首页 > 文献资料
-
云南省部分地区鼠类与人自然感染恙虫病东方体调查
目的 了解云南地区鼠类和人自然感染恙虫病东方体的情况.方法 采用鼠夹和鼠笼捕鼠,从鼠类脾脏及人血中提取DNA,应用巢式聚合酶链反应扩增恙虫病东方体(Ot) sta56基因,并进行基因序列测定分析.结果 捕获小型哺乳动物7属11种485只,收集到不明原因发热病例血液样本23份.从动物脾脏样本中检出Ot sta56基因片段2份(HHSP65和HHSP112),阳性率0.41％;序列分析显示两者同源性100％,而与中国台湾TT071 la株的同源性高为89.6％,与日本Kawasaki株的同源性为79.7％;进化树分析显示HHS65与TT0711a株不在同一分支上.从不明原因发热患者血液样本中检出Ot sta56基因片段1份(DLRX9),阳性率4.35％;序列分析显示该序列与泰国PG9和Li3b株及中国浙江Jin/2012株的同源性高,均为98.4％,与Karp株的同源性为81.9％,与HHSP65株的同源性64.8％;进化树显示DLRX9与泰国PG9和Li3b、中国浙江Jin/2012株在同一分支上.结论 病原学初步证实引发云南地区恙虫病流行的Ot不仅有Karp基因型Ot,还有新型Ot,该新型Ot可能为日本Kawasaki类似株.
-
单纯疱疹病毒实验室检测方法的研究进展
单纯疱疹病毒(HSV)感染是由HSV侵犯皮肤黏膜,引起炎症、水疱、糜烂、溃疡性病变的一种疾病,根据抗原性不同.可将HSV分为HSV1型和HSV2型,两者虽有约50%的基因同源性,但HSV1主要引起腰以上部位,如眼、口、唇的皮肤黏膜以及中枢神经系统的感染[1].
-
狂犬病疫苗株病毒aG株全基因序列测定及特征分析
对我国狂犬病疫苗生产株aG株进行全基因序列测定分析,为完善aG株毒种的质量控制提供数据支持.将aG株病毒全基因组RNA分成8段进行RT-PCR分段扩增,其中基因组5'末端采取5 ’RACE方法,将PCR扩增产物分别克隆人pGEM-T载体中,测定序列并拼接获得病毒全基因序列；用DNAStar软件包中的相应软件对基因全序列进行分析,并与国内外主要狂犬病疫苗生产株进行基因同源性分析和主要抗原位点比较.aG株病毒基因组序列全长11 925bp(GenBank登录号为JN234411),属基因Ⅰ型狂犬病病毒；各疫苗株生物信息学分析表明,各株病毒存在同源性差异.本研究获得了aG株病毒全基因组序列,对aG株基因特征进行了分析并将其与国内外疫苗株进行了比较,为完善其质量控制提供了参考和数据支持.
-
中国狂犬病疫苗生产株CTN-1全基因序列分析
本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础.利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CTN-1全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组序列的同源性;再以糖蛋白(G)基因为模板,用ClustalX和MEGA4软件进行系统进化分析.测序结果表明CTN-1全基因组序列的长度为11 925nt(GenBank登录号FJ959397),序列分析表明CTN-1为基因I型;CIN-1株全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组之间的同源性是81.5%～93.4%;与美国蝙蝠分离株SHBRV 18的同源性低.仅为81.5%;与新近从中国国内分离的野毒株HN10株的同源性高,达93.4%.系统进化分析结果表明,CTN-1与国内不同地区大多数分离的狂犬病街毒株聚类于同一组内;而我国另一疫苗株aG株与国外疫苗株如Flury、PM、PV、ERA、RC-HL和个别中国街毒株分在另一组内.G基因氨基酸对比也显示CTN-1株与国内大多数街毒株的同源性高于其他疫苗株,结果说明CTN-1株较其他疫苗株病毒更适合制备用于预防中国狂犬病的灭活疫苗.
关键词： CTN-1狂犬病疫苗株 全基因组序列 基因同源性 进化分析 -
从我国分离的3株蛙虹彩病毒与蛙病毒3型主要衣壳蛋白基因同源性的比较
近年,由虹彩病毒引起的爬行动物、两栖动物和鱼类疾病已在美洲、欧洲、亚洲和澳洲等地普遍流行[1].
-
从我国分离的3株蛙虹彩病毒与FV3主要衣壳蛋白基因同源性的比较
近年来,由虹彩病毒引起的爬行动物、两栖动物和鱼类疾病已在美洲、欧洲、亚洲和澳洲等地普遍流行[1].虹彩病毒科(Iridoviridae)成员是直径大小为120nm～300nm的球形病毒,其基因为单分子线状双链DNA[2].形态学和血清学研究已初步揭示蛙虹彩病毒属(Ranavirus)有某种程度的相似性[1].分布于世界各地的虹彩病毒是否都具有基因同源性?同源性有多大?为了回答上述问题,Mao等首先对蛙虹彩病毒的代表株,即早年从美国分离到的Frog virus3(FV3)进行了分子生物学研究,克隆并测出了主要衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因的序列,由此建立了水生动物虹彩病毒比较分子生物学方法[3,4].
-
超广谱β-内酰胺酶基因分型的初步研究
按质粒所携带编码基因同源性的不同，将超广谱β-内酰胺酶(Extended spectrum β-lactamases,ESBLs)分为4类，即TEM型、SHV型、TEM/SHV混合型和非TEM/非SHV型(包括PER、TOHO、CTX-M、OXA型等)。本文报告绍兴地区产ESBLs细菌基因分型的初步结果。 临床标本分离、并经纸片扩散法确证为产ESBLs的细菌42株(其中大肠埃希菌26株，肺炎克雷伯菌16株)。用PCR进行酶基因分型。PCR扩增引物，根据TEM-1和SHV-1编码基因序列设计，TEM引物序列分别为：5′-TCGGGGAAATGTGCG-3′和5′-TGCTTAATCAGTGAGGCACC-3′；SHV引物为5′-TCGGCCTTCACTCAAGGATG-3′和5′-TCCCGCAGATAAATCACCA-3′。待测菌株用碱裂解法提取质粒DNA。PCR反应体积为100μl，含1×PCR反应缓冲液，3.5mmol/L Mg2+,200μmol/L dNTPs,500μmol/L引物，1.6U Taq酶(Promega)，10～100ng质粒DNA模板。
-
表达ureB/hlyE融合蛋白的重组减毒鼠伤寒沙门疫苗菌预防幽门螺旋杆菌感染
目的:建立表达幽门螺杆菌(H pylorr)尿素酶B亚单位(UreB)与血溶素E(hlyE)融合蛋白的减毒沙门疫苗菌,并利用H pylori小鼠感染模型,研究该疫苗菌对H pylori感染的免疫保护作用.方法:利用分子克隆技术构建携带ureB/hlyE融合基因的重组原核表达质粒pTrc99A-ureB/hlyE,经PCR及酶切鉴定后测定其基因序列,并与GeneBank中相关序列进行同源性比较.pTrc99A-ureB/hlyE转化减毒伤寒沙门菌SL3261,培养后筛选阳性菌落,抽提质粒进行PCR及酶切鉴定.表达的UreB/hlyE融合蛋白SDS-PAGE电泳和Western-blotting进行鉴定,薄层扫描分析蛋白含量.实验小鼠随机分成4组,分别灌胃给予生理盐水组、减毒鼠伤寒沙门菌SL3261组、携带pTrc99A-ureB的SL3261组、携带pTrc99A-ureB/hlyE的SL3261组.免疫后4 wk,予Hpylori107CFU/只进行攻击(生理盐水组不攻击).攻击4 wk后处死动物,取胃组织分别行改良Giemsa染色及定量细菌培养,观察H pylori定植情况.结果:核苷酸序列测定及同源性分析证实,原核表达质粒pTrc99A-ureB/hlyE中所含的H pylori-ureB及hlyE基因与GeneBank中的H pylori-ureB和hlyE基因同源性分别为97.42%(1 663/1 707)、99.78%(910/912).重组减毒沙门氏菌可表达约100ku的融合蛋白UreB/hlyE,含量占全菌体蛋白含量的15%;表达的融合蛋白能与小鼠抗H pylori血清特异性反应,具有良好的免疫原性.动物实验证实,疫苗组同空白对照组和SL3261组相比,H pylori定植密度明显下降,有显著性差异(P＜0.05).表达UreB/hly蛋白的疫苗株组同表达UreB蛋白的疫苗株相比,H pylori定植密度明显下降,差异有统计学意义(P＜0.05).结论:重组疫苗菌对小鼠H pylori感染具有一定免疫预防作用,hlyE可以增强疫苗株的免疫保护效果.
-
亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌的碳青霉烯酶基因及同源性分析
目的 研究本院近3年临床分离的亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌耐药现状、同源性及碳青霉烯酶基因型.方法 收集2006年1月-2009年7月临床分离存活的、非重复的亚胺培南耐药及敏感对照株鲍曼不动杆菌,进行扩增性rDNA限制性酶切片段分析(ARDRA)分子鉴定菌种,采用琼脂稀释法测定菌株对美罗培南、亚胺培南等抗菌药物的MIC;采用基因间重复序列引物PCR(REP-PCR)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析同源性;用多重PCR、测序等方法分析鲍曼不动杆菌β-内酰胺酶包括TEM-1型酶、SHV-型酶、GES-型、VEB-型、PER-型及IMP-、VIM-型碳青霉烯酶和OXA型碳青霉烯酶分布特点.结果 274株亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌(CRAB)对头孢菌素类、头孢哌酮/舒巴坦、阿米卡星、喹喏酮类抗生素敏感率＜10%,对米诺环素敏感率为41.2%;对多黏菌素B 100%敏感.2006年1月-2009年7月期间共检出5个克隆,主要为A1耐药克隆株于不同病房的暴发流行.β-内酰胺酶检测出OXA-23、-66、-69、-72、-58型碳青霉烯酶及PER-1型酶.blaOXA-23-like与blaOXA-51-like基因同时存在的CRAB株为53.6%(147/274).未检出IMP-、VIM-型碳青霉烯酶及TEM-1型酶、SHV-型酶、GES-型、VEB-型β-内酰胺酶.结论 CRAB克隆株的传播是造成我院碳青霉烯类耐药率增加的重要原因.OXA-51-like、OXA-23型酶为对CRAB对碳青霉烯类耐药的主要碳青霉烯酶.
-
质粒介导AmpC酶的研究进展
随着广谱抗生素滥用的巨大压力,细菌经过突变和选择及耐药基因的传播,使耐药菌株逐渐增多.据我国2001年院内感染监测资料,产AmpC酶菌株已占我国院内感染病原体的17.3%,约占革兰阴性杆菌的1/3,可见产AmpC酶革兰阴性杆菌已逐渐成为医院感染的流行菌.近年研究发现AmpC酶不仅由染色体介导,也可由质粒介导,且质粒介导者因具其有较快的传播速度和较强的耐药性,日益受到人们的重视.本文阐述了质粒介导AmpC酶的流行病学,生化特性及基因同源性,遗传特征以及质粒介导AmpC酶的检测和治疗对策.现综述如下.
-
鲍曼不动杆菌30株基因同源性分析
鲍曼不动杆菌广泛存在于人体皮肤、呼吸道和泌尿生殖道,是引起医院内感染的常见机会致病菌.目前世界上已有多个国家和地区报道多重耐药鲍曼不动杆菌医院感染爆发流行[1],给临床治疗带来极大困难.为了解河北省临床分离的鲍曼不动杆菌的耐药情况,我们对2004年12月至2008年8月从河北省3家医院分离的30株鲍曼不动杆菌的耐药谱进行了测定,并检测其耐药基因携带情况,采用ERIC-PCR方法对不同医院的分离株进行基因同源性分析,为及时控制多重耐药菌株的进一步传播提供实验依据.
-
在大肠杆菌K99(中国QH株)菌毛形成亚单位基因(fanC)的克隆和测序中发现IS1插入序列
目的构建大肠杆菌K99菌毛表达载体.方法通过逐级亚克隆的方法克隆K99菌毛形成亚单位基因(fanC),并进行序列测定和fanC亚单位的抗原决定簇模拟,以确定突变部位.结果克隆了包括K99菌毛形成亚单位基因(fanC)和部分fanD基因在内的一段基因,该基因与国外报道相比明显偏大.序列测定表明: 在fanC尾部多出24bp,在fanC与fanD的结合部有一800bp左右的新基因.经与基因库中大肠杆菌基因作同源性比较发现,该新基因为768bp的插入序列IS1.其他基因为K99自身fanC与fanD片段之间的过渡基因.IS1的插入未改变fanD基因的阅读框架,只是使fanC片段末端增加了8个氨基酸.fanC亚单位的抗原决定簇模拟结果显示,K99 fanC片段具有一个非常突出的亲水区域,根据经验它应是抗原决定簇所在的部位.结论首次发现大肠杆菌K99基因中含有插入序列IS1.
-
p73、p51基因与大肠癌的研究进展
越来越多的实验证实,肿瘤是一种细胞周期病[1],是由于一种或多种细胞周期因子调节失控所造成.癌基因的激活和抑癌基因的失活是导致实体肿瘤发生的重要的分子生物学基础,p53基因是迄今为止发现的与人类肿瘤相关性高的抑癌基因,自1997年,在基因同源性的基础上相继发现了p53家族的新成员--p73、p51基因,二者具有和p53相似的结构及诱导凋亡、转录活化、细胞周期调控等活性.然而p73、p51的某些蛋白因为N端和C端的不同结构特点,又具有与p53截然不同的甚至是互相拮抗的生物学功能,深入了解它们彼此的相似性、差异性,可对研究肿瘤的发生机制和对肿瘤的基因治疗提供帮助.近年来有关p73、p51基因在大肠癌中的异常表达已引起国内外学者的广泛关注,本文就p73基因、p51基因的研究现状及其在大肠癌中的表达及意义作一综述.
-
鲍曼不动杆菌基因同源性分析
目的探讨我院2001年8月至2002年3月临床分离到鲍曼不动杆菌是否存在基因同源性.方法用脉冲场凝胶电泳分析对这一时期的鲍曼不动杆菌进行分型,明确其是否为同一菌株的克隆.结果 25株鲍曼不动杆菌有7株对碳青霉烯类等多种抗生素耐药,脉冲场凝胶电泳将其分为:A型2株,A1型2株,A2型1株.A1型与A2型之间的相似系数达94.6%,它们与A型的相似系数达84.9%,其余2株各有独特的脉冲场凝胶电泳分型; 18株对碳青霉烯类敏感的鲍曼不动杆菌之间无同源性依据.结论 5株耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌有高度同源性,菌株1767极可能是此次医院感染的源头.
-
TEM-104编码基因的克隆与原核表达
随着超广谱β-内酰胺类抗生素(如头孢噻肟、氨曲南和头孢他啶)在临床上的应用,首先在肠杆菌科细菌中发现了超广谱β-内酰胺酶(ESBLs),其由肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌、奇异变形杆菌、粘质沙雷菌、阴沟肠杆菌、不动杆菌和铜绿假单胞菌等产生[1],且能使第3代头孢菌素和单环类抗生素失活.截止2001年12月12日,在全球范围内至少已发现150多种ESBLs.根据其编码基因同源性的不同分为TEM、SHV、CTX-M、OXA和其他等五类,其中以TEM和SHV型多见,他们分别由广谱酶TEM-1、TEM-2和SHV-1编码基因中数个位点发生点突变而来.各国各地区流行的ESBLs基因型各不相同.我们对浙江地区临床分离的4株肺炎克雷伯菌和5株大肠埃希菌所产ESBLs编码基因进行克隆、序列分析、基因型鉴定和原核表达,结果如下.
-
产NDM-1型碳青霉烯酶肠杆菌科细菌的耐药性及同源性分析
目的 调查产新德里金属β-内酰胺酶1(NDM-1)细菌感染的流行情况及菌株同源性.方法 对产NDM-1型碳青霉烯酶肠杆菌科细菌进行细菌鉴定;用K-B法和E-test法检测抗菌药物敏感性;碳青霉烯酶表型筛选、改良Hodge试验、EDTA及E-test法同时测定金属酶;PCR检测blaNDM-1基因;用基因组重复序列PCR(Rep-PCR)检测基因同源性.结果 13株产NDM-1型碳青霉烯酶肠杆菌科细菌主要为肺炎克雷伯菌,除对阿米卡星、庆大霉素、氯霉素、四环素及左氧氟沙星耐药率＜50％外,对其余抗菌药物几乎全耐药.13株可分为两个克隆组,说明我院存在产NDM-1型碳青霉烯酶肠杆菌科细菌的局部流行,以ICU较为突出.结论 产NDM-1型碳青霉烯酶为我院肠杆菌科细菌产碳青霉烯酶的主要型别,且已在ICU中局部流行.
关键词： 新德里金属β-内酰胺酶1 碳青霉烯酶 肠杆菌科细菌 基因同源性 -
嗜麦芽窄食单胞菌基因同源性分析
目的 了解2005-2010年安徽省临床分离的嗜麦芽窄食单胞菌并通过基因同源性分型,推测菌株地流行性趋势,为控制医院感染的发生提供科学的理论依据.方法 收集安徽省细菌耐药监控网中的34家不同级别医院2005-2010年(每年9月1日-30日)临床分离的嗜麦芽窄食单胞菌188株,采用全自动微生物分析仪对标本进行重新鉴定.提取全基因组DNA,应用随机引物PCR方法对菌株进行基因分型分析菌株克隆流行传播情况.结果 对188株基因分型,发现2005、2007及2009年的菌株均表现不同的基因亚型;2006年678和702号、2008年的824和826号、2010年的186和18号菌株分别是同一基因亚型,追踪临床资料发现它们均来自于同一医院同一科室,说明可能存在同一克隆株在院内传播的情况.结论 同一克隆株的嗜麦芽窄食单胞菌在同一医院同科室的出现,提示该菌有造成医院感染流行的隐患,因此临床医生在控制基础疾病抗感染的同时,应该高度警惕此菌的存在,及时采取措施,减少该菌的临床感染及流行.
-
安徽地区腹泻病人粪便标本中沙门菌分离及其血清型鉴定
目的 了解安徽地区近期临床分离沙门菌血清型、药物敏感性、毒力基因携带及血清型相同菌株的基因溯源情况.方法 应用血清凝集法检测沙门菌的血清型,微量肉汤稀释法检测药物敏感性,PCR法扩增毒力基因,PFGE法检测基因同源性并进行溯源.结果 43株沙门菌中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌分别占(39.5％/29.6％).43株菌对四环素、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、萘啶酸和氯霉素的耐药率分别为(60.5％/39.5％/37.2％/30.2％),43株菌均携带InvA和InvE毒力基因,鼠伤寒沙门菌基因同源性较低,肠炎沙门菌基因同源性较高.结论 本次安徽地区临床分离的沙门菌以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主,其他血清型散在分布.对常规抗生素呈较高的耐药性,分离菌株均携带毒力基因对人体具有致病性.本地区流行的鼠伤寒沙门菌大部分来源于不同的基因克隆株,亲缘关系较远.而流行的肠炎沙门菌大部分来源于同一克隆株或亲缘关系较近的克隆群体.
-
新疆出血热病毒S基因片段的测序和分析
新疆出血热(Xinjiang Hemorrhagic Fever,XHF)既克里米亚--刚果出血热(Crimean Congo Hemorrhagic Fever,CCHF)在我国新疆地区严重流行,病死率较高;近几年XHF的抗体也在许多省区的家畜或人血清中发现,是又一个不容忽视的公共卫生问题.为认识XHF病毒的本质,从分子水平揭示其基因结构与功能的关系,寻找传播及流行的原因,对1965年分离自我国首例病人及1984年分离自蜱的两株XHF病毒进行了S基因片段的克隆测序和分析.结果两株病毒核苷酸序列同源性为96.7%,与已经发表的1968年分离自我国蜱(HY13)和羊(C68031)的两株病毒核苷酸序列同源性均较高(96.7%～99%);与其它CCHF病毒相比S基因同源性为77.4%～92.7%.计算机绘出的系统发生树状图显示我国分离的四株病毒形成一单个群体并进一步分为三组,提示流行源自我国.
-
产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌耐药性及基因同源性研究
目的:分析产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌耐药性,并对其同源性进行研究.方法:对56株临床分离的产ESBLs大肠埃希菌进行药敏结果分析,同时采用重复序列聚合酶链反应技术(rep-PCR),以基因外重复回文序列(REP)为引物,对其基因组DNA进行扩增并分型.结果:产ESBLs大肠埃希菌对亚胺培南、美罗培南、阿米卡星、哌拉西林+他唑巴坦、阿莫西林+克拉维酸的耐药率较低,对第二、三、四代头孢菌素的耐药率较高,达90%以上,对阿莫西林、哌拉西林的耐药率为100%;REP-PCR将大肠埃希菌分为6种基因型(A～F),其中A型含13株,B型有32株,为主要的流行型别.结论:产ESBLs大肠埃希菌耐药现象严重,但对碳青霉烯类保持着高度敏感性;基因同源性分析结果表明我院三个病区存在着两种型别大肠埃希菌的感染流行.
