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福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响
目的:比较多种福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响,探讨临床组织病理标本理想的DNA提取方法及PCR应用.方法:采用5种不同的DNA提取方法应用PCR技术进行了比较.结果:Tween-20,NP-40加蛋白酶K法和亚氨基二乙酸法处理标本时PCR结果较为理想.结论:合适的福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法可应用PCR进行DNA水平的相应的研究.
关键词： PCR 福尔马林固定石蜡包埋 DNA提取 -
人体脑组织福尔马林固定石蜡包埋样本中长链非编码RNA的提取及定量分析方法
目的·比较脑组织新鲜样本和福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)样本中RNA的质量,并分析长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)的表达情况.方法·收集不同保存条件下的FFPE及成对新鲜脑组织,提取并检测RNA质量,运用实时定量PCR (RT-qPCR)分析各RNA指标的扩增效率和表达稳定度,筛选内参指标并对比不同扩增长度候选指标的△Ct值改变情况,以明确FFPE样本中lncRNA真实表达水平.结果·FFPE样本中RNA纯度相对较高,但完整性明显低于新鲜样本.所有指标均成功扩增,长链RNA的扩增效率与产物长度、样本处理方式、保存温度及保存时间有关,而5S、miR-9及miR-125b扩增效率均接近理想状态并在所有样本中稳定表达,适合作为内参指标.与新鲜样本相比,在4℃保存的FFPE样本中,只有HAR1F和MALAT1-L (＞200 bp)的△Ct值升高;在室温保存的FFPE样本中,多数指标的△Ct值显著增加,但是短扩增(＜60 bp)指标在所有样本中表达一致.结论·尽管处理方式和保存条件会影响组织RNA的完整性,但通过选择合适的扩增长度及内参指标,能够准确定量FFPE组织中lncRNA的表达水平.
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实时荧光定量PCR比较分析miRNA在胃癌新鲜组织与石蜡包埋组织中的表达
目的 研究miRNA在胃癌石蜡包埋组织和新鲜组织的表达.方法 应用实时荧光定量PCR检测23例石蜡包埋胃癌组织及与其配对的新鲜冷冻胃癌组织的miR-30c表达,以U-6为内参对照.结果 胃癌石蜡包埋组织中的miRNA可以成功扩增出来,胃癌石蜡包埋组织与胃癌新鲜组织中miR-30c表达呈平行性表达(配对t-检验P=0.81).miR-30c在石蜡包埋组织中的表达量与临床病理因素的关联似乎更紧密.结论 可以利用便利获得的存档石蜡组织进行miRNA相关指标表达研究.
关键词： 胃癌 福尔马林固定石蜡包埋 miRNA表达 实时荧光定量PCR
