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蛋白质-蛋白质相互作用网络文献资料
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使用DNA微阵列分析研究系统性血管炎潜在的基因靶点
本研究旨在确定系统性血管炎中关键基因,从而获得新的潜在的基因靶向位点来治疗系统性血管炎.从Gene Expression Omnibus数据库中下载了GSE16945的双色cDNA微阵列数据,由来自13名系统性血管炎患者和16名健康对照组成员的外周单核细胞标本组成.通过BRB ArrayTools,在系统性血管炎中筛选差异表达基因(DEG),随后使用clusterProfiler包构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络以及选择显著功能相互作用(FI)模块.此外,预测了确定的DEG之间的转录因子(TF),并构建了转录调控网络.鉴定了总共173个上调基因和93个下调的基因,主要与免疫应答途径相关.FBJ小鼠骨肉瘤病毒基因同源物(FOS),泛素B(UBB),信号转导和转录激活因子1(STAT1)和MXdynamin样GTPase 1(MX1)在PPI网络中被鉴定为中枢蛋白.此外,UBB、FOS和STAT1分别是三个确定的FI模块中的中枢蛋白.在DEGs中总共预测了9个转录因子.在预测为转录因子的DEG中,鉴定了相互作用的STAT1,v-maf禽类肌肉痉挛性纤维肉瘤癌基因同源物B (MAFB)和酪氨酸3-单加氧酶、色氨酸5-单加氧酶活化蛋白Z(YWHAZ),这些转录因子作为靶点进一步调节其他DEGs.包括FOS、UBB、MX1、STAT1、MAFB和YWHAZ在内的各种基因可能是用于治疗系统性血管炎的潜在靶标.
关键词： 差异表达基因 蛋白质-蛋白质相互作用网络 功能相互作用 系统性血管炎
