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最小自由能文献资料
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RNAstructure软件不同版本对FORS-D分析的影响
目的: 研究RNAstructure 两个不同版本(4.2和3.6版)对FORS-D分析的影响.方法: 以HIV-1 CRF01_AE基因组为对象,将其分隔成连续的含200碱基的片段,两个连续片段之间互相重叠150 碱基.用序列打乱程序将每个片段打乱成10个碱基组成相同的随机片段.用RNAstructure软件分别计算每个片段核酸二级结构的小自由能.结果: 两个不同版本RNAstructure软件获得的FONS、FORS-M和FORS-D值在基因组上具有完全一致的分布.用Z检验分别比较两组数据的平均值,发现4.2版获得的FONS(P＜0.05)和FORS-M(P＜0.01)值明显低于3.6版,而对FORS-D(Z=0.127 1,P＞0.05)值没有明显影响.另外,发现GC含量不是两个版本软件造成FONS(P=0.29)和FORS-M (P=0.40)差异的主要因素.结论: 使用不同版本的RNAstructure不会影响FORS-D值,但因4.2版可以产生更稳定的二级结构,并具有更高的预测准确性,使用RNAstructure 4.2版进行FORS-D分析将是更好的选择.
关键词： RNAstructure FORS-D分析 二级结构潜能 最小自由能 -
RNA二级结构预测方法研究
本文提出一种结合多序列比较,基于碱基对思想将RNA序列进行预处理,并利用动态规划法寻找特征值进行子序列划分,运用小自由能原理进行结构预测的新方法.本文从公共数据库选取数据,对算法的准确性进行验证,用碱基对距离、爬山距离及形态学距离对新方法运算结果实行评估,同时将评估结果与多种预测工具的预测效果相比较,分析新方法的优势及改进方向.
