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中国新疆三个少数民族的3个STR位点的遗传多态性比较
目的探讨新疆锡伯族、哈萨克族和维吾尔族群体D7S820,D13S317和D16S539 3个STR位点的基因型及等位基因频率的分布.方法随机抽取上述民族无关个体静脉血抗凝冻存,提取DNA并用复合PCR技术,同时扩增上述3个STR位点,PAGE垂直电泳后银染.结果3个少数民族群体上述3个STR位点均符合Hardy-Weinberg平衡定律.通过种族间比较,锡伯族与哈萨克族除D7S820位点无显著差异外,其他位点新疆锡伯族与哈萨克族和维吾尔族均有明显差异.结论3个STR位点的综合检验可用于群体遗传学研究和法医学应用.
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结直肠癌 Lynch 综合征 MMR 蛋白和微卫星不稳定性检测分析
结直肠癌的发生是一系列复杂的基因疾病的结果。基于基因不稳定性的不同表现方式［1-3］，一般可以将结直肠癌分成3组：（1）约70％的结直肠癌与染色体不稳定（ CIN）有关，而CIN是由于染色体局灶等位基因失衡、染色体扩增或易位等原因造成的；（2）约15％的结直肠癌存在微卫星不稳定性（ MSI），即通常由移码突变和碱基对替换所致的短串联重复核苷酸序列的改变；（3）其余15％的结直肠癌未显示存在CIN或MSI。 CIN结直肠癌是非整倍体的，与药物耐药和预后较差有关，而大多数MSI结直肠癌是二倍体，具有相对较好的总体生存期。就表观遗传学特征而言，大约1／3的结直肠癌存在CpG岛甲基化表型（ CIMP）。 MSI和CIMP在肿瘤中有重叠，约60％高CIMP的肿瘤存在MLH1启动子的甲基化，从而导致MSI。遗传学上异源基因的结直肠癌分子分类对临床结直肠癌个体化治疗可能具有重要影响。结直肠癌的分子检测正越来越多地应用于临床实践中，本文着重介绍Lynch综合征的错配修复（ MMR）蛋白检测和MSI分析在结直肠癌的风险评估、诊断、预后和指导个性化治疗中的作用。
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造血干细胞移植植入存活检定技术的应用性研究
目的探讨荧光标记短串联重复(STR)复合扩增技术在造血干细胞移植(SCT)存活检定中的应用价值.方法用荧光标记引物对15个STR位点和1个性别位点牙釉质蛋白基因(amelogenin)进行聚合酶链反应(PCR)复合扩增,再用DNA自动测序仪对PCR产物进行分离及分型,并对30例移植后病人做存活鉴定检测.结果有20例移植后病人的15个STR位点的分型完全表现供者源性,与受者移植前不同;3例表现为供/受体干细胞混合嵌合状态,7例未表现出供者源性细胞在受者体内的植入.结论荧光标记STR复合扩增体系特异性强,个体识别力高,检测灵敏、快速、简便,可作为SCT存活的可靠指标.
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TUPLE1基因缺失和微卫星核心序列拷贝数变化与先天性心脏病发病的关系
新生儿先天性心脏病（ congenital heart disease ， CHD）的发生率为活产儿的1％，孕中期B超检出率为0.47％［1］。许争峰等［2］报道的163例CHD患儿中，发生22号染色体长臂近着丝粒端微片段22q11.21～q11.23缺失（22q11微缺失综合征）者为7.36％；其中22q11微缺失综合征在活产儿中发生率为1／4000［3］，10％～15％有家族史。常见22q11的缺失片段定位于D22S427／1638和D22S306／308之间的区域，大小为1.5～3 Mb，这段区域内包含30多个基因。而8％的CHD患儿有1.5 Mb的小缺失，这段区域内含有24个基因，其中包括TUPLE1、TBX1、COMT等热点基因［4］，有学者认为，缺失片段的大小会影响CHD患儿的临床表型［5］。毕竟22q11微缺失的表型广泛多样，因此，22q11.2微缺失的临床表型与基因型之间可能存在某些内在的联系。本研究对CHD患儿染色体22q11.2区域内的5个短串联重复（short tandem repeat，STR）位点（包括D22S1638、D22S941、D22S944、D22S264、D22S873）进行检测，旨在探讨 TUPLE1基因缺失及其周围微卫星核心序列变化导致CHD患儿发病的可能机制。
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X-连锁脊柱骨骺发育不良家系孕早期产前诊断一例
2007年本实验室对1例X-连锁脊柱骨骺发育不良家系(X-linked spondyloepiphyseal dysplasia tarda,X-SEDL)进行基因诊断[1],确诊该家系的先证者(图1:I:1)为位于染色体Xp22.2的SEDL基因的4号外显子c.209G＞A突变致病,其女儿(图1:Ⅱ:1)为该致病基因突变携带者(c.209G/A杂合突变).2008年,该女性携带者于妊娠19周时曾在本院对胎儿(图1:Ⅲ:1)采集的羊水细胞进行基因诊断,证实为男性胎儿伴遗传突变基因而引产.此次妊娠11周时要求在孕早期对胎儿(图1:Ⅲ:2)进行产前诊断.签署手术知情同意书后,行绒毛膜穿刺术取绒毛组织.部分绒毛组织标本经常规细胞培养、收获制片后G显带染色体核型分析.部分绒毛组织提取基因组DNA,进行Y染色体性别决定基因(sex determining region of Y chromosome,SRY)检测,判断性别,聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)条件参照文献[2].参照相关研究[1]直接PCR扩增SEDL基因4号外显子,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳、回收纯化后进行DNA序列分析.同时选择Xp22区域内位于SEDL基因附近的4个短串联重复(shorttandemrepeat,STR)位点(包括DXYS10085、DXYS10092、DXYS10093和DXYS233)进行PCR扩增检测,PCR扩增引物及反应条件见参考文献[3],进行单体型分析.
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短串联重复子DNA多态性及其法医学应用研究
调查云南汉族人群18个常染色体和性别染色体STR基因座遗传多态性,获得18个基因座的群体遗传学数据,并探讨该18个STR基因座的法医学应用价值.709份EDTA抗凝血(男456、女253份)来自昆明地区无血缘关系汉族个体,法医案件及亲子鉴定标本取自本教研室的检案,各种动物血痕取自动物中心.应用酚-氯仿法或Chelex-100法提取DNA,STR-PCR、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带分析技术和377测序技术对上样本进行分析.709例样本中18个基因座观察到的等位基因数分别为4～15;累积个人识别率(TDP)为0.9999999999925334;累积非父排除率(CCE)为0.999962106.18个STR基因座在群体遗传学研究和法医学个人识别、亲子鉴定中均有较高的应用价值.
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vWF胶原结合试验临床应用
血管性血友病(vWD)是一种常见的遗传性出血性疾病,是由于血浆中vWF质量或数量改变所致.vWD具有高度的异质性,不同型别的vWD发病机制和治疗方案不尽相同,因此,使用有效的试验方法对其进行分型很重要.我们应用ELISA法进行vWF胶原结合试验(简称vWF∶CBA),以了解vWF的功能,探讨其在vWD的诊断及分型中应用的临床意义.同时采用PCR技术检测vWF基因第40位内含子中2个四核苷酸短串联重复(STR)位点,分析1例1型vWD患者家系致病基因的连锁与传递关系,进一步证实vWF∶CBA对vWD诊断与分型的意义.
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河北汉族人群6个STR基因座遗传多态性研究
目的:对河北汉族群体6个STR短串联重复序列基因频率研究,得到河北汉族群体D7S820、D19S253,D12S391,D5S818,D16S539,D8S1179基因座的群体遗传学数据.方法:随机抽取173例河北省汉族人群无血缘关系个体的静脉血.肝素抗凝,碘化钾提取DNA,应用PCR技术扩增上述6个短串联重复序列基因座,采用高分辨的聚丙稀酰胺凝胶垂直板电泳,银染显色分析.结果:6个基因座在河北汉族人群中都具有遗传多态性.D7S820,D19S253,D12S391,D5S818,D16S539,D8S1179基因座的杂合度分别为:0.828,0.757,0.769,0.837,0.785,0.852.个体识别率分别为:0.914,0.919,0.94,0.909,0.917,0.944.非父排除率分别为:0.618,0.74,0.801,0.557,0.655,0.696.遗传多态性信息量分别为:0.771,0.76,0.762,0.708,0.776,0.794.结论:上述6个STR基因座基因频率分布与Hardy-Weinberg平衡吻合良好,在河北汉族群体中具有较高的非父排除率与个体识别率,在群体遗传学研究及法医学应用中有较高价值.
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STR D16S539基因座变异1例报告
人类基因组用卫星法对DNA长度多态性进行分类.其中平均每15Kb就有一个短串联重复(shorttandem repeats,STR).STR又叫微卫星DNA,重复单位一般为2～7bp,等位基因碱基长度一般在500 bp以下,在同一位点上因重复数的不同而形成不同的等位基因.依据孟德尔遗传分离律,在配子细胞形成时,成对的等位基因彼此分离,分别进入各自的配子细胞.
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STR D8S1179基因座变异1例报告
人类基因组用卫星法对DNA长度多态性进行分类,其中平均每15Kb就有一个短串联重复(Short tandem repeats,STR).STR又叫微卫星DNA,重复单位一般为2～7bp,等位基因碱基长度一般在500 bp以下,在同一位点上因重复数的不同而形成不同的等位基因.依据孟德尔遗传分离律,在配子细胞形成时,成对的等位基因彼此分离,分别进入各自的配子细胞.
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STR D1S1656基因座变异1例报告
人类基因组用卫星法对DNA长度多态性进行分类,其中平均每15Kb就有一个短串联重复(short tan-dem repeats, STR) .
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纯化试剂提取血涂片DNA去除PCR抑制剂
血涂片和骨髓片在临床检查中,作为一种常规手段被广泛采用.目前DNA的分析技术已经应用于临床检验如血液病、遗传病、骨髓移植、基因诊断及病原微生物等.临床有的病例及对一些疾病研究需要对已保存的血涂片和骨髓片等标本进行DNA分析技术,作回顾性的诊断和治疗.我们在总结自己和前人经验的基础上[1]改进了一种从血涂片和骨髓片中提取DNA并用于短串联重复系统-聚合酶链反应(STR-PCR)检测的方法.本方法的特点是灵敏、快速、稳定.
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中国辽宁锡伯族群体3个短串联重复位点的遗传多态性分析
背景:对常染色体STR基因座的多态性的研究可为法医学亲权鉴定提供基础数据.目的:探索辽宁锡伯族D16S539,THO1,D13S317 3个常染色体基因座的遗传多态性,建立锡伯族群体的遗传学基础数据.方法:采集辽宁省沈阳市新城子区黄家乡锡伯族中小学的150名中小学生口腔黏膜细胞,Chelex 100法提取DNA,进行荧光标记PCR扩增,产物在Li-COR 4300基因分析仪上进行电泳,E-seq分析软件计算扩增产物片段相对大小,进行基因型分型.调查辽宁地区锡伯族群体 3个 STR基因座等位基因频率,进行遗传多态性分析.结果与结论:辽宁锡伯族群体中3个STR基因座具有遗传多态性,其基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律.辽宁锡伯族群体中3个STR基因座的杂合度分布在0.769~0.810;个人识别力分布在0.824~0.929,累积个人识别能力为0.999;多态信息量分布在 0.650~0.790;非父排除率分布在0.565~0.790,累积非父排除率为0.979.说明辽宁锡伯族群体3个常染色体STR基因座有较高的非父排除率和个体识别能力,可为法医学亲子鉴定和个体识别及移植配型等遗传学研究提供依据.
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东北满族10个Y染色体短串联重复序列的多态性研究
目的 调查满族Y染色体上10个短串联重复序列基因座及单体型的遗传多态性.方法 采用PCR复合扩增和基因测序仪荧光检测方法,检测满族71例无关个体10个Y-STR位点的遗传多态性分布.结果 在DYS392、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ、DYS441、DYS442、DYS447、DYS460、DYS461、DYS463和DYS459等10个基因座中共检出59个等位基因,等位基因频率分布在0.014 1～0.591 5之间,基因多样性(GD)分布在0.600 6(DYS459)～0.838 4(DYS441)之间,等位基因多样性均大于0.6.由10个基因座组成的Y染色体单体型系统中单体型有70种,单体型多样性为0.999 8.结论 上述10个Y-STR所构成的单体型在满族群体中具有较高的多态性,可用于法医学个体识别和亲子鉴定、遗传学及人类学的相关研究.
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基于15个短串联重复基因座分析湖北土家族与湖北汉族的群体遗传结构及系统发育关系
目的 研究湖北土家族和汉族人群的群体遗传结构和系统发育关系,探讨湖北土家族的起源及其与湖北汉族等民族间的相互关系,为我国人群的法医学和遗传学研究以及民族政策的制定提供科学依据.方法 选取湖北土家族(333例)和湖北汉族(89例)3代均为本民族且无亲缘关系的个体,采用15个短串联重复(short tandem repeats,STR)基因座分型技术进行STR基因座多态性分析和聚类分析,并基于STR基因座频率进行多维标度(multidimensional scaling,MDS)分析.结果 STR分型技术对湖北土家族和湖北汉族人群具有良好的解析能力,可广泛用于该人群的个体识别、法医学鉴定和群体遗传学的研究;湖北土家族中心群由群Ⅰ和群Ⅱ两个小群组成,分别占总群体数的8.8%和33.9%.MDS分析表明湖北土家族中心群与湖北汉族中心群的差异无统计学意义;基于我国主要相关人群STR基因型频率的聚类分析表明,湖北土家族(北支土家)与重庆石柱土家族(南支土家)的亲缘关系具有一定的差异,相似性为91.2%.湖北土家族与湖北汉族的亲缘关系近,基因座频率的相似性高达95.3%;重庆土家族与汉族、广西苗族和瑶族人群间亲缘关系的差异明显,但与云南拉祜和白族人群亲缘关系较近,相似性达92.1%.结论 湖北土家族与湖北汉族的紧密亲缘关系表明两群体之间发生过广泛的基因交流.湖北土家族与重庆土家族间的明显差异表明我国土家人群在群体演化过程中存在着明显分化.
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6例慢性粒细胞白血病急变患者短串联重复序列的分析研究
目的 探讨慢性粒细胞白血病(CML)急变时.患者短串联重复(STR)序列的变化.方法 运用ABI公司的ldentifiler复合扩增试剂盒,研究6例CML患者D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA 15个多态性较高的STR基因座以及Amelogenin基因座急变时的变化.结果 6例CML患者急变时有1个或多个STR或Amelogenin基因座发生了改变.结论 CML急变的发生机制是复杂的,分析CML急变STR基因座的变化能为CML急变的发生机制研究提供某种思路.
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GoldeneyeTM DNA ID System20A试剂盒确证实验
目的:测试GoldeneyeTM DNA ID System 20A试剂盒的技术性能指标,评估其法医学应用价值.方法:参照美国DNA分析方法专家组(TWGDAM)制定的确证指南,利用9947A、07标准品,100个拐卖儿童建库血样,日常案件各类检材制定测试方案,从方法学验证、灵敏度测试、混合样本测试、批量样本测试、DNA提取方法适应性测试、各类常见检材的测试、稳定性测试等7个方面进行测试.结果:Gold-eneyeTM DNA ID System 20A试剂盒灵敏度较高,对各类案件检材和DNA提取方法具有较好的适应性,具有直接扩增能力和检测混合DNA样本检测能力.结论:GoldeneyeTm DNA ID System 20A试剂盒可用于法庭科学的检案与建库.
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依赖于STR的法医学DNA分型技术研究进展
DNA分型技术,又称DNA指纹技术 ,是对人类基因组中具有多态性的重复序列进行基因分型的技术.该技术首先出现在20世纪80年代中期,它的出现使法医学实验室根据一个人的体液进行个体识别的能力有了划时代的进步,从而摆脱以前依赖于血型、血清酶型和HLA等技术而无法对个体识别做出肯定结论的尴尬境况.在过去的16年里,现代分子生物学技术在法医遗传学中的应用使个体识别和亲权鉴定技术得到飞速发展, 现在分析样本所需DNA的量仅为1985年英国遗传学家Alec Jeffreys进行第一次DNA分型所需量的1/25～1/100;可被分析样本的范围也大大拓宽,包括了从血液到精斑、唾液、毛囊等任何含有基因组DNA的样本,甚至一些DNA严重降解的样本;同时,鉴定所需时间也大大缩短. 初,Alec Jeffreys进行DNA分型采用多位点DNA指纹技术,利用的是人类基因组中的一种被称为数目可变的串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR),采用限制性内切酶切割VNTR附近的DNA区域再与特异性探针杂交产生多位点DNA指纹图谱,又称限制性片段长度多态技术(restriction fragment length polymorphism,RFLP).后来,随着对人类基因组认识的加深,出现了第二代DNA指纹技术,检测单个基因位点,又称DNA纹印技术 .检测技术也从RFLP的杂交发展到多聚酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的扩增.在第二代DNA指纹技术中,从早检测人类基因组的VNTR,发展到现在的短串联重复(sh ort tandem repeats,STR),再到STR基因位点的多重PCR扩增和四色荧光技术,DNA在法医学中的应用逐步完善.对于几种DNA分型技术的比较见图1.
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从临床角度看膀胱肿瘤的基础研究进展
随着分子生物学等基础学科的发展，对膀胱癌的研究日益深入，膀胱癌的自然病程是一个基因事件。从临床角度讲，令人关心的是膀胱癌的早期诊断、恶性程度判断和治疗，纵观近年从分子水平对这些热点问题的研究进展，也启示着今后进一步深入探索的方向。 一、膀胱癌的早期诊断 从患者尿脱落细胞分析其基因表达的改变，以期做出早期诊断是目前研究的一个重要方向。以下可能是较有前景的几项检测指标。 1.端粒酶：端粒酶的活化可能是细跑永生化或恶化的共同通路，Hoshi等首先报道了膀胱组织中端粒酶活性的表达，表明其表达率为90％。有学者认为端粒酶活性在膀胱癌发生的早期即被激活，该酶活性可能是膀胱癌早期诊断和预测肿瘤复发有用的标记物。另有资料表明，在对膀胱癌，尤其是低分级肿瘤的检测中，尿液和膀胱冲洗液中端粒酶表达率的检测优于传统的脱落细胞病理学检查，可明显提高膀胱癌的诊断及术后随访的精确性。 2.微卫星DNA或称短串联重复：是近年来飞速发展的一种新的DNA标记系统，作为遗传多态性标记得到广泛应用。Mirella的研究显示雄激素受体基因内CAG重复单位的改变与膀胱癌有关。大多数膀胱癌至少存在一种微卫星改变，该法对膀胱癌的诊断与病理诊断一致，而其敏感性较尿脱落细胞学高。微卫星不稳定性(MI)和杂合性缺失(LOH)作为膀胱癌早期诊断的一种方法，具有无创、快速、廉价等优点。
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山西汉族人群Y-STR基因座DYS714的多态性研究
目的 研究山西汉族群体Y-STR基因座DYS714的多态性,并探讨其在法医学中的应用价值.方法 应用PCR扩增方法结合DNA分析序列技术对120例山西地区汉族男性个体DYS314基因座进行分析.结果 DYS714基因座在山西汉族男性个体中观察到5个等位基因,核心序列为ttttc,重复14～18次,基因频率分别为0.15、0.1583、0.2167、0.3333、0.1416,基因多样性为0.7808.个人识别能力(DP)和非父排除率(PE)均为0.7808.28组家系调查无突变.结论 DYS714基因座具有很好的多态性和稳定性.
