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乙型肝炎病毒大S蛋白基因纵向研究方法及应用
目的:建立乙型肝炎病毒(HBV)大S蛋白基因纵向研究方法,并将其应用于疾病进程中HBV的准种动态研究.方法:以2例HBV感染者(对象A,男,38岁;对象B,女,22岁.对象A研究期间未经任何抗病毒治疗,B则1年持续接受ADV抗病毒药物治疗)体内不同时期的血清样本核酸提取物为模板,通过特异性扩增获取病毒大S蛋白基因序列并克隆测序,依据生物信息学方法对发生于序列结构不同区域的变异进行分析,利用比对数据对不同样本HBV准种予以描述与评价.结果:所得24条HBV大S蛋白基因序列中2条源于对象B样本的基因序列PreS2编码区存在30 nt的缺失,其余22条序列大小均为1203bp;24条序列的HBV基因型均为c型.对象A大S蛋白基因序列分散值DA、DB、Dc分别为:0.29、0.16、0.23,对象B则为0.80、2.30、1.82.来自对象A的全部10条HBV大S蛋白基因序列内部的"a"决定簇与参考基因完全一致;对象B的14条序列期初有2条(29%)期终有6条(86%)存在G145R突变,期终序列中有1条序列"a"决定簇内发现4个位点的突变.结论:人体内感染HBV以准种形式存在且可以用分散值DA、DB、Dc对其进行描述,并应用于HBV准种动态的纵向研究.而抗病毒药物ADV的1年期治疗可使本例HBV准种分散性增高,可能增加本例耐药性突变出现的风险,同时增加本例"a"决定簇的变异出现.
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不同基因型HBV大S蛋白生物信息学初步比较分析
目的 对不同基因型HBV的大S蛋白进行生物信息学比较研究,并分析其意义.方法 从GenBank中获取不同基因型(A~J)HBV的大S蛋白核苷酸与氨基酸序列,采用Clustal X,Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性,应用在线软件TMHMM v2.0以及AntheProt5.0软件分析大S蛋白跨膜区、信号肽与二级结构.结果不同基因型大S蛋白基因核苷酸同源性为83.0 %~95.3 %,氨基酸同源性为79.5 %~95.5 %;pre S1功能结构域(氨基酸1～75)含有多个高变异位点(氨基酸3、氨基酸28、氨基酸40、氨基酸43和氨基酸73);S蛋白有4次跨膜,S蛋白膜外功能结构域(氨基酸99～172)较保守,含有多个保守的半胱氨酸残基位点;S蛋白中存在潜在信号肽结构,氨基酸27和氨基酸98为潜在信号肽断裂位点;不同基因型大S蛋白均富含潜在α螺旋、β折叠和卷曲结构.结论 不同基因型HBV大S蛋白中差异较大区域是preS1,而S区相对较保守,为抗HBV药物设计、基因工程疫苗改良和HBV的致病机制等的研究提供依据.
