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中国北方部分地区北京谱系结核分枝杆菌群体遗传关系的分析
目的 应用分子遗传学方法探讨234株北京谱系结核分枝杆菌的起源进化及群体间基因流动特征.方法 对来源于中国北方五省区(黑龙汀、吉林、辽宁、内蒙古和宁夏)234株北京谱系结核分枝杆菌进行24位点可变数目串联重复序列(VNTR)基因分型,计算各VNTR位点的等位基因多态性(h)；从个体水平分析其系统发育,即构建NJ树和小生成树；构建群体水平系统发育树,并在此基础上通过贝叶斯模型计算近共祖年代；通过分子方差分析了解五省区菌株间的基因流动情况.结果 24个VNTR位点的等位基因多态性较低(h值:0.000 ～ 0.744).234株北京谱系结核分枝杆菌分散存在NJ树各个进化分支,小生成树中约62.0％(145/234)的菌株被划分到同一“克隆复合群”.群体水平系统发育树显示234株菌与MIRU-VNTRplus数据库(http://www.miru-vntrplus.org)中的北京谱系结核分枝杆菌的遗传关系近(Bootstrap值为100)；近共祖年代为5308年(95％CI:4263 ～ 6470年).通过分子方差分析发现吉林与黑龙江、辽宁菌株之间,内蒙古与宁夏菌株之间遗传分化系数的差异无统计学意义(P＞0.05).结论 中国北方五省区北京谱系结核分枝杆菌的遗传相似性较高,菌株间种系发生关系不明显.推测这些菌株由近期(约5000年前)结核分枝杆菌北京谱系的某一“克隆”进化而来.地理位置接近的区域,菌株间存在基因流动现象.
