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中国7个地区诺如病毒GⅡ.4/Sydney2012变异株分析
目的 分析2012-2013年冬季中国地区诺如病毒新流行株GⅡ.4/Sydney 2012的衣壳蛋白区核苷酸与氨基酸变异特点.方法 对已获得的22份2012-2013年冬季北京地区GⅡ.4/Sydney 2012株进行全衣壳蛋白区基因扩增.从GenBank检索中国其他地区的GⅡ.4/Sydney 2012株衣壳蛋白区核苷酸序列.对获得的GⅡ.4/Sydney 2012株的衣壳蛋白区核苷酸及氨基酸序列与往年GⅡ.4流行株进行系谱分析.结果 获得中国7个地区(北京、上海、江苏、湖州、荆州、香港和台湾)的GⅡ.4/Sydney 2012株资料共38份(至少包含完整VP1核苷酸序列).GⅡ.4/Sydney 2012株之间VP1核苷酸差异为0.1％～3.3％,氨基酸差异为0～3.1％.系谱分析发现GⅡ.4/Sydney2012株与Apeldoom 2008和New Orleans 2009起自共同的分支.中国和悉尼GⅡ.4/Sydney 2012代表株的A、D、E抗原表位氨基酸序列组合有两种:TSRN-GTT-SNT和TSRN-STT-SNT.结论 GⅡ.4/Sydney 2012株已在中国多个地区出现,各地区病毒株同源性较高.GⅡ.4/Sydney 2012株的抗原表位氨基酸组合发生明显改变.
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贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的初步研究
目的 了解贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的组成及其点突变.方法 监测2010年6-11月于贵阳地区哨点医院就诊的急性胃肠炎病例,收集粪便标本,采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(real-time RT-PCR)初步鉴定,随机选取部分GⅡ型诺如病毒阳性标本,采用一步法RT-PCR对其VP1基因区克隆及测序,基因序列与国内外流行的GⅡ.4型诺如病毒进行系统进化及氨基酸位点的突变分析.结果 检测标本426份,有267份(62.68％)GⅡ型诺如病毒阳性,测序获得了9份GⅡ.4型诺如病毒VP1基因组序列,贵州省2010年流行的GⅡ.4型诺如病毒包括2个变异株(GⅡ.42008a和GⅡ.4 2008b新型变异株),亚型组闻的VP1基因的同源性为95.90％ ～ 96.72％,亚型组内同源性为99.45％ ～ 100％,有2个氨基酸位点易发生突变.结论 贵阳地区2010年夏秋季急性胃肠炎以诺如病毒GⅡ型为主,并且变异株具有多样性.
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安徽省诺如病毒GⅡ.4/Sydney 2012变异株分子特征分析
目的 了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征.方法 采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用ClustalX 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树.结果 检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67％ (4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GⅡ.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100％;与2014～2015年上海株、香港株核酸同源性高,均为100％;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6％;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系近,聚为独立一簇,同属GⅡ.4/Sydney 2012分支.结论 引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GⅡ.4型诺如病毒,且属于GⅡ.4 Sydney 2012变异株.
关键词： 诺如病毒 GⅡ.4基因型 Sydney 2012 分子特征
