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2010年山东省环境污水中脊髓灰质炎病毒的监测及其基因特征分析
本研究在山东省开展了脊髓灰质炎病毒(Poliovirus,PV)的外环境监测,从济南、临沂两地采集污水标本,浓缩处理后进行病毒分离,对分离到的PV采用中和试验进行血清定型,并对其VP1及3D区进行序列测定,分析其基因突变和重组情况.2010年,共采集污水标本32份,PV阳性10份,阳性率31.3％；分离到18株PV(PV1型3株,PV2型9株,PV3型6株),均为疫苗相关株,VP1完整编码区核苷酸变异数在0～4个之间,在3株PV2型病毒和4株PV3型病毒的基因组中发现重组；对VP1区影响神经毒力的减毒位点分析发现,PV1型病毒中有1株在nt 2 749发生突变(A→G),PV2型病毒中有1株在nt2 908发生A→G突变,3株在nt2 909发生U→C突变,6株PV3型病毒全部在nt2 493发生C→U突变.环境污水中可以分离到PV,其基因重组率和主要减毒位点的回复突变率较高,未发现脊灰野毒株和疫苗衍生株脊灰病毒(Vaccine-derived poliovirus,VDPV).
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中国首例iVDPVs病例粪便标本中病毒血清型分布和Ⅲ型iVDPVs VP1区基因特征
分析中国首例免疫缺陷疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(immunodeficient vaccine-derived polioviruses,iVDPVs)急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例(实验室编号为9230)12份便标本中病毒血清型分布和分离物中Ⅲ型VP1区的基因特征.31个省的疾病预防控制中心脊髓灰质炎(脊灰)实验室网络,在2005年采用细胞培养、病毒分离和微量中和试验从5231例AFP病例中的293例的便标本中分离到脊灰病毒,其中从1例编号为9230的AFP病例发病2～150天的12份便标本中分离到17株脊灰病毒株,包括Ⅱ型12株,Ⅲ型5株.用PCR-RFLP和ELISA两种方法对送检的293例AFP病例中分离的病毒进行型内鉴定,VP1区序列测定和分析发现:从9230号病例粪便标本中分离的12株Ⅱ型为混合不同变异数目的Ⅱ型iVDPVs,5株Ⅲ型病毒为单一Ⅲ型iVDPVs;除9230号病例外未发现其它iVDPVs或疫苗衍生脊灰病毒(vaccine-derived polioviruses,VDPVs).5株Ⅲ型iVDPVs的VP1区基因和SabinⅢ相比有22～24个碱基突变,同源性为97.33%～97.56%,是中国至今发现变异大的Ⅲ型VDPVs.9230号病例临床诊断为X-连锁低/无丙种球蛋白血症,是在中国首次发现的iVDPVs病例,该病例的病毒分离物中同时存在Ⅱ型和Ⅲ型iVDPVs,Ⅲ型iVDPVs在患者体内至少复制2.5年以上,iVDPVs病例的持续排毒已经给中国维持无脊灰状态提出了新的挑战.
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中国大陆2010年非野毒Ⅱ型脊髓灰质炎病毒基因特征分析
为维持中国无脊髓灰质炎(脊灰)状态及疫苗免疫策略的转变提供科学依据,本文对中国(不包括港澳台地区,以下同)2010年从急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例监测系统分离的123株非野毒Ⅱ型脊灰病毒(Poliovirus,PV)进行基因特征分析.利用逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription- polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增VP1编码区,并对扩增产物进行序列测定,测序结果经Sequencher 4.8、BioEdit 7.0.9和MEGA 5.0软件分析.结果显示2010年未发现脊灰野病毒(Wild poliovirus,WPV).65株PV在VP1编码区nt2 909发生突变,同时该位点又是已知的神经毒力决定位点.从云南省分离到2株疫苗衍生脊灰病毒(Vaccine-derived poliovirus,VDPVs),经流行病学和实验室检测结果分析表明,这2株都不同于以往发现的VDPVs,是新发现的VDPVs.建议加强全国AFP病例的流行病学和实验室监测和检测,为及时发现VDPVs传播和WPV的输入性暴发提供科学依据.
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吉林省2012年柯萨奇病毒A组16型基因亲缘关系及氨基酸位点变异分析
目的 了解吉林省2012年手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease; HFMD)来源的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie Virus Group A Type 16,CVA16)基因亲缘关系及氨基酸位点的变异情况.方法 收集吉林省2012年73例HFMD临床标本,病毒分离后对其中22株的VP1编码区部分核苷酸进行序列测定和分析.结果 22株CVA16中,12株为B1a基因亚型,10株为Bib基因亚型,12株B1a基因亚型氨基酸同源性为95.0％ ～ 97.8％,10株Bib基因亚型氨基酸同源性为94.3％ ～97.0％;有8株在第23位氨基酸位点发生了亮氨酸(Leucine,L)→蛋氨酸(Methionine,M)的变异,其余14株在该氨基酸位点均为L.结论 CVA16为吉林省HFMD的主要病原体之一,毒株间的同源性较高,均属于B基因群,在系统进化树上分别属于两个进化分支.
关键词： 手足口病 柯萨奇病毒A组16型 VP1编码区 基因特征 -
北京市丰台区手足口病患者肠道病毒A组71型基因特征分析
目的 研究北京市丰台区手足口病(Hand-Foot-Mouth Disease,HFMD)患者肠道病毒A组71型(Enterovirus Group A Type 71,EVA71)分离株的基因特征.方法 使用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(Real-time Reverse Transcript-Polymerase Chain Reaction,rRT-PCR)方法对北京市丰台区2013年3～9月采集于HFMD患者的咽拭子标本进行EVA71核酸检测,对检测结果为EVA71阳性的标本,用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离,对分离到的EVA71毒株进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.结果 在81份咽拭子标本中,有26份经rRT-PCR方法检测为EVA71核酸阳性,分离到6株EVA71,VP1编码区有6个散在位点(43、58、164、184、240、249)存在共变异,氨基酸组合模式为赖氨酸-丙氨酸(Alanine,Ala)-天冬氨酸-丝氨酸-苏氨酸-缬氨酸,在170位氨基酸均为Ala,在145位氨基酸均为谷氨酸.核苷酸序列分析结果表明,6株EVA71的VP1编码区核苷酸同源性为94.3％～100.0％,与C4a亚型代表株的VP1编码区核苷酸同源性高(90.0％～ 97.6％).进化树图分析结果显示,北京市丰台区EVA71分离株与C4亚型代表株处于同一分支,并在C4a进化分支的不同簇中.结论 北京市丰台区EVA71分离株为C4亚型C4a进化分支.
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中国2011年Ⅲ型脊髓灰质炎病毒基因特征分析
目的 研究中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2011年急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例粪便标本中分离到的Ⅲ型(Type 3)脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)(PVⅢ)分子生物学特征,为中国维持无脊灰提供实验室依据.方法 采用逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Pogymerase Chain Reaction,RT-PCR)对PVⅢ的衣壳蛋白VP1编码区基因进行扩增,并对PCR产物进行核苷酸序列测定和分析,对VP1编码区的核苷酸神经毒力位点和突变热点进行分析,并建立亲缘关系进化树,分析毒株间的进化关系.结果 中国2011年从AFP病例粪便标本中,共分离到159株PVⅢ,包括149株疫苗类似株PV和10株免疫缺陷相关的疫苗衍生(Immunodeficiency-associated Vaccine-derived) PV(iVDPV),未发现Ⅲ型野生型(Wild Type) PV(WPVⅢ).15株PVⅢ均在VP1编码区基因已知的神经毒力位点核苷酸2493发生突变.结论 突变热点的存在说明PVⅢ的VP1编码区的核苷酸变异并不是随机分布的,PVⅢ的VP1编码区基因突变热点可能与PVⅢ的生物学特性有一定的关系.从宁夏回族自治区发现的10株iVDPVs与以往发现的iVDPV基因进化上无相关性,证明是新发现的iVDPV.对VP1编码区的检测为继续维持中国无脊灰状态,为及时发现VDPCs传播和WPV的输入性爆发提供实验室依据.
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山西省2007年Ⅰ型疫苗衍生脊髓灰质炎病毒的鉴定和基因特性分析
目的 描述山西省2007年Ⅰ型疫苗衍生脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Vaccine-dedved Poliovirus,VDPV)的基因特征,分析该VDPV的来源及对当地维持无脊灰的影响.方法 对山西省2007年1例急性弛缓性麻痹(Acute FlaccidParalysis,AFP)病例采集的双份粪便标本进行病毒分离,并对分离到的脊灰病毒(CHN11061株)进行VP1编码区基因核苷酸序列测定和分析,然后与国内外报道的其它Ⅰ型VDPV构建亲缘进化树.结果 从该AFP病例的双份粪便标本中分离到2株Ⅰ+Ⅱ+Ⅲ混合型脊灰病毒,其中Ⅰ型毒株的VP1编码区基因核苷酸序列与PI/赛宾(Sabin)疫苗株相比变异率≥1.0%,根据世界卫生组织(WHO)的标准鉴定为Ⅰ型VDPV.VP1>码区基因进化树图表明,山西省2007年Ⅰ型VDPV与国内外至今发现的其它VDPV进化距离较远,是新发现的VDPV,不属于循环着的(Circulating)VDPV(cVDPVs),同时无证据证明患儿为免疫缺陷患者,因此将这2株VDPV归类为Ⅰ型未分类的(Ambiguous)VDPV(aVDPV).结论 结合山西省2007年Ⅰ型VDPV的基因特征和当地口服脊灰减毒活疫苗(OralPoliomylitis Attenuated Live Vaccine,OPV)免疫覆盖率情况,推测在当地存在1例免疫缺陷患者,由他/她长期携带并向外排泄变异的脊灰病毒,引起了山西省2007年VDPV感染事件.在脊灰消灭后期,应加强对可能存在的长期排毒者的发现和管理.
关键词： 疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 VP1编码区 核苷酸序列测定和分析 -
河北省急性弛缓性麻痹病例中脊髓灰质炎病毒VP1编码区基因特征分析
目的 对河北省2007～2008年急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例和密切接触者的粪便标本中,分离的脊髓灰质炎(脊灰)病毒进行VP1编码区基因特征分析,为维持无脊灰提供依据.方法 按世界卫生组织<脊灰实验室手册>进行病毒分离与血清定型,用逆转录-聚合酶链反应扩增VP1编码区基因片段,并进行核苷酸序列测定和分析,构建基因亲缘关系树.结果 河北省2007～2008年,从AFP病例和密切接触者粪便标本中共分离到脊灰病毒42株,以Ⅱ、Ⅲ型血清型为主,均为疫苗类似株,未发现野病毒和疫苗衍生脊灰病毒.结论 脊灰病毒VP1编码区基因特征分析可用于识别脊灰病毒传播途径,并对免疫规划工作具有指导作用.
关键词： 脊髓灰质炎病毒 VP1编码区 核苷酸序列测定和分析 -
宁波市手足口病优势毒株肠道病毒A组71型VP1编码区基因进化分析
目的 研究浙江省宁波市手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease;HFMD)优势毒株肠道病毒A组71型(Enterovirus Group A Type 71,EVA71)VP1编码区基因分子进化特征.方法 收集宁波市2003 ～ 2010年HFMD患者标本,2003～2007年标本经过病毒分离后利用逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)对EV、EVA71和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie virus Group A Type 16,CVA16)进行检测;2008年标本利用RT-PCR直接进行检测;2009 ～2010年标本利用实时荧光(Real-time) RT-PCR直接进行检测,选择32例EVA71阳性标本进行VP1编码区基因扩增,扩增产物经过测序后利用序列分析软件(Lasergene)进行分析.结果 宁波市2003 ～2010年共检测HFMD标本1335份,其中EV阳性1159份,总检出率为86.82％;EVA71阳性645份,占确证病例数的55.65％;CVA16阳性205份,占确证病例数的17.69％;未分型标本309份,占确证病例数的26.66％;未发现EVA71和CVA16同时阳性标本.32株代表株VP1编码区核苷酸序列的长度均为891碱基对(base pair,bp),编码297个氨基酸,核苷酸和氨基酸的同源性分别为95.2％ ～ 100％和99.3％ ～100％,与C4a基因亚型代表株的核苷酸和氨基酸的同源性高,分别为95.4％～99.2％和98％～100％.氨基酸进化位点分析表明,来源于不同病例类型的毒株在氨基酸的组成上无明显差异.在基因进化树上,32株流行株全部处于C4a基因亚型分支上,但位于不同的进化簇中.结论 EVA71是引起宁波市2008～2010年HFMD的优势毒株,也是导致HFMD重症病例和死亡病例的主要病原.来源于不同病例类型的毒株在氨基酸的组成上无明显差异.32株代表株均属于C4a基因亚型,与同期我国其他地区流行株共同进化.
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山西省2006年4例聚集性高危急性弛缓性麻痹病例分析
目的 对山西省2006年报告的4例聚集性高危急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AW)病例进行流行病学分析,并对采集的粪便标本中分离到的4株Ⅲ型脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)进行VP1编码区基因特征分析,以判断这起事件的性质.方法 按照世界卫生组织<脊灰实验室手册>进行病毒分离与血清学定型,用逆转录.聚合酶链反应扩增VP1编码区基因片段,并进行核苷酸序列测定和分析,构建基因亲缘关系树.结果 4例高危AFP病例中的3例为疑似疫苗相关麻痹型脊灰(Vaccine Associated Paralysis Poliomyelitis,VAPP),在发病时间上接近.4株Ⅲ型PV与疫苗参考株BJOPVⅢ相比,VP1编码区核苷酸同源性分别为99.7%、99.9%、99.4%、99.9%,均鉴定为疫苗相关株.基于VP1编码区核苷酸序列建立的进化树表明,4株PV之间无相关性,从3例VAPP中分离到的3株Ⅲ型PV在VP1编码区共享第2637位胞嘧啶核苷酸(C)→尿嘧啶核苷酸(U)突变位点,该位点变异导致氨基酸由缬氨酸(Val)突变为丙氨酸(Ala).结论 加强聚集性高危AFP病例和VAPP的实验室监测,早期发现PV循环并及时阻断.
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广西壮族自治区2001年急性弛缓性麻痹病例中2株C4b亚型进化分支人肠道病毒71型VP1编码区基因特征分析
目的 分析广西壮族自治区2001年急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中分离到的两株人肠道病毒71型(Human Enterovirus Type 71,HEV71)VP1编码区的基因特征.方法 对2001年AFP病例中的非脊髓灰质炎肠道病毒(Non-Polio Enterovirus,NPEV)分离培养物,进行HEV71特异性逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcript-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)检测,对鉴定为HEV71的病毒分离物,随机选取其中2株进行VP1编码区核苷酸序列测定和分析.结果 在25份NPEV分离物中,有5份鉴定为HEV71核苷酸阳性,选取GX(Guangxi,广西)01-64和GX01-71株进行进一步分析.VP1编码区核苷酸序列分析结果显示,它们与基因C型4b亚型(Subgenotype C4b)进化分支参考株的相似性高,核苷酸序列相似性为95.2％,在遗传进化树中与C4b亚型病毒株同属一个分支.与1997～2008年国内HEV71流行株的氨基酸序列比对中发现,GX01-64和GX01-71株的第22位氨基酸、多肽SP(Synthetic Peptide,合成多肽)31～33以及CD4+T(Thymus,胸腺)细胞表位上的氨基酸发生了点突变.结论 广西壮族自治区早有HEV71感染的病例可以追溯到2001年,GX01-64、GX01-71株与国内1998～2003年所分离的C4b进化分支HEV71的亲缘关系很近,提示可能存在共同的祖先,并且它们的某些可能与抗原以及细胞表位有关的氨基酸序列发生了点突变.
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Ⅰ型疫苗衍生脊髓灰质炎病毒循环的发现和基因特点
目的分析贵州省2004年Ⅰ型循环的疫苗衍生脊髓灰质炎(脊灰)病毒(cVDPVs)的基因特征,阐述cVDPVs的出现为全球消灭脊灰带来的挑战.方法2004年中国疾病预防控制中心(CDC)病毒病预防控制所国家脊灰实验室对各个省送检的每1个脊灰病毒分离株进行聚合酶链反应-限制性酶切片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和酶联免疫吸附试验(ELISA)两种方法的型内鉴定.毒株型内鉴别显示异常时,则对该株病毒进行VP1编码区全基因的序列测定和分析.结果2004年从贵州省CDC送检的脊灰病毒株(或粪便标本的复核)中,共发现9株Ⅰ型疫苗衍生脊灰病毒(VDPVs).这9株VDPVs从2例急性弛缓性麻痹(AFP)病例和4名接触者的粪便标本中分离到.其中8株分离于贞丰县挽兰乡的2例AFP病例和3名接触者,另外1株分离于贞丰县白层镇的1名AFP病例接触者.结论对9株cVDPVs的VP1编码区的序列测定和分析证实,它们有相似的核苷酸序列,共享5个核苷酸突变位点,说明VDPVs已发生了循环.cVDPVs很可能来源于2003年秋季的1次口服脊灰减毒活疫苗病毒的传播.对其中5株VDPVs的3D区和1株VDPV(8229-2)的全序列测定和分析,未发现脊灰病毒血清型之间的重组,也未发现与非脊灰肠道病毒的重组.
关键词： 循环的疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 VP1编码区 序列测定和分析 -
吉林省2009年致手足口病流行的肠道病毒71型分离株基因特征分析
目的 分析引起吉林省2009年手足口病(Hand Food and Mouth Disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Enterovirus Type 71,EV71)分离株的基因特征.方法 选择15株2009年分离于吉林省六个设区的市(州)的HFMD病例的EV71分离株,进行 VP1编码区基因全长逆转录-聚合酶链反应扩增、序列测定,使用Bioedit软件和MEGA 4.0软件进行同源性、基因亲缘关系分析.结果 吉林省2009年的15株EV71分离株均属于C4基因亚型,而且分属于四个相对独立的传播链,其中11株病毒(分离于六个市)属于一个较大的传播链,其余4株形成三个小的传播链.29.5%的吉林省分离株间比对同源性高达99.1%～99.8%,吉林省2009年分离株与安徽省阜阳市2008年以及北京市2008年的流行株间,核苷酸高同源性分别达到了99.8%和99.7%.结论 吉林省2009年至少有四个C4基因型的EV71传播链引起了HFMD的流行,并且有一个EV71优势传播链在几个省以及省内六个市持续传播,引起HFMD的流行;三个小的传播链可能为输入病毒所致.尚未发现在引起HFMD死亡、重症以及轻症的EV71分离株VP1编码区的氨基酸序列呈现规律性的区别.
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从急性弛缓性麻痹病例中分离1株VP1编码区Ⅲ/Ⅱ型疫苗重组的脊髓灰质炎病毒
目的 鉴定吉林省从急性弛缓性麻痹病例粪便标本中分离的1株VP1编码区Ⅲ/Ⅱ型疫苗重组脊髓灰质炎(脊灰)病毒[vaccine-recombinant Poliovirus(PV),VRPV].方法 粪便标本采自1例2岁吉兰-巴雷综合征病例,使用转人PV受体的小鼠肺细胞系(Mouse Cell Line Expressing the Gene for the Human Cellular Receptor for PV,L20B)细胞和人横纹肌肉瘤(Human Rhabdomyosarcoma,RD)细胞进行病毒分离,阳性标本进行中和试验(Neutralization Test,NT)鉴定血清型,并通过逆转录-聚合酶链反应进行VP1编码区扩增和核苷酸序列测定,利用Bioedit软件对该序列结果与赛宾(Sabin)疫苗株PV进行核苷酸和氨基酸序列比对,分析重组位点的位置以及核苷酸和氨基酸的变异情况.结果 该标本接种到RD和L20B细胞后,均发生了肠道病毒特征性病变,经血清学定型,结果为Ⅱ+Ⅲ型PV.VP1编码区核苷酸序列分析表明,其中的Ⅱ型PV与Sabin 2株PV比较,发生了1个核苷酸变异;Ⅲ型PV为VP1编码区Ⅲ型与Ⅱ型VRPV,与相对应的Sabin株PV相比,无核苷酸点变异,在VP1编码区重组的Ⅱ型PV序列为106个核苷酸.血清NT证明,该VRPV仍能被Ⅲ型完全中和,而不能被Ⅱ型中和.结论 虽然Ⅲ型PV株中插入了Ⅱ型抗原位点NAg3a,但Ⅲ型PV株总体的型特异性抗原特征未发生改变.PV自然重组很少发生在衣壳蛋白编码区,发现的这株VRPV中和特性与Sabin株PV相比未发生变化.
关键词： 急性弛缓性麻痹 疫苗重组脊髓灰质炎病毒 VP1编码区 -
北京市丰台区2011～2012年急性弛缓性麻痹病例监测及环境污水中脊髓灰质炎病毒监测
目的 评估北京市丰台区急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例监测系统的质量,分析环境污水中脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)的生物学特征.方法 选择吴家村污水处理厂作为监测点,2011年5月～2012年9月,每月采集监测点污水进行肠道病毒(Enterovirus,EV)分离和鉴定,并对分离到的PV进行VP1编码区核苷酸序列测定和分析.结果 北京市丰台区AFP病例监测系统保持很高的敏感性,2011、2012年＜15岁儿童AFP病例报告发病率均为1.62/10万.从环境污水中共分离到107株EV和12株腺病毒,包括28株疫苗株PV,其中Ⅰ型5株,Ⅱ型7株,Ⅲ型16株.序列分析结果表明,与赛宾(Sabin)疫苗株相比,环境监测分离到的疫苗株PV VPⅠ编码区核苷酸变异0～5个.结论 AFP病例监测和环境监测均未发现脊灰野病毒或疫苗衍生脊灰病毒.环境监测为北京市丰台区AFP病例监测系统提供了重要的补充信息,显示北京市丰台区口服脊灰减毒活疫苗接种质量较高,疫苗病毒并未在人群中形成较长时间的循环.同时分离到的非脊灰肠道病毒,为北京市丰台区外环境中的EV研究提供了重要的背景信息.
关键词： 急性弛缓性麻痹病例监测 环境监测 脊髓灰质炎病毒 VP1编码区 -
中国2009年Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因特征分析
目的 研究中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2009年从急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例监测系统中,分离到的Ⅰ型脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)分子生物学特征,为维持无脊灰状态提供依据.方法 采用逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR),对Ⅰ型PV的VP1编码区进行扩增,并对PCR产物进行核苷酸序列测定和分析;对VP1编码区的核苷酸突变热点和神经毒力位点进行分析,并建立亲缘关系进化树分析毒株间的进化关系.结果 中国2009年从AFP病例监测系统中共分离到57株Ⅰ型PV.对这57株PV进行VP1编码区核苷酸序列测定和分析,未发现PV野毒株或疫苗衍生PV.但发现5株高变异株,其中分离于两例AFP病例的两株高变异株的核苷酸序列同源性100%.同时序列比对结果表明,在VP1编码区的两个核苷酸(nt2747和nt2749)是两个突变热点.结论 根据江西省和湖北省两株高变异株的流行病学及实验室检测结果,不能排除它们之间发生了短时间的循环,有待于深入研究.同时,突变热点的存在提示毒株受到选择压力的影响,容易回复突变成野生型,从而带来一系列的神经毒力等表型方面的变化.
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新疆生产建设兵团手足口病柯萨奇病毒A6型的流行及其基因特征分析
目的 了解新疆生产建设兵团地区柯萨奇病毒A6(CVA6)的流行特点并对其基因特征进行分析. 方法 对2014-2016年新疆生产建设兵团地区收集的手足口病非肠道病毒71型(EV71)非柯萨奇病毒A16型(CVA16)阳性标本进行CVA6荧光定量PCR检测,采用RT-PCR扩增CVA6阳性标本中VP1编码区基因,并进行核苷酸序列测定与分析;利用MEGA6.06与GenBank代表株进行核苷酸同源性分析并构建系统进化树. 结果 2014-2016年采集的CVA6阳性标占在非EV71非CVA16阳性标本的82.39％,68株CVA6流行株之间VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5％～100.0％和98.9％～100.0％,系统发育树显示97条CVA6序列共形成A-D 4个分支,其中D分支进一步分为D1-D3 3个亚分支.CVA6流行株中的5株处于D2亚分支,63株处于D3亚分支. 结论 新疆生产建设兵团地区2014-2016年手足口病非EV71非CVA16肠道病毒以CVA6为主,基于VP1系统发育分析分为A-D 4个分支,D分支中的D2和D3亚分支并存,其中D3亚分支是优势流行株.
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新疆兵团2011-2016年肠道病毒71型分子进化特征分析
目的 分析新疆兵团2011-2016年肠道病毒71型(EV71)的基因亲缘关系,为手足口病的预防控制提供病原学资料.方法 采用RT-PCR扩增标本中EV71的VP1编码区基因,进行核苷酸序列测序及序列分析.利用MEGA6.06与GenBank代表株进行核苷酸同源性分析并构建系统进化树.结果 兵团37株EV71流行株之间VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.3％～100.0％和93.1％ ～100.0％,均为C4a基因亚型,分别处于7个相对独立的小的进化分支,流行株与代表株相比共有28处氨基酸位点发生了变异,有9株在第283氨基酸位点发生了由S(丝氨酸)到T(苏氨酸)的变异,在293氨基酸位点发生了由A(丙氨酸)到S(丝氨酸)的变异.结论 兵团2011-2016年EV71流行株均为C4a基因亚型,与代表株相比VP1区有28处氨基酸位点发生了变异,有9株流行株在283和293氨基酸位点发生了共同变异.
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龙岩市柯萨奇病毒B5型基因特征分析
目的 分析龙岩市2012年病毒性脑炎病例柯萨奇B组病毒5型(CVB5)的基因特征.方法 采集患者脑脊液进行病毒分离,用中和试验确定毒株血清型,用008-013 (GCRTGCAATGAYTTCTCWGT/ GGIGCRTTIC-CYTCIGTCCA)和012-011 (ATGTAYGTICCICCIGGIGG/GCICCIGAYTGITGICCRAA)两对引物分段扩增VP1区,进行序列分析.结果 从152份患者脑脊液标本中,分离出2株CVB5,其部分VP1编码区序列长度为469/434个核苷酸,编码156/144个氨基酸.2株核苷酸同源性为92％,氨基酸同源性86％;与原型株Faulkner的核苷酸同源性73％～77％,氨基酸同源性82％～91％.与2011年3株龙岩分离株的核苷酸同源性83％～92％,氨基酸同源性78％～93％.系统进化树分析显示,2株龙岩分离株同属D组基因型.结论 龙岩市2012年流行的CVB5病毒株出现了较大变异,患者可能出现神经系统并发症.应加强对CVB5株所致疾病的监测及其遗传进化的研究,为相关疾病防控提供依据.
关键词： 柯萨奇B组病毒5型(CVB5) 病毒性脑炎 VP1编码区 基因特征 -
吉林省2013年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析
目的 了解吉林省2013年柯萨奇病毒A组16型(CVA16)流行特征、种系进化及基因分型.方法 对吉林省2013年分离获得的9株CVA16阳性毒株的VP1编码区核苷酸进行扩增及序列测定,使用Mega 4.0和Bioedit软件进行序列分析.结果 9株CVA16流行株中,1株为B1a基因亚型,与3株B1a代表株相比,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为95.6％ ～ 96.8％和99.6％;8株为B1b基因亚型,与3株B1b代表株相比较,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为94.1％ ～96.1％和98.3％ ～ 100％.2013年流行株与代表株相比共发生了9处氨基酸位点变异,其中8株B1b亚型中有6株在第23位氨基酸位点发生了亮氨酸→蛋氨酸的变异.结论 B1b是引起吉林省2013年CVA16流行的主要基因亚型,并且有大部分CVA16流行株在第23氨基酸位点发生了共同变异.
关键词： 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 VP1编码区 氨基酸变异
