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一种快速核酸提取试剂在流感病毒检测中的应用评价
目的 探讨一种快速核酸提取试剂在流感病毒检测中的适用性及有效性.方法 选取流感病毒H3亚型、乙型Yamagata系细胞株和甲型H1N1型鸡胚株各1株,对其倍比稀释液及2015年北京市流感病原学监测阳性的67份咽拭子样本,同时采用快速提取法及离心柱提取法提取病毒核酸,经实时荧光PCR法进行定性、定量检测,检测结果采用SPSS19.0软件进行统计分析.结果 快速提取法提取细胞培养液、鸡胚培养液中流感病毒核酸的低检测限高于离心柱法10倍,咽拭子样本则高100倍;快速提取法提取核酸后检测到的病毒载量均低于离心柱法,其中对含有病毒量较高的毒株检测到的病毒载量低于离心柱法10倍,而对病毒量较少的咽拭子样本,则低100倍;快速提取法稳定性优于离心柱法;提取后的核酸-80℃保存10 d后冻融复测,快速提取法核酸损失量大于离心柱法.67份离心柱提取法检测阳性咽拭子样本使用快速提取法提取核酸后检测,两种方法阳性符合率总计为92.54％,其中10～ 102拷贝/ml组,阳性符合率为76.92％,102～ 103拷贝/ml组,阳性符合率为92.59％,＞103拷贝/ml组,阳性符合率为100％.结论 快速提取法具有稳定性高、易于操作、不易污染的优势,适用于细胞培养液、鸡胚培养液等病毒含量较高的大量样本中流感病毒核酸提取,适于检测样本量大、人手不足、设备欠缺的基层实验室使用;但-80℃冻融后核酸损失量较大,不宜反复冻融后使用;传统的离心柱法对于病毒含量较少的咽拭子样本及核酸需被反复冻融使用时具有优势.
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两种病毒核酸提取方法在流行感冒诊断中的比较
目的 探讨离心柱法与Trizol法在流感病毒核酸提取中的差异,以找到提高阳性检出率的方法.方法 对592例临床流行感冒(流感)疑似患者采集咽拭子标本,采用离心柱法与Trizol法分别提取病毒核酸,采用巢式PCR进行扩增,扩增产物行1%琼脂糖凝胶电泳,以2000 bp Marker为标准,在564 bp区域出现阳性条带者为流感阳性.结果 592例临床流感疑似患者咽拭子标本中,应用离心柱法提取核酸222例(37.5%)阳性,甲型流感患者212例,乙型流感患者10例.Trizol法提取核酸显示66例(11.1%)患者呈阳性,其中甲型和乙型流感患者分别为63例和3例.自2014年12月至2015年4月,北京地区流感病毒流行以甲型流感病毒为主,乙型流感病例较少.流感的发病与季节相关,集中暴发时期在12月份左右,高发感染人群的年龄段为21~40岁,与性别无关.在病毒提取效率上,离心柱法阳性率显著高于Trizol法,差异具有统计学意义(χ2=111.66,P<0.01).结论 北京地区流感病毒的流行以甲型流感为主.离心柱法提取核酸效率要高于Trizol法,有利于早期进行病原学诊断.
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两种提取孕妇血浆游离胎儿DNA方法的比较
目的 分别应用两种方法进行血浆游离胎儿DNA的提取,判定及筛选佳的血浆游离胎儿DNA的提取方法,为后续试验提取游离胎儿DNA的方法提供参考依据.方法 收集30例健康妊娠孕妇血浆,用离心柱法和磁珠法进行血浆游离DNA的提取,经甲基化敏感限制性内切酶BstUI酶切后使用微量紫外分光光度计测量所提取的游离胎儿DNA的含量及纯度,再使用实时荧光定量PCR扩增方法测定扩增效率,进行统计学分析.结果 离心柱法所提取的游离胎儿DNA的测定结果为:含量(43.27±21.01)ng/μl;纯度A260/A280 (0.999 7±0.084 42);扩增效率为94％;而磁珠法提取的游离胎儿DNA的测定结果为:含量(31.74±12.25) ng/μl:纯度A260/A280 (0.878 3±0.052 66);扩增效率为87％.两组方法提取游离DNA的浓度、纯度比较,差异有统计学意义(均P＜0.05).结论 离心柱法比磁珠法操作更简便、快捷.经测定提取的DNA的浓度及纯度,扩增效率后可判断离心柱法所提取的游离胎儿DNA的浓度、纯度及扩增效率都远远优于磁珠法;离心柱法比磁珠法更适用于后续无创产前诊断研究试验.
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不同类型试剂盒提取血液基因组DNA效果的比较
目的 比较溶液沉淀法、离心柱法和磁珠法试剂盒提取血液基因组DNA的效果.方法 采集高血压患者的血液样本90份,随机分为3组,分别采用溶液沉淀法、离心柱法和磁珠法试剂盒提取血液样本基因组DNA.通过紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳检测及PCR扩增法对血液样本基因组DNA的提取效果进行比较.结果 溶液沉淀法提取的DNA浓度显著高于离心柱法和磁珠法(P＜0.05),离心柱法与磁珠法提取的DNA浓度差异无统计学意义(P＞0.05),3种方法提取血液样本基因组DNA的A260/A280值及A260/A230值的差异均无统计学意义(P＞0.05);3种方法提取的血液样本基因组DNA的大小基本相同,离心柱法提取的DNA点样孔处较干净,电泳条带单一,无拖尾;3种方法提取血液样本基因组DNA的PCR产物均可见单一且明亮的目的条带.结论 3种类型提取试剂盒各有优缺点,使用时应根据实际情况进行选择.
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探讨两种石蜡包埋组织DNA提取方法
随着精准医学和个体化医学的快速发展,人们对分子检测的研究越来越广泛、越来越深入;寻找疾病的遗传学发病因素,对不同患者实施适于其病情的治疗及使用不同剂量的药物逐渐成为医学发展的方向[1,2].新鲜组织、石蜡包埋组织、外周血、胸腹水等样本中核酸的提取,是分子生物学的基本要求.由于患者病程及身体状况等原因,很多情况下短期内获取人体新鲜组织、胸腹水等标本较困难,而甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embeded tissue,FFPET)可以长期保存,所以可以将这些新鲜组织及胸腹水等样本制作成FFPET备用,从而为分子生物学研究提供宝贵的标本[3,4].
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血液和尿液中巨细胞病毒DNA的检测研究
目的 探讨血液和尿液不同类型标本中巨细胞病毒(CMV)-DNA的检测研究.方法 采用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)对52例患者4种不同类型的血液标本和85例患者3种不同类型的尿液标本的CMV-DNA载量进行检测,比较血液和尿液不同类型标本的CMV-DNA检出率和病毒载量的差异.结果 52例患者血清、全血、血浆和外周血单个核细胞(PB M C)的C M V-D N A检出率分别为48.08％ 、71.15％ 、57.69％ 和69.23％;全血和PBMC的CMV-DNA检出率较高,差异有统计学意义(P<0.05).PBMC的定量结果较高.85例患者混合尿、尿上清和尿沉渣的C M V-D N A检出率分别为72.94％ 、62.35％ 和84.71％,尿沉渣的CMV-DNA检出率较高,混合尿的定量结果较高.结论 血液和尿液标本CMV-DNA的检测结果差异较大,在CM V感染的临床诊疗和监测中使用同一标本类型检测具有重要的临床意义.
关键词： 巨细胞病毒 实时荧光定量聚合酶链反应 核酸提取 离心柱法 -
血液和尿液中巨细胞病毒DNA的检测研究
目的:分析巨细胞病毒(CMV-DNA)在血液和尿液不同类型标本中的检测的检测研究.方法:选取100例患者作为研究对象,分为观察组和对照组,每组50例.观察组采用实时荧光定量聚合酶链反应对4种不同类型的血液标本进行检测.对照组针对3种不同类型的尿液标本的巨细胞病毒载量进行检测,比较血液和尿液不同类型标本的巨细胞病毒检出率和病毒量的差异.结果:观察组50例患者血清、全血、血浆和外周血单个核细胞(PBMC)的CMV-DNA检出率分别为46.5％、81.2％、63.3％和70.2％;全血和PBMC的CMV-DNA检出率较高,差异有统计学意义(P<0.05).PBMC的定量结果较高.对照组50例患者混合尿、尿上清和尿沉渣的CMV-DNA检出率分别为73.2％、65.4％和86.6％,尿沉渣的CMV-DNA检出率较高,混合尿的定量结果较高.结论:血液和尿液标本的CMV-DNA检测结果差异较大,在CMV感染的临床诊疗和监测中使用同一标本类型检测具有重要的临床意义.
关键词： 巨细胞病毒 实时荧光定量聚合酶链反应 离心柱法
