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  • 基因表达芯片标准化研究进展

    作者:伍亚舟;易东;李辉智

    基因芯片数据分析是当前生物信息学的主要研究问题和方向,其中的标准化问题对于基因芯片后续的数据分析起着极其重要的作用.从标准化的研究背景、概念以及当前的一些标准化方法模型和各自模型的简单应用等方面探讨了基因芯片标准化的研究现状与进展.

  • 基因芯片表达数据的标准化策略研究

    作者:伍亚舟;张彦琦;黄明辉;杨梦苏;曾志雄;易东

    目的从统计学、数学和生物信息学相结合的角度,探讨针对不同密度基因芯片(microarray,gene chip)如何进行数据标准化处理与分析,寻找表达上有显著性差别的基因.方法在Excel和Spss软件中,采用总强度标准化法(totalintensity normalization,TIN)和局部加权线性回归标准化法(10cally weighted linear regression normalization,LWLRN)对高低密度芯片数据进行分析处理.结果这些方法能有效地减少系统误差产生的影响,使处理后的数据更加具有可比性和可靠性.结论本研究提供的分析方法在减少系统误差基础上能较好地找出芯片上有显著性差异表达的基因,不过标准化方法还处于起步和发展的阶段,需进一步完善;但随着非线性技术的不断完善,计算机软硬件的快速发展,芯片海量数据分析处理方面的研究将得到新的突破.

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