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H6N6文献资料
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高通量测序H6N6亚型禽流感病毒及遗传进化分析
目的 对2013年在广东地区活禽交易市场外环境中分离到的2株H6N6亚型禽流感病毒株进行全基因组测序和遗传进化分析,为广东地区外环境禽流感病毒监控提供实验数据.方法 应用Ion Torrent对2份样本[A/Environment/Guangdong/SW-C 12382070/2013 (H6N6)和A/Envi-ronment/Guangdong/SW-C12382099/2013 (H6N6)]进行高通量测序,然后采用分子生物学软件对测序结果进行序列分析.结果 BLAST结果显示,2株毒株血凝素蛋白(HA)基因裂解位点附近序列均为P-Q-I-E-T-R-G,仅含有1个碱性氨基酸,是典型的低致病性禽流感病毒特征序列.2株毒株的HA基因与越南分离株A/duck/NhaTrang/60/2013 (H6N6)相似性高,神经氨酸酶(NA)基因与湖南分离株A/chicken/Hunan/S4495/2010(H6N6)相似性高.全基因组序列遗传进化分析结果显示,2株毒株的8个基因片段均属于欧亚谱系的禽源进化分支,其中HA基因属于ST2853-like分支,NA基因属于ST192-like分支,核蛋白(NP)基因属于HN573-like分支,碱性聚合酶2(PB2)、碱性聚合酶1(PB1)、酸性聚合酶(PA)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因属于ST339-like分支.结论 本研究中的2株H6N6亚型禽流感病毒株为同一亚型不同基因群间基因交换的重组病毒.
