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高分辨率熔解曲线技术检测冠心病患者APOB 、APOC-Ⅰ和LDLR基因rs693、rs4420638、rs688位点多态性
目的 建立APOB基因rs693位点、LDLR基因rs688位点和APOC-Ⅰ基因rs4420638位点单核苷酸多态性(SNP)的聚合酶链式反应-高分辨率熔解曲线分析(PCR-HRM)的检测方法,并探讨该3个SNP位点与冠心病(CHD)易感的相关性.方法 针对rs693、rs688和rs4420638 3个位点分别设计引物,建立PCR-HRM分子诊断方法,并通过直接测序进行验证.对311例CHD患者和300例体检健康者进行病例-对照研究,分析其与CHD易感性及血脂指标(TC、TG、HDL-C、LDL-C)的关系.结果 rs693和rs4420638位点的基因频率和基因型频率在CHD组与对照组之间差异有统计学意义(P＜0.05).rs693位点CT基因型降低CHD患病风险(OR =0.448,95％ CI∶0.246～0.817,P=0.009);rs4420638位点AG基因型增加CHD患病风险(OR=2.140,95％ CI:1.241～3.688,P=0.006).rs688(C＞T)和rs4420638 (A＞ G)位点组成的单倍型CG增加CHD患病风险(OR=1.715,95％ CI:1.091 ～2.697,P=0.018).病例组rs4420638位点AG基因型患者的血清TC水平显著高于AA基因型(F=4.281,P=0.040).结论 成功建立了rs693、rs688和rs4420638 3个SNP位点的PCR-HRM基因分型方法.rs693和rs4420638位点以及单倍型CG与中国兰州地区汉族人群CHD易感性有关,rs4420638位点联合血清TC水平检测可预警CHD发生.
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高分辨率熔解技术检测冠心病关联基因标签单核苷酸多态性
目的 建立高分辨率熔解(HRM)技术检测冠心病关联基因的标签单核苷酸多态性(SNPs)的方法;并探讨其与兰州地区汉族人群冠心病(CHD)易感性及血脂指标的相关性.方法 建立CHD5个关联基因CRP、ACE、NOS3、ENPP1、IQSEC1的7个SNPs住点(rs1205C ＞T、rs4305A＞G、rs4353 G＞A、rs7830 C＞A、rs12528076C＞T、rs939899G＞A、rs1108640G＞ C)的PCR-HRM检测方法,并用260例CHD患者和238例体检健康者进行验证.结果 标本经PCR扩增后均能进行基因分型,经直接测序验证,其分型正确率达100％.病例-对照分析显示rs4353 G＞A和rs12528076 C＞T等位基因频率在CHD组和对照组间差异有统计学意义(x2=3.998,P=0.045;x2 =3.918,P=0.047),rs7830 C＞A基因型频率在两组间差异亦有统计学意义(x2=6.369,P=0.041).血脂水平分析显示,CHD患者与rs 1205位点高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平存在相关性(F=14.067,P=0.001).结论 PCR-HRM检测是一种快速、准确的基因分型方法.ACE、NOS3和ENPP1与兰州地区汉族人群CHD易感性相关,其中rs1205 C＞T联合HDL-C血清水平检测可预警CHD发生.
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高分辨率熔解技术检测冠心病患者TNF-α及其受体基因多态性
目的 用高分辨率熔解(HRM)技术检测兰州地区汉族人群肿瘤坏死因子α(TNF-α)及其受体基因单核苷酸多态性(SNP),探讨其与冠心病(CHD)易感性及血脂指标的相关性.方法 建立TNFA-238G＞A、TNFA-308G＞A、TNFA-857C＞T、TNFA-863C＞A、TNFRl-383A＞C和TNFR2-exonT＞G 6个SNP位点的PCR-HRM检测方法,并对207例CHD患者和274例健康对照进行病例-对照研究,分析其与CHD易感性及血脂指标的关系.结果 仅TNFA-863C＞A位点的基因频率和基因型频率在CHD组和对照组之间差异具有统计学意义(P =0.020,0.013),性别分层后仅存在于男性患者(P=0.026,0.018),CA基因型明显增加CHD患病风险(OR=1.999,P=0.029).针对TNF-α基因的单倍型分析显示TNFA-238G/-308 G/-857 C/-863A(GGCA)单倍型明显增加CHD患病风险(OR=1.695,P=0.016).病例组的血脂分析显示TNFR2-exon位点与CHD患者的高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平有关(F=5.126,P=0.024).结论 TNFA-863C＞A位点和单倍型TNFA-GGCA与兰州地区汉族人群CHD易感性相关,TNFR2-exonT＞G位点与CHD患者HDL-C水平相关联.
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APOB、APOC-Ⅰ和LDLR基因多态性与血脂水平的关联性分析
目的 探讨LDLR基因rs688 C＞T、APOB基因rs693 C＞T、APOC-Ⅰ基因rs4420638 A＞G位点分布特征及其与血脂水平的相关性.方法 以462例兰州地区汉族人群为研究对象,采用聚合酶链式反应-高分辨率熔解(PCR-HRM)技术对LDLR基因rs688 C＞T、APOB基因rs693 C＞T、APOC-Ⅰ基因rs4420638 A＞G 3个SNP位点进行基因分型,分析其与血脂水平的关系.结果 LDLR基因rs688C＞T、APOB基因rs693 C＞T、APOC-Ⅰ基因rs4420638 A＞G基因型频率和等位基因频率分别为CC64.9％、CT 32.5％、TT 2.6％,C 81.2％、T 18.8％;CC 87.0％、CT 13.0％,C 93.5％、T 6.5％;AA85.7％、AG 14.3％,A 92.9％、G7.1％.在显性模型下,分别以TC、TG、LDL-C、HDL-C为因变量,以性别、年龄、BMI、rs688 C＞T、rs693 C＞T、rs4420638 A＞G为自变量进行多元线性回归分析发现,LDLR基因rs688 T等位基因携带者的TC、LDL-C水平显著高于CC纯合型(β=0.301,P＜0.01;β=0.335,P＜0.01);APOB基因rs693 T等位基因携带者的TC、TG水平显著低于CC纯合型(β=-0.250,P=0.027;β=-0.162,P=0.029);APOC-Ⅰ基因rs4420638 G等位基因携带者的TG水平显著高于AA纯合型(β =0.180,P=0.016).结论 LDLR基因rs688 C＞T、APOB基因rs693 C＞T、APOC-Ⅰ基因rs4420638A＞G位点与中国兰州地区汉族人群血脂水平相关.
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高分辨熔解技术检测类风湿关节炎患者IL-1β和IL-1Ra基因多态性
目的 探讨IL-1β和IL-1 Ra基因多态性与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)易感性及其血清学指标的关系.方法 应用高分辨率熔解(high resolution melting,HRM)技术对452例RA患者和360例对照进行IL-1β和IL-1Ra基因多态性的病例-对照研究,并分析IL-1β和IL-1Ra基因多态性与血清学指标的相关性.等位基因频率比较采用SPSS软件,单倍型构建采用在线SHEsis软件.结果 成功建立了IL-1B-511、-31、+3954和IL-1RN( rs4251961)4个位点的PCR-HRM检测方法.结果显示在女性中,IL-1B+ 3954位点等位基因频率在病例组和对照组之间存在有统计学差异(x2 =5.0,P=0.03),IL-1B-31位点等位基因频率和单倍型IL-1B-511*T/IL-1B-31*C/IL-1B+ 3954*C/IL-IRN*T(TCCT)在抗-MCV阳性组和阴性组之间存在统计学差异(x2 =5.0,P=0.02;x2 =5.3,P=0.02),单倍型IL-1B-511*T/IL-1B-31* C/IL-1B +3954* C/IL-1RN* C(TCCC)在RF、抗CCP和抗MCV 3个指标均为阳性和3指标非全阳性的2组之间存在统计学差异(x2 =5.1,P=0.02).结论 PCR-HRM技术是一种值得推广的常规化基因分型新方法.IL-1B+ 3954*C与女性RA易感性相关,IL-1B-31*C和单倍型TCCT与女性抗MCV阳性相关,单倍型TCCC与女性血清学指标全阳性相关.
