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基于组合策略的慢性阻塞性肺疾病的差异表达基因的筛选
目的：应用组合策略筛选慢性阻塞性肺疾病（COPD）的差异表达基因。方法采用芯片显著性分析算法（SAM）从GEO数据库中提取COPD差异表达基因，并通过5种基因排序算法对基因进行筛选，并对筛选后的COPD相关基因进行随机扰动分析和GO功能富集分析。结果发现GON4L和P4HB是重要的COPD相关基因。结论组合策略提高了COPD易感基因识别的准确率。
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基于常染色体显性多囊肾病基因芯片数据的生物信息学分析
目的 通过GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)患者基因芯片数据集进行分析,得出共同差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行生物信息学分析,探索ADPKD发病机制中可能的信号通路和蛋白-蛋白相互作用机制.方法 通过GEO数据库下载两组关于ADPKD患者肾囊肿组织及对照组织的基因芯片数据集GSE7869和GSE35831,对其进行DEGs筛选,使用DAVID数据库和Funrich软件分析生物学信息及信号通路,使用STRING数据库分析蛋白-蛋白相互作用机制.结果 GSE7869共有3970个DEGs,GSE35831共有147个DEGs.两组DEGs有28个相同的上调基因和24个相同的下调基因:上调DEGs的功能集中在离子通道相关通路,相关信号通路富集于自噬相关通路如mTOR和PI3K/Akt通路、生长因子和整合素相关通路;下调DEGs集中于能量代谢功能和相关信号通路.结论 通过分析ADPKD得出的52个DEGs和相关富集信号通路,可为疾病研究提供潜在的生物标记物和方向;调控ADPKD肾细胞自噬、延缓囊肿进展将可能成为新的研究焦点.
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miR-30b-5p在乳腺癌中的表达及靶基因预测与生物信息学分析
目的 为深入研究miR-30b-5p在乳腺癌形成和发展中的作用提供理论依据.方法 原位杂交法(ISH)检测乳腺癌与癌旁组织中miR-30b-5p的表达.探针荧光定量PCR比较乳腺癌细胞系miR-30b-5p表达情况.软件预测miR-30b-5p的靶基因,进行KEGG及GO富集分析.结果 ISH显示乳腺癌组织中miR-30b-5p表达明显下调,与癌旁组织相比差异有统计学意义(P<0.01);miR-30b-5p的表达水平与 TNM 分期及远处转移等有关(P< 0.01),而与年龄和淋巴结转移无关(P>0.05).比较MCF-7,MDA-MB-231,MDA-MB-415,MDA-MB-453,和 MDA-MB-468这5株乳腺癌细胞系miR-30b-5p表达情况,发现较正常乳腺组织呈不同程度的低表达,并且以侵袭性强的MDA-MB-231细胞的表达低(P<0.01).在乳腺癌中,KEGG分析显示miR-30b-5p的靶基因参与了Pathways in cancer、P53 signaling pathway、Wnt signaling pathway、Cell cycle等通路,GO分析显示miR-30b-5p具有细胞代谢调控、基因表达调控、RNA代谢调控等生物功能.结论 miR-30b-5p在乳腺癌中表达明显下调,可能通过参与Pathways in cancer、P53 signaling pathway、Wnt signaling pathway、Cell cycle等通路,对乳腺癌细胞的代谢、基因表达等功能具有重要影响.
关键词： miR-30b-5p 乳腺癌 生物信息学 KEGG通路分析 GO功能富集分析
