首页 > 文献资料
-
父母来源验证对全基因芯片扫描结果临床致病性判定的影响研究
目的通过经全基因芯片扫描分析(CMA)诊断的46例患儿总计携带54个不同临床意义的拷贝数变异(CNV)进行父母来源验证,旨在研究验证结果对不同全基因芯片扫描临床致病性判定的影响.方法回顾性研究.收集2014年8月至2015年12月就诊于新华医院儿童内分泌及遗传科门诊的患儿共46例,经全基因芯片扫描分析产生54个CNV,使用CMA或荧光定量PCR的方法对其进行父母来源验证.结果46例全基因芯片扫描患者总计携带54个拷贝数变异.其中17个为致病性变异,经父母验证后有14个是新发突变,3个遗传自母亲,其中1个是1q21.1缺失综合征,另2个来自母亲的X染色体,分别为Xq27.3q28重复和Xq22.1q22.3重复.1q21.1缺失综合征大多遗传自父母,X染色体上的重复可能因为失活机制而不在母亲身上显现出表型.17个临床判定为致病性的CNV,经过父母验证后仍判定为临床致病性变异.10个临床意义不确定-倾向可能致病的CNV,经验证后3个是新发突变,认为是可能致病性变异,7个分别遗传自父母,判定为临床未知致病性;27个临床意义不确定的变异,经验证后仅1个是新发突变,认为是可能致病性,其他均有父母来源,判定为倾向良性变异.结论对于临床报告为CNV可能致病性应该验证父母来源以进一步研究其致病性,对于临床未知意义的CNV经过父母验证可以初步明确其性质.
-
探索全外显子测序在儿童神经发育障碍中的诊断价值
目的 评估全外显子测序在儿童神经发育障碍中的诊断价值.方法 方法学评价.对2015年12月至2016年12月间首都儿科研究所附属儿童医院门诊和病房收治的35例不明原因神经发育障碍患儿,收集患儿临床资料,运用全外显子测序技术进行检测,完成遗传病因诊断.利用多种生物信息学软件分析测序数据,结合患儿的表型寻找潜在致病基因/基因组变异,根据美国医学遗传学与基因组学学会的基因变异解读指南完成变异致病性评估,同时利用Sanger测序、Real-time PCR、MLPA方法完成患者验证及家系成员的分离分析.结果 35例不明原因的神经发育障碍患儿中,检测出致病性单核苷酸变异(SNVs)14个、致病性基因组拷贝数变异(CNVs)3个,检出率为48.6%.14例致病性SNVs中,11例是OMIM中有明确致病基因的综合征(如CHARGE 综合征、Wiedemann-Steiner综合征、Cockayne综合征等),其中新生变异共6个,占54.6%(6/11).利用全外显子测序数据筛选出了3个致病性CNVs,包括2个微重复和1个微缺失.同时,还发现一例携带MECP2移码变异的女性患儿,其父亲精子DNA携带该位点的低频细胞嵌合体变异,变异频率为8.4%.结论 全外显子测序对儿童神经发育障碍的病因诊断率可达48.6%,全外显子测序数据除了检测出致病性/可能致病性的SNVs,还可以筛选出致病性CNVs,从而有效提高疾病诊断率.
-
微阵列比较基因组杂交在临床细胞遗传诊断中的初步应用
目的 探讨微阵列比较基因组杂交(array-CGH)在临床细胞遗传诊断中应用的可行性和优越性.方法 对G显带核型分析与array-CGH进行比对分析.同时采用G显带核型分析和array-CGH芯片对2008年4月至2010年4月到深圳市人民医院临床医学研究中心进行细胞遗传分析的10例病例进行核型分析,比较两种方法检测结果的差异.应用荧光定量PCR(FQ-PCR)和荧光原位杂交(FISH)对芯片结果进行验证.结果 与G显带核型分析相比,除1例复杂染色体重排(CCR)外,array-CGH准确地确定了其余9例病例的核型.Array-CGH准确地确定了病例1和病例2的衍生染色体的来源和性质;未检测出病例3的CCR,但表明其CCR是平衡的;精确地确定了病例4畸变染色体区域的位置、大小和断裂点;准确地确定了病例10嵌合度约为50％的标记染色体的来源和性质;从10例病例中检测出了大量G显带核型分析难以发现的亚显微拷贝数变异(CNVs),其中包括6个可能的病理性CNVs.FQ-PCR和FISH表明array-CGH的检测结果是准确的.结论 与G显带核型分析相比,array-CGH具有高分辨率、高敏感性、高通量、快速准确等优点,可作为G显带核型分析的有益补充应用于临床细胞遗传诊断中.
-
染色体芯片分析对神经发育性疾病的分子诊断率研究
目的：评价染色体微阵列分析技术（CMA）在儿童神经发育性疾病（NDD），如不明原因的发育迟缓／智力障碍（ DD／ID）、孤独症谱系障碍（ ASD）、注意缺陷／多动障碍（ ADHD）等疾病的临床分子诊断中的应用效能，探索儿童NDD神经发育疾病相关拷贝数变异（ CNV）谱系及基因型－表型的关系。方法横断面研究。收集2014年4月至2015年4月就诊于上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心（ SCMC）发育行为儿科、主要诊断为ID／DD、ASD、ADHD的患儿107例，应用Affymetrix CytoScan Dx芯片系统进行全基因组芯片检测，计算CMA在中国儿童NDD临床分子诊断中的诊断率。结果终纳入病例共计107例。在106例芯片结果中共鉴定出27例（25．5％）携带非多态性CNV的病例，其中包括21例携带致病性CNV的病例及6例携带VOUS致病性不确定的病例。 CMA对DD／ID及ASD的分子诊断率分别为26．3％（15／57）及10．2％（4／39）。在确定的非多态性CNV中，共有13个重现性 CNV，分别分布于5个不同的染色体区域，分别为1q21．1－q21．2、15q11．2－q13．1、22q11．2、7q11．23及17q11．2。 CMA对NDD患儿的总体临床分子诊断率为20．6％（22／107）。结论 CNV是儿童神经发育性疾病的重要分子发病机制。（中华检验医学杂志，2016，39：246－250）
-
高通量测序平台发展及在临床分子诊断中的应用与展望
高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病.NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测序项目的出现,NGS在临床已经应用到检测单核苷酸变性以及结构重排和拷贝数变异,监测循环肿瘤DNA,并分析先前对标准生物信息学算法进行管理所挑战的基因组区域等.
关键词： 高通量核苷酸序列分析 分子诊断技术 DNA拷贝数变异 循环肿瘤DNA 基因组 -
全基因芯片扫描分析技术在基因组疾病诊断中的应用
基因组拷贝数变异可导致基因组病,是复杂性疾病和遗传病的原因之一.因其临床诊断相对困难,故开展此类疾病的遗传学研究和分子诊断显得尤为重要.全基因芯片扫描分析技术(CMA)可以在全基因组范围内同时检测染色体拷贝数变异,因其通量大、分辨率高,被认为是诊断基因组疾病的重要手段之一.随着CMA技术水平的日益提高和临床经验积累,CMA已在多发畸形、智力落后、自闭症等病因诊断中提供了重要的价值.
-
基于染色体芯片分析的产前诊断
产前诊断是预防出生缺陷、提高人口素质的重要举措.目前染色体核型分析、超声检查、血清学筛查、荧光原位杂交及PCR技术等已广泛用于临床产前诊断.近几年来,随着高通量芯片技术在产后诊断中的临床有效性得到广泛证实,染色体芯片分析技术在产前诊断中的应用也得到了普遍关注并已取得良好的效果.但是,染色体芯片分析在产前诊断中的应用还存在许多没有解决的问题,如临床意义未明的拷贝数变异的解释和报告、基因芯片平台的选择、产前诊断遗传咨询等.这些问题的解决需要临床医生、实验室专家以及遗传咨询专家等的共同努力,达成共识并建立具有中国特色的应用指南和准则,以确保基因芯片技术在产前诊断中的良好应用.
-
高分辨熔解曲线分析在肿瘤分子检测中的应用
高分辨熔解曲线分析具有检测成本低、操作简便的特点，且闭管操作无交叉污染的风险，已经成为临床诊断的一大有力工具，尤其在肿瘤的分子检测中已经得到了广泛使用，检测手段包括突变检测、测序前筛查、甲基化程度分析、拷贝数变异分析等，涵盖了肿瘤筛查、诊断、个体化治疗、预后判断等各个阶段。利用高分辨熔解曲线分析具有较高检测灵敏度的特点，与测序技术相结合可以显著提高分子检测的准确性，同时大大降低检测成本，为分子检测技术的发展开拓了新的空间。（中华检验医学杂志，2017，40：80－83）
-
拷贝数变异及其检测技术在自身免疫性疾病中的应用进展
拷贝数变异是基因组中广泛存在的一种结构变异,为个体间基因差异的重要来源之一.近年来,随着基因芯片及基因测序技术的成功研发,拷贝数变异的检测技术也日益标准化、自动化,也使得拷贝数变异在自身免疫性疾病等复杂疾病中的作用越来越受到学界的关注和重视.拷贝数变异的检测技术可以分为定点分析技术和基于全基因组水平的分析平台.目前拷贝数变异在自身免疫性疾病中的研究多集中在系统性红斑狼疮和类风湿关节炎,受限于检测技术和检测成本,研究尚处于起步阶段.
-
染色体微阵列分析技术对先天性心脏病胎儿进行遗传病因学诊断的临床价值
目的 探讨全基因组高分辨率染色体微阵列分析(CMA)技术对超声心动图检查提示为先天性心脏病(CHD)的胎儿进行遗传病因学诊断的临床价值.方法 收集2012年1月至2014年1月在广州医科大学附属广州市妇女儿童医疗中心就诊并接受侵入性产前诊断的176例超声心动图检查提示为CHD胎儿的临床资料,在其中158例染色体核型分析结果正常的CHD胎儿中,有88例(50.0％,88/176)胎儿进行了CMA检测.同时收集所有CHD胎儿的父母外周血标本,用于不明确临床意义的拷贝数变异(vOUS)的协助诊断.88例行CMA检测胎儿分为两组,68例单纯心脏结构异常的CHD胎儿为单纯心脏结构异常组;20例合并心外结构异常的CHD胎儿为合并心外结构异常组,对两组胎儿的CHD表型进行分类,对检出的染色体拷贝数变异(CNV)性质按致病性CNV、VOUS及良性CNV进行分类.结果 (1)88例行CMA检测的胎儿中,单一类型CHD胎儿共58例(66％,58/88),复合类型CHD胎儿共30例(34％,30/88).其中,单纯心脏结构异常组单一类型CHD胎儿45例,其致病性CNV检出率为11％(5/45);复合类型CHD胎儿23例,其致病性CNV检出率为17％ (4/23).合并心外结构异常组单一类型CHD胎儿13例,其致病性CNV检出率为5/13;复合类型CHD胎儿7例,其致病性CNV检出率为0.(2)88例行CMA检测的CHD胎儿致病性CNV的总检出率为16％(14/88),其中单纯心脏结构异常组致病性CNV检出率为13％(9/68),合并心外结构异常组致病性CNV检出率为25％(5/20),两组比较,差异无统计学意义(P=0.206);单一类型CHD胎儿致病性CNV检出率为17％(10/58),复合类型CHD胎儿致病性CNV检出率为13％ (4/30),两者比较,差异无统计学意义(P=0.867).(3)176例CHD胎儿中,共有18例染色体核型分析结果异常,发生率为10.2％(18/176),余158例胎儿染色体核型分析结果正常.(4)88例胎儿进行了CMA检测,有8例胎儿CNV检测,结果为VOUS,对其父母的外周血进行CMA检测结果显示,其中5例胎儿CNV遗传自父母,为良性CNV;其余3例(3％,3/88)CNV的临床意义仍然无法明确.14例(16％)胎儿CNV结果为致病性CNV.结论 对染色体核型分析结果正常的CHD胎儿进行CMA检测,能额外发现部分致病性CNV;推荐在产前诊断的CHD胎儿中应用全基因组CMA技术作为常规分子诊断方法,更有助于遗传咨询中正确评估胎儿的预后.
-
染色体微阵列分析技术在马蹄足内翻胎儿产前诊断中的应用
目的：探讨染色体微阵列分析技术（CMA）在马蹄足内翻（TE）胎儿产前诊断中的应用。方法选取2012年5月至2015年6月经产前超声检查提示为TE、伴或不伴有其他结构畸形并行侵入性产前诊断的54例胎儿，根据是否合并其他结构异常分成单纯TE组及复杂TE组。所有胎儿均行常规染色体核型分析，核型正常者再进一步行全基因组高分辨率CMA检测，并应用CHAS软件及相关的生物信息学方法分析CMA检测结果。对所有胎儿进行随访，了解妊娠结局及产后诊治情况。结果54例TE胎儿中，常规染色体核型分析发现1例核型异常，为18三体，核型异常比例为2%（1/54）。核型正常的53例胎儿中单纯TE组38例、复杂TE组15例，进一步行CMA检测，致病性拷贝数变异（CNV）检出率为11%（6/53），单纯TE组和复杂TE组的致病性CNV检出率分别为5%（2/38）及4/15，两组比较，差异有统计学意义（P=0.047）。对53例胎儿进行随访，51例随访成功，其中11例出生时无足内翻表现，产前超声诊断为TE的假阳性率为22%（11/51）。结论常规染色体核型分析技术对TE伴或不伴其他结构畸形的胎儿的异常核型检出率为2%，CMA技术对核型正常的TE胎儿的致病性CNV的检出率提高至11%。结合产前超声诊断TE的假阳性率及两组致病性CNV的检出率，建议核型正常的TE合并其他畸形的胎儿进一步行全基因组高分辨率CMA检测，以排除染色体微缺失或微重复的可能性；单纯TE胎儿建议行连续超声复查，如复查结果仍提示为TE，则建议行CMA检测，以降低侵入性产前诊断率及假阳性率。
-
颈部透明层增厚胎儿中CMA技术检测拷贝数变异的分析
目的 探讨染色体微阵列分析(CMA)技术检测颈部透明层(NT)增厚胎儿拷贝数变异(CNV)的临床价值.方法 2015年1月至2017年6月在中山大学附属第一医院行妊娠早期(11周～13周+6)超声筛查的胎儿共19261例,其中超声提示NT≥2.5 mm且接受染色体核型分析及CMA检测的单胎胎儿101例(0.5％,101/19261).终纳入研究的101例胎儿,(1)根据是否合并其他超声异常,分为单纯组68例(67.3％)和合并其他异常组33例(32.7％);(2)根据NT值分为5组,2.5～2.9 mm组(即临界性增厚)17例(16.8％),3.0～3.4 mm组34例(33.7％),3.5～4.4 mm组17例(16.8％),4.5～5.4 mm组16例(15.8％),≥5.5 mm组17例(16.8％).不同NT值组胎儿间合并其他超声异常及染色体异常的发生率比较采用χ2检验.结果 (1)101例胎儿的中位NT值为3.4 mm(范围:2.5～8.5 mm).(2)产前诊断结果:共32例(31.7％,32/101)胎儿的染色体核型异常,单纯组与合并异常组胎儿的染色体核型异常的发生率[分别为20.6％(14/68)、54.5％(18/33)]比较,差异有统计学意义(P<0.01).69例(68.3％,69/101)染色体核型正常的胎儿中,CMA再检出3例(4.3％,3/69)含有致病性CNV,其NT值均>3.0 mm.染色体异常的35例胎儿中(包含核型异常及致病性CNV),16例(23.5％,16/68)为单纯组,19例(57.6％,19/33)为合并异常组,两组胎儿染色体异常的检出率比较,差异有统计学意义(P=0.001).(3)不同NT值组胎儿:胎儿NT值为2.5～2.9 mm组、3.0～3.4 mm组、3.5～4.4 mm组、4.5～5.4 mm组、≥5.5 mm组孕妇的中位年龄分别为35岁(24～39岁)、33岁(23～46岁)、31岁(21～46岁)、33岁(21～41岁)、35岁(21～43岁).随NT值的增加,胎儿合并染色体异常的发生率逐渐升高,5组胎儿染色体异常的检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05);两两比较,2.5～2.9 mm组与≥5.5 mm组胎儿染色体异常的发生率比较,差异有统计学意义(P=0.005),余组间比较,差异均无统计学意义(P均>0.05).结论 母亲为高龄孕妇时,临界性NT增厚胎儿合并染色体核型异常的风险增高,但CMA未检出染色体核型正常的临界性NT增厚胎儿中的致病性CNV.CMA仅在染色体核型分析正常的NT增厚(NT≥3.0 mm)胎儿中可进一步检出染色体微缺失和(或)微重复,但检出率相对较低,同时也可检出临床意义不明的CNV.
-
胎儿临界性侧脑室增宽与染色体异常的相关性
目的 探讨产前超声检查发现的胎儿临界性侧脑室增宽(VM)与胎儿染色体异常的关系.方法 收集2014年9月至2017年5月于四川大学华西第二医院行产前超声检查发现临界性VM并进行了染色体微阵列分析(CMA)的胎儿共129例,对其超声图像及染色体检测的结果进行回顾性分析.纳入的129例胎儿分为3组:孤立性临界性VM(IVM)组80例(62.0％,80/129)、临界性VM未合并其他结构畸形(包括超声软指标异常、羊水量异常及胎儿生长受限)组27例(20.9％,27/129)、临界性VM合并结构畸形组22例(17.1％,22/129).其中IVM组胎儿又按照胎儿性别、VM的发生部位及扩张程度进行亚组分析,比较不同亚组胎儿的染色体检测结果.结果 (1)总体情况:129例临界性VM胎儿中,CMA检出染色体异常者8例,总体检出率为6.2％(8/129);其中核型异常者2例、致病性拷贝数变异者6例.(2)3组胎儿染色体异常的检出结果:IVM组胎儿中无染色体核型异常者,检出致病性拷贝数变异者4例(5.0％,4/80);VM未合并其他结构畸形组胎儿中染色体异常的发生率为11.1％(3/27),其中染色体核型异常1例、致病性拷贝数变异2例;VM合并结构畸形组胎儿染色体异常的发生率为4.5％(1/22),其中染色体核型异常1例,无致病性拷贝数变异者;3组间两两比较,差异均无统计学意义(P均>0.05).结论 临界性VM胎儿发生染色体异常的风险增高;产前超声发现胎儿临界性VM时,需注意对胎儿各系统的结构及附属物进行全面扫查和定期随访,并建议行胎儿染色体检查.
-
85例生长受限胎儿染色体微阵列检测结果分析
目的 探讨染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)在明确胎儿生长受限(fetal growth restriction,FGR)遗传学病因中的应用价值. 方法 将2014年1月至2016年10月,南京大学医学院附属鼓楼医院诊断的FGR孕妇85例纳入研究.采集胎儿羊水标本74例,引产胎儿皮肤标本9例,脐血1例,早产婴儿外周血1例.采用Affymetrix CytoScanTM750K芯片检测基因组DNA拷贝数变异(copy number variation,CNV).针对芯片检测出的临床意义不明变异(variants of unknown significance,VOUS)病例,为验证是否来自于双亲遗传,建议父母后续行芯片检测或荧光定量聚合酶链反应检测;针对羊水芯片发现胎儿染色体嵌合病例,后续抽取脐血染色体核型检查;针对芯片发现胎儿基因组不平衡重排病例,后续抽取父母外周血染色体核型检查.应用校正x2检验进行统计分析. 结果 85例中,孤立性FGR 36例(42.4％):其中28例未发现异常,VOUS 4例,亚染色体不平衡重组4例,未检出染色体数目变异;非孤立性FGR 49例(57.6％):其中30例未发现异常,VOUS 5例,亚染色体不平衡重组5例,染色体数日变异9例.亚染色体不平衡重组检出率在孤立性及非孤立性FGR组中差异无统计学意义[11.1％(4/36)与10.2％ (5/49),校正x2=0.000,P＞0.999].检出的9例VOUS中,6例做了后续父母检查,均验证异常来源于父母其中一方.1例胎儿性染色体嵌合,得到后续脐静脉血染色体验证;1例胎儿亚染色体不平衡重组,后续检出父亲外周血染色体平衡易位. 结论 对FGR胎儿行CMA检测,有助于检出核型分析无法检出的亚染色体不平衡重组.
-
低深度全基因组测序技术分析107例胎儿圆锥动脉干畸形病例的染色体异常
目的 探讨圆锥动脉干畸形胎儿的染色体异常.方法 2013年1月至2017年2月,107例孕妇(均为单胎妊娠)在首都医科大学附属北京安贞医院诊断为胎儿圆锥动脉干畸形,终止妊娠后获得胎儿脐带组织标本,应用低深度全基因组测序方法检测染色体非整倍体及拷贝数变异.分析染色体异常种类,统计学分析采用x2检验.结果 共检出染色体异常22例(21％,22/107),主动脉弓离断胎儿染色体异常检出率高(2/2),其次为法洛四联症、肺动脉闭锁/狭窄伴室间隔缺损胎儿[28％(12/43)];主-肺动脉间隔缺损胎儿染色体异常检出率低(0/2);各类型CTD胎儿染色体异常检出率差异有统计学意义(x2=12.744,P=0.026).22例染色体异常胎儿中染色体非整倍体异常7例(13-三体综合征3例,18-三体综合征2例,21-三体综合征1例,45,X1例),致病性拷贝数变异15例[22q11.2微缺失综合征11例,17p12p11.2微缺失(Smith-Magenis综合征)2例,8p23.3p21.3微重复1例,2p23.1p25.2微重复1例],其中12例为新生性变异,1例为父源传递,另外2例由于父母拒绝染色体检查不能明确拷贝数变异来源.结论 胎儿圆锥动脉干畸形易合并非整倍体异常及染色体微缺失/重复异常,不同类型CTD胎儿合并染色体异常概率不同,染色体异常种类以染色体微缺失/重复多见,且多为新生性变异.故产前超声诊断CTD的胎儿建议完善染色体检查.
-
中国卵巢早衰妇女全基因组染色体拷贝数变异分析
目的:探讨卵巢早衰(premature ovarian failure,POF)患者染色体拷贝数的变异.方法:采用病例-对照研究方法对全基因组染色体拷贝数变异进行分析,用Affymetrix SNP6.0芯片对30例POF患者和30例对照者进行对比研究.用定量PCR对芯片结果进行了验证,并在另外40例POF患者中进一步确证.结果:芯片共发现101个片段大小在0.1～5.6 MB的微缺失和扩增,包括8个新扩增和12个新的微缺失.实时定量PCR证实了位于染色体10q26.12,10q26.3,2p16.3和6p26的4个微缺失和位于染色体20p12.3和7p22.2的2个扩增.结论:本研究揭示了中国妇女POF患者基因组拷贝数变异(copy number variants,CNV)的变化,在这些编码区发现有5个基因SYCE1,CYP2E1,NRXN1,PARK2和CARD11可能与POF有关.
-
拷贝数变异对多发骨肉瘤临床分型与耐药机制的影响
目的 探讨多发骨肉瘤体细胞拷贝数变异(copy number variation,CNV)及驱动基因在该病诊断、分型、化疗药物敏感性差异分析中的意义.方法 2014年1月至2014年10月收治多发骨肉瘤患者2例,按照统一标准采集每例患者的正常组织及所有骨肉瘤病灶组织进行全外显子组测序,分析基因序列发生的变异及类型.重点观察体细胞单核苷酸变异(single nucleotide variation,SNV)及CNV,对比分析每例患者多发病灶之间基因变异的异同,提取各病灶间共有的变异基因.分析分子靶向药物敏感基因在不同病灶之间的异同.结果 测序结果显示,同一例患者所测序组织的单核苷酸多态性完全一致,在基因层面证实了所分析的每组标本均来自同一个体;且2例患者两处肿瘤组织的SNV重叠部分较多(分别为64％和54％),其中1例患者的SNV识别到PIK3及HNRNPA2B1两个驱动基因变异.2例患者TP53等抑癌基因所处片段均识别到CNV,初步判断2例患者均为胫骨近端病灶单中心起源的转移性多发骨肉瘤.总体上,2例患者多发病灶组织间的大片段CNV具有相同的变异趋势,但变异幅度不同.对患者各肿瘤病灶间分子靶向药物敏感基因CNV分析显示,变异的差异有统计学意义.结论 拷贝数变异是多发骨肉瘤基因异常的表征之一.
-
染色体8q拷贝数变异与肝细胞癌患者术后总生存期的相关性及其靶基因筛选
目的 探讨染色体8q拷贝数变异(CNA)与肝细胞癌(HCC)患者术后总生存期(OS)的关系,并筛选生存相关CNA内的潜在靶基因.方法 收集2007—2008年于第二军医大学附属东方肝胆外科医院手术住院的HCC患者187例为研究对象.收集患者一般资料,检测其染色体8q CNA、染色体8q24.13-24.3片段内50个已知基因mRNA表达水平;术后对患者进行随访,终共66例患者完成随访.一般资料、染色体8q内各高频CNA(增益发生率>20%)片段与OS的相关性分析采用Log-rank检验;采用Cox比例风险回归模型分析OS的影响因素;生存曲线比较采用Log-rank检验;染色体8q24.13-24.3增益HCC患者和8q24.13-24.3无增益HCC患者基因mRNA表达水平比较采用Mann-Whitney U检验.结果 HCC患者糖尿病史、有无完整肿瘤包膜、TNM分期与OS有相关性(P<0.05).单因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益与OS有相关性(P<0.05);多因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益、有无糖尿病史、有无完整肿瘤包膜、TNM分期是OS的影响因素(P<0.05).生存分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益HCC患者生存率低于染色体8q24.13-24.3无增益HCC患者(P<0.05).染色体8q24.13-24.3增益HCC患者C8orf76、ATAD2、WDYHV1、FBXO32、TMEM65、TATDN1、ZNF572、SQLE、KIAA0196、NSMCE2、PVT1、FAM49B、ASAP1、NDRG1、ZFAT、KHDRBS3、EIF2C2 mRNA 表 达水平高于染色体8q24.13-24.3无增益HCC患者(P<0.000 1).结论 染色体8q24.13-24.3增益与HCC患者OS有关,可作为HCC的一个预后预测因子.ATAD2、PVT1、NDRG1拷贝数依赖性表达上调可能参与了HCC不良预后的演进过程.
-
人趋化因子CC3配体样蛋白1基因拷贝数变异与强直性脊柱炎易感性的关联分析
目的 探索人趋化因子CC3配体样蛋白1(CCL3L1)基因拷贝数变异是否影响AS的遗传易感性.方法 研究共纳入来自安徽医科大学第一附属医院风湿免疫科门诊的405例AS患者,以及来自本院体检中心的401名健康对照.使用EDTA管收取外周血并提取DNA,-80℃冷藏备用,同时使用调查表记录患者一般情况及临床指标.CCL3L1拷贝数变异采用基于多重扩增PCR的AccuCopyTM技术进行检测,并随机选择50个样本使用荧光定量(Quantitative,q)-PCR的方法进行拷贝数验证,采用t检验和χ2检验及二元Logisitic回归分析进行数据分析.结果 病例组与对照组的年龄、性别经检验差异均无统计学意义(t=1.77,P=0.076,χ2=1.14,P=0.289).CCL3L1基因拷贝数范围为0~13(中位数4),按照中位数将拷贝数分为低、中、高3组后,结果显示2组间拷贝数变异差异无统计学意义(χ2=0.591,P=0.669).此外,结合临床指标进行的回归分析也未发现CCL3L1基因拷贝数变异与AS疾病活动度或功能指数有关联(χ2=0.341,P=0.804;χ2=0.472,P=0.774).结论 CCL3L1基因拷贝数变异可能与AS遗传易感性无关.
-
克罗恩病CNTNAP3基因拷贝数变异及其意义
DNA拷贝数变异是人类疾病的重要致病因素,可能参与了炎症性肠病(IBD)的发病机制和病理过程.目的:探讨CNTNAP3基因在克罗恩病(CD)中的拷贝数变异情况及其意义.方法:纳入2009年7月-2010年12月上海交通大学医学院附属仁济医院收治的活动期CD患者101例,同期80例健康体检者作为正常对照.采集CD患者外周血或肠黏膜标本,以比较基因组杂交芯片(aCGH, n=8)和荧光定量PCR(n=93)筛选、验证CNTNAP3基因拷贝数变异,ELISA法(n=55)检测CNTNAP3编码蛋白表达.结果:aCGH检测显示初发CD患者染色体9p13区域(含CNTNAP3基因)存在大片段拷贝数扩增;荧光定量PCR验证并确认CD组外周血CNTNAP3基因拷贝数显著高于正常对照组,非激素治疗组差异更为明显(208 616.4±126 984.7和233 453.3±113 520.8对161 750.2±53 940.3, P<0.05和P<0.01).在各项CD临床参数中,仅吸烟史与CNTNAP3基因拷贝数扩增显著相关(P<0.05),但拷贝数明显扩增者的血浆CNTNAP3水平与正常对照组无明显差异(P>0.05),与简化CD内镜评分无相关性(P>0.05).结论:CNTNAP3基因拷贝数扩增可能参与了中国CD人群的发病,激素治疗和吸烟可能是影响该基因拷贝数变异的因素;血浆CNTNAP3水平不能用于区分CD患者与健康人.本研究结论有待进一步验证.
