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云南鼠尾草SSR位点信息分析和引物初筛

刘小莉;张爱丽;赵燕;孙海林

摘要: 目的 初步从滇丹参转录组文库中筛选出EST序列简单重复序列(SSR)位点,为进一步筛选出多态性丰富的SSR引物奠定基础.方法 使用Micro SAtellite (MISA)软件分析滇丹参高通量转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,利用软件Primer3设计引物,实现SSR引物初次筛选,再使用PCR扩增技术对滇丹参SSR引物进行二次筛选.结果 40对引物共有25对出现特异性扩增片段,其中20对扩增产物与预期产物相符度较高.结论 利用初步筛选出可用的SSR分子标记,为下一步筛选出多态性丰富的SSR引物奠定基础.转录组SSR分子标记开发将有助于滇丹参遗传多样性的研究.

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