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人Daintain基因5'调控区序列的生物信息学分析
目的:探讨人Daintain基因5'调控区的序列特征.方法:利用在线软件BLAST、Neural Network Promoter Prediction、Promoter 2.0、Promoter SCAN、EMBOSS、CpG Island Searcher和TF SEARCH预测人Daintain基因启动子区域、CpG岛分布和转录因子结合位点.结果:人Daintain基因5'调控区存在1个CAAT盒.Daintain基因可能存在6个启动子位点,CpG岛可能位于216 bp区间(23～238 bp).评分85分以上时,该序列存在251个可能的转录因子结合位点;评分90分以上时,该序列存在70个可能的转录因子结合位点;评分95分以上时,该序列存在16个可能的转录因子结合位点;评分100分以上时,该序列存在7个可能的转录因子结合位点;这些结合的转录因子基本是与免疫细胞增殖或性别发生有关.结论:人Daintain基因5'调控区的生物信息学研究表明其转录受甲基化和多种转录因子的调控,为研究Daintain基因启动子的功能提供理论基础.
关键词： 人Daintain基因 5'调控区 启动子 CpG岛 转录因子结合位点 -
紧密连接蛋白claudin-8基因5'调控区序列的生物信息学分析
目的 研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法 利用BLAST比对获得claudin-8基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box 和CAAT-box ;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0 分析claudin-8基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS 和CpG Island Searcher 分析claudin-8基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH 分析claudin-8基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果 claudin-8 基因5′调控区序列中存在2个CAAT-box,无TATA -box和GC-box;claudin-8基因可能存在6个启动子位点;CpG岛为148 bp(379 bp-526 bp)、64 bp(1662 bp-1725 bp)、319 bp(296 bp-614 bp).结果 显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有498个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有98个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(Score Threshold:99.0)时,该区域具有37个潜在的转录因子结合位点.结论 通过生物信息学的方法 对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义.
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紧密连接蛋白claudin-14基因5'调控区序列的生物信息学分析
目的 研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法 利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列；利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box；利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-14基因5 '调控区序列中启动子；利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-14基因5 '调控区序列中CpG岛位置；利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-14基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果 Claudin-14基因5 '调控区序列中存在1个CAAT-box、1个TATA-box和1个GC-box；claudin-14基因可能存在5个启动子位点；CpG岛位于62 bp区间(229 ～ 290 bp)、99 bp区间(417 ～ 515 bp)、76 bp区间(523～ 598 bp)、89 bp区间(836 ～924 bp)、69 bp区间(1 216～1 284bp)和194 bp区间(1235～1428bp).评分在85分以上时,该区域有432个潜在的转录因子结合位点；评分在90分以上时,该区域有156个潜在的转录因子结合位点；评分在95分以上时,该区域有66个潜在的转录因子结合位点；评分在100分时,该区域有24个潜在的转录因子结合位点.结论 Claudin-14基因可能存在不同的转录起始位点；claudin-14基因的转录受DNA甲基化和多种转录因子的调控.
关键词： 紧密连接蛋白 claudin-14 5'调控区 生物信息学
