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基于基因共表达网络分析的扩张和限制型心肌病分子特征比较
随着分子生物学的发展,两类原发性心肌病-扩张型心肌病(DCM)和限制型心肌病(RCM)的研究已取得一定的进展,但是两者的发病机制和病程发展过程的分子机理尚未明确,在临床上RCM很容易被误诊为DCM.因此,首先对两类心肌疾病的RNA-Seq转录组数据进行基因表达差异显著性分析,筛选出DCM相关的差异表达基因451个、RCM相关的差异表达基因1 326个;然后用两类心肌疾病相关的差异表达基因分别构建共表达网络,并基于网络特征找出两种心肌疾病相关的重要基因(即可能的基因标志物);接着对发现的DCM相关的21个基因标志物和RCM相关的65个基因标志物进行生物功能分析,阐释两类心肌疾病的一些发生发展机制;后从基因标志物、生物功能和信号通路多个方面比较两类心肌疾病,为在分子水平上区分两类心肌疾病提供新思路.
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左归丸对去卵巢大鼠骨髓间充质干细胞多时相基因共表达网络的调控研究
目的:探索左归丸调控绝经后骨质疏松症的基因共表达靶点.方法:72只雌性大鼠,随机分为假手术组、模型组、雌激素组和左归丸组,每组18只,除假手术组外,其余均摘除双侧卵巢.术后每组又随机分为4、8和12周三个小组,每小组6只大鼠.术后第14天起雌激素组和左归丸组分别以戊酸雌二醇和左归丸灌胃,剂量分别为0.1 mg/kg和5g/kg,假手术组和模型组以生理盐水灌胃,连续至手术后第4、8和12周末.第12周末取大鼠第4～6腰椎及单侧股骨、胫骨行骨密度测定以验证模型成功与否并评价中西药疗效.第4、8和12周末分离股骨和胫骨,全骨髓贴壁法培养并纯化骨髓间充质干细胞.Trizol提取细胞总RNA并制备表达谱芯片.SPSS18.0软件筛选三个时间点模型组-假手术组、雌激素组-模型组和左归丸组-模型组比较之差异基因(阈值:P＜0.05,差异倍数＞2或＜0.5),整合差异基因,通过Pearson相关性检验获得共表达基因(阈值:P≥0.8),运用CytoScape软件分析并构建基因共表达网络.结果:在模型组-假手术组、雌激素组-模型组和左归丸组-模型组中,分别有328、79和700对基因共表达,构成网络体系.结论:左归丸-模型组中,4个子网络响应治疗过程,K-core子网络可能是左归丸防治绝经后骨质疏松症的直接靶基因模块.
