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埃可病毒1型文献资料
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埃可病毒1型河南分离株全基因组测序及序列分析
目的 了解河南省与手足口病相关的埃可病毒1型(echovirus 1,E1)河南分离株2140/Henan/2010的基因组特征,对其进行全基因测序,并与其他肠道病毒基因进行同源性比较和进化分析.方法 采用RT-PCR扩增全基因,采用SeqMan将所测的全部序列进行拼接,使用MegAlign进行同源性比较,MEGA4进行进化分析.结果 2140/Henan/2010基因组全长7 325 bp.与原型株Farouk比较,编码区氨基酸同源性为97.6％,核苷酸同源性为80.7％,其中P1核苷酸差异为21.2％,VP1核苷酸差异为16.5％,P2、P3核苷酸差异分别为19.9％、22.4％.进化分析发现,2140/Henan/2010和E1/Farouk仅在P1区和VP1区形成同一分枝,2140/Henan/2010和E1/Farouk在P1和VP1区、P2区、P3区分别与E4、E30、E12亲缘关系相近.结论 与原型株相比,2140/Henan/2010株编码区氨基酸序列差异很小,核苷酸变异较大,核苷酸变异多为无义突变,不影响氨基酸序列的变化；推测E1在P1以外的多个基因组区段分别与其他血清型肠道病毒发生重组.
