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中蜂囊状幼虫病病毒重庆株编码序列分析
目的 分析中蜂囊状幼虫病病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)重庆株(CSBV-CQ)编码序列的分子特性.方法 采用RT-PCR法从重庆地区中蜂囊状幼虫病病死幼虫体内扩增CSBV编码序列片段,并进行序列测定,使用ClustalW2软件进行多序列比对分析,利用推导的氨基酸序列进行保守结构域BLAST和同源建模,采用MEGA 4软件的邻接法(neighbor-joining)中的大可能性算法(maximum likelihood method)构建系统进化树.结果 扩增的片段拼接出8 358 nt的片段,约占SBV基因组长度的95％; CSBV-CQ与CSBV-GZ的核苷酸和氨基酸序列同源性均高,在CSBV-GZ的2 270～2 320位碱基缺失51 nt核苷酸;多聚蛋白N-末端包含2个小RNA病毒衣壳蛋白药物结合口袋(drug-binding pocket)结构域(domain),C-末端包含RNA解旋酶(RNA helicase)和RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)2个结构域;基于基因组水平的系统进化分析显示,所有东方蜜蜂分离株、西方蜜蜂分离株AmSBV-Korl9构成1个基因型,但基于基因组片段的分子系统进化分析显示,部分毒株包含2个基因型片段.结论 SBV基因型间存在基因重组现象.
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中蜂囊状幼虫病病毒依赖解旋酶扩增检测方法的建立
目的 建立中蜂囊状幼虫病病毒(chinese sacbrood,CSBV)依赖解旋酶扩增(helicase-dependent amplification,HDA)检测方法,并对该方法进行优化及验证.方法 提取感染CSBV的中蜂囊状幼虫RNA,以其为模板进行HDA,对建立的HDA的引物浓度(原始浓度为50μmol/L,进行10、20、40、80、160、240、320倍稀释)、反应温度(60、65及70℃)及时间(60、90及120 min)进行优化,并对优化的方法进行特异性、敏感性及稳定性验证.经电镜观察、RT-PCR及优化的HDA法对37份临床样品进行检测.结果 HDA佳引物浓度、反应温度及时间分别为5μmol/L、65℃及90 min;CSBV与健康幼虫、蜜蜂急性麻痹病毒(acute bee paralysis virus,ABPV)、蜜蜂慢性麻痹病毒(chronic bee paralysis virus,CBPV)、黑蜂王台病毒(black queen cell virus,BQCV)和残翅病毒(deformed wing virus,DWV) cDNA均无交叉反应,HDA的低检出限为10-2 ng,检测试剂保存12个月后,仍可扩增出目的条带;37份临床样品中,有6份样品的RT-PCR和HDA结果为阳性,但电镜观察仪有4份为阳性.结论 建立了CSBV HDA检测方法,该方法具有较高的敏感性、特异性及稳定性,为检测其他蜂病毒及快速鉴定其他动物病毒提供了参考.
