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云南境外禽流感H5N1亚型病毒神经氨酸酶基因进化及分子结构特征分析
目的:禽流感病毒神经氨酸酶(NA)是病毒粒子重要表面抗原之一,其抗原性差异决定病毒神经氨酸酶亚型(N1-N9)的划分.NA介导病毒对敏感细胞的侵染及协助子代病毒粒子的成熟和释放,与病毒的宿主嗜性及毒力有关.方法:对2003～2009年期间采集自云南境外家禽的H5N1亚型阳性样品中病毒NA基因进行测序,并与国内外已知代表毒株进行序列比对及系统发育分析.认识云南境外禽流感H5N1亚型病毒神经氨酸酶(NA)基因分子结构特征.结果:21份代表性病毒样品NA基因核苷酸和氨基酸序列同源性介于94.3%～99.3%、93.1%～99.3%.系统发育分析表明可划分为6个不同进化(亚)分支(1、7、9、2.4、2.3.2、2.3.4).其中进化亚分支2.3.4毒株已成为当前云南境外流行的优势毒株;所有云南境外毒株NA蛋白的49-68位氨基酸均存在缺失.结论:糖基化位点存在特有变异;云南境外毒株对Oseltamivir(达菲)类抗病毒药物可能无耐药性.
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武汉市64株副溶血性弧菌水产品分离株分子特征的研究
目的 了解武汉地区水产品中副溶血性弧菌的分子特征,为防止副溶血性弧菌引起的食源性疾病提供基础数据.方法 采用PCR的方法,对武汉市2008年-2013年从水产品中分离的64株副溶血性弧菌进行了耐热性溶血毒素基因tdh、耐热性溶血毒素相关溶血素基因trh、不耐热溶血素基因tlh、毒力表达基因toxR和大流行株O3∶K6特征基因片段orf8进行检测,并进行统计分析.结果 在64株副溶血性弧菌中,tdh、trh基因的阳性率为14.06％和4.69％,orf8基因的阳性率为7.81％,而toxR和tlh基因的阳性率为100.00％.结论 tlh和toxR基因可作为副溶血性弧菌的快速初筛和辅助鉴定手段.武汉地区水产品中副溶血性弧菌tdh,orf8阳性率较高,建议卫生监督部门加强水产品监管,提防公共卫生事件的发生.
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儿童皮肤软组织感染社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子特征多中心研究
目的 明确我国儿童皮肤软组织感染(skin and soft tissue infections,SSTIs)社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(community-associated Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,CA-MRSA)的分子生物学特征.方法 收集我国13家儿童医院皮肤科门诊SSTIs来源的CA-MRSA,进行多位点基因分型(MLST)、葡萄球菌A蛋白序列(spa)分型及葡萄球菌盒式染色体(SCCmec)分型,同时进行杀白细胞毒素(Panton-Valentine Leukocidin,pvl)基因检测.结果 1 705株金黄色葡萄球菌来自SSTIs患儿,临床共分离CA-MRSA 44株,分离率仅为2.6％(44/1 705株).44株CA-MRSA共检测到2种SCCmec分型,为SCCmecⅣ和SCCmecⅤ型,分别占45.5％(20/44株)和54.5％(24/44株);13个MLST型别中,主要的MLST型别是ST121(18/44株,40.9％),其次是ST59(9/44株,20.5％);15种spa型别中,主要的spa型别是t437(18/44株,40.9％).ST121菌株有8种spa型别,以t2086常见(6/18株,33.3％),而ST59仅有1种spa型别,即t437.华中与华东地区未见ST121、ST59和t437菌株型别.44株CA-MRSA中vl阳性率为9.1％(4/44株),均来自南部地区.结论 儿童SSTIs来源CA-MRSA常见的克隆是MRSA-ST121-SCCmecⅣ/Ⅴ,CA-MRSA菌株分子流行病学已经发生变化,ST121已取代ST59成为目前主要流行株型别.
关键词： 社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 皮肤软组织感染 分子特征 儿童 中国 -
中国南方Prader-Willi综合征患儿27例临床表现及分子特征分析
目的 了解中国南方Prader-Willi综合征(PWS)患儿临床表现及分子特征,为临床筛查和进一步行分子诊断提供依据.方法 分析2012年11月至2014年11月于广州市妇女儿童医疗中心经微阵列比较基因组杂交(Array-CGH)和/或甲基化特异性PCR(MS-PCR)方法确诊为PWS患儿的临床表现和分子分型资料.结果 共诊断PWS患儿27例,其中Array-CGH确诊21例,MS-PCR确诊13例,确诊年龄16 d～16岁;男13例(48.1％),女14例(51.9％).对包括7例经Array-CGH检查在内的13例患儿行MS-PCR均出现170 bp母源片段而缺失100 bp父源片段;21例经Array-CGH确诊患儿中,18例15q11.2-q13.1区域缺失,平均片段缺失长度为(5.48 ±0.51) Mb,单纯缺失型18例患儿根据DECIPHER数据库(基于Ensembl资源的人类基因组拷贝数异常数据库)分为缺失Ⅰ和缺失Ⅱ,其中缺失Ⅰ6例,缺失Ⅱ12例,2种缺失型患儿临床表现差异均无统计学意义(P均＞0.05),2例15q11.2-q13.1区重复,1例复合杂合性79.58 Mb缺失.27例患儿均有新生儿肌张力低下和婴儿期喂养困难(100.0％),22例不哭或哭声微弱(81.5％),25例性腺发育不良(92.6％),22例皮肤色素减退(81.5％).14例1岁以上患儿中,均出现不同程度的精神运动发育迟缓和认知行为异常(100.0％),13例存在不同程度语言发育落后和/或清晰度异常(92.9％),13例(92.9％)在1～6岁[(2.80±1.32)岁]开始食欲旺盛、体质量增长过快,12例(85.7％)存在肥胖症和睡眠障碍.结论 中国南方单纯缺失型PWS患儿中缺失Ⅰ和缺失Ⅱ临床表现差异无统计学意义.中国南方PWS患儿普遍存在典型的临床特征,可作为进一步行PWS分子诊断的初步筛选指标.
关键词： 中国南方 Prader-Willi综合征 分子特征 儿童 -
男性乳腺癌研究进展
男性乳腺癌是一种罕见的特殊类型乳腺癌,患者发病年龄大,多为晚期,预后差.目前,其主要生物学特性、发生、发展和治疗原则均是由女性乳腺癌推断而来,但二者存在差异.近年来,男性乳腺癌的发病呈上升趋势,其对男性的身心有着极大影响,因此,需要对该病有新的认识.本文就男性乳腺癌的研究进展进行综述.
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Asia1型口蹄疫病毒分离株结构蛋白基因的克隆与表达
口蹄疫病毒结构蛋白氨基酸的变化是病毒抗原性变异的分子基础,大部分抗原表位位于主要的免疫原蛋白VP1上,部分非线性抗原表位位于VP2和VP3上.本研究首次成功测定了Asia1型口蹄疫病毒(YNBS/58)四种结构蛋白基因(p1区)的核苷酸序列,全长2199个碱基,编码733个氨基酸,该基因与Ind63/72、Pka3/54、Israel、China/99、C1/Germany、A22、ZIM7/83/2毒株的p1基因核苷酸序列同源性分别为88.4%、86.0%、89.3%、68.6%、67.6%、66.8%、50.3%,推导的氨基酸序列同源性分别为94.1%、93.2%、95.1%、79.9%、77.0%、76.5%、58.1%;将YNBS/58株与Ind63/72、Pka3/54、Israel株的vp1、vp2、vp3、vp4基因和编码蛋白分别进行同源性比较,发现VP1的序列变异大,VP2、VP3、VP4次之,且VP1的氨基酸变异主要集中在42-50位和137-156位.实现了YNBS/58株结构蛋白基因在大肠杆菌中的高效表达,其表达的融合蛋白以包涵体形式存在,分子量约为88kDa,占菌体总蛋白的16%左右,并利用镍柱对目的蛋白进行了纯化,纯度达90%以上,本实验为进一步研究A-sia1型口蹄疫病毒的分子流行病学、p1基因及其编码蛋白的生物学功能奠定了基础.
关键词： Asia1型口蹄疫病毒 结构蛋白基因 分子特征 表达 -
鹅细小病毒分离株HG5/82的分子特征分析
本研究应用PCR技术扩增得到GPV中国分离株HG5/82的非结构基因与结构基因,片段大小分别约为1.9kb、2.2kb的片段.将该片段分别进行克隆及序列测定,并与GPV国内外部分已发表的毒株及番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)的对应序列比较.结果表明:HG5/82株非结构蛋白(Non-structure,NS)基因长为1884bp,编码627个氨基酸.HG5/82株结构蛋白基因长为2199bp,编码732个氨基酸.序列分析结果表明,我国地方分离株与国内外鹅细小病毒相比,ns基因、vp基因均表现出较高的同源性,并且具有共同的分子特征.为进一步研究GPV的基因功能、遗传变化规律及病毒分子致病机理提供了一定的分子基础.结构基因VP3间变异较小,这是目前GPV只有一个血清型的分子基础,为基因工程苗的研制提供了可行性.HG5/82与番鸭细小病毒相应序列比较发现,与细小病毒其它成员相比两者具有较近的亲源关系,但这种同源性明显低于鹅细小病毒之间的同源性.
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鸡传染性支气管炎病毒LX4株mRNA5和mRNA6 cDNA的分子特征
本研究参照已发表的IBV基因序列设计合成了一对引物,经反转录-聚合酶链式反应(ReverseTranscription-polymerase Chain Reaction,RT-PCR)技术扩增得到我国地方分离株LX4 mRNA5和mRNA6的全部cDNA大小约1.7kb的片段.将该片段克隆并进行序列测定,与国内外部分参考毒株的相应序列比较分析发现:LX4 5a基因与已发表的国内外IBV毒株之间同源性很低,而这些参考毒株间5a基因同源性却很高(推导的氨基酸同源性在90%以上).5b基因与国内分离株D971同源性高.在所选的12株参考毒株中,LX4N基因推导氨基酸同源性与国内分离株SD/97/02高(94%),与HB次之(93%),与其他毒株核苷酸和推导氨基酸同源性在谮89%和92%以下.对已报道的N基因所编码蛋白的三个保守碱性区同源性比较发现,LX4在第66-88位与Beau、M41、H52及HB同源性均为100%.在第181-234位,推导氨基酸同源性与SD/97/02高(94%).在第334-373位推导氨基酸同源性与H120和ZJ971推导氨基酸同源性均为93%,与其他毒株在82%以下.同时还发现在C末端350-409位,LX4与H120推导氨基酸的同源性为100%,与HB次之(98%),与其他毒株在95%以下.以上研究结果提示:我国地方分离毒株LX4 mRNA5和mRNA6cDNA序列与国内其他分离株高,表明与国内其他分离株具有较近的遗传衍化关系.但在N基因序列比较及对N基因编码蛋白的局部功能区比较分析发现,LX4与H52和/或H120存在很高的同源性,这表明LX4的存在可能与我国应用IBV疫苗株H52和H120有一定的联系.
关键词： 传染性支气管炎病毒 mRNA5和mRNA6 cDNA 分子特征 -
CD30+ 间变性大细胞淋巴瘤:组织病理学、遗传学及临床特征评议
1985年,许多作者描述了一种称为间变性大细胞淋巴瘤(anaplastic large cell lymph oma,ALCL)的新的淋巴瘤类型,其被定义为:大的、通常是紧密粘着的母细胞增生,所有瘤细胞恒表达CD30分子.除了这些共同特征,患者的细胞学和肿瘤细胞抗原决定簇,以及临床特征等,在原始描述中存在异质性,这也导致了ALCL在形态学、免疫分型和临床上的数种临床亚型分类.ALCL与经典霍奇金病(cHD)在形态学和免疫表型上的重叠也被认识.在80年代末,染色体2和5的易位被发现与ALCL正相关.所有这些发现,提出一个问题:是否形态学的、免疫表型的、临床的或遗传学的类型是同种疾病的不同亚型抑或是不同的疾病?它们与霍奇金病的关系如何?在过去的5年中,ALCL及HD在分子特征方面的研究进展显著,以上的问题如今也可以得到解答.
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一起家庭聚集性麻疹暴发的病原基因型鉴定与特征分析
目的 对2014年4月中山市一起麻疹家庭聚集性暴发的病原,进行基因型别鉴定与分子特征分析,了解中山市流行麻疹野病毒的基因型. 方法 采集了3份病人的急性期咽拭子,通过RT-PCR和基因测序技术获取麻疹核蛋白基因碳末端450个核苷酸片段,分析基因型别及分子特征,并与WHO建议的参考株及沪191疫苗株进行比对,采用Neighbor-Joining方法构建麻疹核蛋白核苷酸序列系统发育树. 结果 3份病例样本的核蛋白碳末端序列核苷酸同源性为100％,均为H1型.样本序列与沪疫苗株191的核苷酸同源性为92％,氨基酸同源性为88％;与WHO参考株(Hu-nan,CH/93/7-AF045212)同源性为97％,氨基酸同源性为95％,且产生6个氨基酸替换,其中第84个位点由丙氨酸替代为丝氨酸,蛋白质极性发生改变. 结论 引起此次家庭聚集性暴发的麻疹病毒为同一来源,基因型别为H1型;病毒出现了新的氨基酸位点突变,需进一步监测与跟踪.
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肺黏液表皮样癌的分子特征
目的:探讨肺黏液表皮样癌的分子特征.方法:回顾性对2013年7月至2016年12月13例病理确诊并接受治疗的肺黏液表皮样癌临床特征和分子特点进行分析.结果:EGFR基因突变率为15.38%(2/13),且2例均为L861Q点突变,EGFR基因状态与性别(P=1.000)、年龄(P=1.000)、吸烟史(P=0.848)及分期(P=1.000)均无相关性;MAML2融合基因阳性率为45.45%(5/11),MAML2融合基因状态与性别(P=0.521)、年龄(P=0.521)、吸烟史(P=1.000)及分期(P=0.924)均无相关性(P>0.05).结论:肺黏液表皮样癌中EGFR基因常见的突变为L861Q,EGFR基因野生型患者中存在MALM2基因融合.
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肺腺样囊性癌的分子特征
目的:探讨肺腺样囊性癌的分子特征.方法:对2007年7月至2016年12月15例病理确诊的肺腺样囊性癌临床特征和分子特点进行回顾性分析.结果:EGFR基因突变率为6.67％(1/15),且为19del,EGFR基因状态与性别(P=1.000)、年龄(P=1.000)、吸烟状态(P=1.000)及分期(P=1.000)均无相关性;未见ALK融合基因和ROS1融合基因.结论:肺腺样囊性癌中存在常见基因改变,常规基因检测仍不可忽视.
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循环肿瘤细胞:新的肺癌相关肿瘤标志物
循环肿瘤细胞(circulating tumor cell,CTC)计数与乳腺癌、大肠癌和前列腺癌的无进展生存期(progression free survival,PFS)和总生存期(overall survival,OS)不佳相关.在肺癌治疗过程中,需要大量可以监测患者疾病进展的多功能肿瘤生物标志物.研究[1-2]发现,肺癌的主要治疗方法一一手术治疗,可引起CTC的增加.这有可能造成不同的残留病灶,即使是在全肿瘤切除的成功病例中也是如此.在有关肺癌的CTC研究中,CTC计数作为患者疾病进展的监测手段并不具有说服力,因为在许多肺癌患者中没有发现CTC,而且发现CTC的肺癌患者中CTC数量远远低于其他部位的癌症[3-5].为了使CTC成为肺癌的有效生物标志物,不应考虑CTC的数量,而应了解CTC的分子特征,以及其来源肿瘤的相似点和区别.在分子标记的基础上迅速确定患者疾病或者明确患者是否对治疗响应的能力可能是针对快速进展疾病的强有力的临床工具.
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Basal-like型乳腺癌的研究进展
笔者收集国内外近年有关基底细胞样乳腺癌(BLBC)临床研究的文献,对其研究进展.包括BLBC的免疫表型、临床特点及其与"三阴乳腺癌"和BRCal相关乳腺癌的关系,以及BLBC的治疗方法等作一综述.
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衡阳市女性生殖道无乳链球菌的带菌状况及分子特征
目的 了解衡阳市女性生殖道无乳链球菌的带菌状况及分离株的分子特征. 方法 收集衡阳市3家教学医院的女性生殖道分泌物棉签拭子样本,对其中的无乳链球菌进行分离、鉴定和药敏分析,并对分离株的耐药基因、血清型、菌毛岛类型进行分析. 结果 无乳链球菌的检出率为0.88%(3/339).1株分离株保存失败,另外2株分离株HY66和HY9-2均对四环素和红霉素耐药,并携带ermB和tetO耐药基因.此外,HY9-2对克林霉素、左氧氟沙星、加替沙星耐药,还携带tetM和tetL耐药基因.2株分离株的血清型为Ⅲ型,同时携带PI-1和PI-2a菌毛岛. 结论 衡阳市女性生殖道无乳链球菌的带菌率低.分离株都对红霉素和四环素耐药,并出现了多重耐药菌株.为防治无乳链球菌的感染,应加强无乳链球菌的流行及耐药情况监测.
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两株人H7N9禽流感病毒的全基因组测序及分子特征分析
[目的]对两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的人H7N9禽流感病毒进行全基因组测序,研究其来源、基因组特征以及相互间的分子差异,旨在了解毒株的遗传进化特征与其致病性及其所致疾病临床类型的关系,为进一步阐明H7N9禽流感病毒的致病机制提供科学依据.[方法]选取两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的H7N9禽流感病毒进行全基因组序列测定;运用生物信息学软件比较分析两株病毒的遗传进化关系、基因组特征、受体结合位点、宿主特异性位点及致病相关位点等重要分子特征;从禽流感共享数据(GISAID)下载2013年至2014年10月轻症和重症病例的病毒分离株序列,分析致病相关关键位点差异,并分析这些变异与其致病性及所致疾病临床类型的关系.[结果]这两株H7N9禽流感病毒的HA、NA和M基因来源于2013年华东地区流行的H7N9禽流感病毒,NP、NS、PA、PB1和PB2基因来源于2013年在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒;H7N9禽流感病毒PA蛋白L336M和PB1蛋白I368V的突变率随流行时间的延长而逐渐上升,并存在地区差异;两株病毒各基因核苷酸同源性达到99.2％以上,氨基酸同源性在99.5％以上,但各基因节段存在个别氨基酸的差异,其中HA受体结合位点存在一个关键氨基酸的差异(226L和226 Q),宿主特异性位点存在两个关键氨基酸的差异(PB2-591L和PB2-591Q,PB2-627E和PB2-627K),毒力位点存在两个关键氨基酸差异(PA-353R和PA-353K,PB2-627E和PB2-627K);M2均发生了S31N突变;潜在糖基化位点均相对保守;2013年至2014年10月报道的重症病例病毒分离株PB2蛋白E627K突变率高于轻症病例分离株.[结论]两株来自不同临床类型的H7N9禽流感病毒是一种新的重组病毒,是由华东地区流行的人H7N9禽流感病毒和在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒基因重组而来;H7N9禽流感病毒的某些致病相关的关键氨基酸位点在流行的过程中不断发生变异,必须密切监测毒株的变异动向;两株致病力不同的病毒各基因节段虽然同源性较高,但存在关键氨基酸位点的差异,其中PB2蛋白627位氨基酸位点的差异可能对病毒的致病性起重要作用,与所致疾病临床类型相关.
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新型靶向治疗人表皮生长因子受体2过表达乳腺癌
乳腺癌(breast cancer)是一种多基因参与、多步骤发生的高度异质性肿瘤,其病理和组织学分类相同的患者对同一治疗的疗效反应存在很大的差别.随着分子生物学的发展,乳腺癌诊断从传统的病理学和组织学分类,走向了以分子标志物为基础的预测方案.乳腺癌的分子特征更精确预测疾病复发风险,指导治疗用药选择.
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血管紧张素受体研究新进展
血管紧张素受体(ATR)是肾素-血管紧张素-醛固酮系统(RAS)的重要组成部分,在调节人体血压及电解质平衡等方面起重要作用.近年来,人们对于ATR的分子特征、生物学功能、信号转导及其基因多态性的研究不断深入,同时ATR基因多态性与肾病、高血压及冠心病的研究亦日益引起人们的关注.本文对ATR的研究现状作一综述.
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以放疗为主的鼻咽癌个体化治疗
早在2006年,根据鼻咽癌的放射生物学行为,我们提出了鼻咽癌可分为四种类型,即放射敏感不易转移型、放射抗拒不易转移型、放射敏感易转移型和放射抗拒易转移型[1].以此为基础,我们进一步研究,建立了不同放射敏感性的鼻咽癌细胞株[2],提出了P53-P21信号途径和DNA-PK/ATM 基因参与鼻咽癌辐射抗拒性调节的分子机制[3-5],通过临床实验和临床治疗筛选出与鼻咽癌放射敏感性和预后相关的标志物[6-21],进一步开展基于临床生物学行为和分子特征的鼻咽癌个体化治疗方案的研究.目前鼻咽癌的治疗是以放射治疗为主的综合治疗,如何进一步提高鼻咽癌的治疗疗效,减少和减轻治疗所带来的后遗症和并发症?我们在临床上对鼻咽癌的诊疗过程中,需要在规范化诊治的基础,充分地开展个体化的治疗.本文将中山大学肿瘤防治中心放疗科近20年来对鼻咽癌放射生物学特性的研究及以放射治疗为主导的鼻咽癌个体化治疗的研究进行总结.
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乳腺癌腋窝淋巴结状态与分子病理特征的关系及临床意义
目的：探讨乳腺癌腋窝淋巴结状态与分子病理特征的关系及其临床意义。方法：回顾性分析300例乳腺癌患者腋窝淋巴结转移（LNM）、淋巴结转移数（PLN）及淋巴结转移率（LNR）与临床分子病理特征的关系。结果：300例乳腺癌患者中Luminal A型LNM阳性率低，为31．0％（13／42），与其他分子分型相比差异有统计学意义（P ＜0．05）；144例腋窝LNM阳性乳腺癌患者中，不同分子分型的LNR 及PLN 无明显差异（P ＞0．05）。 PLN 和LNR 均与E-cadherin 表达呈负相关（P ＜0．05），与肿瘤直径和 TNM 分期相关（P ＜0．05），而与患者年龄、月经状态及组织学分级相关性无统计学意义（P ＞0．05）。结论：乳腺癌ER、PR、HER-2及Ki67联合表型表达（分子分型）参与腋窝淋巴结转移的发生，而E-cadherin表达缺失和肿瘤直径增长促进了淋巴结转移的进展。
