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云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA基因的序列分析及种系发育
目的 分析我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育. 方法 2000-2015年收集来自我国云南中缅边境等地的疟疾患者血样(或疟原虫DNA),提取血样中的疟原虫DNA,对它们的18S rDNA基因进行扩增、测序分析,并与GenBank中疟原虫相应序列进行比较分析,利用邻接法(neighbor joining,NJ)、大似然法(maximum likelihood,ML)和大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统进化树.结果 共收集了94例疟疾患者血样或DNA,所有样品均扩增出18S rDNA基因序列.序列比对分析显示,恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、间日疟原虫(P.vivax)、三日疟原虫(P.malariae)、卵形疟原虫(P.ovale)和诺氏疟原虫(P.knowlesi)的种内差异分别为0～0.2％、0～0.1％、0～0.1％、0～0.1％和0.种系发育关系分析显示,NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致.本研究的疟原虫形成5个大的分支:恶性疟原虫形成一个分支,与GenBank中来自喀麦隆(KC428741、KC428742)、巴西(KC906718)和马来西亚(HQ283221)的分离株聚集在一起;间日疟原虫形成一个分支,其中大部分样品与来自喀麦隆(HF945443)、印度(HM014361、JQ627158)和哥伦比亚(U83877)的分离株形成一较小分支,小部分样本(Pv11、Pv18和Pv21)形成一个更小的分支后与食蟹猴疟原虫(P cynomolgi) (L07559)相聚形成一较小分支;三日疟原虫形成一个分支,来自云南的三日疟原虫Pm1、Pm3和Pm4聚在一个小分支内,并与来自日本的分离株(AB250682)相聚,再与来自海南的分离株Pm5相聚,显示出地区差异性;卵形疟原虫形成一个分支,与来自越南的分离株(EU935736、AF387038)聚在一起;诺氏疟原虫形成一个分支,与来自缅甸的分离株(GU816250、GU816246)聚在一起. 结论 我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA基因均无明显种内差异;种系发育关系分析显示,NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致.
关键词： 疟原虫 18S rDNA基因 序列分析 种系发育
