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16S rRNA高通量测序研究有龋者唾液微生物群落结构及多样性
目的:通过16S rRNA高通量测序研究有龋和无龋者唾液的微生物群落结构及其差异.方法:在甘肃省康乐县景古镇居民口腔检查中随机选取14位汉族居民,其中,7例有龋(caries-active,CA组,DMFT≥4)、7例无龋(caries-free,CF组).采取唾液样本,提DNA,PCR扩增,利用Illumina Miseq测序平台对16S rRNA V4区进行双端测序;利用Mothur、MEGAN4、Cluster 3.0和Java Treeview等软件进行细菌群落结构及多样性的差异分析.结果:共得到118151条优质序列,发现5738个OTUs,2795个物种,归属27个门,218个属.CA组和CF组唾液微生物群落结构有差异,其中,门水平上,Firmicutes和SR1在CA组显著低于CF组(P＜0.05).属水平上,Rothia、Alistipes和Catonella在CA组显著低于CF组(P＜0.05),Scardovia在CA组显著高于CF组(P＜0.05);CA组和CF组OTUs分别为(550.2±26.48),(597.4±66.07),CA组和CF组Simpson多样性指数分别为(0.73±0.03),(0.49±0.01),均无统计学差异.结论:人类口腔唾液有复杂的微生物群落结构;在门水平和属水平上,有龋者的微生物种类较无龋者稍有减少;Firmicutes和SR1菌门,Rothia、Alistipes和Catonella菌属的存在与龋病呈负相关;相反地,Scardovia等菌属的存在与龋病呈正相关.
关键词： 龋病 微生物群落结构 16S rRNA高通量测序 唾液 -
呼吸道菌群失调加重小鼠过敏性呼吸道炎症反应
[目的]探讨呼吸道菌群失调对小鼠过敏性呼吸道疾病发病的影响.[方法]C57BL/6雌性小鼠给予万古霉素雾化吸入10d后处死,应用16S rRNA高通量测序技术分析支气管肺泡灌洗液(BALF)菌群组成,探索建立小鼠呼吸道菌群失调模型的方法.建模成功后,应用相同的方法建立小鼠呼吸道菌群失调模型,在此基础上,通过腹腔注射致敏及雾化吸入卵清蛋白(OVA)激发,诱导小鼠过敏性呼吸道炎症反应,计数擦鼻频率,检测BALF中细胞总数及嗜酸性粒细胞百分比,肺组织病理分析炎症反应及杯状细胞增生情况,ELISA法检测血清中IgE水平,BALF中IFN-γ、IL-4、IL-5水平,血清、BALF及肠组织中IL-33水平,从而分析呼吸道菌群失调对过敏性呼吸道炎症反应的影响.[结果]万古霉素雾化吸入使小鼠呼吸道Bradyrhizobium、Sphingopyxis、Cupriavidus、Peolomonas等菌属增加,而Akkermansia及Prevotella_6等菌属显著降低,发生观显的菌群失调.利用此动物模型进一步研究发现,呼吸道菌群失调加重了卵清蛋白诱导的过敏性呼吸道炎症反应,表现为擦鼻频率增加,BALF中细胞渗出增加、嗜酸性粒细胞百分比增高,肺组织炎症及杯状细胞增生加重,血清中IgE水平增加.另外,与卵清蛋白组相比,菌群失调联合卵清蛋白组小鼠BALF中Th1型细胞因子IFN-γ水平降低,Th2型细胞因子IL-4、IL-5水平升高,发生更为严重的Th 1/Th2平衡失调;BALF中IL-33水平增加,而血清及肠组织中IL-33水平差异无统计学意义,表明呼吸道菌群失调仅影响局部IL-33的产生.[结论]应用万古霉素雾化吸入成功建立了小鼠呼吸道菌群失调模型.呼吸道菌群失调可能通过增加局部IL-33产生,激活Th2及固有样淋巴缅胞(ILC),诱发Th1/Th2平衡失调,从而促进过敏性呼吸道疾病发病.
关键词： 呼吸道菌群失调 16S rRNA高通量测序 过敏性呼吸道炎症 细胞因子
