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贝叶斯进化分析文献资料
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新型人腺病毒55型在中国10年的持续流行及其基因进化分析
目的 了解新型腺病毒55型(HAdV-55)在中国的流行状况和基因变异及进化规律,为其预防和控制提供科学依据.方法 本研究对2011-2014年在中国5个省市(北京、河北、山东、湖南和云南)发热呼吸道症候群患者标本中分离到的HAdV-55毒株进行了hexon、fiber和penton base 三个基因的序列测定,同时下载GenBank数据库中中国以及全球其他国家和地区、不同时间流行的HAdV-55病毒株的三个基因的序列进行比对,并利用多种序列分析软件进行了同源性和基因进化分析.结果 2006-2016年10年期间,在中国的15个省(市、自治区和直辖市)分离到HAdV-55病毒.进化分析结果显示,HAdV-55的三个主要结构基因均高度保守,其核苷酸和氨基酸序列同源性均大于99％;HAdV-55病毒在进化上是极为保守稳定,在进化树上聚集在一个分支,并有一定的时间聚集进化趋势.HAdV-55的hexon和fiber基因进化速率分为5.228×10-5和1.238×10-4substitutions/site/year,hexon基因的早共同进化祖先tMRCA可追溯到1963年.结论 HAdV-55已经在中国形成了广泛传播和持续流行态势,建立有效的监测系统和开展疫苗相关研究对于其预防和控制至关重要.
