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  • 内蒙古地区结核分枝杆菌串联重复序列基因多态性分析

    作者:苏云开;余琴;吕冰;马岩;连璐璐;杨晓敏;董海燕;刘耀;赵秀芹

    目的 了解内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)基因多态性和VNTR基因型构成,及不同VNTR位点在该地区结核分枝杆菌基因分型中的应用.方法 从内蒙古自治区结核病防治研究所收集临床分离的结核分枝杆菌菌株及其病例背景资料,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)对收集的菌株进行22个VNTR位点分析,计算Hunter-Gaston指数(HGDI),分析各个位点的分辨率,同时用BioNumerics软件对VNTR结果进行聚类分析.且统计学分析民族与主要基因型间的关系.结果 372株菌共分为308个基因型,47簇,261个独特基因型,成簇率为17.20%.22个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点VNTR3820(HGDI 0.838)的分型分辨能力高,MIRU23(HGDI 0.068)和MIRU27(HGDI 0.083)分型分辨能力较差.随着VNTR位点的增加,分型的分辨能力也有所提高.Ⅰ群基因型菌株与民族易感性的分析表明,汉族与蒙古族间Ⅰ群基因型菌株分布差异无统计学意义(x2 =0.337,P=0.561 >0.05).结论 内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,不同VNTR位点在内蒙古地区结核分枝杆菌中具有不同的分辨能力.且Ⅰ群基因型为该地区主要流行株,而Ⅰ群基因型菌株与民族易感性间无关联.

  • 可变数目串联重复序列在宁波地区结核分枝杆菌基因分型研究中的应用

    作者:车洋;于梅;纪威

    目的 应用可变数目串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对宁波地区138株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨宁波地区结核菌株DNA多态性和基因型特征.方法 根据文献选取7个分型效果较好的VNTR基因位点,应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,分析结核分枝杆菌DNA多态性.结果 共对138株结核分枝杆菌的7个VNTR位点进行了检测,共产生7个基因簇和123个独立基因型,成簇率为5.8%,VNTR -7位点基因分型技术分辨率指数(HGI)为0.9991,VNTR - 3820位点的多态性高.结论 宁波地区的结核分枝杆菌存在较高的基因多态性,且VNTR-7位点基因分型技术有较高的分辨力,适用于宁波地区结核病分子流行病学研究.

  • 不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究

    作者:陈海霞;蔡超;刘静仪;张治国;原梅;贾俊楠;孙照刚;黄海荣;高基民;李卫民

    目的 在规范化的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)基因分型的基础上,构建我国31个省(自治区、直辖市)VNTR数据库,每个省优化一套VNTR位点组合,为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据.方法 对2007-2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR(15-VNTR)基因分型.汉高指数(Hunter-Gaston Index,HGI)分析每个位点的分辨率.依据谱系流行特征,以分辨率高和稳定性强为原则,为各省设计一套VNTR优化组合(12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR),采用HGI和成簇率进行评价.结果 完成了涵盖率为96.36%(3 966/4 116)MTB完整15-VNTR图谱.发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点;QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB1 1b在部分地区遗传稳定性差.内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的优组合为10-VNTR,其他各省的佳组合为8-VNTR.结论 VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪;各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究.

  • 45个可变数目串联重复序列位点用于中国结核分枝杆菌基因型鉴定的分辨力评价

    作者:吕冰;李兆娜;刘梅;刘志广;赵秀芹;万康林

    目的 评价结核分枝杆菌基因组中串联重复序列(VNTR)位点在中国结核分枝杆菌临床分离株的分型鉴定的分辨力.方法 参考http://minisatellites.u_psud.fr/网站记载的位点选取其中VNTR位点,参照H37Rv结核分枝杆菌标准株全基因序列,利用DNAStar软件设计引物,采用PCR分别对中国结核分枝杆菌临床分离株和H37Rv标准株的VNTR位点进行检测,根据PCR凝胶电泳图片中各菌株相应位点扩增产物的大小,确定重复单元的重复次数.计算Hunter-Gaston指数来分析各位点的分辨能力,及各位点合并分辨力.结果 共检测135株中国结核分枝杆菌临床分离株和H37Rv标准株的45个VNTR位点.结果显示45个VNTR位点对136株菌的分辨力各不相同,Hunter-Gaston指数大者为0.814(0.797~0.830),小者为0.015(0.001~0.028),>0.5的有13个位点.位点的合并分辨力分析显示,随着位点数量增加,分辨力增强,如Qub11-b和Qub18两个位点合并分析,Hunter-Gaston指数为0.936,分组数为44组;Qub11-b、Qub18、Mtub21、Rv2372、MIRU26、Qub26、Qub4156c、Qub11-a和Qub15等9个位点合并分析,Hunter-Gaston指数已经达到1,组数为136组,表示已达到大分辨力,即株水平分型.结论 不同VNTR位点具有不同的分辨力.其分型分辨力,多位点联合明显好于单位点.Qub11-b等9个位点的合并分型能力较好,这些位点有利于结核分枝杆菌的分型研究.

  • 串联重复序列及其在鼠疫菌基因分型中的应用

    作者:付秀萍;俞东征;海荣

    串联重复序列广泛的存在于真核生物和原核生物基因组中,早在1960年后期人们就在真核生物基因组中得到了大量的串联重复DNA序列[1] ,但直到近20年才得到越来越广泛的应用[2].在真核生物基因组中串联重复分为以下三种:卫星DNA(核心序列长度在几百个bp之间)、小卫星DNA(核心序列长度在10~100 bp之间)、微卫星DNA(核心序列长度<10 bp).很多地方又把小卫星DNA称作可变数目串联重复序列(VNTR),将微卫星DNA称作短串联重复序列(STR)[3].在真核基因组中,串联重复DNA大多并不同编码区域相接近,主要位于基因外区域[4].重复DNA可以由单个的核苷酸组成,也可以由大量或少量的多核苷酸重复而成.大多数甚至全部的高等真核生物中分布着几个或数千个的短串联重复序列拷贝[5],这些序列元件在不同的个体中呈现出高度的多样性,这些串联重复序列初由Nakamura等定义为STR或微卫星和小卫星DNA这一术语,但其中的一些重复,特别是代表一个单独的基因座并且在个体之间存在长度多样性的重复也被称做VNTR基因座.VNTR和STR作为重要的遗传标记系统,现在已经广泛应用于肿瘤生化研究、法医学个体识别、亲权鉴定和群体遗传学分析等领域.

  • 可变数目串联重复序列技术用于中国C群脑膜炎奈瑟菌基因分型的研究

    作者:田国忠;邵祝军;李马超;高源;徐丽;崔志刚;任红宇;王艳华

    目的利用脑膜炎奈瑟菌基因组中可变数目串联重复序列(VNTR)特征,对中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株进行基因分型.方法中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株109株,选择脑膜炎奈瑟菌DNA中4个VNTR位点,PCR扩增含有串联重复序列的DNA片段,选择每一个VNTR位点有差别的PCR产物进行测序,序列比对,测算串联重复序列的拷贝数.Bio-Rad Gel DocTM XR凝胶成像分析系统计算PCR产物DNA片段的碱基含量,换算成串联重复数;对109株菌株4个位点的串联重复序列拷贝数进行聚类分析,依据聚类分析结果进行基因分型,并将VNTR基因分型结果与脉冲场凝胶电泳基因分型(PFGE)结果进行比较.结果109株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分为22个VNTR基因型,同一暴发来源的菌株具有相同VNTR特征;VNTR基因分型方法与PFGE基因分型具有相关关系.结论应用VNTR技术可以对中国C群脑膜炎奈瑟菌进行基因分型和分子流行病学方面的研究,VNTR基因分型可较好地应用于追溯流行性脑脊髓膜炎暴发传染源.

  • 对来自马达加斯加的鼠疫杆菌进行系统生物地理学和分子流行病学分析

    作者:卢昕

    鼠疫杆菌各菌株间高度的遗传相似性导致对其进行系统生物地理学和分子流行病学研究面临较大困难.马达加斯加是鼠疫的高发国家,研究者在马达加斯加的25个区域收集了1939-2005年间分离得到的262株菌株,在全基因组水平上选取了56个单核苷酸多态性(SNP)以及43个可变数目串联重复序列(VNTR)位点,测定所收集菌株的上述SNP及VNTR标记数据,采用邻位法构建系统树,研究马达加斯加中鼠疫的扩散模式和不同亚型的地理分布特征.与SNP差异相比,研究者发现VNTR有着更高水平的多态性.

  • 可变数目串联重复序列在河北省鼠疫菌株分型中的应用

    作者:王海峰;杨顺林;周松;白雪薇;张懿晖;杨晓燕;牛艳芬;刘合智;杜国义

    目的 利用可变数目串联重复序列(VNTR)对河北省鼠疫疫源地菌株进行基因型别研究.方法 根据14+12对VNTR设计引物,对116株鼠疫菌进行分析.结果 116株鼠疫菌针对每对VNTR均有不同的重复数目,但是同一对VNTR对所有菌株的VNTR重复数目相同.与CO92和EV对比,河北省鼠疫疫源地菌株显示出不同的扩增结果.结论 河北省鼠疫疫源地鼠疫菌只有1种不同于其他疫源地的基因型别,为疫情的追踪溯源和鼠疫菌突变监测提供了依据.

  • 串联重复序列在鼠疫菌基因分型中的应用

    作者:王海峰;刘合智;杨顺林;周松;白雪薇;杨晓燕;张懿晖;陈凯乐;梁莹

    鼠疫为危害人类健康的甲类传染病,由于我国存在着多种类型的鼠疫疫源地,鼠疫菌的特征及致病力不同,因此将不同疫源地的菌株进行基因分型,探讨其亲缘关系,对于鼠疫突发疫情的追溯具有重要意义.多位点可变数目串联重复序列分析方法被认为分型能力较好,但是可变数目串联重复序列(VNTR)位点的选择是分型的关键所在,该文主要介绍VNTR在鼠疫菌基因分型中的应用进展,为基因分型提供参考.

  • 副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分型方法的研究

    作者:张金金;李迎慧;石晓路;邱亚群;林一曼;陈琼城;姜伊翔;扈庆华;李连青

    目的 评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple locus variable number tandem repeat assay,MLVA)方法 对副溶血弧菌(Vibrio par ahae mol yticw,VP)的分型能力,初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)的基因分布特征.方法 依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年-2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株.采用MLVA方法对其进行基因分型,评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力.结果 MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别,分辨系数为99.86%;将主流血清型O3:K6共46株菌分为44个型别,分辨系数为99.71%.MLVA 8个位点的多态性都较好(DI均>0.60),各位点多态性指数由高到低,依次为TR7,TR4,TR10,TR2,TR1,TR8,TR5,TR9.结论 MLVA 8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型.MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景.

  • 布鲁菌基因分型研究进展

    作者:何斌;朱虹;端青

    布鲁菌是引起人畜共患传染性布鲁菌病的病原体.基因分型作为布鲁菌病溯源的主要方法,目前以多位点VNTR分析技术备受关注,其他分型技术如随机扩增多态性和扩增片段长度多态性、多位点序列分型等也在布鲁菌基因分型中得到应用,本文综述了近年来布鲁菌基因分型的研究进展.

  • 血小板膜糖蛋白和血管性血友病因子基因多态性及其与血栓性疾病关系研究

    作者:阮长耿;施菊妹;戴克胜;高维强;王迎春;白霞

    目的研究我国人群血小板膜糖蛋白(GP)和血管性血友病因子(vWF)基因多态性的分布频率及其与血栓性疾病的关系.方法多态性分布频率的确定采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP),多态性与血栓性疾病的关系的调查采用病例-对照研究.结果①我国人群GPIb α中HPA-2a和HPA-2b的杂合率为4.5%,R/S多态性两等位基因的比值为0.486:0.514,在我国汉彝傣三个民族的人群中,GPIb α基因内可变数目串联重复序列(VNTR)只出现一次重复(D)和二次重复(C)两种等位基因,而且VNTR多态性不是中国汉族人群易患脑血栓(AIS)的危险因素;②GPIa基因内C807T多态性的杂合率为41%,807T纯合子在AIS组与对照组之间差异显著(P<0.01,OR=11.0),尤其在≤60岁的AIS患者与对照组之间的差异更明显(P<0.001,OR=17.8);③中国汉族人及彝族、傣族人vWF基因均有Sma Ⅰ多态性位点,其杂合率分别为49%、47%和46%.汉族人群VNTR和G2805A多态性的杂合率分别为79.4%和39%.其中Sam Ⅰ多态性还可能与脑梗死的发生有关,CC纯合子使患脑梗的危险度提高了3.29倍(OR=3.29,95%CI:1.54~7.01,0.01>P>0.001).结论我国人群血小板GP和vWF基因多态性具有自己的特点,其中GPIa 807T和vWF Sma Ⅰ多态性可能与我国汉族人群AIS的发生有关.

  • 苏州地区正常人群GPⅠ bα基因HPA-2和VNTR多态性研究

    作者:施菊妹;高维强;白霞;王迎春;阮长耿

    GPⅠ b由两个亚单位组成,即GPⅠ bα(相对分子质量145×103)和GPⅠbβ(相对分子质量24×103)以二硫键连接而成。GPⅠ b与GPⅨ以非共价键结合形成GPⅠb-Ⅸ复合物。GPⅠb-Ⅸ复合物具有血管性血友病因子(vWF)受体和凝血酶受体功能,在高剪切力状态的初期止血过程中起重要作用,此复合物缺陷在临床上可引起巨大血小板综合征(BSS)。GPⅠbα基因具有多种遗传多态性,迄今,国外已相继在美国白人、日本、德国和意大利等人群中发现了GPⅠ bα的多态性,国内这方面的报道很少。我们应用PCR技术结合限制性内切酶分析,研究了苏州地区正常人GPⅠ bα基因HPA-2和可变数目串联重复序列(VNTR)的多态性,现报道如下。

  • 中国汉族人凝血因子Ⅶ基因中三个多态位点的研究

    作者:康文英;王鸿利;熊立凡;王学锋;储海燕;璩斌;刘湘帆;尹俊;段宝华;王振义

    近年来,凝血因子在动脉血栓形成中的地位倍受关注.研究表明,凝血因子Ⅶ(FⅦ)是动脉血栓形成的危险因子[1].遗传因素与环境因素对FⅦ有很大影响,遗传因素主要是FⅦ基因内的几个多态位点:FⅦ基因启动子区域0或10 bp的插入(5′F7)、内含子7中的可变数目串联重复序列(IVS7)及FⅦ蛋白催化区域353位谷氨酰胺代替精氨酸(R353Q).目前尚未见到中国人FⅦ基因内各个多态位点等位基因频率及基因型频率的系统报道,我们用PCR技术结合酶切方法进行了这方面的研究.

  • 心、脑血管疾病患者血小板膜糖蛋白Ⅰ bα受体表达及其基因可变数目串联重复序列多态性研究

    作者:江雁;黄繁嫱;刘丽;穆红;唐志琴;王玉亮

    血小板是构成动脉血栓的重要成分之一,血小板的黏附、聚集功能是通过血小板膜糖蛋白(GP)来完成的.1996年Weiss等[1]首先报道了血小板膜GPⅢa pLA2基因多态性与心肌梗死相关,随后对GP Ⅰ b的基因多态性与血栓性疾病的关系展开了广泛的研究.GP Ⅰ bα基因具有高度多态性,第一个被确定的多态性为编码巨球肽区域的39个碱基的可变数目串联重复序列(VNTR),但是VNTR多态性是否为动脉血栓形成的危险因子目前尚未确定,国内在这方面的研究报道甚少.我们的研究目的旨在探讨心、脑血管疾病发病与血小板膜GP Ⅰ bα受体表达及VNTR亚型关系.

  • 结核分枝杆菌可变数目串联重复序列基因型成簇特征分析

    作者:罗丹;蓝兰;赵锦明;张影坤;蓝如束

    目的 了解广西地区结核分枝杆菌基因型成簇特征及其传播影响因素.方法 纳入广西30个结核病耐药监测点2013年登记治疗的痰涂片阳性肺结核患者1 310例,运用可变数目串联重复序列(VNTR)基因分型技术对结核分枝杆菌分离株进行基因分型.统计学处理采用x2检验,运用非条件Logistic回归分析基因型成簇特征.结果 1 310株结核分枝杆菌经VNTR12位点检测分为964个基因型,其中779株为单一基因型,531株可归入185个基因簇之一,每簇含2~40(平均6.6)株分离株.41~60岁成簇比例高,占45.5%.北京基因型菌株746株,非北京基因型菌株564株,在非北京基因型菌株中原北京菌株占7.4%.结核病近期感染估计值(成簇率)为26.41%;敏感菌株成簇率为24.40%,高于耐药菌株的9.55%(x2=23.621,P=0.000)和耐多药菌株的8.97%(x2 =9.675,P=0.002);北京基因型菌株成簇率为28.69%,高于非北京基因型菌株的23.40%(x2 =4.610,P=0.032).敏感菌株成簇比例为37.43%,高于耐药菌株的14.09%和耐多药菌株的15.38%;北京基因型菌株成簇比例为40.88%,高于非北京基因型菌株的37.77%.结论 广西地区结核分枝杆菌基因型具有高度遗传多态性,敏感菌株和北京基因型菌株是广西结核病近期传播的主要流行株.

  • 中国汉族人及云南省彝族、傣族人GPIbα基因VNTR多态性研究

    作者:施菊妹;白霞;王迎春;王兆钺;阮长耿

    目的 研究中国汉族人及云南省彝族、傣族人血小板膜糖蛋白(GP)Ibα基因可变数目串联重复序列(VNTR)的多态性特点。方法 应用聚合酶链反应(PCR)技术,聚丙烯酰胺凝胶电泳,溴乙锭染色,PCR产物测序分析,研究110名汉族人、47名彝族人和41名傣族人等位基因的杂合情况。结果 在中国汉族人、云南省彝族及傣族人群中,39bp的VNTR只出现一次重复(D)和二次重复(C)二种等位基因,而未发现三次重复(B)和四次重复(A)等位基因,其C等位基因和D等位基因的频率分别为:汉族人0.53∶0.47、彝族人0.66∶0.34、傣族人0.54∶0.46,总的理论杂合率分别为:汉族人49.8%、彝族人44.9%、傣族人49.8%。结论 中国汉、彝、傣三个民族人群中GPIbα基因VNTR多态性的表型或其等位基因频率无明显差异,而与欧洲白种人存在显著差异。

  • 麻风在中国云南丘北县的传播:8年分子流行病学调查

    作者:邢燕;KASVIN-FELTON JASON;刘健;温艳;VISSAVARALAKSHMI;翁小满

    目的:评价麻风在云南省文山州丘北县分子流行病学模式.方法:2002 - 2010年发现164例患者进入本研究,其中130份皮肤样本适用于可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeat,VNTR)分型.收集患者人口统计资料,进行菌株VNTR分型和基因型的聚类分析.结果:分析显示该县某些少数民族人群的发现率明显高于全国水平.聚类分析表明家庭内和邻近乡镇的菌株型相似,8年间某些聚集株持续出现.菌株基因型相匹配的病例所占百分率随地理分布而变化.北部乡镇聚集株的比例相当高,菌株分类仍与以前确定的组群一致.南部菌株基因型与北部不同,但无法鉴别南部菌株间的亲缘关系.结论:社交活动,自然居住和职业环境等可能更利于北部菌株的传播.

  • 多巴胺转运体基因多态性与强迫症的关联

    作者:周云飞;张亚林;胡纪泽;刘妹;刘铁榜;吴怀安;赵幸福

    目的探索汉族人群中多巴胺转运体可变数目串联重复区基因多态性与强迫症的发病关系.方法对强迫症和正常对照组分别采用聚合酶链反应扩增片断长度多态技术测定基因型.结果测到4种等位基因8,9,10,11.强迫症患者与正常对照组DATVNTR的等位基因及基因型频率差异无显著性(x2=4.012,P=0.581;x2=4.311,P=0.334).结论在汉族人群中,DATVNTR基因多态性基因型和等位基因与强迫症无明显关联.

  • 5-羟色胺转运蛋白基因多态性与精神分裂症的传递不平衡分析

    作者:孙伟伟;樊金波;钱学庆;唐君霞;行养玲;史建国;朱韶敏;刘会军;顾牛范;冯国鄞;贺林

    目的探讨5-羟色胺转运蛋白基因第2内含子可变数目串联重复序列(Intronic,variable number tandem repeat, Intronic VNTR)位点和启动子区VNTR位点(5-HTTLPR)在精神分裂症发病机理中的作用.方法应用传递不平衡分析方法对来自上海、西安和吉林的总计314个精神分裂症简单核心家庭进行分析.结果三地单独及合并样本的传递不平衡分析结果表明,这两个多态位点由杂合子父母传递给患病子女的等位基因频率差异无显著性.结论 5-羟色胺转运蛋白基因上Intronic VNTR和5-HTTLPR多态位点在中国汉族人群精神分裂症发病机理中不起主要作用.

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