Pol Ⅱ-ChIP-PE-MS方法的建立及其在SNP功能研究中的应用

目的:建立RNA多聚酶Ⅱ-染色质免疫沉淀-引物延伸-飞行时间质谱技术(PolⅡ-ChIP-PE-MS),并利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量,为活体状态下研究疾病关联基因SNP的功能研究提供一种高通量的研究手段.方法:采用PCR-RFLP方法对HepG2细胞印迹基因SNRPN(仅父源等位基因表达)基因组DNA和cDNA进行基因分型,利用PolⅡCTD末端Ser5特异性抗体进行染色质免疫沉淀,针对SNP位点两侧序列设计PCR引物和延伸引物,以外侧引物进行PCR扩增,采用延伸引物进行VLET引物延伸,产物纯化后经MALDI-TOF质谱鉴定.结果:对SNRPN杂合子细胞的SNRPN C1654312T SNP进行PolⅡ-ChIP-PE-MS分析发现,基因组DNA样本和染色质免疫沉淀前样本在C、T等位点都包含相同PolⅡ结合量,但免疫沉淀后标本(被磷酸化RNA多聚酶Ⅱ结合的染色质)就仅在T等位点有结合,与产生mRNA转录的等位点相对应.结论:成功建立起PolⅡ-ChIP-PE-MS方法,利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量是可靠的,可以利用PolⅡ-ChIP-PE-MS策略鉴定疾病关联基因SNP的功能.

MALDI-TOF-MS结合引物延伸反应检测K-ras基因型方法的建立

目的:建立MALDI-TOF-MS结合引物延伸的方法检测K-ras基因12位密码子7种基因型的研究模型并探讨其应用价值.方法:以自行构建的K-ras质粒DNA为模板,经目的片断扩增,去磷酸化,再用两条未经修饰的普通引物,在dATP、ddTTP、ddCTP和ddGTP混和物存在的体系中进行引物延伸反应,后用MALDI-TOF-MS检测引物延伸产物质荷比(m/z),得到质谱图,根据质谱图中各个峰的峰值进行基因分型研究结果:用MALDI-TOF-MS结合引物延伸的方法,可以准确区分7种不同基因型.该方法可同时对384份样品进行检测结论:MALDI-TOF-MS结合引物延伸的方法准确度高,反应体系稳定并具有快速、高通量、自动化的特点,可能成为肿瘤早期诊断的检测方法.

改进茎环引物RT-PCR法实时定量检测microRNA

目的:为检测不同组织中microRNA(miRNA)的表达量,本研究建立了一种改进的qRT-PCR(Quantitative reverse transcription PCR)技术.方法:采用具有高特异性的茎环引物逆转录,结合SYBR Green实时定量PCR技术,建立了以延伸茎环引物RT-PCR为基础的实时定量检测microRNA的方法.结果:本研究建立的microRNA检测方法,特异性好,灵敏度高,线性范围宽.熔解曲线的单一峰型和电泳检测到的单一条带都证明了扩增的特异性.对标准品的检测跨越了7个数量级的浓度范围,低拷贝数为103,效率高达98％.结论:利用该技术检测了120个组织样本,说明该方法可快速、准确、高效的获取不同组织中miRNA的表达量,为进一步探讨miRNA对性发育的影响提供了实验依据.

应用引物延伸对疟原虫抗药性loci的快速基因分型

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术在新生儿β-地中海贫血筛查中的应用

目的 建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术的β-地中海贫血(β-地贫)基因突变检测方法,探讨其在新生儿β-地贫筛查中的临床价值.方法 收集新生儿脐血DNA样本515例,针对中国人群中常见的10种β-地贫基因突变类型,分别设计一套PCR引物和延伸反应引物.待测样本经PCR和延伸反应后,所得产物用Sequenom MassArray飞行时间质谱仪进行检测,根据质谱图中的峰值确定每份样本的基因型,并用反向点杂交进行验证.结果 515份样本10个突变位点的总判读成功率为99.55％,检测结果与反向点杂交结果完全一致;共检出β-地贫14例,均为突变杂合子,阳性检出率为2.72％;其中,基因型CD41-42/N 6例,CD17/N 5例,IVS-Ⅱ-654/N 2例,CD71-72/N 1例.结论 MALDI-TOF MS技术准确性高,检测时间短,通量高,适用于新生儿β-地贫筛查.

引物延伸/变性高效液相色谱检测HBV拉米夫定耐药突变

目的 建立引物延伸/变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测HBV拉米夫定耐药突变的方法.方法 本法只需单条引物一次延伸反应便可检测野生株YMDD型、突变株YIDD和YVDD型.其中,突变株YVDD型被延伸1个碱基(G),突变株YIDD型被延伸4个碱基(ATTG/ATCG),野生株YMDD型被延伸3个碱基(ATG),延伸产物用DHPLC检测长度;构建野生株YMDD型、突变株YIDD型和YVDD型质粒,对方法进行检验;用商品试剂和临床标本对方法进行验证.结果 野生株YMDD型、突变株YIDD型和YVDD型克隆质粒验证结果完全符合;临床56例标本的检测结果与商品化试剂(熔解曲线法)结果完全符合.结论 引物延伸/DHPLC检测HBV基因拉米夫定耐药突变是一个高特异性、高可靠性的方法.

Primer Extension-DHPLC检测线粒体DNA 12SrRNA常见耳聋相关突变方法的建立

目的 建立针对线粒体DNA 12SrRNA基因常见耳聋相关突变的Primer Extension-DHPLC(PE-DHPLC)基因诊断新方法.方法 将包含线粒体DNA 12SrRNA 961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4种不同突变的4例外周血DNA样本和4例正常对照标本经测序验证,PCR扩增靶序列,设计延伸引物,延伸后得到线粒体DNA 12SrRNA基因961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱鉴定被检样本的基因型.结果 4例包含线粒体DNA 12SrRNA基因4种耳聋相关突变的DNA样本均扩增出包含4种突变的975 bp特征性条带,PE-DHPLC检测结果显示突变者有引物峰和突变峰两个峰,完全可以鉴别出4种突变,而4例正常对照标本仅显示单个引物峰.结论 本实验建立了Primer Extension-DHPLC的线粒体相关耳聋突变分析新方法,可用于耳聋的基因诊断.

一种新的高效快速检测遗传性耳聋的方法

目的:探寻在不同人群中应用快速、准确的检测非综合征性耳聋的方法.方法:将引物延伸及变性高效液相色谱法相结合,检测180例中国人群的6种常见耳聋突变点(GJB2-235delC,GJB2-299delAT,PDS-A2168G,PDS IVS7-2A＞G,mtDNA-A1555G,以及mtDNA-C1494T).PCR扩增的靶序列,经引物延伸,得到中国人遗传性非综合征性耳聋6个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱可鉴定被检样本的基因型.结果:盲法分析显示180例样品的引物延伸变性高效液相色谱法与直接测序法检测结果完全符合.结论:该法是一种准确、高效的检测非综合征性遗传性耳聋突变的分析方法,并可以探讨将其应用到其他遗传病的检测中.

引物延伸变性高效液相色谱法诊断遗传性非综合征性耳聋

目的 建立针对中国人常见的遗传性非综合征性耳聋基因诊断的新方法.方法 PCR扩增的靶序列,经引物延伸,得到中国人遗传性非综合征性耳聋的6个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱可鉴定被检样本的基因型.结果 盲法分析显示,120例样品的引物延伸变性高效液相色谱与直接测序检测结果 符合率为100%.其中84例耳聋患者诊断为上述6个常见突变中的突变.该法的突变检出率为70%(84/120).结论 该法是一种准确、高效的检测非综合征性遗传性耳聋突变的分析方法,值得推广.

寡核苷酸阵列引物延伸技术在p53基因突变检测中的应用

背景与目的:越来越多的研究表明,许多疾病的发生、个体化治疗及预后与基因的SNP密切相关,对其快速、准确的检测在基因组研究和应用中具有重要的意义.本文应用寡核苷酸阵列引物延伸法对人类肿瘤相关性高的基因棗p53基因进行SNPs的平行检测.方法:根据寡核苷酸基因芯片上延伸引物的设计原则设计出12条p53基因第三外显子上的SNP检测的延伸引物,点样制备7×8点阵的寡核苷酸基因芯片,将巢式PCR扩增出的p53基因片段与芯片杂交,在Klenow酶的介导下进行荧光标记的碱基延伸反应、洗脱、扫描.同时p53基因片段进行测序分析.结果:经荧光检测分析,芯片经延伸反应后出现了明显的Cy3-dUTP或Cy5-dCTP荧光标记信号,检测灵敏度好,结果与测序验证结果一致.结论:采用寡核苷酸芯片的阵列引物延伸技术可以在基因水平实现对p53基因的多个位点的高灵敏度平行检测,是一种高效、价廉、准确的SNP检测方法.

引物延伸变性高效液相色谱产前诊断β-地中海贫血

目的建立针对中国人常见β-地中海贫血(β-地贫)基因型的产前诊断新方法.方法 PCR扩增的靶序列,经引物延伸,得到中国人β-地贫5个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱可鉴定被检样本的基因型.结果盲法分析显示,36个家系108例样品的引物延伸变性高效液相色谱与反向点杂交(reverse dot blot,RDB)检测结果符合率为100%.其中6例RDB诊断为上述5个常见突变以外的突变.该法的突变检出率为94.4%(102/108),对产前诊断家庭的诊断率为97.2%(35/36).结论该法是一种准确、高效的β-地贫突变分析方法,可用于β-地贫的产前诊断.