),北京基因型结核分枝杆菌和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染8株(5.56％).引物4扩增辽宁省7株非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308bp条带,扩增129株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌菌株,116株(89.92％)北京基因型结核分枝杆菌出现270 bp左右条带.随机对3株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌的270 bp左右条带进行双向测序,序列一致,与非北京基因型结核分枝杆菌的308 bp条带序列不同.84株日本神奈川县的结核分枝杆菌菌株中,北京基因型结核分枝杆菌53株(63.10％),非北京基因型结核分枝杆菌31株(36.90％),引物4扩增日本神奈川非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308 bp条带,扩增北京基因型结核分枝杆菌无条带.结论 辽宁省以北京基因型结核分枝杆菌菌株流行为主,存在北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染.辽宁省流行北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点.
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RD105基因缺失法鉴定95株结核分枝杆菌北京基因型及其耐药相关性分析
目的 鉴定吉林省结核分枝杆菌(MTB)中的北京基因型及其与耐药性的关联.方法 95株结核分枝杆菌分离自2008-2009年吉林省临床肺结核病人的痰液标本,培养方法为改良酸性罗氏(L-J)培养基.分离出的抗酸杆菌经对硝基苯甲酸(PNB)培养基初步鉴定后选出结核分枝杆菌复合群并应用比例法进行药敏试验(DST).北京基因型的鉴定采用RD105基因缺失法.实验结果应用Epi Info统计软件和卡方检验进行分析.结果 95株结核分枝杆菌中,北京基因型占88.4％(84/95).北京基因型中,异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、卡那霉素和氧氟沙星的耐药率分别为31.7％、23.2％、15.9％、31.7％、13.4％和18.3％,均位于非北京基因型菌株耐药率的95％置信区间内.北京基因型中的多重耐药(MDR)结核(TB)率占19.5％,通过卡方检验与非北京基因型中的MDRMTB进行比较,差异无统计学意义(P＞0.05).结论 RD105基因缺失法是鉴定MTB北京基因型的简便、有效方法；北京基因型为吉林省结核分枝杆菌的优势株；北京基因型与非北京基因型耐药率无统计学意义上的差别.
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青浦区266株结核分枝杆菌基因分型及其与耐药表型关系研究
目的 探讨上海市青浦区流行的结核分枝杆菌(MTB)的主要基因型及其与耐药表型的关系.方法 分别提取266株MTB DNA,应用多重聚合酶链反应(PCR)对其进行分型(北京基因型/非北京基因型)鉴定;采用比例法对此266株菌株进行利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的药物敏感性试验:运用SPSS 17.0统计软件分析基因分型与患者性别、年龄的关系,以及基因分型与菌株耐药性之间的关系.结果 266株菌株中北京基因型242株(90.98％),非北京基因型24株(9.02％).北京基因型菌株的总耐药率为23.96％,耐多药率为9.91％,非北京基因型的总耐药率和耐多药率分别为29.16％和8.33％,两者差异无统计学意义(P均＞0.05).结论 北京基因型MTB可能是上海市青浦区的主要流行株,尚未发现北京基因型菌株和非北京基因型菌株在耐药方面有明显差异.
