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  • 云南新分离四株流行性乙型脑炎病毒全基因组序列特征研究

    作者:孙玉杰;冯云;章域震;杨卫红;张海林

    目的 对云南省2009年和2010年分离的4株流行性乙型脑炎(乙脑)病毒进行全基因组序列测定和分析,阐明近期乙脑病毒流行株的分子生物学特征及基因型.方法 通过反转录-聚合酶链反应和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用Clustal X、DNAstar和Mega等生物学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列分析及系统进化分析.结果 2009年和2010年在云南省中部和西部地区三带喙库蚊(Culex tritaeriorhynchus)中分离到4株乙脑病毒,其中YN09M57株基因组全长10 967 bp,DH10M865、DH10M978和DHL10M62株基因组全长均为10 965 bp,均编码3432个氨基酸.这4株病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为98.3% ~99.9%和99.5% ~99.9%,与来自GenBank的7株基因Ⅰ型乙脑病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为98.3% ~99.9%和99.7% ~99.9%;与基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ型参考株核苷酸和氨基酸同源性分别在78.7%~89.7%和91.4% ~ 98.4%;与乙脑减毒活疫苗SA14-14-2株在E蛋白编码区有15个氨基酸位点差异,均位于抗原关键位点之外.基于E基因、全基因组系统进化分析显示云南4株乙脑病毒均为基因Ⅰ型,并形成2个进化分支,分别与相邻省份和东南亚流行株进化关系较近.结论 云南新分离4株乙脑病毒属基因Ⅰ型,虽然它们之间及其与该型参考株核苷酸和氨基酸位点存在某些差异,但决定病毒毒力和抗原性的关键位点未见明显变化.本研究提示这些乙脑病毒流行株具有稳定的遗传特性和地域特征.

  • 肠道病毒71型湖州分离株的遗传进化和重组分析

    作者:吴晓芳;纪蕾;徐德顺;陈莉萍;沈月华;朱晓娟;查赟峰

    目的 对湖州市肠道病毒71型(EV71)进行基因特征及重组特点分析.方法 对2011-2012年湖州市EV71分离株进行全基因组测序,并与其基因型及A组肠道病毒其他血清型的原型株进行全序列比对,使用Mega 4.0软件绘制系统进化树.然后利用Simplot 3.5.1软件进行相似性分析,对基因重组加以验证.结果 P1区系统进化分析显示,2011-2012年湖州市EV71株属于C4基因型的C4a亚型.P1、P2、P3区的系统进化和相似性分析证实湖州市分离株在非结构蛋白2B编码区存在EV71 C基因型和Cox A16、14、4型间重组.结论 2011-2012年湖州市EV71分离株为C4a亚型,与2004年以来中国大陆优势株流行趋势一致.EV71 C4基因型湖州市株存在型间重组现象.

  • 一起札如病毒所致成年人急性胃肠炎暴发的分子流行病学研究

    作者:何雅青;卓菲;张海龙;杨贵清;杨洪;文风兰;黄薇;夏伟;罗敏;武伟华;刘建平;姚相杰;冼慧霞

    目的 了解一起成年人急性胃肠炎暴发流行的病原学.方法 采用国家标准方法对样本进行沙门菌、志贺菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、副溶血弧菌、变形杆菌、致泻性大肠埃希菌、蜡样芽孢杆菌、空肠弯曲菌及单核细胞增生李斯特菌10种致病菌进行检测.采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测诺如病毒和札如病毒核酸,对阳性PCR产物进行核苷酸序列测定,并进行基因系统进化分析.结果 7份粪便样本中4份为札如病毒核酸阳性.4株札如病毒与GⅠ.2型参考株核苷酸序列司源性在94.7%~98.4%之间.基因进化分析显示,札如病毒深圳株与Sapovirus Hu/Oshimal/2009/JP、Houston/90 (U95644)、Parkville/94/U73124在同一进化树遗传分支,属于GⅠ.2型.结论 此起成年人急性胃肠炎暴发是由札如病毒GⅠ.2型感染所致.

  • 28株隐球菌ITS基因序列测定及其系统进化分析

    作者:吴媛;杜鹏程;卢金星

    目的 测定28株鸽粪中分离的隐球菌的转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列,并根据ITS序列构建28株隐球菌和6株新牛隐球菌的系统进化树.方法 应用neighbor-joining(NJ)和maximum parsimony(MP)方法构建系统进化树,研究隐球菌属不同菌种间的亲缘和进化分化关系.结果 两种聚类方法得到的进化树模型基本一致,所有菌株聚类为3个主要分支:6株分离到的新生隐球菌和6株参考菌株为一支;大部分DHP和XSQ菌株聚为一支,除HP6外,所有的HP菌株和XSQ46-1及XSQ59-3,聚类为平行的第3个分支.从分化远近看,新生隐球菌分支、DHP和XSQ分支的分化年代没有显著差异.结论 隐球菌属中,所有的新生隐球菌聚类为一支,其余的隐球菌菌种均分散在不同分支中,没有明显的种属聚集性,即呈现了隐球菌属不均一的特性.

  • 2015年浙江省洞头区病毒性脑炎暴发疫情病原学研究

    作者:孙逸;缪梓萍;严菊英;陈奕娟;茅海燕;张严峻

    目的 了解2015年11月浙江省温州市洞头区鹿西乡疑似病毒性脑炎暴发疫情的病原及基因特征,分析其基因变异情况并进行病原溯源.方法 开展流行病学调查,采集32例患者和75例密切接触者的咽拭子和粪便样本共140份,检测人类肠道病毒(HEV)核酸和分离病毒,对HEV分离株VP1基因测序,进行同源性与进化分析.结果 疫情波及鹿西乡小学和幼儿园共计396名学生,其中发病32例,罹患率8.1%(32/396).临床症状为发热、头痛、呕吐等.从32例患者和75例密切接触者样本中,分别检测到30例和5例HEV核酸阳性,阳性率分别为93.8%和6.7%,共分离到23株肠道埃可病毒30型(ECHO30).ECHO30分离株之间VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为99.9% ~ 100.0%和99.7%~100.0%,新分离株与ECHO30原型株之间VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为81.8%和92.1%.系统进化分析显示新分离株位于ECHO30进化支Ⅰ的基因亚型分支上,与2013年浙江省CHN/ZJ/RA-72/2013株,2014年ZJ/JHChen/2014株亲缘关系近.结论 引起2015年11月浙江省温州市洞头区鹿西小学及幼儿园聚集性病毒性脑炎暴发疫情的病原为ECHO30 G Ⅰ进化支病毒.

  • 2009年江西省新分离流行性乙型脑炎病毒株全基因组分子生物学特性研究

    作者:王力华;李铭华;付士红;姜红月;陈维欣;唐松;戴新平;应彩霞;詹漫华;施勇;梁国栋

    目的 对2009年分离自江西省蚊虫标本的流行性乙型脑炎(乙脑)病毒JX0939株进行全基因组序列测定,分析其基因组特征.方法 使用针对乙脑病毒全基因组测序引物进行PCR扩增基因组片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.利用生物信息学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒IX0939株基因组全长10965个核苷酸,从97位到10 392位,共10296个核苷酸编码-个开放阅读框,编码3432个氨基酸.与GenBank中登录的所有59株乙脑病毒全基因组序列比较发现,其核苷酸总体差异率为1%~17%,氨基酸总体差异率为0.1~5%.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株相比较,只有88%的核苷酸同源性,全基因组共存在1237个核苷酸差异,83个氨基酸差异.提取GenBank登录的及本实验室测定的不同省份的乙脐病毒全基因组序列,进行全基因组序列系统进化分析显示JXCY939株属于基因1型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒JX0939株属于基因1型,与2007年中国分离株SHl7M-07进化关系接近,与疫苗株SA-14-14-2相比关键位点氨基酸未见变异.

  • 新疆维吾尔自治区蜱携带白蛉病毒属病毒遗传特征分析

    作者:宋凯丽;熊衍文;刁秀念;郭玉江;康雁君;覃新程;李兴旺

    目的 对新疆维吾尔自治区(新疆)蜱携带的白蛉病毒属病毒进行系统进化分析.方法 制备蜱悬液提取蜱总RNA,运用反转录聚合酶链式反应筛选阳性标本并扩增白蛉病毒属病毒的全基因组,测序后对病毒基因组进行序列特征和系统发生分析.结果 成功扩增3株病毒株(BL10、BL33、BL79)的全长L、S节段.经同源性分析发现,BL10、BL33、BL79与已知蜱携带的Bole Tick Virus 1序列的同源性为98.0% ~ 99.7%;系统进化分析结果表明,BL10、BL33、BL79与Bole Tick Virus 1亲缘关系近.结论 本研究的3株毒株属于白蛉病毒属,且与Bole Tick Virus 1为同种病毒.

  • 2013年北京市朝阳区柯萨奇A6型病毒分子流行病学研究

    作者:王海滨;雷娜;赵剑虹;姜晓红;韩桃利;李书明

    目的 了解2013年北京市朝阳区柯萨奇A6型(Coxsackievirus A6,CVA6)病毒的流行特点及其基因特征.方法 对2013年收集的795份手足口病患者的咽拭子样本进行肠道病毒检测,对非EV71、非CVA16型病毒阳性样本进行CVA6荧光定量PCR检测,选取CVA6阳性样本进行VP1片段(794bp)序列扩增与测序,运用Clustalx软件和MEGA4.0软件对本地区CVA6的VP1片段序列与从NCBI下载的CVA6的VP1参考序列进行聚类分析.结果 肠道病毒通用型核酸阳性样本共计382例(48.1%,382/795),其中非EV71、非CVA16型病毒236例(61.8%,236/382);非EV71、非CVA16型病毒阳性样本中有CVA6型病毒样本185例(78.4%,185/236).基于VP1片段的聚类分析,结果显示2013年该地区的CVA6型病毒与中国地区的参考序列明显聚为一类;CVA6在系统进化树中形成A、B和C等3个基因型,C基因型又可分为C1和C2两个基因亚型;两个基因亚型间的核苷酸序列差异度为10.8% ~ 13.2%.朝阳区所有的CVA6都位于C基因型,C1亚型包括了大部分该地区序列.结论 2013年该地区的CVA6已经超过了EV71和CVA16,首次成为北京市朝阳区手足口病的主要病原体.该地区存在CVA6的C1和C2两个基因亚型的共循环,其中C1亚型对该地区2013年CVA6的暴发流行起关键作用.

  • 江阴市HIV-1感染者基因亚型分析

    作者:陈孙云;郭春辉;邓国炯

    目的:对156例来自江阴市的新发HIV-1感染者进行基因亚型分析,以监测该地区感染人群HⅣ-1毒株的流行状况.方法:选取江阴市疾病预防控制中心2013-2016年确认和管理的156例常住人口新发HIV-1感染者为研究对象,从外周血单个核细胞中提取DNA并扩增HIV病毒pol区部分基因,通过系统进化树判断患者基因亚型.结果:156例样本中,pol区成功扩增并测序139例,系统进化树结果确定江阴市HIV-1流行毒株分属7种亚型和重组型,以CRF01_AE (43.9%,61/139)、CRF07_BC(19.4%,27/139)、CRF67_01B(13.7%,19/139)亚型为主;HIV-1基因亚型在不同性别、年龄、婚姻状况上的分布差异有统计学意义(P<0.05);不同传播途径在各亚型中的分布差异没有统计学意义,但在同性性传播与异性性传播人群间的分布差异具显著的有统计学差异(P<0.05).结论:2013-2016年常住人口中新发HIV-1感染者亚型分布呈现多样性,且具有明显的人群特点.

  • 深圳地区2006年诺如病毒分子流行病学研究

    作者:何雅青;冯斌;张海龙;杨洪;姚相杰;阳帆;杨小柯;冼慧霞

    诺如病毒是世界范围内引起急性胃肠炎的主要病原体,1990年首次证实我国也存在该病毒引起的感染[1],此后北京、长春、河北、兰州、广州、福州等地均发现存在诺如病毒感染,表明我国急性胃肠炎病例诺如病毒感染亦相当普遍.本研究对2006年深圳地区急性胃肠炎中诺如病毒进行分子生物学研究.

  • 内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒的遗传特征分析

    作者:从美丽;郭文平;王剑波;王文;周润宏;李明慧;张居农;张永振

    目的 分析内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒(HV)的遗传特征及其与汉滩病毒(HTNV)和汉城病毒(SEOV)型HV之间的关系,确定哈巴罗夫斯克病毒(KHAV)的自然宿主.方法 采用RT-PCR检测HV核酸、特异性引物扩增S、M基因并测序及进行序列分析.结果 共捕获52只莫氏田鼠,其中5只为HV核酸阳性,带毒率为9.62%.经PCR扩增,5份HV阳性样本获得全S基因片段,2份阳性样本全M基因片段;S基因片段由1848~ 1861 bp组成,M基因片段由3662 bp组成.核苷酸序列同源性分析显示,病毒与KHAV具有高度同源性(S基因片段为92.5%~96.4%,M基因片段为88.9%~95.4%),与其他型HV的差异较大.将核蛋白(NP)和糖蛋白(GP)氨基酸序列与HTNV和SEOV进行比较,NP具有一致的二级结构,GP存在明显的差异.用全S与全M的核苷酸序列构建系统进化树,这些病毒均与KHAV聚集在一起,构成一个独立的分支.KHAV分为2个小分支,核昔酸差异>5.3%.结论 内蒙古牙克石地区存在KHAV的流行,莫氏田鼠是KHAV的自然宿主.

  • 基于第12节段基因序列的版纳病毒分子遗传进化分析

    作者:刘红;高晓艳;付士红;李铭华;翟友刚;孟维珊;孙肖红;王环宇;吕志

    目的 了解自1980-2012年在世界各地分离的版纳病毒分子遗传进化特征.方法 采用多种生物信息学分析方法,对1980-2012年我国及世界各地分离的版纳病毒进行基于第12节段基因序列的系统进化、分子溯源分析.结果 版纳病毒的共同进化祖先出现时间为315(95%HPD:63~ 619)年前,第12节段的进化速率为2.33×104(95%HPD:2.84×104~8.52×10-3)碱基替换/位点/年,提示版纳病毒属于新发快速进化的虫媒病毒.结论 版纳病毒属于快速进化的新发虫媒病毒,其地域分布范围进一步扩大且已经分化出新的病毒变种,应加强对该病毒在自然界分布及其致病性的监测.

  • 天津市2015年HIV流行和传播的分子流行病学特征分析

    作者:郑敏娜;宁铁林;高永军;赵璇;李龙;程绍辉

    目的 了解2015年天津市HIV流行株的亚型分布和传播特点.方法 从77例新报告未治疗且CD4+T淋巴细胞计数≥200个/μl的HIV-1感染者,提取血浆中RNA,应用反转录和巢式PCR扩增HIV的pol和env区,并测序进行相关分子生物学分析.结果 共获得63例样本的HIV毒株序列结果,亚型依次为CRF01_ AE、CRF07_ BC、B、CRF55_01B和其他独特型二代重组毒株,分别占46.03%(29/63)、30.16%(19/63)、11.11%(7/63)、4.76%(3/63)和7.94%(5/63);感染者以性传播为主,其中又以CRF01 AE和CRF07 BC重组亚型为主,除异性传播无B和CRF55_ 01B亚型外,同性和异性传播者的亚型分布无明显差别.重组毒株的构成比为88.89%(56/63),并首次发现的二代重组亚型8例,包括3例CRF55 01B、2例AE/BC、1例AE/B和1例新型的AE/B/C重组均为男男同性传播;l例AE/BC重组为异性传播.HIV感染者中传播耐药率为5.3%,均为NNRTI类监测性耐药突变L100I;进化分析中3对pol区Bootstrap值均≥98%,env区Bootstrap值均≥80%,调查显示3对样本来源确认有性伴传播关系.结论 天津市HIV感染者中重组毒株不断增加并广泛流行,性传播者中HIV新型二代重组和耐药毒株不断产生并在不同人群和不同地区间传播,应引起高度重视.

  • 2011年河南省脑炎患者柯萨奇病毒B5型分离株基因组序列分析

    作者:马红霞;潘静静;康锴;谢志强;茹维萍;陈豪敏;黄学勇;许汴利

    目的 分析河南省柯萨奇病毒B5(CVB5)分离株全基因序列,了解其遗传特性.方法 采集2例脑炎患者临床标本,分离病毒,提取病毒阳性分离物RNA,进行RT-PCR扩增,产物直接测序.利用DNAStar 5.01和Mega 5.05软件进行全基因序列拼接及亲缘进化分析.结果 获得2株CVB5分离株(03001N和17Y)全基因组序列,核苷酸长度分别为7408 bp和7404 bp,两者核苷酸同源性为97%,同2010年河南CVB5分离株同源性高,分别为98%和99%.5'-UTR分别为747 bp和743 bp;3’-UTR区均为103bp;病毒基因组编码区全长同为6558 bp,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白,氨基酸同源性为99%.VP1区系统发生树分析显示,2株CVB5分离株进化关系较近,同近年来国内其他分离株成一簇,而2009年的河南省CVB5分离株同山东省CVB5分离株成一簇.结论 河南省内存在不同CVB5株传播链的流行,此次分离株为近几年内的主要流行株.

  • 2017年河南省登革热疑似病例的实验室诊断与分子溯源

    作者:杜燕华;李懿;王若琳;王海峰;苏佳;许汴利;黄学勇

    目的 对2017年河南省报告的登革热疑似病例进行实验室确诊,从分子水平追踪其来源.方法 血液标本(3~5 ml)来源于2017年河南省传染病监测网络直报系统中上报的8例登革热疑似病例,按照《全国登革热监测方案》对病例进行个案调查.血液样本分离血清后,通过检测血清中登革病毒非结构蛋白1抗原(NS1)、IgM和IgG抗体以及病毒RNA进行实验室确诊;对于登革病毒RNA检测阳性的样本进行荧光PCR分型诊断和E基因序列扩增,阳性扩增产物测序后进行同源性比对.结果 8个登革热疑似病例中6例确诊为登革热实验室诊断病例,均为境外输入;其中5例病例登革病毒RNA检测阳性,经分型检测发现,登革病毒1型为1例,2型和3型各2例;对1例登革病毒2型和1例3型病例成功进行了分子溯源,其中由巴基斯坦输入的登革病毒2型病例核酸序列属于cosmopolitan基因型,与巴基斯坦2013年登革病毒2型KJ010186一致性高,为99.0%;由马来西亚输入的登革病毒3型病例核酸序列属于Ⅰ型基因型,与2014年新加坡登革病毒3型KX224276一致性高,为99.0%.结论 2017年河南省登革热病例经实验室诊断和分子溯源证实均为输入性病例,未引起本地流行.

  • 新分离的副粘病毒Tianjin株的全基因组序列分析

    作者:李梅;石立莹;袁立军;李晓眠;王卿;王文秀

    副粘病毒Tianjin株是一株对普通棉耳狨猴具有高致病性,并可能与人类下呼吸道感染密切相关的毒株.为了明确其基因结构、变异特点及种系进化地位,采用RT PCR、测序和拼接,获得了副粘病毒Tianjin株全基因组序列,与GenBank登录的副粘病毒科7个属和尚未分类的28株病毒及7株仙台病毒代表株,进行同源性比较及系统进化分析.结果表明,副粘病Tianjin株属于副粘病毒科、副粘病毒亚科、呼吸道病毒属,与仙台病毒关系近.基因组全长及组成规律与仙台病毒相似,只是L基因末尾A15240C变异而使L蛋白增加了一个谷氨酸残基.副粘病毒Tianjin株存在440个独特的核苷酸变异位点,导致110个氨基酸残基的改变,系统进化上构成独立的分支.副粘病毒Tianjin株在基因组序列、宿主亲嗜性和致病性等方面与已知仙台病毒存在较大的差异,可能代表仙台病毒的一个新基因型.

  • 阿卡斑病毒云南分离株全基因组序列特征研究

    作者:冯云;章域震;杨卫红;张海林

    为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV) DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析.结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因核苷酸序列全长分别为6 869bp、4 309bp和856bp,其中开放读码框(Open reading frame,ORF)核苷酸序列依次为6 756bp、4 206bp和702bp,并分别编码2252、1402和234个氨基酸.这三个基因片段ORF的系统进化分析表明,云南株L基因与AKV标准株OBE-1(日本)和AKVS-7/SKR/2010株(韩国)处于同一进化分支;在M和S基因进化树中,云南株与日本、韩国和台湾地区的AKV流行株亲缘关系较近,但云南株单独处于一个小的进化分支.同源性分析表明,云南株L、M和S片段ORF与OBE-1株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.6%(98%)、88.5%(94%)和96.4%(99.1%).云南株与OBE-1株的L、M和S片段分别有45、84和2个氨基酸位点的差异.此外,无论L、M和S基因核苷酸序列的同源性或系统进化分析均表明,云南株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远,同源性较低.本研究进一步通过病毒全基因组序列分析证实DHL10M110病毒株为AKV,属亚洲进化群,但与日本和韩国株相比仍有一定差异,云南株地域特征明显.这是首次在中国大陆地区测定到该病毒的全基因组序列.

  • 我国2009年新分离乙脑病毒全基因组序列特征研究

    作者:杨杜鹃;李铭华;付士红;张海林;梁国栋

    本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征.通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和系统进化分析等.研究结果显示,新分离两株乙脑病毒YN0911和YN0967株基因组全长均为10 965个核苷酸,编码3 432个氨基酸.这2株乙脑病毒之间核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为99.8%0.与国际乙脑病毒流行株相比,核苷酸同源性为83.5%~98.9%,氨基酸同源性为94.8%~99.7%.与乙脑病毒疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白有13个氨基酸差异位点,但都位于抗原关键位点之外.这2株病毒在3′UTR区域存在11nt缺失.基于C/PrM区段、E基因、全基因组系统进化分析结果均显示新分离2株乙脑病毒为GI乙脑病毒,并且和越南、四川、贵州、广西以往的分离株遗传进化关系较近.本研究提示我国新分离的2株乙脑病毒均为GI乙脑病毒,决定病毒毒力的关键氨基酸位点未见明显变化.

  • 云南蝙蝠轮状病毒的分离与鉴定

    作者:夏乐乐;何彪;胡挺松;张文东;王意银;徐琳;李楠;邱薇;余静

    蝙蝠是携带人兽共患病霉多的一种哺乳动物,调查蝙蝠携带病毒的病原生态学本底对防范蝙蝠病霉威胁人类健康具有重要意义.本研究采集云南省部分地区蝙蝠进行病毒宏基因组学分析,在一组食虫蝙蝠样品中发现了A群轮状病毒(Group A rotaviruses,RVA)序列,经过进一步RT-PCR筛查验证及病毒的分离鉴定,终从勐远县的1只三叶蹄蝠中分离出一株轮状病毒.扩增该毒株的VP7与VP4基因进行分型与系统进化分析,结果表明其VP7基因为G3型,与来自阿根廷的1株马轮状病毒的同源性高,为93%;其VF4基因为P[10]型,与来自泰国的1株人轮状病毒同源性高,为94.8%.通过与本实验室之前分离的首株蝙蝠G3P[3]型轮状病毒MSLH14的比较,确定该毒株为一株新的蝙蝠轮状病毒,命名为RVA/Bat-tc/MYAS33/2013/G3P[10],简称MYAS33.本研究结果进一步证明了蝙蝠轮状病毒的多样性,突显了蝙蝠作为轮状病毒潜在宿主的重要性.

  • GI型诺如病毒湖州株2008/Huzhou/N11进行全基因组序列测定与分析

    作者:纪蕾;陈莉萍;吴晓芳;徐德顺;韩建康

    为了对GI型诺如病毒湖州株2008/Huzhou/N11进行全基因组序列测定,了解其分子特征及基因类型.方法是根据GenBank上下载的GI型诺如病毒各基因型代表株保守序列设计特异性引物对2008/Huzhou/N11进行全基因组测序,并与GI型诺如病毒各基因型的原型株进行全序列的比对,使用MEGA 4.0软件绘制系统进化树.利用Simplot3.5.1软件进行相似性分析,对基因重组加以验证.结果表明,诺如病毒2008/H uzhou/N11基因组全长7 691bp,有3个开放阅读框(ORF).ORF1长5 367bp(5~5 371nt),ORF2长1 623bp(5 355~6 977nt),ORF3长630bp(6 977~7 606nt).RNA聚合酶区(4 320~5 091bp)系统进化分析显示2008/H uzhou/N11属于GI.2基因型,VP1区(5 355~6 977bp)和VP2区(6 977~7 606bp)的系统进化分析显示2008/Huzhou/N11属于GI.6基因型.进一步的Simplot分析提示2008/Huzhou/N11为GI.2/GI.6重组株,重组位点位于ORF1和ORF2重叠区的上游.本文确定了我国GI型诺如病毒湖州株2008/Huzhou/N11为GI.2/GI.6重组株,可为国内诺如病毒的遗传进化研究提供序列参考.

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