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HLA-DRB1-12寡核苷酸芯片的制备及优化
生物芯片技术是基于杂交原理发展而来的,是将固相反应的原理和形式应用于大分子识别反应(核酸杂交、抗原抗体结合或酶促的模板依赖性的连接、延伸等反应)中,以达到对大量的目标分子进行快速、平行的特异识别.寡核苷酸芯片的制备过程中关键部分是基片的表面化学处理和探针末端的不同修饰.为了比较不同末端修饰探针在不同化学处理的载玻片上的杂交信号的强弱,本研究根据HLA-DRB1-12的序列设计8种不同类型的探针,即4种5′末端修饰探针,包括末端氨基修饰探针(N),氨基加四聚乙二醇间隔臂探针(NL),硫代探针(S),硫代加四聚乙二醇间隔臂探针(SL)和4种3′末端修饰探针,同样包括末端氨基修饰探针,氨基加四聚乙二醇间隔臂探针,硫代探针,硫代加四聚乙二醇间隔臂探针.将这8种探针分别固定在溴化芯片和醛基芯片上,与末端标记荧光的不对称的PCR产物进行杂交,通过比较杂交结果荧光信号的强弱,筛选出探针同活化基片的佳组合,从而达到优化寡核苷酸芯片制备的目的.另外,为了进一步比较四聚乙二醇间隔臂对杂交信号的影响,设计末端连接不同数目四聚乙二醇的3′氨基探针.结果显示,3′末端修饰探针杂交信号强于5′末端修饰探针,探针在溴化芯片中的杂交信号强度高于在醛基芯片中杂交信号,3′带有间隔臂的氨基探针在溴化芯片中的杂交信号强.另外3′氨基探针中间隔臂可以增强杂交信号强度,但随着数目的增加,杂交信号并不显著增加.结论:溴化芯片中3′末端带间隔臂的氨基修饰探针在杂交过程中可以更有效的捕获靶标,提高寡核苷酸芯片的杂交能力;四聚乙二醇的数量不必过多使用;通过这种方法可以达到优化芯片制备的目的,为下一步HLA寡核苷酸分型芯片及其他基因芯片的研制提供有效的手段.
