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Actinonin与肽脱甲酰基酶作用模式的分子动力学模拟研究
目的：研究actinonin与脱甲酰基酶的相互作用模式,阐述基于actinonin进行特异性人肽脱甲酰基酶(HsPDF)抑制剂设计思路。方法使用分子动力学模拟和MM/GBSA自由能计算等方法来研究各种肽脱甲酰基酶(PDF)与actinonin的相互作用模式,定量描述PDF关键残基与actinonin的结合自由能。结果在与actinonin结合方面,HsPDF作为PDF1A的代表,与PDF1B和PDF2比较,存在3个明显差异：与HsPDF的motif 1相互作用较强,与motif 2较弱,而与PDF1B和PDF2的motif 1相互作用较弱,而与motif 2相互作用较强；与HsPDF的Leu131和Met145相互作用较强,而这些相互作用在 PDF1B和PDF2是不存在的；与HsPDF的Trp207存在很强的结合自由能,而与PDF1B和PDF2在相同位置的残基相互作用较弱。结论利用分子动力学模拟的方法,研究actinonin与PDF的相互作用模式,阐述HsPDF与其他类型PDF在活性位点的差异,为基于actinonin的特异性HsPDF抑制剂的设计提出了思路。
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人肽脱甲酰基酶基因pdf与肿瘤细胞生长的相关性
目的:研究人肽脱甲酰基酶(HsPDF)基因pdf 在不同肿瘤细胞系中的表达情况并探讨该基因与肿瘤细胞生长的相关性.方法:体外培养肿瘤细胞,采用半定量RT-PCR方法检测不同肿瘤细胞系中pdf mRNA的水平;用HsPDF抑制剂Actinonin处理细胞并通过细胞形态学、MTT法、RT-PCR及凝胶电泳等技术检测pdf基因与肿瘤细胞生长的相关性.结果:RT-PCR结果表明,该基因在13种不同来源的人肿瘤细胞系和正常组织中的表达具有显著差异.其中,在Hela、MDA-MB-231、K562等肿瘤细胞系中高表达,而在人正常肺组织中低表达(P＜0.001).体外试验显示,Actinonin可显著地抑制肿瘤细胞的生长,使细胞中pdf基因表达量相应的下降,且呈明显的浓度依赖性;同时,光镜观察结果显示Actinonin对肿瘤细胞有诱导凋亡的作用.结论:pdf是一种广泛分布于不同组织的基因,它与肿瘤细胞的生长增殖间存在着显著的相关性.
