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含卵巢癌免疫反应抗原域蛋白2文献资料
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非结构蛋白4B与卵巢癌免疫反应抗原域蛋白2相互作用结构域的生物信息学分析
目的 分析非结构蛋白4B(NS4B蛋白)与卵巢癌免疫反应抗原域蛋白2(OCIAD2)相互作用的结构域.方法 进入(美国国立生物技术信息中心(NCBI)主页分别查询NS4B蛋白和OCIAD2蛋白GenBank序列号,进入通用蛋白质数据库(UniProt)主页输入在NCBI中查询的NS4B蛋白和OCIAD2蛋白序列号,查询蛋白编号,进入ELM主页面,输入在UniProt查询到的NS4B蛋白编号A4GSN1和OCIAD2蛋白编号Q56VL3,查询跨膜结构域和线性基序.返回ELM主页,选择ELM binding domains,查询数据库里总的相互作用结构域.进入SMART主页,输入蛋白序列号或蛋白序列,查询蛋白跨膜区域和低复杂性区域.低复杂性区域的氨基酸会呈现出弹性的结构容易作为该蛋白和其他类型蛋白相结合的结构域.不同的跨膜区域因共同定位于细胞膜上可能发生相互作用.结果 NS4B蛋白存在跨膜区域,OCIAD2蛋白不存在跨膜区域,没有发现NS4B和OCIAD2蛋白存在直接相互作用的线性基序.OCIAD2蛋白具有一个低复杂性区域(88~98氨基酸);NS4B蛋白具有2个低复杂性区域(106~132氨基酸和141~154氨基酸).结论 OCIAD2蛋白与NS4B蛋白可能通过低复杂性区域发生直接相互作用.
关键词： 卵巢癌 非结构蛋白4B 含卵巢癌免疫反应抗原域蛋白2 生物信息学
