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染色体构象捕获技术在造血分化调控研究中的进展
新研究显示基因组空间结构对转录调控起着关键的作用.以造血分化过程为例,三维调控网络能更真实、精确地呈现造血特异的关键转录因子调控的组织方式和动态过程.革新的染色体构象捕获技术的发展和延伸为解析不同染色体间的调控元件、同一染色体内的不同调控元件以及核内染色质功能性组分之间的转录调控的空间结构提供了研究手段.本文详细介绍了染色体构象糍获技术和在此基础上衍生的高通量组学技术的发展,以及这些技术在造血分化过程中的应用.
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SYBR Green荧光定量PCR法对BCL11B基因座位相互作用位点的验证分析
目的:研究在不同类型细胞核中,位于不同染色体上的BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用关系.方法:通过SYBR Green荧光实时定量PCR法,分别对MCF-7和Jurkat细胞的3C(染色体构象捕获)样品进行定量分析,分析分别位于不同染色体上的BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用频率.结果:与TaqMan探针法相比较,基于SYBR Green荧光实时定量PCR法对3C样品的分析同样具有良好的特异性.在MCF-7和Jurkat细胞中,BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用频率存在很大的差异.结论:SYBR Green荧光实时定量PCR法在染色体构象捕获技术中具有很好的特异性；BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用具有细胞类型特异性.
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染色质相互作用研究进展
真核生物的染色体如何发生复杂构象变化并组织成复杂的高级结构,仍是一个研究热点.染色体的这些结构特征和构象变化可通过了解染色质位点间的相互作用,即利用染色体(质)构象捕获(3C)及其衍生技术,如4C、5C、Hi-C和ChIA-PET等技术来研究.利用这些技术,已得到一些有关染色质相互作用与基因表达调控和细胞核内染色体组织结构的重要信息.如利用ChIA-PET技术,发现雌激素受体、RNA聚合酶Ⅱ、CTCF等一些转录因子都参与了染色质的长程相互作用,并同时在基因组水平鉴定了特定细胞中的一些相应的有调控潜能的DNA元件及其可能的调控基因.利用Hi-C及其他3C衍生技术,不但表明染色体在细胞核内占据着不同的染色体领域,而且发现染色体上有次级结构域如染色体区隔和染色体拓扑联合域.随着相关技术的完善和更多数据的获得,分析和整合这些数据将对生物信息学家提出更高的要求,同时也可以帮助我们更进一步了解染色体三维构象变化在不同环境下的变化规律,以及在基因转录调控、DNA复制和修复等重要过程中的作用.
