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MeDIP-Seq检测大鼠不同状态雪旺细胞基因甲基化水平
目的:探寻大鼠正常态雪旺细胞(NSCs)和激活态雪旺细胞(ASCs)差异甲基化基因。方法成年Wistar大鼠结扎坐骨神经,饲养7 d后分别从坐骨神经和臂丛神经提取ASCs和NSCs。S-100抗体免疫荧光染色鉴定细胞,CCK-8法测定细胞生长情况。甲基化免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)技术筛选出ASCs和NSCs的差异性甲基化区域;分析与轴突再生相关的差异甲基化基因在染色体的分布情况,并进行基因本体(GO)和信号通路(PATHWAY)分析。结果成功获得了高纯度的ASCs和NSCs,两者S-100均表达阳性。在相同培养条件下,ASCs生长速度更快。MeDIP-Seq共发现177176个差异性甲基化区域,其中位于启动子(≤1 kb)内1097个、启动子(1~2 kb)内1136个,CpG岛内567个。共获得214个与轴突再生相关的差异甲基化基因,与NSCs相比,ASCs高甲基化基因191个,低甲基化基因23个。这些基因位于各个染色体上,以12号染色体上多(22个),M染色体少(2个)。GO分析结果显示差异甲基化基因涉及了轴突生长、轴突形成、轴突延伸和轴突导向等过程;并且与MAPK、细胞黏附分子和Ras等信号通路有关。结论 ASCs和NSCs的甲基化水平存在明显的差异,可能与轴突再生有关。