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正常胃黏膜菌群特征分析2例
目的:分析消化不良患者的正常胃黏膜菌群特征.方法:收集2例正常胃黏膜病理学消化不良患者的胃窦黏膜,提取黏膜组织基因组DNA,应用PCR方法扩增16S rRNA,进行二代454焦磷酸测序.测序数据应用操作单元(operational taxonomic units,OTU)聚类分析、多样性分析和分类学分析等生物信息技术分析胃黏膜菌群的结构、多样性和丰度.结果:患者A和B胃黏膜菌群的高通量测序分析分别得到20565条和17487条优化序列,测序覆盖深度＞0.98.经过97％相似度归并后分别得到638个OTUs和667个OTUs;菌群多样性分析显示正常胃黏膜菌群的chao指数和shannon指数均低于粪便菌群,患者A的胃黏膜菌群由58个属的细菌构成,归属于14个门,以变形菌门为主(99.49％),其次为放线菌门、硬壁菌门和拟杆菌门等.患者B胃黏膜菌群构成与患者A相似,由64个属的细菌构成,归属于19个门.粘质沙雷(氏)菌为正常胃黏膜菌群的优势主导菌.结论:正常胃黏膜菌群多样性丰富,以变形菌门为主,沙雷(氏)菌为优势主导菌.
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云南省富宁磁铁矿矿区可培养细菌多样性初步研究
目的 对云南富宁磁铁矿矿区样品中可培养细菌进行分离并对其多样性进行了初步研究.方法 采集云南富宁磁铁矿矿区土样和矿石样,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及PYGV培养基分离该矿区环境中的可培养细菌,利用16S rRNA基因序列分析构建系统发育树,并统计不同种属细菌的数量,初步评估细菌多样性.结果 富宁磁铁矿矿区环境细菌的主要种群包括厚壁菌门、放线菌门和变形菌门的不同菌属:芽孢杆菌属、葡萄球菌属、节杆菌属和假单胞菌属的菌株,其中抗逆性较强的优势菌群为厚壁菌门的芽孢杆菌.结论 本研究初步表明富宁磁铁矿矿区可培养细菌种类具有一定的多样性.
