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英夫利昔单抗治疗文献资料
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炎症性肠病患者英夫利昔单抗治疗疗效相关基因的筛选
目的 探讨炎症性肠病(IBD)患者英夫利昔单抗(IFX)治疗疗效相关关键基因.方法 通过生物信息学方法,利用GEO数据库中接受IFX首次治疗的溃疡性结肠炎(UC)、结肠型克罗恩病(CDc)患者治疗前结肠黏膜基因芯片数据,基因集富集分析(GSEA)初步筛选出UC和CDc结肠黏膜中在共富集的基因本体(GO)功能集上的基因,在此基础上运用STRING在线数据库绘制基因相互作用网络图,通过Cytoscape软件筛选出网络中心节点及与其直接关联且相互作用关系≥3的基因,后通过STRING数据库对这些基因进行京都基因与基因组百科全书通路(KEGG通路)分析,寻找相关信号通路和基因间的相互作用,以探讨其影响IFX疗效的分子机制.结果 通过GSEA分析出IFX无效的UC和CDc患者结肠黏膜中70个上调的基因在GO功能基因集“蛋白质代谢过程的正调控”上共富集[错误发现率(FDR)＜25％];这些基因在STRING数据库中绘制的网络关联图通过Cytoscape软件分析得到相互作用关系多的基因为白细胞介素(IL)-6相关基因,以其为中心节点筛选出17个直接关联并且相互作用关系≥3的基因,这些基因主要涉及的信号通路为:Toll样受体信号通路、Janus酪氨酸激酶(JAK)-信号转导与转录激活因子(STAT)信号通路、细胞因子受体相互作用,均参与炎症形成.IL-6在以上3条主要促炎通路中均起作用.结论 UC和CDc患者结肠黏膜IL-6基因表达水平与IFX疗效相关,它可通过多种途径发挥促炎作用.
