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2014-2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒监测与遗传进化分析
目的 对广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒流行情况和基因进化特点进行监测分析,为人感染H7N9禽流感防控提供研究数据.方法 采集2014-2017年广州市禽类市场外环境标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测H7N9禽流感病毒并绘制血凝素(HA)基因遗传进化树,分析H7N9禽流感病毒流行特点和基因进化特点.结果 2014-2017年累计检测外环境标本28 252份,检出H7N9阳性标本888份,阳性率为3.14％.检出率2015年低,2014年高,分别为1.60％和3.89％.2-5月出现H7N9禽流感病毒流行高峰,4月检出率高为13.00％.测序分析结果显示,HA基因核苷酸同源性为88.6％～100％,氨基酸同源性为92.0％ ～ 100％.裂解位点分析发现,2017年外环境开始出现高致病性H7N9病毒.进化分析发现,HA基因呈现多进化分支特点.结论 2014-2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒持续存在且病毒变异较快,呈现基因多样性.2017年外环境已发现高致病性H7N9病毒,近年病毒HA基因归属于华南分支,呈现本土化,同时监测到来源于野鸟的另一独立分支的病毒存在,提示加强本地区野鸟H7N9禽流感病毒监测的必要性.
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2013-2014年杭州地区季节性A (H3N2)流感病毒PB1基因及其编码蛋白的遗传进化特征研究
目的 分析2013-2014年杭州市季节性A(H3N2)流感病毒PB1基因及其编码蛋白的变异情况,揭示其分子特征与遗传进化趋势.方法 对分离得到的78株流感病毒PB1基因进行扩增和测序,采用序列多重比对、突变位点比较分析和构建进化树等方法进行遗传进化分析.结果 78株流感病毒PB1基因的核苷酸序列和编码蛋白序列一致性分别为97.89％～100.00％和99.08％～ 100.00％,PB]-F2蛋白短肽的序列一致性为44.44％～ 100.00％;PB1蛋白氨基酸序列与参考株A/Texas/50/2012相比,在十多个位点均发生了氨基酸突变,其中V212M、R215K、E331D、A374S氨基酸突变频率较高;PB1-F2蛋白长度分析发现了5种不同的PB1 F2蛋白,其中3种为全长蛋白(90、87、79) aa,2种为截断型PB1-F2蛋白(52,24) aa;构建系统进化树发现78株H3N2毒株PB1基因及其编码蛋白均在同一个支系上,与同期流行季的疫苗株进化关系较近,第三个流行高峰(2014年6～10月)进化关系相对更集中.结论 2013-2014年季节性A (H3N2)流感病毒PB1蛋白氨基酸位点发生了部分重要突变,病毒PB1基因及其编码蛋白的遗传进化以及截断型PB1-F2蛋白的集中出现,可能促使病毒的复制能力和毒力发生变化,并终导致其流行传播趋势的改变.
关键词： A (H3N2)流感病毒 PB1 PB1-F2 遗传进化 -
2009-2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因的遗传进化分析
目的 了解2009年7月以来杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)的变异情况,分析其遗传进化特征.方法 在流行季节采集发热病人咽拭子样本,经病毒分离培养及亚型鉴定后,用特异性引物扩增NA基因,测序并分析其遗传进化特征.结果 2009年7月至201 1年3月,共检测监测样本1 898份,流感病毒阳性率为37.9%.期间经历了两次甲型H1N1流感病毒流行高峰.各时间段分离株间NA基因高度同源,序列相似性97.9%～100%,但2010/2011年流行株在进化树上分为两支,且与2009/2010年流行株遗传距离相对较远.进一步分析后发现,虽然耐药位点、酶活性位点及其附近氨基酸相对保守,但多个氨基酸变异发生于抗原决定簇上,且增加了NA蛋白茎部第42位糖基化位点.结论 结果预示着酶抑制剂类药物对预防和治疗甲型H1N1流感病毒仍将有效,但在开发新疫苗时应该尽可能的避开已经发生漂变的抗原决定簇.
关键词： 甲型H1N1流感病毒 神经氨酸酶 遗传进化 突变 -
鸭源H9N2AIV血凝素基因序列比较
为明确国内外鸭源H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素基因(hemagglutinin,HA)的遗传进化关系、血凝素蛋白裂解位点的氨基酸结构特征和血凝素蛋白受体结合位点的氨基酸变异特征,本研究选取GenBank中登录鸭源H9N2亚型AIV HA基因,通过MEGA4.1进行比对和分析,并绘制其遗传进化树.结果表明,鸭源H9N2亚型AIV在遗传进化上分为2大谱系:即Ck-Bj-1-94-1ike和North-Ame-like,中国大陆鸭源H9N2亚型AIV和亚欧美其它国家鸭源H9N2亚型AIV在遗传进化上分居完全不同的谱系,相互之间遗传进化关系较远.从血凝素受体结合位点看,亚欧美国家鸭源H9N2亚型AIV在第183、190和226位点的氨基酸均为鸭源AIV经典H、E和Q,且高度保守.但中国大陆地区H9N2亚型AIV第183位为N;第190位为AorVorT,与中国大陆鸡源H9N2亚型AIV一致;第226位中国鸭源H9N2亚型AIV有相当一部分为L,且近年福建省H9N2亚型AIV分离株在此处均为L.提示我们,中国大陆地区H9N2亚型AIV鸭鸡和鸡鸭相互交叉感染较为普遍.
关键词： 鸭源H9N2亚型禽流感病毒 血凝素 遗传进化 受体结合位点 分子特征 -
2013～2017年我国H7N9亚型禽流感病毒在家禽中的流行情况分析
本实验室在2013年至2017年间对国内部分活禽市场和养殖场进行了定期的流感病毒流行病学监测,共分离到116株H7N9亚型禽流感病毒,包括109株低致病性毒株和7株高致病性毒株.H7N9亚型禽流感病毒分离株季节分布明显,分离地广泛并且分离率逐年提升.根据对表面蛋白基因HA和NA的遗传进化分析,结果显示H7N9亚型禽流感分离株之间的同源性较高,总体仍处于A/duck/ Zhejiang/12/2011 (H7N3)分支内.遗传发生树提示HA基因随时间推移不断进化,高致病性毒株起源于2015年.关键氨基酸位点分析结果显示,H7N9亚型禽流感病毒不同分支之间存在着抗原差异,并且始终保留着人和禽双受体结合特性.动物感染传播实验提示我们H7N9亚型禽流感病毒的传播方式虽局限于接触传播,但传播效率非常高.因此,为了有效控制H7N9禽流感对我国养禽业和公共卫生安全的持续威胁,加强国内H7N9亚型禽流感病毒的流行病学监测工作显得尤为重要.
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多位点分型技术应用于浙江省脑膜炎奈瑟菌基因分型研究
目的 对浙江省2004～2013年分离的54株脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)进行基因分型研究,了解菌株间的遗传进化关系.方法 参照细菌分子分型和基因组差异公共数据库(Pubmlst)提供的引物与方法,获得多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)序列型(SequenceType,ST).采用进化分析软件(Splitstree)4、聚类分析软件(eBURST) V3等处理所得序列数据,并构建遗传进化图谱.结果 54株Nm得到21个STs,其中11个STs为新发现,主要序列型ST-7和ST-4821分别占29.63％和27.78％.不同血清群其STs/ST-克隆群(Complex)有明显不同,A群菌株78.95％(15/19)为ST-7/ST-5 Complex (15/19);B群菌株STs分散,57.14％ (8/14)呈单体存在;C群菌株82.35％(14/17)为ST-4821/ST-4821 Complex.不同来源分离株其ST-Complex不同,来自病人及密切接触者分离株ST-5Complex分别占48.15％ (13/27)及33.33％(4/12)、ST-4821 Complex分别占40.74％ (11/27)及25.00％(3/12),而来自健康带菌者分离株ST-4821 Complex克隆群占40.00％ (6/15).7个管家基因的核苷酸多态性(Pi)范围为0.01298(adk)～0.11100(aroE).Splitstree 4构建径向系统进化树显示,浙江省Nm菌株分属5个分枝,主要序列型ST-7及ST4821分别分布于3分枝及2分枝中,4分枝中均为浙江省STs.eBURST V3聚类分析发现,浙江省STs/ST-5Complex基因型相对稳定,但浙江省STs/ST-4821 Complex基因型已具遗传多样性变化.结论 浙江省Nm以A群78.95％(15/19)ST-7/ST-5Complex和C群82.35％(14/17)ST-4821/ST-4821 Complex两大克隆群占绝对优势,B群57.14％(8/14)呈单体分散.浙江省A、B、C群均存在ST-4821 Complex相同基因型菌株,可能不同血清群之间已产生荚膜转换,其种群间已显示基因重组进化特征,这是中国首次从A群Nm中检出ST-4821/ST-4821 Complex及ST-5798/ST-4821 Complex菌株.
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福建宋内志贺菌临床分离株MLVA分型的初步研究
目的 评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)对福建地区宋内志贺菌的分型能力,为了解宋内志贺菌分子流行病学特征及疫情暴发时病原的溯源提供分析方法和基础数据. 方法 选择8个VNTR(Variable Number of Tandem Repeats)位点对68株临床分离株宋内志贺菌进行PCR扩增和毛细管电泳,利用BioNumerics软件进行聚类分析并构建小生成树(Minimum spanning tree,MST),结合流行病学资料分析分型结果. 结果 68株宋内志贺菌经MLVA分型后遗传关联度在20.647％～100％之间,按照100％的相似水平可分为66个MLVA型,呈遗传多态性,分辨系数为0.9986;有6个优势基因群(G1～G6),表现出时间地区聚集性.在小生成树中,芗城分离株显示不同程度的亲缘关系,形成本土流行的优势克隆群;新罗分离株来源分散,存在少数优势基因簇. 结论 福建临床分离株宋内志贺菌具有基因多态性,MLVA方法对该菌有较好的分型能力,可用于研究菌株间的亲缘关系.
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东南沿海地区1980-2015年汉坦病毒分子特征及流行病学分析
目的 探讨1980-2015年从东南沿海地区不同地域、时间、宿主、媒介及患者中分离的汉坦病毒(HV)的遗传进化及流行规律.方法 运用遗传流行病学、分子流行病学和生物信息学方法分析1980-2015年东南沿海地区(江苏、浙江、福建省和上海市)HV的S、M片段高变区基因的变异位点与频率,结合HV、宿主、媒介与生态环境4个方面及流行病学资料,分析HV在不同地域、时间、自然宿主以及重要传播媒介之间的演变规律.结果 东南沿海地区肾综合征出血热(HFRS)临床患者感染的病毒以汉滩型(HTN)HV居多,主要与76-118株同源为主,汉城型病毒(SEOV)与Z37株相似的病毒为主;为HV HTN和SEO的混合型疫区,呈现高度的地理聚集现象;鼠类携带HV以SEOV为主,病毒分支与携带宿主的种类和采集地点有关,SEOV主要来源于褐家鼠,HTNV主要来源于黑线姬鼠.结论 HV和HFRS疫区的形成和维持具有一定的内在规律.
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2012-2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒HA和NA基因遗传进化分析
目的 了解2012—2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒的流行情况以及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征.方法 收集2012年1月至2017年12月间杭州地区流感样病例12185例,实时RT-PCR检测甲型H3N2流感病毒,同时选取部分甲型H3N2流感病毒阳性样本,用特异性引物扩增HA和NA基因,进行基因测序并分析其遗传进化特征.结果 自2012年以来,杭州地区每年都有甲型H3N2流感病毒的流行.不同年龄段人群发病率存在统计学差异,趋势性卡方检验发现,随着年龄增长,发病率显著提高(Z=81.039,P<0.05).2012年以来,杭州地区流行的甲型H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇.HA和NA基因的序列一致性均为96.7％ ～100％,但在多个抗原位点发生了突变.结论 甲型H3N2流感病毒在杭州地区流感流行中具有重要地位.2012—2017年,杭州地区甲型H3N2流感病毒抗原变异明显,但目前并未发现耐药株的出现和流行.
关键词： 甲型H3N2流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 遗传进化 -
肠道病毒71型VP1及2A基因特征研究
目的 检测临床分离的肠道病毒71型(EV71)轻型、重型毒株VP1基因、2A基因的核苷酸序列,进行遗传进化途径分析.方法 将50份临床手足口病患者粪便标本处理后分离病毒,用EV71特异性引物进行RT-PCR扩增,获得EV71毒株,针对不同临床背景的标本,分别选取轻型、重型的毒株,用特异性引物分别对VP1基因及2A基因进行RT-PCR扩增,对其产物进行测序及遗传进化分析,并探讨它们之间的差别.结果 50份临床手足口病标本中有30份检测是EV71,其中轻型(手足口)13份,重型(手足口并发脑炎或心肌炎)17份.轻型和重型中各自选取5株对VP1基因和2A基因进行测序和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此10株EV71病毒和中国大陆已发表的5株EV71病毒(fuyangEU703814.1、xi_anHM003207.1、shandongEU753418.1、shenzhen-FJ607337.1、henanGU366191.1)全部属于C基因型,且核苷酸同源性较高,VP1基因和2A基因的同源性分别在94.7%～99.4%和93.6%～99.3%范围内.本次分离的10株EV71病毒与A、B基因型代表株比较,核苷酸同源性分别为81.0%～84.6%和78.4%～82.2%,差异较大.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,核苷酸同源性在87.8%～90.2%,差异≥10%,与已知的C4亚型代表株比较,核苷酸同源性在96.8%～99.6%,因此认为可将这10株病毒划分为C4亚型.在系统发生树上,这10株病毒形成一个较独立的分支.结论 EV71 C4亚型病毒在中国大陆有较广泛的传播,且毒株之间VP1基因的遗传关系紧密;2A基因在轻型和重型病例毒株之间遗传差异不大.
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杭州地区严重急性呼吸道感染住院患儿人博卡病毒感染的流行病学特征及其遗传进化研究
目的 对杭州地区严重急性呼吸道感染(SARI)住院患儿人博卡病毒(HBoV)感染的流行病学特征及其遗传进化进行研究.方法 连续收集2011年1月至2014年12月浙江大学医学院附属儿童医院SARI住院患儿病例样本共1388份,采用荧光定量PCR进行HBoV1～4及其他常见呼吸道病原体检测,采用普通PCR对HBoV1阳性样本进行VP1全基因扩增和测序,所得序列采用Clustal X和MEGA 6.0软件进行分析.采用χ2检验和Fisher确切概率法进行数据统计分析.结果1388份SARI住院患儿样本中,共检出HBoV阳性85份,阳性检出率为6.12％,其中83份(97.65％)阳性样本为HBoV1,2份(2.35％)阳性样本为HBoV2.男性和女性患儿HBoV阳性检出率分别为6.54％和5.35％(χ2=0.780,P>0.05).各年龄段HBoV阳性检出率比较,差异具有统计学意义(χ2=47.446,P<0.01).>6个月～1岁年龄段HBoV阳性检出率高,为12.84％,>3岁年龄段检出率低,仅1.64％,≤6个月和>1～3岁年龄段HBoV阳性检出率相当,为3.04％和3.33％.按季节划分,HBoV检出率高的是夏季(14.97％),其次是秋季(7.14％),春季(3.19％)和冬季(1.97％)检出率较低(χ2=58.807,P<0.01).HBoV在2011至2014年各年的检出率分别为7.39％、7.31％、5.58％和4.72％(χ2=3.447,P>0.05).合并其他呼吸道病原体感染率为62.35％,主要病原体为人鼻病毒(33.96％)、副流感病毒(28.30％)和呼吸道合胞病毒(20.75％)等.HBoV感染阳性患儿中气促和喘鸣的比例均高于阴性患儿(χ2=15.161和13.914,P值均<0.01).VP1基因序列分析发现,44株与瑞典株ST2属于同一分支,另2株毒株HZ12-S32和HZ12-S199单独成一分支.结论 HBoV是杭州地区SARI住院患儿中的重要病原体,与其他呼吸道病原体有较高的合并感染. 大部分毒株与瑞典株ST2属同一分支,HZ12-S32和HZ12-S199两株毒株进化关系较远,单独成一新的分支.
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人类猪源性流感病毒感染研究进展
猪是禽、猪、人流感病毒共同的易感宿主,猪流感和人流感病毒之间可发生交叉感染和传播.猪在流感病毒种间传播和遗传进化中起着重要作用,是流感病毒基因重组或重排的"混合器"[1-5].
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柯萨奇B4病毒jlu06株基因序列及遗传进化分析
目的 对柯萨奇B4病毒(CVB4)jlu06株进行基因序列及遗传进化分析,并探讨其与致病相关的分子基础.方法 Trizol法提取病毒RNA,RT-PCR扩增目的基因片段,测定基因组全序列,并进行序列同源性及遗传进化分析.结果 CVB4 jlu06株基因组全长7 395个核苷酸,编码2 183个氨基酸,与其他CVB4株的同源性较高,且发生了10个氨基酸的变异,与HumanCB4和POLG_CXB4亲缘关系较近,与CXB2亲缘关系较远;CVB4 jh06株与具有潜在致糖尿病性病毒株,在非结构蛋白3A区4个位点有共同的氨基酸,与非致病毒株不同.结论 CVB4 jiu06株具有典型的CVB4基因组特征,在非结构蛋白3A区发生的核苷酸和氨基酸变异可能与其致病性相关.
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中国卫氏并殖吸虫分子鉴定和遗传进化的研究概况
卫氏并殖吸虫病是我国重要的食源性寄生虫病之一,其病原体通过蜊蛄、溪蟹传播,可寄生于人体及多种哺乳动物组织、脏器内,引起肺吸虫病.我国是重要的卫氏并殖吸虫分布国度,有25个省(市、自治区)有分布卫氏并殖吸虫的报告.在卫氏并殖吸虫分类地位的研究中,仅靠形态学技术很难全面揭示该虫种的分子多样性.近些年来,随着分子生物学技术的发展,采用各种分子方法对卫氏并殖吸虫进行分类和鉴定的技术展现出很大的优势.分子遗传技术的应用也为阐明卫氏并殖吸虫的生物学、流行病学和遗传学特性提供了有效的手段和方法.但是,这些分子方法的敏感性和特异性以及其检测时间和花费又有着明显的差异,需要根据不同的研究场合使用相应的方法.分子方法的应用能更好地揭示卫氏并殖吸虫的流行病学和进化的特性,并能为该虫引起的疾病提供更为有效的诊断方法和防控手段.因此,该文概述了我国用于卫氏并殖吸虫分子鉴定和遗传进化的分子手段和方法.
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2013年南京市甲型H1N1流感病毒NA基因的进化分析
目的:调查2013年南京地区新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的分子特征,了解NA基因的变异情况,分析NA基因进化特征.方法:提取18株新型H1N1流感病毒基因组RNA,RT-PCR扩增NA基因,测序并分析其遗传进化特征和重要功能位点.结果:2013年南京分离株与国内外推荐疫苗株NA基因高度同源,序列相似性达98.2％以上.18株分离株在进化树上分为2支,与国内疫苗株接近,与国际疫苗株存在一定的遗传距离;与国内外疫苗株相比,多个位点氨基酸发生变异;1株分离株的酶活性位点119位发生了变异;部分分离株糖基化位点也出现了增加和缺失的现象.结论:南京市2013年流行株与国内外疫苗株NA基因同源性仍然较高,疫苗依然有效.2013年后期的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因累积了更多的变异,需加强监测.
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H3N2亚型流感病毒分离株遗传进化分析及其生物特性
目的 明确人流感分离株A/Guangdong/SKLRD01/2017(简写为SKLRD01)株的序列特征、分子进化及生物学特性.方法 从全球倡议分享流感数据库(GISAD)和美国国立生物信息中心(NCBI)数据库中获取研究所需的流感毒株基因组全序列,通过BioEdit7.0.9软件对比SKLRD01各节段基因与其他相关毒株序列比.用Mega 5.0软件Neighbor-Joining法绘制毒株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因进化树,并全面分析毒株的基因组序列特征、进化、传染性、致病性、药物敏感性和抗原性等.结果 SKLRD01属于典型的H3N2季节性流感病毒,其HA基因属于H3亚型的3C.2a进化分支,此分支毒株已在我国华南地区广泛流行.其NA基因与在全球范围内流行的人H3N2毒株遗传关系接近,此类NA基因在流行株中占主导地位.SKLRD01具备人际间传播的能力,呈现部分高致病性病毒特征,对奥司他韦敏感,对金刚烷胺类耐药.与疫苗株相比,SKLRD01在抗原区仅出现涉及A、C两个表位区的3个氨基酸突变,提示现有疫苗依然有效.结论 SKLRD01属于H3N2亚型季节性流感病毒,未出现较大变异.抗原性有较小漂移,注射现有疫苗依然是好的预防手段.同时需加强对这类病毒变异的监测,用来及时更新疫苗株,防止流感大流行的暴发.
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广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株监测与基因进化分析
目的 通过对广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株基因变异和进化特点进行分析,掌握本地区H7N9病毒病原学特点,为疾病防控提供参考.方法 选取2017年广州市人感染H7N9禽流感病毒阳性标本10份,提取核酸扩增HA、NA、M基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒重要蛋白突变情况和遗传进化特点.结果 广州地区H7N9禽流感病毒基因同源性差异较大,大部分毒株基因与广东毒株同源性高,部分毒株基因与河南、内蒙古等地毒株同源性高.监测到5株病毒为H7N9禽流感病毒高致病性变异株,部分病毒出现了HA蛋白Q226L的突变,提示对人呼吸道上皮细胞SAα-2,6Gal受体结合能力增加.HA蛋白和NA蛋白上糖基化位点均有一定的增加和缺失突变.HA、NA和M1蛋白上毒力相关位点均突变增强.M2蛋白均呈现耐药突变,同时监测到2株高致病性突变株出现对神经氨酸酶抑制剂的耐药突变.遗传进化结果显示,HA基因和NA基因在华南和华东分支均有分布,M1基因进化特点相对复杂,分别与华南地区H9N2、H7N9病毒,及北方地区的H7N9病毒重组.结论 2017年广州地区发现2株对达菲耐药的人感染H7N9禽流感病毒高致病性交异株.H7N9禽流感病毒在广州地区不断发生进化重组,具有遗传多样性和复杂性,提示高致病性耐药株有向华南以外地区传播的风险.
关键词： 人感染H7N9禽流感病毒 高致病性突变株 耐药 基因变异 遗传进化 -
四川部分地区禽源空肠弯曲菌MLST分型及遗传进化分析
目的 为了解四川部分地区分离到的48株禽源空肠弯曲菌间的分子特征,以对来源不同的空肠弯曲菌进行分子分型及遗传进化分析.方法 本研究参照MLST数据库,选取了空肠弯曲菌MLST分型7个管家基因aspA,glnA,glyA,gltA,tkt,pgm和uncA作为目的基因分别扩增及测序,并将所得序列经比对后进行遗传进化分析.结果 48株分离株中共含24种不同的序列型分属于9种不同的克隆系及11种独特型,其中22株分离株含有新序列型,占分离株的45.83％(22/48);9种不同的克隆系中以CC-21、CC-353、CC-464克隆系所含菌株相对较多,而克隆系CC-45、CC-48少,均为1株分离株;11种独特型共存于21株分离株中,其中以ST-8675序列型多,为8株.遗传进化树显示,属同一克隆系的不同型别间的分离株亲缘关系较近,如同属于CC-21克隆系的ST-298与ST-760型别分离株处于同一小分支、亲缘关系较近,但不同克隆系的分离株间遗传进化关系较远,鹌鹑源分离株(V13-20)单独处于一大分支与其余禽源分离株间的亲缘关系远.总体而言,不同地区、宿主来源的分离株呈现遗传多样性.结论 本研究中分离株间具有基因多样性,MLST分型为了解该地区空肠弯曲菌的遗传特性和分布特点提供了参考依据.
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云南省狂犬病病人和犬类感染狂犬病病毒及M基因序列分析
目的 调查云南省部分地区狂犬病病人和疫点犬群携带狂犬病病毒(rabies virus,RABV)状况及RABV膜基质蛋白(matrixprotein,M)基因序列分析,为狂犬病防控提供科学依据.方法 2008-2009年在云南省采集大脑组织标本606份,狂犬病病人唾液8份,脑脊液1份,用直接免疫荧光试验检测RABV抗原,用RT-PCR检测RABV核酸,对阳性标本进行M基因序列测定和分析.结果 所有标本经检测,RABV抗原和/或核酸阳性16份,其中疫点扑杀的貌似健康犬脑组织3.10％ (10/323),狂犬病病人唾液5份、脑脊液1份.狗肉餐馆屠宰犬的脑组织283份均为阴性.云南16株RABV的M基因核苷酸和氨基酸同源性分别为88.5％～100％和85.2％～99.5％.它们与中国人用疫苗株aG核苷酸和氨基酸同源性分别为83.9％～85.7％和82.3％～93.6％;与人用疫苗株CTN181核苷酸和氨基酸同源性分别为99％～99.7％和98.5％～99％.系统进化分析表明,云南16株RABV均属基因Ⅰ型并可分为进化Ⅰ和Ⅱ群并分别与泰国等东南亚国家和相邻省份流行株具有较近的亲缘关系.结论 云南省狂犬病流行与周边省份和东南亚地区的狂犬病传播扩散有一定关系;狂犬病疫点部分貌似健康犬携带RABV并具有传染源意义;云南狂犬病病毒株M基因与我国人用狂犬病疫苗CTN株的同源性和亲缘关系较近,但与aG株同源性存在.
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布氏菌分离株16SrDNA基因遗传进化分析
目的 检测内蒙古布氏菌临床分离株的16SrDNA基因序列,构建16SrDNA遗传进化树,确定该菌株的分类地位.方法 用BCSP31-PCR对临床分离株检测,再进行16SrDNA双向测序;从GeneBank下载标准参考菌株和与布氏菌有共同抗原细菌的16SrDNA基因序列;用Mega6.0进行序列比对并构建遗传进化树.结果 BCSP31-PCR结果显示均有223 bp扩增条带,16SrDNA测序得到单一基因序列;比对后发现有4处特异片段,经Blast比对,位于844-1224包括380 bp的片段为布氏菌独有;进化树显示布氏菌临床分离株与标准菌株聚在1个末端分支上,遗传距离接近0,无法精细区分相互关系;与人苍白杆菌聚集在1个亚分支上,遗传距离0.019;与其它试验菌株如霍乱弧菌、小肠结肠炎耶尔菌遗传进化距离较远,遗传距离＞0.02.结论 从遗传进化角度对布氏菌分离株与标准菌株的亲缘关系进行分析,布氏菌所有种型遗传距离接近,提示布氏菌16SrDNA为高度保守序列,不宜做遗传进化分析的靶基因;布氏菌与人苍白杆菌有较近的亲缘关系;布氏菌属16SrDNA特有的380 bp的基因片段可作为布氏菌快速鉴定的靶序列.
