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细粒棘球绦虫延伸因子1生物信息学分析
目的 利用生物信息学技术对细粒棘球绦虫的延伸因子1(EF-1)进行分析,探讨其诊断价值.方法 通过Expasy系统预测EF-1的理化性质,使用DNAStar软件分析蛋白亲水性、柔性区域、抗原指数及表面可及性,利用ABCpred与IEDB软件综合预测B细胞线性抗原表位,通过DNAStar软件预测T细胞表位,使用SOPMA软件预测二级结构,SWISS-MODEL网站构建EF-1的三级结构,使用MEGA软件选择neighbor joining法构建EF-1氨基酸序列的系统发育树.结果 EF-1基因序列全长1 412 bp,含有2个内含子;EF-1亲水性得分较高的区域为35～ 45、52 ～ 70、126 ～140、158 ～ 183、301～ 322、357～380、424～448;柔性区域为26 ～ 45、54 ～71、162～176、300 ～318、357 ～381、432 ～448;抗原性指数得分较高的区域分布与柔性区域一致;表面可及性得分较高的区域较少,主要分布在39 ～54、62 ～76、128 ～132、161 ～170、220 ～234、315～ 329、354 ～372、424～448;可能的B细胞线性表位的氨基酸序列为120～130、286～ 295、306 ～320、365～ 378;可能的优势性T细胞表位区域为34 ～ 48、164 ～177、222～244、280 ～290、321 ～330、396 ～407;EF-1的二级结构中α螺旋占32.81％、β折叠占22.54％、β转角占10.94％、无规则卷曲占33.71％;系统发育树结果表明多房棘球绦虫为一枝,其余聚于一枝,且内部形成许多梳齿状分枝.结论 得到4个可能形成B细胞表位的区域、6个优势性T细胞表位区域,EF-1具有较高的保守性,可作为免疫诊断和药物治疗靶点.
关键词： 细粒棘球绦虫 延伸因子1 (EF-1) 生物信息学
