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H9N2禽流感病毒血凝素蛋白的主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
目的 应用生物信息学方法分析人源和禽源H9N2禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位. 方法 以H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测H9N2禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数并推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位. 结果 人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白氨基酸序列分别有90和75个变异位点,其中有38个突变位点与氨基酸置换均相同,有14个突变位点相同但氨基酸置换不同.人源和禽源毒株中还各有38和23个特异性突变位点.HA蛋白存在多个糖基化、酰胺化及磷酸化等翻译后修饰位点.除了蛋白激酶C磷酸化位点外,其他类型的翻译后修饰位点在人源和禽源毒株中均有一些变化.经综合各种单参数,HA蛋白均为亲水性蛋白.人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白含有4个B细胞表位,8个CTL细胞表位和6个Th细胞表位,以人源和禽源的B细胞和Th细胞表位差异较大,而CTL细胞表位有部分序列相同. 结论 人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列有一定差异,其B/T细胞抗原表位的不同,可为H9N2禽流感病毒疫苗的研制提参考.
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MERS-CoV棘突蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
目的 应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)棘突蛋白(Spike,S)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位. 结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点.综合各种单参数预测MERS-CoV S蛋白可能存在4个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和5个Th细胞表位. 方法 以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测S蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具预测CTL和Th细胞表位. 结论 生物信息学方法预测MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,该蛋白可能含有B/T细胞抗原表位,为MERS-CoV疫苗研制及其他相关研究奠定了基础.
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人易感H10N8禽流感病毒血凝素蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
目的 应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位.方法 采用ProtParam预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,并采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位.结果 人易感H10N8禽流感病毒HA为亲水性蛋白,二级结构中包含218个α-螺旋、108个β-片层、64个β-转角和171个无规卷曲,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点.经综合各种参数,预测出H10N8禽流感病毒HA蛋白可能存在的7个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和8个Th细胞表位.结论 HA蛋白B/T细胞抗原表位的预测为人易感H10N8染禽流感病毒的疫苗研制奠定了一定的基础.
