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重组特点文献资料
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云南省20个HIV-1独特型重组毒株近全长基因序列特征分析
目的 研究云南省目前主要流行的艾滋病病毒1型(HIV-1)的独特型重组(URFs)毒株的分子变异特点.方法 收集2012-2014年云南省14个地市,800例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学调查信息,采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)的方法,分别扩增HIV-1的3'半分子和5'半分子.测序后,序列应用contig软件校对拼接,获得约9.0kb的近全长基因组,后用Genotyping、MEGA 6.06和BLAST工具软件确定毒株亚型,挑出新型独特型重组毒株,分析云南省HIV-1独特型重组毒株的基因变异及重组进化情况.结果 共获得800例样本的103条近全长基因组,分析后挑出独特型重组毒株20个,分别来自于昆明、德宏、红河、昭通、大理和西双版纳地区.20个毒株之间的平均基因距离为(0.204±0.015),分别与来自泰国、印度、越南和日本的国际参考株的平均基因距离较为接近.云南省HIV-1独特型重组株呈现3种基因重组模式,主要为以C亚型为骨架的11株,其次是CRF01_AE为骨架的7株,和B(B')为骨架的2株.从重组区域上看,env、nef和rev基因是易发生重组的基因区域.结论 在2012-2014年间,云南省的HIV-1毒株呈现高度重组进化趋势,出现了大量的独特型重组毒株,且这些毒株与一些东南亚国家的毒株表现出高度同源性,其重组的类型和模式比较复杂,并且在全省范围内广泛传播开来,应密切监测流行趋势变化.
