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非小细胞肺癌甲醛固定石蜡包埋切片DNA再利用的可行性研究
目的 对非小细胞肺癌(NSCLC)甲醛固定石蜡包埋(FFPE)标本经免疫组化染色后的DNA质量进行评估,旨在探讨针对标本量较少或难以获取的标本利用免疫组化染色后进行DNA提取及相关分子检测的可行性.方法 随机选取2017年6月至2017年12月东部战区总医院病理科NSCLC FFPE标本50份,每份标本分别切片12张.随机选取其中6张切片作为对照组,直接进行DNA提取;其余6张切片作为实验组进行免疫组化Envision二步法染色后进行DNA提取.对所有提取DNA进行表皮生长因子受体(EGFR)、鼠类肉瘤病毒癌基因(KRAS)以及鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌基因同源体B1(BRAF)基因突变检测.结果 50份NSCLC FFPE标本实验组提取DNA浓度及纯度与对照组比较,差异无统计学意义(P＞0.05).50份实验组NSCLC FFPE标本中,EGFR基因突变率为40％(20/50)、KRAS基因突变率为16％(8/50)、BRAF基因突变率为10％(5/50);50份对照组NSCLC FFPE标本中,33份分别检测出相应的EGFR、KRAS、BRAF基因突变,17份检测出阴性结果.实验组和对照组检测结果符合率达100％.结论 NSCLC FFPE标本,尤其是标本量较少或难以获取的样本,经免疫组化染色后能够提取高质量的DNA,且可用于靶基因的下游分子分析,为稀缺或难以获取的临床样本后续分子检测提供一种解决办法.
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高通量测序分析miRNAs在胃癌新鲜组织与石蜡包埋组织中的表达
目的 利用二代测序技术对FFPE标本进行高通量测序及相关的生物信息学分析,探讨miRNAs在来源于石蜡包埋胃癌组织(FFPE)中的标本检测的可靠性,探讨其临床意义.方法 选取2015年和2016年2例胃癌患者手术切除同一组织的FFPE和新鲜冰冻标本,从标本中提取RNA并分离构建small RNA文库,采用Illumina测序平台测序的方法对其进行高通量测序,统计各已知miRNAs家族序列的表达量,构建已知miRNAs表达谱,对标本miRNAs进行Spearman相关性分析,评估miR-NAs表达量的差异变化情况.结果 新鲜冰冻标本中提取的总RNA质量较高,RNA保存度完整,显示28S是18S的1.3～1.4倍,从石蜡组中提取的RNA,结果显示有不同程度的降解,28S和18S的波峰不明显,miRNAs表达谱在冰冻和FFPE标本中,Spearman相关系数分别为0.90争0.86,两者miRNAs表达量较一致,具有相关性.结论 FFPE中的miRNAs仍然保持一定的完整性,且可通过二代测序进行肿瘤标本检测.
