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北京地区婴幼儿急性呼吸道感染与新近报道的人细小病毒相关性的初步研究
目的了解北京地区婴幼儿急性呼吸道感染与新近报道的人细小病毒(human bocavirus,HBoV)的关系.方法选择2003年11月至2004年2月收集的经间接免疫荧光和/或病毒分离排除了常见呼吸道病毒感染的急性呼吸道感染患儿标本319例,应用针对HBoV的NP1基因的PCR引物进行HBoV基因片段检测,随机选取HBoV基因检测阳性标本中的5例,对其PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定.将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析.结果319例标本中HBoV基因检测阳性的为13例,其阳性检出率占本组检测标本的4.1%;HBoV阳性检出率在本组的毛细支气管炎患儿中高,达10.9%(5/46),其次为支气管炎患儿(6.3%,2/32);HBoV检测阳性标本的患儿年龄主要分布于5个月～5岁,尤其是＜1岁的患儿;其中6～7个月的患儿中HBoV检测阳性的占50%(2/4),9～10个月的患儿中阳性的占25%(2/8),其次为5～6个月的患儿(18.2%)、11个月～1岁的患儿(14.3%)及8～9个月的患儿(12.5%);在＜5个月的总计103例患儿中以及＞5岁的28例患儿中均未检测到HBoV阳性标本;基因序列分析表明,本研究中5例北京的HBoV之间基因序列的同源性在99.7%～100%之间;与st1、st2株的同源性为99.2%～99.4%.结论本研究结果提示北京地区部分儿科患者的急性呼吸道感染与HBoV有关,且HBoV感染在低年龄组儿童中更为常见.
关键词： 急性呼吸道感染 儿科 细小病毒 人Boca病毒(HBoV) -
北京地区人Boca病毒全基因组序列及生物信息学分析
目的 了解北京地区人Boca病毒(human Bocavirus,HBoV)的基因组编码特征,并对其基因组编码的非结构蛋白NS1、核蛋白NP-1以及病毒外壳蛋白VP1及VP2的二级结构等特性进行预测分析.方法 从已证明为HBoV阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722中应用针对NS1、NP-1、VP1、VP2基因组3'末端的引物对经PCR扩增得到预期片段,将扩增产物直接测序后得到基因组序列;运用生物信息学的方法,对HBoV BJ3064基因组编码的各蛋白的二级结构及其他生物学特性进行了预测分析.结果 测序结果显示HBoV BJ3064及BJ3722基因组序列全长均为5299 bp,有4个主要的CDS(coding domain sequences),分别编码NS1、NP-1、VP1和VP2蛋白.序列同源性比较结果显示BJ3064与BJ3722间基因组序列的同源性达99.9%;与ST1比较,同源性为99.4%～99.5%;与ST2比较,同源性为99.8%;与BPV及MVC比较,同源性低于45%;与细小病毒B19的同源性仅为5%左右;基因组系统进化树分析显示BJ3064、BJ3722与ST2在一簇中,ST1属另一簇.NS1、NP-1、VP1及VP2蛋白二级结构中主要为无规卷曲,其他结构如α螺旋、β片层、β转角在不同蛋白中占有不同比例;各蛋白均无明显的跨膜结构域;NS1、NP-1属不稳定蛋白,VP1、VP2属稳定蛋白.结论 全基因组序列的确定进一步证明北京地区发现的BJ3064、BJ3722是典型的人Boca病毒,相对于ST1,BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系更密切;蛋白二级结构等生物信息学分析将有益于对此新发现病毒的进一步深入研究,如蛋白的表达、分离纯化以及蛋白检测条件的选择等.
关键词： 人Boca病毒(HBoV) 基因组序列 生物信息学分析 -
北京地区新近报道的人Boca病毒VP1、VP2蛋白编码区基因序列分析
目的 了解北京地区新近报道的人Boca病毒(human bocavirus,HBoV)主要结构蛋白编码区基因的特征.方法 选择已经过初步研究证明为HBoV NP1基因检测为阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722,应用针对HBoV VP1蛋白编码区基因的PCR引物进行扩增,对所获得的PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定.将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析和种系进化分析.结果 从标本BJ3064及BJ3722中扩增得到HBoV VP1蛋白编码区全基因的PCB扩增产物为2016 bp,编码671个氨基酸.VP2蛋白是在不改变开放性读码框架(ORF)的情况下,由VP1蛋白编码区内起始合成,并与VP1终止于同一终止密码子,长度为1629 bp,编码542个氨基酸.与HBoV原型株ST1、ST2株相比较,BJ3064、BJ3722的VP1及VP2蛋白无论是核苷酸水平还是氨基酸水平的同源性均超过98%,但与同属细小病毒的BPV及MVC相应位置的序列相比较,同源性较低,其中核苷酸序列同源性低于60%,而氨基酸序列同源性低于50%.VP1及VP2蛋白的编码区基因进化分析显示,BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系较ST1更密切.在BJ3064、BJ3722的VP1蛋白中,也存在类似于MVC的保守性磷酸酯酶A2特异性位点的活性基序(HDXXY)及Ca2+结合位点.结论 已得到HBoV的结构蛋白VP1和VP2的全基因,将为儿科急性呼吸道感染中该病毒的病原作用、地位及其在各年龄组人群中的血清学特征的深入研究打下坚实的基础.
