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柯萨奇病毒A16型的B1a和B1b两个分支在内蒙古自治区共同流行
研究2010年引起内蒙古自治区手足口病流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie virus A16,CVA16)的分子流行病学特征.采集内蒙古自治区12个盟市门诊就诊的888名手足口病患者粪便和咽拭子标本共921份,进行病毒分离,然后利用实时荧光PCR对阳性分离物进行CVA16的鉴定.从临床症状分别为普通型、重型和死亡病例的临床标本中分离的CVA16中随机选取50株代表株进行VP1编码区扩增及核苷酸序列测定和分析,与其他各基因型和基因亚型的CVA16构建亲缘进化关系树.921份标本共分离出82株CVA16,分离率为8.90％,其中从重症病例分离出3株CVA16,从死亡病例中分离出1株CVA16.50株内蒙古CVA16代表株在核苷酸水平上与1998年以来中国大陆CVA16分离株的同源性都较高,尤其与2009年北京株和2010年河南株的同源性高,分别为96.18％～98.88％和94.94％～98.76％；但与2007年内蒙古流行株存在一定的差异,同源性仅为91.68％～96.52％；亲缘进化关系树显示,所有内蒙古CVA16株都属于B1基因型的两大进化分支B1a和B1b,并处于不同的簇中,它们之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.99％～100％和98.31％～100％,表现为CVA16分离株属于多个病毒传播链.2010年从内蒙古自治区不同临床症状手足口病病例分离的CVA16流行株属于B1基因型的两大进化分支B1a和B1b,两个进化分支的CVA16在内蒙古自治区共同进化和流行.
关键词： 手足口病 柯萨奇病毒A组16型 分子流行病学 B1基因型 内蒙古自治区 -
2014年安徽省柯萨奇病毒A组16型分离株VP1基因特征研究
研究2014年安徽省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿中分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsachivirus A 16,CVA16)毒株VP1区基因特征.收集安徽省2014年1月至11月期间413份HFMD患儿咽拭子标本接种敏感细胞分离肠道病毒,用荧光定量RT-PCR鉴定细胞培养物,对CVA16阳性培养物进行毒株VP1区RT-PCR扩增及核苷酸序列测定和基因特征分析,并与国内外参考序列构建基因亲缘性关系树.共分离鉴定出肠道病毒阳性培养物97份,其中CVA16病毒分离株17株,人肠道病毒71型(Human enterovirus 71,HEV71)分离株76株,其它肠道病毒分离株4株,总体病毒分离率为23.49％(97/413).CVA16基因亲缘性关系分析显示:安徽省2014分离的17株CVA16毒株都属于B1基因型B1b一个分支,它们之间在核苷酸和氨基酸水平上的同源性分布为分别为95.30％～100％和98.70％～100％,但在B1b分支内形成几个传播链.17株CVA16毒株VP1区核苷酸序列与国内云南、湖南、广东、西藏和江苏地区病毒分离株同源性较高,亲缘性关系近,其中与湖南2013年和广东深圳2014年CVA16病毒分离株同源性高,为96.40％～99.70％.2014年安徽省分离的CVA16病毒分离株属于B1基因型B1b亚型,为优势流行株;在B1b分支内形成多个小的病毒传播链共同流行.
关键词： 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 VP1基因 B1基因型 -
2015-2016年阜阳市柯萨奇病毒A16型分离株VP1区基因特征分析
目的 分析阜阳市柯萨奇病毒A16型(CVA16)分离株VP1区基因特征.方法 将2015-2016年阜阳市手足口病患儿CVA16核酸阳性咽拭子标本,接种RD细胞分离病毒,出现细胞病变后用荧光定量PCR鉴定,鉴定阳性标本用RT?PCR扩增VP1区基因片段并进行核苷酸序列测定.采用Mega 6.06生物软件与国内外CVA16毒株参考序列构建进化树,分析VP1区基因特征.结果 26份CVA16核酸阳性的咽拭子合格标本分离出10株CVA16毒株,阳性率为38.46%;10株病毒VP1区基因亲缘性关系分析表明:2株CVA16毒株为B1a亚型,8株为B1b亚型;B1a亚型毒株和广州2012年的CVA16分离株同源性高,核苷酸同源性为98.0%,B1b亚型毒株和深圳2013、2014年的分离株同源性高,核苷酸同源性为99.0%.结论 2015-2016年阜阳市分离的CVA16流行毒株株为B1a亚型、B1b亚型,以B1b亚型为主.
关键词： 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 VP1基因 B1基因型
