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汉滩病毒M片段的核苷酸序列变异和系统发生树分析
汉坦病毒(Hantavirus)是基因组分节段的负链RNA病毒,目前已可分为近20个型,而且有新的型别被不断发现,在我国流行的主要是汉滩型和汉城型,也可能有一些未被发现的其它型别.汉坦病毒不仅型别越来越多,而且即使在一个型别内,也往往存在明显的变异.现已知汉坦病毒和其它一些病毒一样,其基因组变异是一种十分普遍的现象[1,2].为了解湖北地区引起肾综合征出血热(HFRS)的汉滩病毒基因组的变异情况,从而为湖北地区HFRS的致病性、流行规律、HFRS的诊断和疫苗研制提供理论依据.应用RT-PCR和套式RT-PCR和序列分析方法对湖北地区HFRS毒株进行检测,并分别将核苷酸序列和基因组数据库中已知的核苷酸序列进行比较,并进行系统发生树分析.
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RT-PCR扩增汉滩病毒及其核苷酸序列的发生树分析
目的用RT-PCR方法扩增肾综合征出血热病人血样品中的汉滩病毒RNA,对扩增产物进行测序并分析汉滩病毒基因组的变异. 方法用引物PⅠ/PⅡ对22例血样品中的汉滩病毒RNA进行第一次PCR扩增,PⅠ/PⅡ扩增样品再用PⅠ1/PⅡ2引物进行槽式RT-PCR扩增,将扩增效果良好的PCR产物进行测序,对测序结果用生物化学软件进行同源性比较和进化树分析.其中HV226样品用引物P1/P2进行RT-PCR扩增. 结果 22例肾综合征病人血样品用PⅠ/PⅡ和P1/P2引物扩增有19例阳性,其中编号 W613、W1141样品用PⅠ1/PⅡ2进行槽式扩增后对其扩增产物直接进行测序.HV226 号样品用引物P1/P2进行扩增后,其扩增产物也直接进行测序.对该3株序列测定结果进行比较分析发现,编号W613、W1141样品核苷酸序列与HV114株的同源性为84%,而与HTN76-118株的同源性为99%.HV226号样品与HV114有95%的同源性,而与HTN76-118有82%的同源性.进化树分析表明, W613, W1141与HTN76-118株位于同一分枝,而HV226与HV114、A9株处于同一分枝. 结论湖北地区汉滩病毒至少存在2个亚型,其中W613、W1141与HTN76-118的核苷酸序列高度同源, 属于同一亚型.而HV226与HV114属于另一亚型.
